ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53522

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 7, 6, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.002, 0.023, 0.044, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.023 std_dev=0.021
N6 A 0, -0.004, 0.021, 0.047, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.021 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.019, 0.104, 0.189, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.104 std_dev=0.085
O4' A 0, -0.001, 0.085, 0.171, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.085 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.053, 0.150, 0.247, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.150 std_dev=0.097
C6 B 0, 0.198, 0.339, 0.481, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.339 std_dev=0.141
C4' A 0, 0.000, 0.144, 0.289, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C3' B 0, 0.084, 0.231, 0.378, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.231 std_dev=0.147
C2' B 0, 0.099, 0.246, 0.394, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.246 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.005, 0.154, 0.303, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.154 std_dev=0.149
O3' B 0, 0.101, 0.257, 0.414, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.257 std_dev=0.157
N1 B 0, 0.130, 0.287, 0.445, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.287 std_dev=0.157
O2' B 0, 0.115, 0.283, 0.452, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.283 std_dev=0.169
C1' B 0, 0.096, 0.273, 0.449, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.273 std_dev=0.177
C5 B 0, 0.212, 0.394, 0.576, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.394 std_dev=0.182
O4' B 0, 0.091, 0.290, 0.490, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.290 std_dev=0.200
C4' B 0, 0.046, 0.250, 0.453, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.250 std_dev=0.204
C4 B 0, 0.177, 0.385, 0.594, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.385 std_dev=0.208
C2 B 0, 0.110, 0.332, 0.555, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.332 std_dev=0.222
O3' A 0, 0.000, 0.224, 0.449, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C5' A 0, 0.007, 0.238, 0.469, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.238 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.104, 0.350, 0.597, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.350 std_dev=0.246
O4 B 0, 0.183, 0.440, 0.697, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.440 std_dev=0.257
C5' B 0, 0.014, 0.277, 0.540, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.277 std_dev=0.263
O2 B 0, 0.154, 0.423, 0.692, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.423 std_dev=0.269
O5' B 0, 0.026, 0.314, 0.602, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.314 std_dev=0.288
OP2 B 0, 0.024, 0.464, 0.904, 2.137 max_d=2.137 avg_d=0.464 std_dev=0.440
P B 0, -0.046, 0.396, 0.839, 2.211 max_d=2.211 avg_d=0.396 std_dev=0.443
OP1 B 0, -0.072, 0.430, 0.932, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.430 std_dev=0.502
O5' A 0, -0.170, 0.383, 0.935, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.383 std_dev=0.552
OP1 A 0, -0.208, 0.610, 1.428, 3.040 max_d=3.040 avg_d=0.610 std_dev=0.818
P A 0, -0.260, 0.568, 1.396, 3.001 max_d=3.001 avg_d=0.568 std_dev=0.828
OP2 A 0, -0.371, 0.693, 1.756, 3.466 max_d=3.466 avg_d=0.693 std_dev=1.063

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.27 0.22 0.23
C2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.04 0.43 0.46 0.55 0.47
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.13 0.15 0.18 0.13
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.16 0.18 0.08
C4 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03 0.44 0.48 0.53 0.48
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.10 0.18 0.05
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.52 0.60 0.69 0.60
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.04 0.10 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.23 0.29 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.04 0.52 0.62 0.73 0.62
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.53 0.59 0.62 0.58
N1 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.04 0.48 0.55 0.66 0.56
N3 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.03 0.39 0.41 0.47 0.41
N6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.05 0.55 0.68 0.83 0.68
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.56 0.67 0.76 0.67
N9 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.43 0.45 0.45 0.44
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.13 0.07
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.09 0.06 0.11 0.09 0.10 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.21 0.22 0.31 0.20
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.23 0.25 0.09 0.16
O5' 0.27 0.43 0.13 0.05 0.44 0.01 0.52 0.01 0.52 0.53 0.48 0.39 0.55 0.56 0.43 0.03 0.21 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.27 0.46 0.15 0.16 0.48 0.10 0.60 0.23 0.62 0.59 0.55 0.41 0.68 0.67 0.45 0.08 0.22 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.55 0.18 0.18 0.53 0.18 0.69 0.29 0.73 0.62 0.66 0.47 0.83 0.76 0.45 0.13 0.31 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.47 0.13 0.08 0.48 0.05 0.60 0.01 0.62 0.58 0.56 0.41 0.68 0.67 0.44 0.07 0.20 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.16 0.09 0.07 0.13 0.11 0.09 0.13 0.08 0.10 0.17 0.20 0.09 0.10 0.14 0.12 0.09 0.13 0.08 0.10
C2 0.13 0.13 0.09 0.09 0.15 0.16 0.10 0.15 0.07 0.08 0.18 0.16 0.14 0.09 0.19 0.18 0.11 0.12 0.09 0.10
C2' 0.11 0.19 0.10 0.09 0.16 0.13 0.13 0.17 0.12 0.13 0.19 0.24 0.13 0.14 0.17 0.14 0.14 0.16 0.12 0.15
C3' 0.13 0.20 0.10 0.09 0.18 0.15 0.17 0.20 0.16 0.15 0.21 0.26 0.12 0.14 0.19 0.17 0.17 0.21 0.17 0.20
C4 0.09 0.16 0.07 0.07 0.16 0.14 0.10 0.15 0.08 0.09 0.19 0.20 0.09 0.09 0.18 0.15 0.11 0.11 0.08 0.10
C4' 0.10 0.16 0.08 0.06 0.12 0.11 0.10 0.16 0.11 0.11 0.16 0.21 0.11 0.12 0.13 0.14 0.12 0.16 0.10 0.13
C5 0.09 0.15 0.07 0.07 0.16 0.15 0.11 0.16 0.08 0.09 0.19 0.20 0.09 0.09 0.20 0.16 0.11 0.11 0.08 0.11
C5' 0.10 0.16 0.08 0.06 0.13 0.12 0.12 0.16 0.12 0.11 0.17 0.22 0.10 0.11 0.14 0.15 0.13 0.16 0.11 0.15
C6 0.11 0.14 0.07 0.08 0.17 0.15 0.11 0.16 0.08 0.08 0.19 0.17 0.11 0.09 0.21 0.17 0.12 0.11 0.09 0.11
C8 0.09 0.17 0.08 0.08 0.16 0.13 0.11 0.15 0.10 0.10 0.20 0.22 0.09 0.10 0.18 0.14 0.11 0.12 0.08 0.11
N1 0.13 0.13 0.08 0.08 0.16 0.16 0.10 0.16 0.08 0.08 0.18 0.15 0.13 0.09 0.20 0.18 0.12 0.11 0.09 0.11
N3 0.10 0.14 0.07 0.08 0.15 0.14 0.09 0.14 0.07 0.08 0.18 0.19 0.12 0.09 0.18 0.16 0.10 0.12 0.08 0.10
N6 0.12 0.13 0.07 0.08 0.17 0.16 0.11 0.16 0.09 0.08 0.18 0.16 0.11 0.09 0.21 0.18 0.13 0.11 0.10 0.12
N7 0.09 0.16 0.07 0.07 0.17 0.14 0.11 0.16 0.09 0.10 0.20 0.21 0.08 0.09 0.20 0.16 0.12 0.11 0.08 0.11
N9 0.08 0.17 0.08 0.07 0.15 0.13 0.10 0.14 0.09 0.10 0.19 0.21 0.08 0.10 0.17 0.14 0.10 0.12 0.08 0.10
O2' 0.10 0.14 0.09 0.10 0.11 0.12 0.10 0.16 0.10 0.11 0.14 0.19 0.13 0.17 0.11 0.13 0.13 0.17 0.13 0.15
O3' 0.18 0.24 0.13 0.13 0.23 0.18 0.23 0.24 0.22 0.21 0.24 0.28 0.15 0.19 0.24 0.21 0.23 0.28 0.23 0.26
O4' 0.09 0.16 0.10 0.07 0.13 0.11 0.09 0.13 0.09 0.10 0.16 0.20 0.11 0.11 0.14 0.13 0.09 0.14 0.08 0.10
O5' 0.18 0.27 0.12 0.06 0.24 0.13 0.20 0.18 0.19 0.20 0.28 0.32 0.15 0.12 0.26 0.19 0.15 0.24 0.14 0.18
OP1 0.17 0.27 0.10 0.10 0.24 0.10 0.18 0.17 0.16 0.19 0.28 0.33 0.13 0.20 0.25 0.14 0.16 0.33 0.21 0.23
OP2 0.28 0.37 0.16 0.12 0.36 0.27 0.34 0.34 0.33 0.31 0.39 0.43 0.17 0.13 0.39 0.35 0.30 0.39 0.29 0.34
P 0.19 0.27 0.09 0.09 0.25 0.16 0.22 0.22 0.21 0.21 0.28 0.32 0.11 0.18 0.27 0.23 0.20 0.33 0.21 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.10 0.12 0.14 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.11 0.07 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.12 0.08 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.14 0.16 0.19 0.17
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.13 0.15 0.18 0.16
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.08 0.06 0.08 0.07 0.03 0.02 0.10 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.11 0.12 0.14 0.13
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.09 0.11 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.12 0.14 0.17 0.15
O2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.02 0.10 0.14 0.14 0.12
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.11 0.07 0.06
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.08 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.18 0.12 0.12
O4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.14 0.18 0.21 0.18
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05
O5' 0.04 0.10 0.04 0.04 0.14 0.01 0.13 0.01 0.11 0.09 0.12 0.10 0.04 0.06 0.14 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.12 0.11 0.12 0.16 0.06 0.15 0.03 0.12 0.09 0.14 0.14 0.11 0.18 0.18 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.14 0.07 0.08 0.19 0.02 0.18 0.01 0.14 0.11 0.17 0.14 0.07 0.12 0.21 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.06 0.08 0.17 0.02 0.16 0.01 0.13 0.10 0.15 0.12 0.06 0.12 0.18 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00