ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53530

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C4 A 0, -0.001, 0.019, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.001, 0.021, 0.041, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.001, 0.022, 0.042, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.004, 0.028, 0.051, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.003, 0.027, 0.052, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.025
N1 B 0, 0.110, 0.380, 0.651, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.380 std_dev=0.271
O4' A 0, 0.110, 0.393, 0.676, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.393 std_dev=0.283
C2' A 0, 0.112, 0.424, 0.736, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.424 std_dev=0.312
C4' A 0, 0.146, 0.507, 0.868, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.507 std_dev=0.361
C6 B 0, 0.017, 0.384, 0.751, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.384 std_dev=0.367
C2 B 0, 0.279, 0.668, 1.057, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.668 std_dev=0.389
C5 B 0, 0.206, 0.618, 1.030, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.618 std_dev=0.412
C1' B 0, 0.202, 0.624, 1.046, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.624 std_dev=0.422
O2' A 0, 0.137, 0.570, 1.002, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.570 std_dev=0.433
C3' A 0, 0.145, 0.611, 1.076, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.611 std_dev=0.466
C4 B 0, 0.343, 0.826, 1.309, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.826 std_dev=0.483
C2' B 0, 0.217, 0.713, 1.208, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.713 std_dev=0.495
N3 B 0, 0.330, 0.841, 1.351, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.841 std_dev=0.511
O2 B 0, 0.395, 0.944, 1.494, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.944 std_dev=0.549
C3' B 0, 0.377, 0.954, 1.530, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.954 std_dev=0.577
O4' B 0, 0.325, 0.916, 1.508, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.916 std_dev=0.592
O4 B 0, 0.456, 1.103, 1.749, 1.563 max_d=1.563 avg_d=1.103 std_dev=0.646
O2' B 0, 0.306, 0.979, 1.652, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.979 std_dev=0.673
O3' A 0, 0.179, 0.858, 1.538, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.858 std_dev=0.679
C4' B 0, 0.445, 1.147, 1.850, 1.910 max_d=1.910 avg_d=1.147 std_dev=0.703
C5' A 0, 0.276, 0.979, 1.682, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.979 std_dev=0.703
O3' B 0, 0.487, 1.229, 1.971, 1.978 max_d=1.978 avg_d=1.229 std_dev=0.742
O5' A 0, 0.504, 1.302, 2.100, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.302 std_dev=0.798
O5' B 0, 0.467, 1.279, 2.091, 2.257 max_d=2.257 avg_d=1.279 std_dev=0.812
C5' B 0, 0.556, 1.381, 2.205, 2.168 max_d=2.168 avg_d=1.381 std_dev=0.825
P A 0, 0.684, 1.634, 2.584, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.634 std_dev=0.950
P B 0, 0.737, 1.837, 2.937, 2.811 max_d=2.811 avg_d=1.837 std_dev=1.100
OP1 A 0, 0.543, 1.824, 3.106, 3.598 max_d=3.598 avg_d=1.824 std_dev=1.281
OP2 A 0, 0.434, 1.989, 3.543, 3.573 max_d=3.573 avg_d=1.989 std_dev=1.554
OP2 B 0, 1.048, 2.666, 4.285, 4.207 max_d=4.207 avg_d=2.666 std_dev=1.618
OP1 B 0, 1.477, 3.495, 5.512, 4.677 max_d=4.677 avg_d=3.495 std_dev=2.018

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.43 0.34 0.11
C2 0.04 0.00 0.08 0.11 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.03 0.30 0.75 0.42 0.32
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.09 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.17 0.32 0.21 0.15
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.04 0.18 0.06 0.11 0.06 0.16 0.07 0.01 0.01 0.02 0.25 0.25 0.25 0.21
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.24 0.70 0.54 0.23
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.04 0.06 0.03 0.07 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.17 0.15 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.27 0.82 0.72 0.28
C5' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.09 0.13 0.11 0.10 0.09 0.03 0.07 0.04 0.01 0.00 0.17 0.30 0.01
C6 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.30 0.88 0.69 0.33
C8 0.02 0.01 0.08 0.18 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.20 0.04 0.28 0.70 0.85 0.27
N1 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.31 0.84 0.55 0.35
N3 0.04 0.00 0.09 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.12 0.03 0.26 0.67 0.39 0.25
N6 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.31 0.94 0.79 0.36
N7 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.19 0.04 0.28 0.83 0.93 0.29
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.20 0.61 0.57 0.18
O2' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.07 0.06 0.04 0.09 0.10 0.06 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.19 0.19 0.09
O3' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.04 0.06 0.20 0.06 0.12 0.10 0.19 0.08 0.03 0.00 0.01 0.27 0.27 0.38 0.25
O4' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.15 0.36 0.28 0.17
O5' 0.11 0.30 0.17 0.25 0.24 0.01 0.27 0.00 0.30 0.28 0.31 0.26 0.31 0.28 0.20 0.09 0.27 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.43 0.75 0.32 0.25 0.70 0.17 0.82 0.17 0.88 0.70 0.84 0.67 0.94 0.83 0.61 0.19 0.27 0.36 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.42 0.21 0.25 0.54 0.15 0.72 0.30 0.69 0.85 0.55 0.39 0.79 0.93 0.57 0.19 0.38 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.32 0.15 0.21 0.23 0.04 0.28 0.01 0.33 0.27 0.35 0.25 0.36 0.29 0.18 0.09 0.25 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.24 0.17 0.24 0.25 0.54 0.28 0.59 0.32 0.29 0.24 0.24 0.18 0.17 0.26 0.57 0.47 0.41 0.38 0.44
C2 0.18 0.20 0.11 0.13 0.26 0.19 0.24 0.21 0.22 0.18 0.24 0.20 0.18 0.19 0.28 0.24 0.15 0.23 0.43 0.24
C2' 0.39 0.29 0.13 0.13 0.34 0.48 0.38 0.54 0.41 0.35 0.30 0.28 0.17 0.23 0.34 0.60 0.41 0.39 0.45 0.42
C3' 0.43 0.32 0.17 0.17 0.37 0.53 0.44 0.62 0.46 0.39 0.32 0.30 0.21 0.18 0.37 0.64 0.48 0.49 0.55 0.51
C4 0.27 0.20 0.12 0.16 0.23 0.32 0.23 0.34 0.24 0.21 0.22 0.20 0.12 0.17 0.25 0.37 0.28 0.22 0.38 0.30
C4' 0.40 0.25 0.17 0.22 0.27 0.60 0.33 0.70 0.38 0.32 0.25 0.25 0.20 0.05 0.27 0.64 0.54 0.54 0.47 0.52
C5 0.24 0.19 0.14 0.17 0.23 0.29 0.22 0.31 0.22 0.19 0.23 0.20 0.15 0.19 0.27 0.32 0.25 0.21 0.40 0.28
C5' 0.40 0.24 0.18 0.23 0.25 0.59 0.32 0.69 0.37 0.31 0.23 0.24 0.20 0.07 0.25 0.63 0.54 0.54 0.50 0.51
C6 0.20 0.18 0.12 0.15 0.25 0.22 0.22 0.24 0.20 0.17 0.24 0.18 0.15 0.17 0.29 0.26 0.19 0.22 0.44 0.25
C8 0.30 0.20 0.17 0.24 0.22 0.42 0.22 0.46 0.25 0.22 0.22 0.21 0.20 0.24 0.24 0.44 0.37 0.29 0.38 0.36
N1 0.18 0.18 0.11 0.13 0.26 0.20 0.23 0.21 0.20 0.16 0.25 0.18 0.15 0.16 0.30 0.23 0.14 0.25 0.46 0.23
N3 0.24 0.20 0.10 0.12 0.23 0.25 0.24 0.28 0.24 0.21 0.22 0.20 0.14 0.19 0.25 0.34 0.22 0.21 0.39 0.27
N6 0.19 0.17 0.13 0.15 0.25 0.22 0.22 0.23 0.19 0.16 0.23 0.16 0.16 0.18 0.30 0.24 0.17 0.24 0.45 0.24
N7 0.27 0.19 0.17 0.22 0.23 0.35 0.21 0.38 0.22 0.20 0.22 0.20 0.19 0.23 0.26 0.37 0.31 0.23 0.39 0.32
N9 0.31 0.20 0.14 0.21 0.22 0.43 0.23 0.46 0.26 0.23 0.21 0.21 0.15 0.20 0.23 0.46 0.37 0.30 0.37 0.36
O2' 0.49 0.35 0.17 0.19 0.41 0.63 0.47 0.69 0.50 0.44 0.35 0.30 0.21 0.28 0.41 0.74 0.52 0.49 0.45 0.51
O3' 0.52 0.43 0.27 0.26 0.51 0.59 0.59 0.71 0.60 0.51 0.44 0.38 0.30 0.30 0.52 0.73 0.57 0.60 0.67 0.61
O4' 0.39 0.27 0.23 0.31 0.27 0.61 0.29 0.69 0.33 0.30 0.27 0.28 0.25 0.22 0.28 0.61 0.55 0.51 0.43 0.51
O5' 0.42 0.22 0.19 0.26 0.27 0.56 0.36 0.64 0.41 0.34 0.20 0.16 0.19 0.11 0.26 0.62 0.52 0.55 0.42 0.51
OP1 0.61 0.47 0.43 0.48 0.48 0.72 0.55 0.79 0.58 0.55 0.45 0.44 0.43 0.39 0.47 0.76 0.68 0.68 0.57 0.65
OP2 0.29 0.47 0.39 0.24 0.41 0.30 0.28 0.39 0.25 0.32 0.50 0.59 0.46 0.19 0.45 0.32 0.30 0.38 0.38 0.31
P 0.39 0.18 0.24 0.31 0.21 0.56 0.31 0.65 0.36 0.30 0.15 0.13 0.25 0.23 0.19 0.59 0.54 0.55 0.45 0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.29 0.46 0.25
C2 0.03 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03 0.02 0.08 0.49 0.44 0.35
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.13 0.00 0.01 0.09 0.00 0.02 0.18 0.29 0.15
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.12 0.14 0.01 0.00 0.11 0.00 0.08 0.16 0.19 0.11
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.01 0.09 0.67 0.35 0.39
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.08 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.31 0.09
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.11 0.68 0.34 0.38
C5' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.07 0.09 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.16 0.19 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.10 0.57 0.40 0.36
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.46 0.44 0.33
N3 0.03 0.00 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.13 0.03 0.02 0.09 0.59 0.40 0.38
O2 0.05 0.01 0.13 0.14 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.15 0.03 0.04 0.09 0.43 0.46 0.34
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.15 0.34 0.14
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.11 0.02 0.04 0.00 0.04 0.04 0.13 0.15 0.02 0.00 0.14 0.02 0.15 0.33 0.23 0.18
O4 0.03 0.03 0.09 0.11 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.14 0.00 0.01 0.10 0.72 0.33 0.40
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.09 0.26 0.53 0.26
O5' 0.05 0.08 0.02 0.08 0.09 0.01 0.11 0.01 0.10 0.05 0.09 0.09 0.06 0.15 0.10 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.29 0.49 0.18 0.16 0.67 0.03 0.68 0.16 0.57 0.46 0.59 0.43 0.15 0.33 0.72 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.44 0.29 0.19 0.35 0.31 0.34 0.19 0.40 0.44 0.40 0.46 0.34 0.23 0.33 0.53 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.35 0.15 0.11 0.39 0.09 0.38 0.01 0.36 0.33 0.38 0.34 0.14 0.18 0.40 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00