ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53524

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 0, 1, 1, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.018, 0.040, 0.062, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.040 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.009, 0.037, 0.064, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.037 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.010, 0.038, 0.066, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.038 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.008, 0.041, 0.075, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.041 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.003, 0.047, 0.091, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.047 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.107, 0.217, 0.326, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.217 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.135, 0.255, 0.375, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.255 std_dev=0.120
O2' A 0, 0.086, 0.229, 0.371, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.229 std_dev=0.142
C6 B 0, 0.274, 0.484, 0.693, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.484 std_dev=0.210
C5 B 0, 0.270, 0.481, 0.692, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.481 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.251, 0.463, 0.674, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.463 std_dev=0.211
C3' A 0, 0.209, 0.426, 0.643, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.426 std_dev=0.217
O4 B 0, 0.270, 0.492, 0.715, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.492 std_dev=0.223
C4' A 0, 0.153, 0.386, 0.619, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.386 std_dev=0.233
O3' A 0, 0.320, 0.618, 0.917, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.618 std_dev=0.298
N3 B 0, 0.179, 0.481, 0.782, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.481 std_dev=0.302
N1 B 0, 0.181, 0.507, 0.834, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.507 std_dev=0.326
C5' A 0, 0.348, 0.680, 1.012, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.680 std_dev=0.332
C2 B 0, 0.134, 0.527, 0.920, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.527 std_dev=0.393
O2' B 0, 0.198, 0.612, 1.027, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.612 std_dev=0.414
C2' B 0, 0.181, 0.599, 1.017, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.599 std_dev=0.418
C1' B 0, 0.144, 0.568, 0.993, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.568 std_dev=0.425
O2 B 0, 0.099, 0.630, 1.161, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.630 std_dev=0.531
C3' B 0, 0.378, 0.922, 1.465, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.922 std_dev=0.543
O4' B 0, 0.241, 0.797, 1.353, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.797 std_dev=0.556
C4' B 0, 0.393, 1.020, 1.647, 1.735 max_d=1.735 avg_d=1.020 std_dev=0.627
O3' B 0, 0.490, 1.161, 1.832, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.161 std_dev=0.671
C5' B 0, 0.534, 1.320, 2.107, 2.127 max_d=2.127 avg_d=1.320 std_dev=0.787
O5' A 0, 0.486, 1.298, 2.110, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.298 std_dev=0.812
P A 0, 0.590, 1.978, 3.365, 3.681 max_d=3.681 avg_d=1.978 std_dev=1.387
O5' B 0, 0.516, 1.962, 3.407, 4.298 max_d=4.298 avg_d=1.962 std_dev=1.446
OP1 B 0, 0.916, 2.685, 4.453, 5.260 max_d=5.260 avg_d=2.685 std_dev=1.769
OP1 A 0, 1.055, 2.944, 4.833, 4.660 max_d=4.660 avg_d=2.944 std_dev=1.889
P B 0, 0.568, 2.650, 4.732, 5.936 max_d=5.936 avg_d=2.650 std_dev=2.082
OP2 A 0, 0.027, 2.151, 4.276, 5.024 max_d=5.024 avg_d=2.151 std_dev=2.125
OP2 B 0, 0.083, 3.177, 6.271, 8.339 max_d=8.339 avg_d=3.177 std_dev=3.094

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.84 0.53 0.45
C2 0.03 0.00 0.18 0.25 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.27 0.02 0.38 1.24 0.58 0.56
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.11 0.08 0.15 0.17 0.11 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.21 0.56 0.19 0.25
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.16 0.01 0.16 0.03 0.21 0.10 0.24 0.22 0.21 0.12 0.09 0.01 0.01 0.02 0.21 0.31 0.07 0.20
C4 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.17 0.02 0.46 1.23 0.69 0.62
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.11 0.09 0.11 0.09 0.13 0.10 0.06 0.07 0.02 0.00 0.03 0.23 0.23 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.16 0.01 0.10 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.19 0.03 0.56 1.39 0.84 0.74
C5' 0.06 0.20 0.03 0.03 0.20 0.01 0.26 0.00 0.28 0.26 0.25 0.17 0.31 0.29 0.18 0.08 0.05 0.03 0.01 0.18 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.21 0.01 0.11 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.24 0.02 0.53 1.44 0.82 0.73
C8 0.01 0.02 0.08 0.10 0.01 0.09 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.06 0.12 0.05 0.66 1.30 0.95 0.79
N1 0.03 0.00 0.15 0.24 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.27 0.02 0.45 1.37 0.69 0.65
N3 0.03 0.00 0.17 0.22 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.23 0.02 0.35 1.14 0.54 0.52
N6 0.03 0.01 0.11 0.21 0.02 0.13 0.02 0.31 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.26 0.03 0.58 1.51 0.92 0.79
N7 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.10 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.16 0.04 0.67 1.44 1.00 0.84
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.08 0.02 0.49 1.13 0.71 0.61
O2' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.04 0.00 0.03 0.07 0.07 0.35 0.13 0.10
O3' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.17 0.02 0.19 0.05 0.24 0.12 0.27 0.23 0.26 0.16 0.08 0.03 0.00 0.02 0.37 0.22 0.46 0.41
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.38 0.72 0.62 0.46
O5' 0.35 0.38 0.21 0.21 0.46 0.03 0.56 0.01 0.53 0.66 0.45 0.35 0.58 0.67 0.49 0.07 0.37 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.84 1.24 0.56 0.31 1.23 0.23 1.39 0.18 1.44 1.30 1.37 1.14 1.51 1.44 1.13 0.35 0.22 0.72 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.58 0.19 0.07 0.69 0.23 0.84 0.38 0.82 0.95 0.69 0.54 0.92 1.00 0.71 0.13 0.46 0.62 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.45 0.56 0.25 0.20 0.62 0.08 0.74 0.02 0.73 0.79 0.65 0.52 0.79 0.84 0.61 0.10 0.41 0.46 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.09 0.20 0.29 0.14 0.24 0.20 0.26 0.21 0.14 0.10 0.13 0.20 0.45 0.13 0.15 0.44 0.39 0.78 0.68
C2 0.10 0.09 0.18 0.19 0.18 0.07 0.23 0.08 0.21 0.13 0.12 0.23 0.10 0.21 0.19 0.12 0.16 0.26 0.28 0.15
C2' 0.17 0.15 0.17 0.35 0.17 0.35 0.19 0.40 0.19 0.16 0.16 0.17 0.16 0.55 0.16 0.22 0.70 0.64 1.15 0.98
C3' 0.22 0.24 0.19 0.42 0.26 0.43 0.25 0.52 0.25 0.23 0.26 0.25 0.16 0.69 0.27 0.29 0.94 0.92 1.56 1.30
C4 0.15 0.10 0.15 0.14 0.17 0.17 0.23 0.18 0.22 0.16 0.12 0.14 0.16 0.19 0.17 0.18 0.24 0.22 0.43 0.39
C4' 0.17 0.12 0.27 0.50 0.13 0.42 0.18 0.51 0.20 0.15 0.11 0.16 0.23 0.79 0.11 0.24 0.85 0.85 1.43 1.23
C5 0.17 0.13 0.15 0.12 0.19 0.19 0.23 0.20 0.23 0.17 0.15 0.14 0.15 0.15 0.19 0.22 0.28 0.23 0.49 0.43
C5' 0.17 0.17 0.25 0.52 0.15 0.46 0.17 0.58 0.19 0.15 0.17 0.24 0.21 0.83 0.15 0.26 0.96 1.01 1.63 1.40
C6 0.15 0.13 0.16 0.14 0.20 0.14 0.23 0.15 0.22 0.16 0.15 0.15 0.11 0.15 0.21 0.21 0.17 0.17 0.28 0.25
C8 0.18 0.12 0.16 0.20 0.17 0.26 0.22 0.29 0.22 0.17 0.13 0.13 0.19 0.29 0.16 0.22 0.48 0.41 0.85 0.72
N1 0.12 0.11 0.19 0.19 0.19 0.09 0.23 0.09 0.21 0.14 0.14 0.18 0.10 0.22 0.21 0.17 0.12 0.22 0.23 0.13
N3 0.11 0.09 0.16 0.14 0.17 0.10 0.23 0.10 0.22 0.14 0.11 0.20 0.12 0.16 0.17 0.12 0.12 0.21 0.24 0.18
N6 0.16 0.14 0.17 0.15 0.20 0.15 0.23 0.16 0.21 0.17 0.16 0.14 0.11 0.17 0.22 0.23 0.18 0.17 0.31 0.28
N7 0.19 0.14 0.15 0.15 0.19 0.24 0.23 0.27 0.23 0.18 0.15 0.13 0.18 0.20 0.19 0.24 0.42 0.35 0.74 0.63
N9 0.15 0.10 0.17 0.21 0.15 0.22 0.21 0.24 0.21 0.15 0.11 0.13 0.19 0.30 0.15 0.18 0.39 0.33 0.69 0.60
O2' 0.15 0.11 0.27 0.47 0.12 0.37 0.16 0.41 0.17 0.14 0.11 0.13 0.19 0.71 0.12 0.18 0.70 0.64 1.10 0.96
O3' 0.25 0.29 0.23 0.53 0.35 0.54 0.34 0.67 0.32 0.28 0.32 0.28 0.17 0.82 0.37 0.34 1.20 1.22 1.99 1.64
O4' 0.14 0.08 0.23 0.36 0.14 0.26 0.21 0.31 0.21 0.14 0.09 0.13 0.21 0.57 0.14 0.15 0.53 0.49 0.96 0.83
O5' 0.16 0.23 0.37 0.51 0.20 0.34 0.16 0.40 0.16 0.17 0.25 0.29 0.39 0.82 0.22 0.13 0.79 0.82 1.47 1.21
OP1 0.70 0.91 0.92 0.90 0.93 0.65 0.84 0.68 0.77 0.80 0.97 0.95 0.92 1.13 0.99 0.51 1.02 1.18 1.77 1.49
OP2 0.21 0.22 0.44 0.55 0.18 0.33 0.17 0.34 0.18 0.19 0.21 0.25 0.48 0.89 0.17 0.24 0.78 0.74 1.50 1.17
P 0.24 0.36 0.47 0.58 0.33 0.36 0.26 0.42 0.24 0.27 0.39 0.42 0.50 0.91 0.36 0.14 0.79 0.88 1.50 1.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.15 0.12 0.24 0.15
C2 0.01 0.00 0.17 0.20 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.20 0.02 0.10 0.26 0.20 0.52 0.35
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.13 0.03 0.13 0.29 0.00 0.02 0.06 0.01 0.28 0.25 0.43 0.24
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.16 0.00 0.11 0.01 0.09 0.11 0.20 0.24 0.02 0.01 0.18 0.01 0.37 0.32 0.51 0.29
C4 0.03 0.02 0.05 0.16 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.18 0.01 0.05 0.66 0.54 1.33 0.92
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.05 0.04 0.07 0.09 0.03 0.11 0.01 0.01 0.07 0.06 0.07
C5 0.03 0.01 0.10 0.11 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.12 0.02 0.09 0.86 0.67 1.61 1.14
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.18 0.01 0.25 0.00 0.24 0.10 0.09 0.08 0.08 0.03 0.20 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.09 0.01 0.14 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.09 0.02 0.12 0.79 0.57 1.30 0.95
N1 0.01 0.00 0.03 0.11 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.01 0.42 0.30 0.70 0.49
N3 0.01 0.01 0.13 0.20 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.22 0.02 0.08 0.42 0.33 0.85 0.58
O2 0.03 0.00 0.29 0.24 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.26 0.02 0.16 0.06 0.08 0.17 0.08
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.07 0.09 0.13 0.08 0.13 0.04 0.04 0.18 0.00 0.04 0.08 0.09 0.15 0.21 0.15 0.06
O3' 0.03 0.20 0.02 0.01 0.18 0.03 0.12 0.03 0.09 0.08 0.22 0.26 0.04 0.00 0.21 0.03 0.28 0.36 0.38 0.18
O4 0.04 0.02 0.06 0.18 0.01 0.11 0.02 0.20 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.21 0.00 0.06 0.71 0.60 1.49 1.02
O4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.08 0.16 0.09 0.03 0.06 0.00 0.06 0.08 0.07 0.05
O5' 0.15 0.26 0.28 0.37 0.66 0.01 0.86 0.01 0.79 0.42 0.42 0.06 0.15 0.28 0.71 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.12 0.20 0.25 0.32 0.54 0.07 0.67 0.06 0.57 0.30 0.33 0.08 0.21 0.36 0.60 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.52 0.43 0.51 1.33 0.06 1.61 0.01 1.30 0.70 0.85 0.17 0.15 0.38 1.49 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.35 0.24 0.29 0.92 0.07 1.14 0.02 0.95 0.49 0.58 0.08 0.06 0.18 1.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00