ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53520

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 8, 13, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.040 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.014, 0.041, 0.068, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.041 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.019, 0.056, 0.094, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.056 std_dev=0.037
N9 A 0, 0.023, 0.064, 0.104, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.064 std_dev=0.041
N6 A 0, 0.028, 0.077, 0.126, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.077 std_dev=0.049
N7 A 0, 0.029, 0.087, 0.145, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.087 std_dev=0.058
C8 A 0, 0.038, 0.111, 0.184, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.111 std_dev=0.073
N1 B 0, 0.196, 0.299, 0.401, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.299 std_dev=0.102
O4' A 0, 0.124, 0.238, 0.352, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.238 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.200, 0.330, 0.461, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.330 std_dev=0.130
O2' B 0, 0.154, 0.291, 0.428, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.291 std_dev=0.137
C4 B 0, 0.103, 0.273, 0.443, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.273 std_dev=0.170
C2' B 0, 0.197, 0.368, 0.538, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.368 std_dev=0.170
C2 B 0, 0.098, 0.269, 0.441, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.269 std_dev=0.171
C1' B 0, 0.186, 0.365, 0.545, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.365 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.115, 0.325, 0.534, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.325 std_dev=0.210
C6 B 0, 0.166, 0.379, 0.593, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.379 std_dev=0.214
N3 B 0, 0.081, 0.298, 0.515, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.298 std_dev=0.217
C2' A 0, 0.191, 0.414, 0.636, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.414 std_dev=0.222
O4 B 0, 0.166, 0.398, 0.630, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.398 std_dev=0.232
C5' A 0, 0.387, 0.668, 0.949, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.668 std_dev=0.281
O2 B 0, 0.019, 0.333, 0.648, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.333 std_dev=0.315
C3' A 0, 0.277, 0.593, 0.909, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.593 std_dev=0.316
C3' B 0, 0.301, 0.635, 0.970, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.635 std_dev=0.335
O2' A 0, 0.301, 0.652, 1.004, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.652 std_dev=0.351
O4' B 0, 0.246, 0.603, 0.960, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.603 std_dev=0.357
O3' B 0, 0.373, 0.746, 1.118, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.746 std_dev=0.373
C4' B 0, 0.290, 0.717, 1.143, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.717 std_dev=0.427
O5' A 0, 0.547, 1.068, 1.588, 1.674 max_d=1.674 avg_d=1.068 std_dev=0.520
O3' A 0, 0.438, 0.976, 1.513, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.976 std_dev=0.537
C5' B 0, 0.390, 0.992, 1.595, 2.801 max_d=2.801 avg_d=0.992 std_dev=0.602
O5' B 0, 0.523, 1.137, 1.752, 2.624 max_d=2.624 avg_d=1.137 std_dev=0.614
OP2 A 0, 0.546, 1.205, 1.865, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.205 std_dev=0.659
P A 0, 0.587, 1.272, 1.957, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.272 std_dev=0.685
OP2 B 0, 0.701, 1.462, 2.224, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.462 std_dev=0.762
P B 0, 0.620, 1.386, 2.152, 3.365 max_d=3.365 avg_d=1.386 std_dev=0.766
OP1 B 0, 0.655, 1.480, 2.306, 3.915 max_d=3.915 avg_d=1.480 std_dev=0.825
OP1 A 0, 0.882, 2.188, 3.493, 3.463 max_d=3.463 avg_d=2.188 std_dev=1.306

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.41 0.39 0.12
C2 0.02 0.00 0.14 0.05 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.11 0.06 0.22 0.63 0.34 0.09
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.14 0.08 0.15 0.05 0.12 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.29 0.25 0.12
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.14 0.02 0.12 0.24 0.05 0.07 0.16 0.24 0.10 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.16 0.08
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.04 0.04 0.21 0.63 0.31 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.12 0.05 0.02 0.09 0.12 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.13 0.42 0.06
C5 0.01 0.00 0.04 0.14 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.02 0.28 0.72 0.42 0.09
C5' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.11 0.00 0.15 0.00 0.16 0.14 0.14 0.08 0.18 0.17 0.09 0.03 0.04 0.01 0.01 0.34 0.41 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.12 0.01 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.03 0.30 0.73 0.48 0.13
C8 0.01 0.01 0.14 0.24 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.28 0.05 0.25 0.69 0.32 0.09
N1 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.05 0.05 0.27 0.69 0.43 0.12
N3 0.02 0.00 0.15 0.07 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.13 0.07 0.17 0.58 0.29 0.06
N6 0.02 0.01 0.05 0.16 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.20 0.03 0.34 0.76 0.59 0.16
N7 0.01 0.00 0.12 0.24 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.29 0.04 0.31 0.77 0.45 0.09
N9 0.00 0.01 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.17 0.58 0.29 0.07
O2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.12 0.04 0.05 0.03 0.10 0.09 0.18 0.24 0.07 0.06 0.02 0.00 0.05 0.04 0.03 0.16 0.32 0.09
O3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.04 0.03 0.15 0.04 0.12 0.28 0.05 0.13 0.20 0.29 0.09 0.05 0.00 0.03 0.08 0.19 0.09 0.06
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.29 0.56 0.13
O5' 0.05 0.22 0.04 0.06 0.21 0.01 0.28 0.01 0.30 0.25 0.27 0.17 0.34 0.31 0.17 0.03 0.08 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.41 0.63 0.29 0.09 0.63 0.13 0.72 0.34 0.73 0.69 0.69 0.58 0.76 0.77 0.58 0.16 0.19 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.34 0.25 0.16 0.31 0.42 0.42 0.41 0.48 0.32 0.43 0.29 0.59 0.45 0.29 0.32 0.09 0.56 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.09 0.12 0.08 0.06 0.06 0.09 0.01 0.13 0.09 0.12 0.06 0.16 0.09 0.07 0.09 0.06 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.06 0.14 0.06 0.06 0.10 0.11 0.08 0.11 0.10 0.11 0.12 0.17 0.12 0.13
C2 0.11 0.10 0.12 0.11 0.15 0.11 0.14 0.10 0.11 0.10 0.13 0.12 0.12 0.13 0.18 0.13 0.10 0.10 0.11 0.09
C2' 0.26 0.26 0.23 0.21 0.25 0.25 0.25 0.25 0.26 0.25 0.26 0.27 0.24 0.20 0.25 0.27 0.24 0.27 0.24 0.24
C3' 0.31 0.29 0.25 0.28 0.31 0.36 0.33 0.39 0.33 0.31 0.29 0.28 0.24 0.26 0.31 0.37 0.37 0.41 0.37 0.38
C4 0.10 0.11 0.09 0.08 0.13 0.13 0.10 0.14 0.08 0.08 0.13 0.11 0.10 0.09 0.15 0.15 0.10 0.13 0.09 0.10
C4' 0.19 0.15 0.13 0.15 0.15 0.24 0.17 0.27 0.19 0.17 0.14 0.15 0.14 0.14 0.14 0.25 0.25 0.31 0.26 0.27
C5 0.10 0.12 0.08 0.08 0.15 0.16 0.10 0.17 0.07 0.07 0.16 0.14 0.10 0.09 0.19 0.17 0.12 0.16 0.09 0.12
C5' 0.19 0.14 0.13 0.16 0.15 0.28 0.19 0.33 0.21 0.17 0.14 0.15 0.12 0.14 0.14 0.29 0.30 0.38 0.30 0.33
C6 0.11 0.12 0.09 0.08 0.17 0.15 0.12 0.16 0.08 0.08 0.18 0.13 0.10 0.09 0.21 0.18 0.11 0.13 0.08 0.11
C8 0.09 0.12 0.08 0.10 0.12 0.17 0.08 0.20 0.06 0.07 0.15 0.15 0.10 0.12 0.15 0.16 0.16 0.21 0.14 0.17
N1 0.11 0.11 0.10 0.09 0.18 0.12 0.14 0.12 0.10 0.09 0.16 0.12 0.11 0.11 0.21 0.16 0.09 0.10 0.08 0.08
N3 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.12 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.14 0.14 0.11 0.12 0.10 0.10
N6 0.12 0.13 0.09 0.08 0.19 0.18 0.12 0.20 0.08 0.07 0.20 0.15 0.10 0.09 0.24 0.20 0.13 0.16 0.10 0.14
N7 0.09 0.13 0.08 0.09 0.15 0.19 0.08 0.21 0.06 0.07 0.17 0.16 0.10 0.10 0.18 0.18 0.16 0.21 0.13 0.17
N9 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.14 0.08 0.16 0.07 0.07 0.12 0.12 0.09 0.10 0.13 0.14 0.12 0.17 0.11 0.13
O2' 0.29 0.28 0.29 0.26 0.27 0.24 0.27 0.22 0.28 0.28 0.28 0.29 0.31 0.25 0.26 0.27 0.24 0.24 0.25 0.23
O3' 0.43 0.41 0.38 0.44 0.45 0.51 0.49 0.55 0.49 0.44 0.42 0.39 0.34 0.42 0.45 0.50 0.54 0.60 0.55 0.56
O4' 0.06 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.06 0.13 0.05 0.06 0.11 0.12 0.08 0.12 0.11 0.12 0.12 0.18 0.13 0.14
O5' 0.22 0.15 0.13 0.19 0.18 0.33 0.22 0.40 0.24 0.19 0.16 0.16 0.12 0.16 0.18 0.35 0.35 0.44 0.35 0.40
OP1 0.77 0.84 0.58 0.48 0.86 0.61 0.83 0.59 0.80 0.80 0.87 0.84 0.55 0.31 0.89 0.80 0.57 0.48 0.56 0.57
OP2 0.33 0.23 0.33 0.38 0.24 0.41 0.29 0.44 0.32 0.29 0.22 0.21 0.33 0.41 0.22 0.39 0.43 0.50 0.44 0.45
P 0.30 0.23 0.20 0.23 0.26 0.37 0.30 0.42 0.31 0.28 0.23 0.20 0.19 0.17 0.26 0.41 0.38 0.44 0.37 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.08 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.07 0.09 0.13 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.09 0.10 0.13 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.08 0.08 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.02 0.06 0.07 0.11 0.08
O2 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.04 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.07 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.09 0.03 0.00 0.09 0.01 0.08 0.09 0.12 0.08
O4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.04 0.08 0.10 0.14 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.05 0.08 0.05
O5' 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.04 0.04 0.08 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.06 0.09 0.04 0.10 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.09 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.05 0.07 0.13 0.03 0.13 0.02 0.10 0.08 0.11 0.08 0.06 0.12 0.14 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.04 0.08 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00