ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53521

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 3, 6, 4, 0, 6, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.025, 0.061, 0.097, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.061 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.025, 0.082, 0.139, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.082 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.080, 0.152, 0.225, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.152 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.063, 0.137, 0.212, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.137 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.074, 0.156, 0.238, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.156 std_dev=0.082
O3' A 0, 0.075, 0.190, 0.305, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.190 std_dev=0.115
C5' A 0, 0.138, 0.255, 0.372, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.255 std_dev=0.117
O5' A 0, 0.136, 0.257, 0.377, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.257 std_dev=0.120
O2 B 0, 0.207, 0.334, 0.461, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.334 std_dev=0.127
O2' B 0, 0.135, 0.279, 0.422, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.279 std_dev=0.143
C2 B 0, 0.182, 0.346, 0.510, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.346 std_dev=0.164
C2' B 0, 0.172, 0.342, 0.511, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.342 std_dev=0.169
C1' B 0, 0.180, 0.354, 0.527, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.354 std_dev=0.173
P A 0, 0.260, 0.436, 0.611, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.436 std_dev=0.176
C4' B 0, 0.173, 0.354, 0.535, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.354 std_dev=0.181
O4' B 0, 0.182, 0.363, 0.544, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.363 std_dev=0.181
O3' B 0, 0.159, 0.344, 0.529, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.344 std_dev=0.185
C3' B 0, 0.178, 0.365, 0.552, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.365 std_dev=0.187
N3 B 0, 0.172, 0.367, 0.561, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.367 std_dev=0.195
N1 B 0, 0.187, 0.382, 0.577, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.382 std_dev=0.195
C5' B 0, 0.190, 0.399, 0.609, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.399 std_dev=0.210
O5' B 0, 0.211, 0.445, 0.678, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.445 std_dev=0.234
C6 B 0, 0.221, 0.467, 0.712, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.467 std_dev=0.246
OP2 A 0, 0.375, 0.624, 0.874, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.624 std_dev=0.250
C4 B 0, 0.174, 0.424, 0.674, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.424 std_dev=0.250
OP1 B 0, 0.205, 0.462, 0.719, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.462 std_dev=0.257
OP1 A 0, 0.384, 0.643, 0.902, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.643 std_dev=0.259
P B 0, 0.212, 0.483, 0.753, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.483 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.217, 0.489, 0.760, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.489 std_dev=0.271
O4 B 0, 0.162, 0.453, 0.743, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.453 std_dev=0.291
OP2 B 0, 0.213, 0.523, 0.834, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.523 std_dev=0.310

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.05 0.07 0.16 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.15 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.10 0.18 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.11 0.19 0.11
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.15 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.09 0.18 0.10
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.05 0.05 0.14 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.14 0.20 0.13
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.12 0.18 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.13 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.08 0.06
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.08 0.05 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.10 0.06 0.11 0.09 0.09 0.05 0.14 0.12 0.05 0.05 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.16 0.07 0.05 0.15 0.03 0.18 0.01 0.19 0.15 0.18 0.14 0.20 0.18 0.13 0.06 0.06 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.04 0.03 0.08 0.02 0.11 0.01 0.11 0.10 0.10 0.07 0.13 0.12 0.07 0.03 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.06 0.08 0.10 0.05 0.07 0.06 0.05
C2 0.09 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07
C2' 0.07 0.08 0.05 0.04 0.08 0.05 0.08 0.05 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.05 0.08 0.09 0.04 0.07 0.04 0.04
C3' 0.07 0.08 0.05 0.04 0.08 0.05 0.08 0.05 0.07 0.07 0.08 0.09 0.05 0.05 0.08 0.09 0.05 0.09 0.04 0.05
C4 0.09 0.09 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.06 0.07 0.09 0.10 0.07 0.08 0.07 0.06
C4' 0.08 0.08 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.10 0.06 0.10 0.05 0.06
C5 0.09 0.09 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10 0.06 0.06 0.10 0.10 0.07 0.08 0.07 0.06
C5' 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.11 0.06 0.07
C6 0.09 0.10 0.07 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.11 0.06 0.07 0.11 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07
C8 0.09 0.09 0.06 0.05 0.09 0.06 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06 0.09 0.10 0.06 0.07 0.06 0.05
N1 0.09 0.10 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.07 0.08 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08
N3 0.09 0.09 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.06
N6 0.09 0.10 0.07 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.11 0.06 0.07 0.11 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07
N7 0.09 0.09 0.06 0.06 0.09 0.06 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.10 0.06 0.06 0.10 0.11 0.07 0.08 0.07 0.06
N9 0.09 0.09 0.06 0.05 0.09 0.06 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06 0.09 0.10 0.06 0.07 0.06 0.05
O2' 0.07 0.07 0.05 0.04 0.08 0.05 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.08 0.04 0.05
O3' 0.06 0.08 0.05 0.04 0.08 0.04 0.08 0.05 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.05 0.08 0.07 0.04 0.08 0.05 0.05
O4' 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.10 0.06 0.08 0.06 0.06
O5' 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.10 0.05 0.06
OP1 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.12 0.12 0.15 0.11 0.12
OP2 0.09 0.12 0.09 0.06 0.12 0.06 0.10 0.06 0.10 0.10 0.13 0.13 0.09 0.06 0.13 0.09 0.06 0.09 0.06 0.06
P 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06 0.10 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.06 0.09 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.08 0.07 0.08 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.06 0.08 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.06 0.10 0.06
O2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.01 0.07 0.06 0.11 0.07
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.07 0.09 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.09 0.07
O5' 0.04 0.06 0.03 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.06 0.06 0.07 0.03 0.03 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.10 0.06 0.04 0.09 0.04 0.08 0.01 0.08 0.09 0.10 0.11 0.06 0.04 0.09 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.03 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00