ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53531

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.014, 0.034, 0.055, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.020, 0.049, 0.077, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.049 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.028, 0.069, 0.110, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.069 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.030, 0.071, 0.112, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.071 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.038, 0.091, 0.143, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.091 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.061, 0.157, 0.254, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.157 std_dev=0.097
N1 B 0, 0.041, 0.149, 0.256, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.149 std_dev=0.108
C2' A 0, 0.072, 0.182, 0.293, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.182 std_dev=0.110
C1' B 0, 0.012, 0.147, 0.282, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.147 std_dev=0.135
C3' A 0, 0.117, 0.281, 0.445, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.281 std_dev=0.164
C2 B 0, 0.027, 0.193, 0.358, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.193 std_dev=0.166
O2' A 0, 0.128, 0.306, 0.485, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.306 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.141, 0.334, 0.526, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.334 std_dev=0.193
O2 B 0, -0.019, 0.175, 0.370, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.175 std_dev=0.194
C2' B 0, 0.097, 0.297, 0.497, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.297 std_dev=0.200
O2' B 0, 0.141, 0.348, 0.554, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.348 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.116, 0.325, 0.534, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.325 std_dev=0.209
C5 B 0, 0.176, 0.455, 0.734, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.455 std_dev=0.279
N3 B 0, 0.091, 0.383, 0.675, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.383 std_dev=0.292
O3' A 0, 0.210, 0.504, 0.797, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.504 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.172, 0.496, 0.821, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.496 std_dev=0.324
O4' B 0, -0.051, 0.281, 0.612, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.281 std_dev=0.331
O5' A 0, 0.285, 0.682, 1.079, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.682 std_dev=0.397
C3' B 0, 0.056, 0.457, 0.858, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.457 std_dev=0.401
O4 B 0, 0.168, 0.632, 1.097, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.632 std_dev=0.464
C4' B 0, -0.009, 0.458, 0.926, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.458 std_dev=0.468
O3' B 0, 0.133, 0.601, 1.069, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.601 std_dev=0.468
P A 0, 0.508, 1.204, 1.900, 1.634 max_d=1.634 avg_d=1.204 std_dev=0.696
C5' B 0, -0.090, 0.624, 1.338, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.624 std_dev=0.714
OP1 A 0, 0.615, 1.493, 2.370, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.493 std_dev=0.878
OP2 A 0, 0.584, 1.487, 2.390, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.487 std_dev=0.903
O5' B 0, 0.283, 1.216, 2.150, 2.625 max_d=2.625 avg_d=1.216 std_dev=0.934
P B 0, 0.788, 2.381, 3.975, 4.488 max_d=4.488 avg_d=2.381 std_dev=1.593
OP2 B 0, 0.915, 2.590, 4.265, 4.679 max_d=4.679 avg_d=2.590 std_dev=1.675
OP1 B 0, 1.025, 3.095, 5.165, 5.833 max_d=5.833 avg_d=3.095 std_dev=2.070

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.03 0.17 0.08
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.13 0.17 0.35 0.19
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.07 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07 0.04
C4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.13 0.16 0.33 0.18
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.16 0.23 0.41 0.23
C5' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.04 0.10 0.11 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.17 0.26 0.44 0.25
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.16 0.20 0.37 0.21
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.15 0.22 0.40 0.22
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.11 0.13 0.30 0.16
N6 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.18 0.30 0.48 0.27
N7 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.18 0.26 0.45 0.25
N9 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.12 0.12 0.28 0.15
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.03 0.02 0.05 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.15 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.13 0.07
O5' 0.06 0.13 0.03 0.04 0.13 0.00 0.16 0.01 0.17 0.16 0.15 0.11 0.18 0.18 0.12 0.02 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.17 0.06 0.08 0.16 0.09 0.23 0.11 0.26 0.20 0.22 0.13 0.30 0.26 0.12 0.07 0.12 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.35 0.07 0.07 0.33 0.03 0.41 0.02 0.44 0.37 0.40 0.30 0.48 0.45 0.28 0.05 0.15 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.19 0.03 0.04 0.18 0.02 0.23 0.01 0.25 0.21 0.22 0.16 0.27 0.25 0.15 0.02 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.03 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.10 0.05 0.04 0.04 0.01 0.05 0.15 0.06 0.09 0.06 0.05 0.09 0.11
C2 0.03 0.06 0.14 0.11 0.06 0.06 0.03 0.07 0.01 0.01 0.08 0.10 0.12 0.18 0.08 0.10 0.08 0.17 0.16 0.20
C2' 0.09 0.04 0.04 0.09 0.07 0.15 0.09 0.19 0.09 0.07 0.04 0.03 0.03 0.07 0.07 0.13 0.17 0.17 0.20 0.20
C3' 0.10 0.05 0.05 0.10 0.08 0.18 0.10 0.24 0.11 0.09 0.05 0.03 0.03 0.08 0.08 0.16 0.21 0.23 0.25 0.24
C4 0.05 0.04 0.11 0.09 0.04 0.10 0.02 0.12 0.03 0.02 0.05 0.07 0.11 0.17 0.05 0.13 0.08 0.14 0.16 0.20
C4' 0.05 0.02 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.11 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.12 0.06 0.08 0.09 0.04 0.11 0.09
C5 0.05 0.06 0.12 0.09 0.06 0.11 0.01 0.15 0.02 0.02 0.08 0.10 0.12 0.18 0.08 0.15 0.11 0.19 0.20 0.25
C5' 0.07 0.04 0.04 0.06 0.06 0.10 0.06 0.14 0.06 0.06 0.05 0.02 0.03 0.12 0.07 0.12 0.11 0.07 0.13 0.12
C6 0.04 0.08 0.14 0.10 0.09 0.10 0.03 0.13 0.00 0.01 0.12 0.13 0.13 0.18 0.12 0.14 0.11 0.22 0.22 0.27
C8 0.07 0.04 0.09 0.08 0.04 0.13 0.03 0.17 0.05 0.03 0.05 0.07 0.09 0.16 0.05 0.15 0.12 0.16 0.18 0.22
N1 0.03 0.09 0.14 0.11 0.09 0.08 0.04 0.10 0.01 0.02 0.12 0.13 0.13 0.18 0.12 0.12 0.10 0.21 0.21 0.25
N3 0.04 0.03 0.12 0.10 0.03 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.06 0.12 0.18 0.04 0.10 0.06 0.13 0.13 0.17
N6 0.04 0.10 0.14 0.10 0.11 0.11 0.05 0.15 0.01 0.02 0.14 0.14 0.13 0.18 0.16 0.15 0.12 0.25 0.26 0.30
N7 0.06 0.05 0.11 0.09 0.05 0.13 0.02 0.18 0.04 0.03 0.08 0.09 0.11 0.17 0.07 0.16 0.13 0.20 0.21 0.26
N9 0.06 0.03 0.09 0.08 0.04 0.10 0.04 0.13 0.05 0.04 0.04 0.05 0.09 0.16 0.04 0.13 0.09 0.12 0.15 0.18
O2' 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.07 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.12 0.08
O3' 0.10 0.06 0.08 0.14 0.09 0.19 0.12 0.26 0.12 0.10 0.07 0.04 0.03 0.13 0.10 0.15 0.26 0.31 0.30 0.29
O4' 0.05 0.04 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.17 0.07 0.07 0.04 0.05 0.06 0.08
O5' 0.15 0.10 0.04 0.06 0.11 0.19 0.13 0.24 0.14 0.13 0.10 0.08 0.04 0.07 0.11 0.22 0.20 0.17 0.22 0.22
OP1 0.16 0.12 0.03 0.02 0.13 0.17 0.14 0.23 0.15 0.14 0.12 0.10 0.03 0.12 0.13 0.24 0.19 0.16 0.20 0.19
OP2 0.29 0.26 0.16 0.16 0.27 0.28 0.29 0.32 0.29 0.28 0.26 0.24 0.13 0.07 0.27 0.34 0.29 0.25 0.31 0.30
P 0.18 0.14 0.07 0.08 0.15 0.20 0.16 0.25 0.17 0.16 0.14 0.11 0.06 0.10 0.15 0.25 0.21 0.18 0.23 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.11 0.10 0.13
C2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.15 0.10 0.13
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.07 0.01 0.03 0.11 0.06 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.17 0.14 0.09
C4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.10 0.16 0.11 0.11
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.06
C5 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.10 0.15 0.11 0.11
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.10 0.14 0.08 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.09 0.12
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.09 0.16 0.10 0.11
O2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.10 0.17 0.12 0.16
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.06 0.05 0.06
O3' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.05 0.01 0.02 0.07 0.03 0.00 0.09 0.00 0.15 0.27 0.24 0.18
O4 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.00 0.03 0.09 0.16 0.11 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.17 0.17 0.20
O5' 0.06 0.09 0.03 0.09 0.10 0.01 0.10 0.01 0.10 0.09 0.09 0.10 0.01 0.15 0.09 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.11 0.15 0.11 0.17 0.16 0.05 0.15 0.04 0.14 0.13 0.16 0.17 0.06 0.27 0.16 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.10 0.06 0.14 0.11 0.05 0.11 0.02 0.08 0.09 0.10 0.12 0.05 0.24 0.11 0.17 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.13 0.01 0.09 0.11 0.06 0.11 0.02 0.10 0.12 0.11 0.16 0.06 0.18 0.11 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00