ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53523

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.015, 0.024, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.024 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.024, 0.036, 0.048, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.036 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.020, 0.034, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.021, 0.037, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.037 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.001, 0.020, 0.038, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.024, 0.044, 0.065, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.044 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.048, 0.071, 0.094, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.071 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.040, 0.066, 0.092, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.066 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.280, 0.421, 0.562, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.421 std_dev=0.141
O4' A 0, 0.245, 0.402, 0.560, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.402 std_dev=0.157
C2 B 0, 0.269, 0.477, 0.685, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.477 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.397, 0.620, 0.842, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.620 std_dev=0.223
C4' A 0, 0.401, 0.628, 0.854, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.628 std_dev=0.226
C3' A 0, 0.432, 0.660, 0.887, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.660 std_dev=0.227
O2' A 0, 0.318, 0.547, 0.776, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.547 std_dev=0.229
O2 B 0, 0.215, 0.449, 0.684, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.449 std_dev=0.235
C2' B 0, 0.501, 0.764, 1.027, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.764 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.277, 0.549, 0.822, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.549 std_dev=0.273
N3 B 0, 0.489, 0.763, 1.037, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.763 std_dev=0.274
O2' B 0, 0.470, 0.748, 1.027, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.748 std_dev=0.279
O4' B 0, 0.498, 0.778, 1.057, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.778 std_dev=0.280
C4 B 0, 0.607, 0.940, 1.273, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.940 std_dev=0.333
O3' A 0, 0.632, 0.966, 1.301, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.966 std_dev=0.335
C6 B 0, 0.466, 0.826, 1.185, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.826 std_dev=0.359
C5 B 0, 0.579, 0.950, 1.321, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.950 std_dev=0.371
C5' A 0, 0.718, 1.111, 1.505, 1.659 max_d=1.659 avg_d=1.111 std_dev=0.394
O4 B 0, 0.778, 1.206, 1.634, 1.774 max_d=1.774 avg_d=1.206 std_dev=0.428
C3' B 0, 0.584, 1.055, 1.525, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.055 std_dev=0.470
C4' B 0, 0.547, 1.025, 1.503, 2.194 max_d=2.194 avg_d=1.025 std_dev=0.478
O3' B 0, 0.724, 1.380, 2.037, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.380 std_dev=0.656
C5' B 0, 0.458, 1.174, 1.890, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.174 std_dev=0.716
O5' A 0, 0.938, 1.841, 2.744, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.841 std_dev=0.903
P A 0, 1.704, 2.850, 3.997, 3.915 max_d=3.915 avg_d=2.850 std_dev=1.147
O5' B 0, 0.085, 1.242, 2.399, 5.073 max_d=5.073 avg_d=1.242 std_dev=1.157
OP1 A 0, 1.183, 2.369, 3.554, 4.247 max_d=4.247 avg_d=2.369 std_dev=1.186
P B 0, -0.187, 1.491, 3.169, 7.110 max_d=7.110 avg_d=1.491 std_dev=1.678
OP1 B 0, -0.101, 1.581, 3.264, 7.029 max_d=7.029 avg_d=1.581 std_dev=1.683
OP2 A 0, 2.627, 4.400, 6.172, 6.018 max_d=6.018 avg_d=4.400 std_dev=1.773
OP2 B 0, 0.271, 2.480, 4.688, 9.199 max_d=9.199 avg_d=2.480 std_dev=2.208

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.28 0.55 0.65 0.41
C2 0.02 0.00 0.10 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.18 0.03 0.49 0.83 1.00 0.70
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.09 0.05 0.10 0.08 0.10 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.31 0.39 0.57 0.34
C3' 0.04 0.16 0.01 0.00 0.14 0.01 0.17 0.03 0.19 0.12 0.18 0.13 0.21 0.16 0.10 0.02 0.02 0.03 0.39 0.24 0.56 0.31
C4 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.14 0.02 0.49 0.83 1.00 0.70
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.11 0.10 0.06 0.14 0.13 0.07 0.06 0.05 0.01 0.02 0.23 0.28 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.18 0.03 0.58 0.97 1.19 0.84
C5' 0.04 0.17 0.02 0.03 0.18 0.01 0.24 0.00 0.25 0.24 0.22 0.14 0.29 0.28 0.16 0.06 0.07 0.02 0.01 0.16 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.19 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.21 0.03 0.60 1.00 1.23 0.87
C8 0.02 0.02 0.05 0.12 0.01 0.11 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.13 0.04 0.55 0.95 1.16 0.81
N1 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.21 0.03 0.56 0.93 1.14 0.80
N3 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.14 0.02 0.43 0.76 0.90 0.62
N6 0.02 0.02 0.10 0.21 0.01 0.14 0.02 0.29 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.24 0.03 0.65 1.06 1.33 0.94
N7 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.13 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.17 0.04 0.62 1.06 1.29 0.92
N9 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.02 0.44 0.77 0.94 0.64
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.07 0.06 0.11 0.35 0.39 0.16
O3' 0.07 0.18 0.05 0.02 0.14 0.05 0.18 0.07 0.21 0.13 0.21 0.14 0.24 0.17 0.10 0.07 0.00 0.07 0.40 0.30 0.64 0.32
O4' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.06 0.07 0.00 0.28 0.46 0.57 0.32
O5' 0.28 0.49 0.31 0.39 0.49 0.02 0.58 0.01 0.60 0.55 0.56 0.43 0.65 0.62 0.44 0.11 0.40 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.55 0.83 0.39 0.24 0.83 0.23 0.97 0.16 1.00 0.95 0.93 0.76 1.06 1.06 0.77 0.35 0.30 0.46 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.65 1.00 0.57 0.56 1.00 0.28 1.19 0.30 1.23 1.16 1.14 0.90 1.33 1.29 0.94 0.39 0.64 0.57 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.41 0.70 0.34 0.31 0.70 0.07 0.84 0.02 0.87 0.81 0.80 0.62 0.94 0.92 0.64 0.16 0.32 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.20 0.11 0.11 0.23 0.18 0.27 0.18 0.28 0.25 0.20 0.17 0.15 0.22 0.23 0.26 0.23 0.33 0.43 0.35
C2 0.24 0.25 0.13 0.12 0.31 0.11 0.35 0.09 0.33 0.28 0.26 0.27 0.12 0.19 0.31 0.23 0.10 0.24 0.20 0.10
C2' 0.26 0.25 0.09 0.22 0.26 0.28 0.27 0.34 0.27 0.27 0.25 0.23 0.05 0.36 0.26 0.28 0.46 0.57 0.69 0.60
C3' 0.26 0.30 0.10 0.28 0.29 0.34 0.28 0.44 0.27 0.28 0.30 0.30 0.05 0.44 0.30 0.28 0.61 0.79 0.94 0.82
C4 0.26 0.23 0.10 0.05 0.27 0.14 0.31 0.12 0.31 0.27 0.24 0.21 0.11 0.15 0.28 0.25 0.12 0.13 0.25 0.19
C4' 0.27 0.25 0.13 0.27 0.25 0.29 0.26 0.37 0.27 0.26 0.24 0.23 0.10 0.43 0.25 0.28 0.51 0.71 0.84 0.72
C5 0.26 0.25 0.11 0.06 0.30 0.14 0.33 0.11 0.32 0.28 0.26 0.24 0.11 0.15 0.31 0.25 0.12 0.13 0.28 0.19
C5' 0.27 0.26 0.12 0.26 0.27 0.31 0.28 0.42 0.28 0.27 0.26 0.25 0.10 0.42 0.27 0.28 0.57 0.79 0.96 0.82
C6 0.25 0.26 0.12 0.10 0.32 0.13 0.35 0.10 0.33 0.28 0.28 0.26 0.11 0.17 0.34 0.24 0.10 0.20 0.24 0.13
C8 0.26 0.22 0.11 0.05 0.27 0.16 0.30 0.16 0.30 0.26 0.23 0.20 0.13 0.15 0.27 0.25 0.20 0.22 0.41 0.32
N1 0.24 0.26 0.13 0.13 0.33 0.12 0.36 0.09 0.34 0.28 0.29 0.28 0.12 0.20 0.35 0.24 0.10 0.28 0.24 0.11
N3 0.26 0.23 0.11 0.08 0.27 0.12 0.31 0.10 0.32 0.28 0.23 0.21 0.11 0.17 0.27 0.24 0.08 0.14 0.17 0.11
N6 0.24 0.26 0.13 0.12 0.34 0.13 0.36 0.10 0.34 0.28 0.30 0.26 0.11 0.18 0.37 0.24 0.11 0.24 0.27 0.14
N7 0.26 0.24 0.11 0.04 0.29 0.15 0.32 0.14 0.31 0.27 0.25 0.22 0.12 0.14 0.30 0.25 0.16 0.15 0.36 0.27
N9 0.26 0.21 0.10 0.05 0.25 0.15 0.29 0.15 0.29 0.26 0.22 0.19 0.13 0.16 0.25 0.25 0.18 0.21 0.36 0.29
O2' 0.23 0.20 0.15 0.34 0.21 0.30 0.23 0.37 0.23 0.22 0.20 0.18 0.10 0.52 0.21 0.25 0.48 0.65 0.66 0.60
O3' 0.25 0.34 0.15 0.38 0.31 0.43 0.28 0.57 0.26 0.28 0.34 0.37 0.12 0.57 0.33 0.30 0.81 1.07 1.19 1.05
O4' 0.27 0.21 0.14 0.14 0.22 0.20 0.26 0.22 0.27 0.25 0.20 0.17 0.18 0.26 0.22 0.28 0.28 0.42 0.53 0.43
O5' 0.33 0.47 0.20 0.26 0.45 0.24 0.37 0.31 0.34 0.38 0.50 0.52 0.20 0.43 0.48 0.27 0.47 0.57 0.87 0.68
OP1 0.47 0.59 0.51 0.55 0.62 0.50 0.56 0.59 0.52 0.52 0.64 0.61 0.47 0.66 0.66 0.44 0.70 0.87 1.11 0.94
OP2 0.64 0.89 0.55 0.45 0.87 0.37 0.73 0.34 0.67 0.73 0.94 0.97 0.55 0.56 0.93 0.53 0.49 0.57 0.85 0.62
P 0.38 0.57 0.31 0.31 0.56 0.24 0.45 0.30 0.40 0.45 0.61 0.63 0.31 0.46 0.61 0.30 0.46 0.60 0.87 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.11 0.24 0.26 0.15
C2 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.05 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.01 0.06 0.25 0.60 0.41 0.33
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.03 0.14 0.02 0.08 0.23 0.00 0.03 0.05 0.01 0.19 0.24 0.25 0.18
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.13 0.00 0.17 0.02 0.17 0.08 0.14 0.20 0.01 0.01 0.14 0.01 0.24 0.27 0.29 0.21
C4 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.14 0.00 0.04 0.45 0.96 0.88 0.65
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.08 0.04 0.06 0.03 0.12 0.00 0.02 0.20 0.26 0.03
C5 0.02 0.02 0.12 0.17 0.01 0.13 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.21 0.01 0.07 0.52 0.96 1.00 0.74
C5' 0.04 0.13 0.03 0.02 0.25 0.01 0.28 0.00 0.24 0.14 0.19 0.09 0.05 0.05 0.27 0.01 0.01 0.32 0.31 0.02
C6 0.02 0.02 0.14 0.17 0.01 0.12 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.20 0.01 0.09 0.46 0.74 0.79 0.60
N1 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.02 0.28 0.53 0.47 0.36
N3 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.13 0.01 0.04 0.34 0.80 0.62 0.48
O2 0.04 0.01 0.23 0.20 0.02 0.04 0.03 0.09 0.03 0.02 0.02 0.00 0.21 0.23 0.03 0.09 0.16 0.48 0.24 0.20
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.09 0.06 0.11 0.05 0.11 0.05 0.10 0.21 0.00 0.05 0.10 0.06 0.11 0.20 0.17 0.08
O3' 0.03 0.13 0.03 0.01 0.14 0.03 0.21 0.05 0.20 0.08 0.13 0.23 0.05 0.00 0.16 0.03 0.21 0.41 0.25 0.17
O4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.12 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.16 0.00 0.04 0.48 1.06 0.98 0.71
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.04 0.09 0.06 0.03 0.04 0.00 0.12 0.17 0.37 0.13
O5' 0.11 0.25 0.19 0.24 0.45 0.02 0.52 0.01 0.46 0.28 0.34 0.16 0.11 0.21 0.48 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.24 0.60 0.24 0.27 0.96 0.20 0.96 0.32 0.74 0.53 0.80 0.48 0.20 0.41 1.06 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.41 0.25 0.29 0.88 0.26 1.00 0.31 0.79 0.47 0.62 0.24 0.17 0.25 0.98 0.37 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.33 0.18 0.21 0.65 0.03 0.74 0.02 0.60 0.36 0.48 0.20 0.08 0.17 0.71 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00