ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53536

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2' B 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.000, 0.077, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.000, 0.118, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
N1 B 0, 0.000, 0.185, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C3' A 0, 0.000, 0.229, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.229 std_dev=0.229
C4' A 0, 0.000, 0.231, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.231 std_dev=0.231
O3' A 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C2 B 0, 0.000, 0.320, 0.640, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.320 std_dev=0.320
C2' B 0, 0.000, 0.329, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.329 std_dev=0.329
C4 B 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C5' A 0, 0.000, 0.367, 0.734, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.367 std_dev=0.367
C5 B 0, 0.000, 0.412, 0.825, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C1' B 0, 0.000, 0.423, 0.847, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.423 std_dev=0.423
OP1 A 0, 0.000, 0.432, 0.864, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C6 B 0, 0.000, 0.490, 0.981, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.490 std_dev=0.490
N3 B 0, 0.000, 0.493, 0.985, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.493 std_dev=0.493
O4 B 0, 0.000, 0.583, 1.166, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.583 std_dev=0.583
O2 B 0, 0.000, 0.617, 1.235, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.617 std_dev=0.617
O5' A 0, 0.000, 0.897, 1.795, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.897 std_dev=0.897
C3' B 0, 0.000, 0.996, 1.992, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.996 std_dev=0.996
O4' B 0, 0.000, 1.053, 2.106, 2.106 max_d=2.106 avg_d=1.053 std_dev=1.053
P A 0, 0.000, 1.167, 2.334, 2.334 max_d=2.334 avg_d=1.167 std_dev=1.167
O3' B 0, 0.000, 1.214, 2.428, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.214 std_dev=1.214
C4' B 0, 0.000, 1.261, 2.522, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.261 std_dev=1.261
OP2 B 0, 0.000, 1.503, 3.007, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.503 std_dev=1.503
C5' B 0, 0.000, 1.906, 3.812, 3.812 max_d=3.812 avg_d=1.906 std_dev=1.906
O5' B 0, 0.000, 1.947, 3.893, 3.893 max_d=3.893 avg_d=1.947 std_dev=1.947
P B 0, 0.000, 2.498, 4.995, 4.995 max_d=4.995 avg_d=2.498 std_dev=2.498
OP2 A 0, 0.000, 2.520, 5.040, 5.040 max_d=5.040 avg_d=2.520 std_dev=2.520
OP1 B 0, 0.000, 3.387, 6.773, 6.773 max_d=6.773 avg_d=3.387 std_dev=3.387

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.01 0.35 0.21
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.36 0.06 0.85 0.46
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.12 0.39 0.22
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.31 0.20 0.40 0.23
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.39 0.05 0.84 0.46
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.49 0.04 1.12 0.59
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.12 0.09 0.06 0.11 0.12 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.49 0.05 1.20 0.63
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.51 0.02 1.00 0.54
N1 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.43 0.06 1.05 0.56
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.31 0.06 0.70 0.39
N6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.54 0.04 1.37 0.70
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.56 0.03 1.26 0.66
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.37 0.03 0.71 0.40
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.08 0.09 0.04
O3' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.10 0.07 0.10 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.21 0.27 0.25 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.07
O5' 0.20 0.36 0.26 0.31 0.39 0.00 0.49 0.00 0.49 0.51 0.43 0.31 0.54 0.56 0.37 0.07 0.21 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.06 0.12 0.20 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.08 0.27 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.35 0.85 0.39 0.40 0.84 0.02 1.12 0.01 1.20 1.00 1.05 0.70 1.37 1.26 0.71 0.09 0.25 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.46 0.22 0.23 0.46 0.02 0.59 0.01 0.63 0.54 0.56 0.39 0.70 0.66 0.40 0.04 0.11 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.08 0.06 0.04 0.06 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.09 0.12 0.03 0.09 0.07 0.10 0.05 0.28 0.05 0.06
C2 0.13 0.06 0.15 0.24 0.14 0.04 0.08 0.00 0.02 0.01 0.14 0.03 0.03 0.35 0.18 0.19 0.12 0.33 0.05 0.14
C2' 0.03 0.18 0.05 0.11 0.12 0.23 0.03 0.30 0.00 0.07 0.18 0.27 0.10 0.15 0.13 0.12 0.24 0.58 0.04 0.28
C3' 0.04 0.21 0.04 0.14 0.14 0.25 0.04 0.36 0.01 0.09 0.21 0.30 0.10 0.19 0.16 0.13 0.30 0.74 0.06 0.36
C4 0.13 0.07 0.10 0.11 0.10 0.14 0.02 0.14 0.03 0.03 0.13 0.11 0.03 0.22 0.14 0.24 0.03 0.03 0.00 0.03
C4' 0.02 0.11 0.02 0.07 0.06 0.12 0.00 0.17 0.01 0.04 0.11 0.17 0.05 0.09 0.07 0.05 0.15 0.59 0.02 0.19
C5 0.16 0.10 0.09 0.10 0.13 0.21 0.03 0.21 0.05 0.03 0.17 0.14 0.03 0.21 0.19 0.31 0.08 0.06 0.05 0.09
C5' 0.03 0.14 0.05 0.04 0.10 0.13 0.03 0.19 0.01 0.06 0.15 0.20 0.06 0.06 0.11 0.07 0.15 0.61 0.02 0.20
C6 0.17 0.10 0.12 0.14 0.17 0.18 0.06 0.18 0.03 0.03 0.20 0.14 0.03 0.27 0.23 0.32 0.04 0.10 0.04 0.04
C8 0.13 0.09 0.05 0.01 0.09 0.24 0.01 0.28 0.07 0.03 0.14 0.16 0.01 0.10 0.13 0.29 0.17 0.34 0.07 0.20
N1 0.16 0.08 0.14 0.20 0.17 0.11 0.08 0.08 0.00 0.02 0.18 0.08 0.03 0.33 0.23 0.26 0.06 0.28 0.01 0.07
N3 0.11 0.05 0.13 0.20 0.10 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.03 0.31 0.12 0.16 0.09 0.18 0.06 0.10
N6 0.18 0.12 0.12 0.13 0.20 0.21 0.07 0.22 0.04 0.03 0.23 0.16 0.02 0.26 0.28 0.35 0.07 0.08 0.06 0.07
N7 0.16 0.10 0.07 0.04 0.12 0.26 0.00 0.30 0.07 0.04 0.17 0.17 0.02 0.14 0.18 0.34 0.17 0.25 0.08 0.19
N9 0.10 0.08 0.06 0.05 0.08 0.17 0.00 0.18 0.05 0.02 0.11 0.13 0.01 0.13 0.11 0.22 0.09 0.23 0.01 0.11
O2' 0.08 0.13 0.01 0.18 0.05 0.16 0.00 0.23 0.01 0.06 0.11 0.19 0.09 0.29 0.05 0.01 0.23 0.64 0.01 0.26
O3' 0.07 0.24 0.01 0.25 0.14 0.32 0.03 0.49 0.00 0.10 0.23 0.34 0.11 0.36 0.16 0.12 0.44 1.02 0.13 0.52
O4' 0.01 0.05 0.06 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03 0.12 0.04 0.02 0.02 0.28 0.12 0.01
O5' 0.22 0.16 0.09 0.05 0.17 0.19 0.19 0.18 0.21 0.20 0.15 0.15 0.13 0.07 0.16 0.27 0.14 0.50 0.04 0.15
OP1 0.08 0.09 0.04 0.02 0.06 0.22 0.03 0.29 0.08 0.02 0.12 0.16 0.02 0.04 0.09 0.22 0.21 0.66 0.05 0.27
OP2 0.45 0.49 0.23 0.06 0.46 0.24 0.43 0.15 0.42 0.45 0.49 0.52 0.29 0.18 0.46 0.44 0.12 0.40 0.08 0.08
P 0.24 0.21 0.11 0.05 0.21 0.18 0.22 0.17 0.23 0.22 0.20 0.20 0.14 0.08 0.20 0.28 0.13 0.50 0.06 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.08 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.40 0.10 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.09 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.61 0.25 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.18 0.00
C5 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.04 0.55 0.22 0.00
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.26 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.05 0.39 0.10 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.31 0.05 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.53 0.19 0.04
O2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.03 0.35 0.07 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.04 0.01
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.08 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.24 0.14 0.05
O4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.69 0.31 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.25 0.03
O5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.12 0.40 0.03 0.08 0.61 0.17 0.55 0.29 0.39 0.31 0.53 0.35 0.09 0.24 0.69 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.10 0.06 0.09 0.25 0.18 0.22 0.26 0.10 0.05 0.19 0.07 0.04 0.14 0.31 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00