ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53534

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O2 B 0, 0.000, 0.089, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.089 std_dev=0.089
O4' A 0, 0.000, 0.096, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C2' A 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O2' B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
OP1 B 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O4' B 0, 0.000, 0.142, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C4' B 0, 0.000, 0.142, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C1' B 0, 0.000, 0.144, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C2 B 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
O3' B 0, 0.000, 0.149, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.149 std_dev=0.149
C2' B 0, 0.000, 0.155, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C3' B 0, 0.000, 0.156, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C5' B 0, 0.000, 0.159, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.159 std_dev=0.159
C3' A 0, 0.000, 0.159, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.159 std_dev=0.159
N1 B 0, 0.000, 0.183, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.183 std_dev=0.183
N3 B 0, 0.000, 0.190, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.190 std_dev=0.190
P B 0, 0.000, 0.193, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.193 std_dev=0.193
O5' B 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
O3' A 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
OP2 B 0, 0.000, 0.236, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.236
O5' A 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C5' A 0, 0.000, 0.253, 0.505, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.253 std_dev=0.253
C6 B 0, 0.000, 0.254, 0.507, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C4 B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
O4 B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C5 B 0, 0.000, 0.293, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.293 std_dev=0.293
OP1 A 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
P A 0, 0.000, 0.318, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.318 std_dev=0.318
OP2 A 0, 0.000, 0.404, 0.807, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.404 std_dev=0.404

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C2 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
O5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.03
C2 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01
C2' 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.03 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.03 0.10 0.10 0.03 0.02 0.02 0.02
C3' 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.06 0.10 0.10 0.09 0.08 0.07 0.03 0.10 0.11 0.06 0.02 0.05 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03
C4' 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.06 0.04 0.03 0.03 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02
C5 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04
C5' 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.04 0.01 0.03 0.03
C6 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.07 0.05 0.05
N1 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02
N3 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02
N6 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06 0.03 0.04 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04
N7 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.06 0.07 0.05 0.05
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.04
O2' 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.03 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.05 0.10 0.10 0.03 0.04 0.01 0.00
O3' 0.12 0.12 0.11 0.11 0.14 0.12 0.14 0.10 0.14 0.13 0.12 0.10 0.09 0.06 0.14 0.14 0.10 0.05 0.08 0.08
O4' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02
O5' 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03
OP1 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
OP2 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05
P 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.08 0.10 0.10
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.08 0.09 0.09
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.05 0.05 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.06 0.08 0.08
O2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02
O4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.10 0.12 0.11
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
O5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.01 0.03 0.04 0.05 0.08 0.03 0.08 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.06 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.05 0.01 0.02 0.10 0.02 0.09 0.01 0.05 0.03 0.08 0.04 0.02 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.05 0.01 0.02 0.10 0.02 0.09 0.01 0.06 0.04 0.08 0.04 0.02 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00