ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53533

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C2' A 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C1' B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
O4' B 0, 0.000, 0.309, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.309 std_dev=0.309
C4' A 0, 0.000, 0.309, 0.619, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.309 std_dev=0.309
C2' B 0, 0.000, 0.334, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.334 std_dev=0.334
N1 B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C6 B 0, 0.000, 0.350, 0.700, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.350 std_dev=0.350
P A 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C3' A 0, 0.000, 0.369, 0.739, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.369 std_dev=0.369
O2' B 0, 0.000, 0.377, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C5 B 0, 0.000, 0.423, 0.846, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.423 std_dev=0.423
C4' B 0, 0.000, 0.440, 0.881, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.440 std_dev=0.440
C3' B 0, 0.000, 0.457, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.457 std_dev=0.457
C2 B 0, 0.000, 0.458, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.458 std_dev=0.458
C4 B 0, 0.000, 0.475, 0.951, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.475 std_dev=0.475
O2' A 0, 0.000, 0.511, 1.023, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.511 std_dev=0.511
N3 B 0, 0.000, 0.512, 1.023, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.512 std_dev=0.512
O4 B 0, 0.000, 0.548, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.548 std_dev=0.548
O2 B 0, 0.000, 0.552, 1.104, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.552 std_dev=0.552
O3' B 0, 0.000, 0.566, 1.132, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.566 std_dev=0.566
O3' A 0, 0.000, 0.585, 1.169, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.585 std_dev=0.585
O5' A 0, 0.000, 0.589, 1.179, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.589 std_dev=0.589
C5' A 0, 0.000, 0.678, 1.357, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.678 std_dev=0.678
C5' B 0, 0.000, 0.679, 1.359, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.679 std_dev=0.679
O5' B 0, 0.000, 0.764, 1.528, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.764 std_dev=0.764
OP2 A 0, 0.000, 1.016, 2.032, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.016 std_dev=1.016
P B 0, 0.000, 1.069, 2.137, 2.137 max_d=2.137 avg_d=1.069 std_dev=1.069
OP1 B 0, 0.000, 1.143, 2.285, 2.285 max_d=2.285 avg_d=1.143 std_dev=1.143
OP2 B 0, 0.000, 1.193, 2.386, 2.386 max_d=2.386 avg_d=1.193 std_dev=1.193
OP1 A 0, 0.000, 1.483, 2.966, 2.966 max_d=2.966 avg_d=1.483 std_dev=1.483

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.12 0.73 0.12 0.22
C2 0.02 0.00 0.17 0.11 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.33 0.20 0.02 0.22 0.86 0.37 0.17
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.13 0.02 0.12 0.05 0.14 0.03 0.16 0.16 0.14 0.06 0.07 0.00 0.01 0.01 0.17 0.43 0.16 0.12
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.05 0.05 0.08 0.09 0.11 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.09 0.19 0.02
C4 0.02 0.00 0.13 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.23 0.11 0.01 0.24 0.82 0.35 0.18
C4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.00 0.01 0.12 0.03 0.00 0.02 0.28 0.05 0.14
C5 0.02 0.01 0.12 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.05 0.00 0.30 0.79 0.46 0.14
C5' 0.03 0.09 0.05 0.05 0.08 0.00 0.08 0.00 0.10 0.06 0.10 0.08 0.11 0.07 0.06 0.07 0.00 0.01 0.01 0.15 0.08 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.05 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.09 0.01 0.31 0.81 0.50 0.13
C8 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.32 0.73 0.40 0.14
N1 0.03 0.00 0.16 0.09 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.31 0.15 0.01 0.27 0.85 0.45 0.15
N3 0.03 0.00 0.16 0.11 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.30 0.20 0.01 0.19 0.85 0.30 0.19
N6 0.03 0.01 0.14 0.04 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.26 0.06 0.01 0.33 0.77 0.56 0.10
N7 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.12 0.05 0.01 0.36 0.71 0.51 0.10
N9 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.11 0.03 0.00 0.23 0.79 0.28 0.19
O2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.23 0.12 0.21 0.07 0.26 0.07 0.31 0.30 0.26 0.12 0.11 0.00 0.03 0.07 0.18 0.38 0.16 0.07
O3' 0.06 0.20 0.01 0.01 0.11 0.03 0.05 0.00 0.09 0.07 0.15 0.20 0.06 0.05 0.03 0.03 0.00 0.05 0.15 0.09 0.16 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.72 0.00 0.26
O5' 0.12 0.22 0.17 0.21 0.24 0.02 0.30 0.01 0.31 0.32 0.27 0.19 0.33 0.36 0.23 0.18 0.15 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.73 0.86 0.43 0.09 0.82 0.28 0.79 0.15 0.81 0.73 0.85 0.85 0.77 0.71 0.79 0.38 0.09 0.72 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.12 0.37 0.16 0.19 0.35 0.05 0.46 0.08 0.50 0.40 0.45 0.30 0.56 0.51 0.28 0.16 0.16 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.22 0.17 0.12 0.02 0.18 0.14 0.14 0.01 0.13 0.14 0.15 0.19 0.10 0.10 0.19 0.07 0.07 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.00 0.05 0.14 0.01 0.21 0.00 0.26 0.02 0.02 0.01 0.03 0.14 0.30 0.01 0.13 0.25 0.22 0.10 0.25
C2 0.08 0.14 0.21 0.12 0.13 0.01 0.12 0.00 0.11 0.12 0.14 0.17 0.06 0.01 0.13 0.02 0.04 0.11 0.20 0.06
C2' 0.08 0.14 0.17 0.08 0.13 0.16 0.10 0.25 0.08 0.10 0.14 0.19 0.33 0.27 0.13 0.04 0.21 0.25 0.12 0.26
C3' 0.15 0.18 0.22 0.00 0.18 0.04 0.17 0.13 0.16 0.16 0.18 0.20 0.37 0.19 0.17 0.07 0.10 0.17 0.04 0.17
C4 0.02 0.08 0.14 0.01 0.08 0.13 0.06 0.14 0.04 0.05 0.09 0.12 0.11 0.17 0.08 0.07 0.11 0.06 0.05 0.10
C4' 0.01 0.04 0.06 0.15 0.05 0.16 0.04 0.24 0.04 0.03 0.04 0.06 0.19 0.33 0.05 0.06 0.25 0.28 0.15 0.29
C5 0.04 0.13 0.16 0.01 0.11 0.12 0.08 0.14 0.06 0.08 0.14 0.18 0.11 0.15 0.12 0.05 0.08 0.06 0.07 0.09
C5' 0.09 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11 0.11 0.20 0.11 0.10 0.12 0.13 0.23 0.34 0.11 0.02 0.20 0.28 0.13 0.26
C6 0.08 0.18 0.19 0.07 0.16 0.06 0.12 0.07 0.10 0.12 0.19 0.23 0.09 0.08 0.16 0.01 0.00 0.03 0.15 0.00
C8 0.01 0.08 0.11 0.08 0.07 0.19 0.03 0.24 0.02 0.03 0.09 0.12 0.13 0.26 0.07 0.11 0.19 0.19 0.05 0.21
N1 0.10 0.19 0.21 0.12 0.17 0.01 0.14 0.01 0.12 0.14 0.19 0.24 0.06 0.02 0.17 0.02 0.05 0.10 0.21 0.07
N3 0.02 0.07 0.16 0.04 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.04 0.05 0.02 0.11 0.03
N6 0.09 0.21 0.20 0.08 0.18 0.06 0.13 0.07 0.11 0.14 0.22 0.27 0.09 0.08 0.19 0.00 0.02 0.04 0.16 0.02
N7 0.02 0.12 0.14 0.04 0.10 0.16 0.06 0.20 0.04 0.06 0.13 0.17 0.12 0.21 0.11 0.08 0.14 0.14 0.00 0.16
N9 0.02 0.05 0.10 0.08 0.04 0.19 0.02 0.22 0.01 0.01 0.05 0.08 0.13 0.25 0.05 0.11 0.19 0.16 0.04 0.20
O2' 0.22 0.27 0.28 0.00 0.25 0.07 0.22 0.20 0.21 0.23 0.27 0.31 0.50 0.22 0.25 0.08 0.17 0.24 0.07 0.22
O3' 0.27 0.28 0.34 0.14 0.29 0.10 0.28 0.01 0.27 0.28 0.29 0.30 0.51 0.01 0.28 0.19 0.01 0.08 0.04 0.08
O4' 0.06 0.03 0.01 0.18 0.01 0.21 0.01 0.26 0.02 0.03 0.02 0.01 0.09 0.35 0.01 0.12 0.28 0.26 0.13 0.28
O5' 0.13 0.12 0.02 0.18 0.10 0.23 0.09 0.27 0.10 0.11 0.11 0.11 0.06 0.31 0.10 0.18 0.28 0.26 0.16 0.30
OP1 0.66 0.83 0.81 0.53 0.81 0.37 0.73 0.22 0.69 0.73 0.85 0.89 0.89 0.37 0.84 0.48 0.25 0.14 0.43 0.19
OP2 0.21 0.22 0.08 0.21 0.21 0.28 0.19 0.31 0.19 0.20 0.22 0.21 0.03 0.32 0.22 0.25 0.31 0.26 0.17 0.32
P 0.17 0.23 0.27 0.06 0.23 0.01 0.21 0.09 0.20 0.20 0.24 0.26 0.34 0.10 0.23 0.08 0.08 0.12 0.05 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01
C2 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.03 0.00 0.02 0.06 0.13 0.14 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.00 0.02 0.06
C3' 0.03 0.07 0.00 0.00 0.16 0.00 0.18 0.02 0.17 0.10 0.11 0.03 0.01 0.00 0.16 0.02 0.11 0.03 0.11 0.02
C4 0.02 0.01 0.00 0.16 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.17 0.00 0.06 0.20 0.26 0.25 0.25
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.13 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.07 0.00
C5 0.03 0.00 0.01 0.18 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.21 0.00 0.07 0.25 0.28 0.24 0.26
C5' 0.01 0.04 0.03 0.02 0.15 0.00 0.18 0.00 0.15 0.06 0.09 0.01 0.03 0.03 0.17 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.17 0.00 0.13 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.18 0.00 0.07 0.20 0.22 0.16 0.18
N1 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.03 0.08 0.13 0.11 0.08
N3 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.09 0.00 0.04 0.12 0.19 0.20 0.17
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.04 0.01 0.02 0.02 0.09 0.12 0.06
O2' 0.03 0.15 0.00 0.01 0.10 0.04 0.04 0.03 0.02 0.07 0.14 0.19 0.00 0.08 0.11 0.03 0.06 0.06 0.06 0.02
O3' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.17 0.01 0.21 0.03 0.18 0.08 0.09 0.04 0.08 0.00 0.19 0.01 0.06 0.13 0.24 0.07
O4 0.02 0.00 0.01 0.16 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.19 0.00 0.06 0.22 0.30 0.29 0.28
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01
O5' 0.00 0.06 0.12 0.11 0.20 0.01 0.25 0.01 0.20 0.08 0.12 0.02 0.06 0.06 0.22 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.05 0.13 0.00 0.03 0.26 0.07 0.28 0.07 0.22 0.13 0.19 0.09 0.06 0.13 0.30 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00
OP2 0.04 0.14 0.02 0.11 0.25 0.07 0.24 0.05 0.16 0.11 0.20 0.12 0.06 0.24 0.29 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00
P 0.01 0.10 0.06 0.02 0.25 0.00 0.26 0.01 0.18 0.08 0.17 0.06 0.02 0.07 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00