ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53537

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4' A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.000, 0.064, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C5' A 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O3' A 0, 0.000, 0.116, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O5' A 0, 0.000, 0.119, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C4 B 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
O4 B 0, 0.000, 0.207, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C2 B 0, 0.000, 0.235, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C5 B 0, 0.000, 0.256, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.256 std_dev=0.255
N3 B 0, 0.000, 0.292, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.292 std_dev=0.292
N1 B 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O2 B 0, 0.000, 0.347, 0.694, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.347 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.000, 0.384, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C1' B 0, 0.000, 0.457, 0.914, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.457 std_dev=0.457
P A 0, 0.000, 0.598, 1.196, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.598 std_dev=0.598
O2' B 0, 0.000, 0.678, 1.356, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.678 std_dev=0.678
C2' B 0, 0.000, 0.740, 1.481, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.740 std_dev=0.740
OP2 A 0, 0.000, 0.748, 1.495, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.748 std_dev=0.748
OP1 A 0, 0.000, 0.765, 1.530, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.765 std_dev=0.765
O4' B 0, 0.000, 0.850, 1.701, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.850 std_dev=0.850
C3' B 0, 0.000, 1.150, 2.300, 2.300 max_d=2.300 avg_d=1.150 std_dev=1.150
C4' B 0, 0.000, 1.177, 2.354, 2.354 max_d=2.354 avg_d=1.177 std_dev=1.177
O3' B 0, 0.000, 1.459, 2.918, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.459 std_dev=1.459
C5' B 0, 0.000, 1.568, 3.136, 3.136 max_d=3.136 avg_d=1.568 std_dev=1.568
O5' B 0, 0.000, 1.624, 3.247, 3.247 max_d=3.247 avg_d=1.624 std_dev=1.624
OP1 B 0, 0.000, 1.742, 3.483, 3.483 max_d=3.483 avg_d=1.742 std_dev=1.742
P B 0, 0.000, 1.749, 3.498, 3.498 max_d=3.498 avg_d=1.749 std_dev=1.749
OP2 B 0, 0.000, 1.894, 3.789, 3.789 max_d=3.789 avg_d=1.894 std_dev=1.894

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.09
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.07 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.14 0.10
C4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.04 0.12 0.10
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.10 0.09
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.17 0.13
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.08
N6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.05 0.12 0.09
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.08 0.17 0.12
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.11 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.18 0.08 0.04
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.32 0.25 0.19
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.12 0.13
O5' 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.02 0.15 0.21 0.01 0.08 0.04 0.03 0.03 0.08 0.00 0.02 0.05 0.08 0.02 0.18 0.32 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.05 0.07 0.14 0.09 0.01 0.12 0.00 0.10 0.17 0.07 0.06 0.12 0.17 0.11 0.08 0.25 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.07 0.03 0.10 0.09 0.01 0.10 0.01 0.09 0.13 0.07 0.08 0.09 0.12 0.11 0.04 0.19 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.06 0.07 0.04 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.01 0.02 0.10 0.13 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.06
C2 0.04 0.09 0.05 0.00 0.08 0.11 0.04 0.13 0.01 0.02 0.10 0.13 0.06 0.01 0.07 0.14 0.11 0.03 0.05 0.02
C2' 0.05 0.01 0.21 0.28 0.03 0.20 0.03 0.18 0.02 0.01 0.01 0.03 0.26 0.40 0.03 0.05 0.18 0.15 0.14 0.12
C3' 0.05 0.02 0.19 0.27 0.02 0.19 0.03 0.18 0.01 0.01 0.00 0.03 0.23 0.39 0.03 0.05 0.18 0.17 0.15 0.14
C4 0.00 0.05 0.03 0.00 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01
C4' 0.03 0.00 0.10 0.11 0.04 0.01 0.07 0.04 0.07 0.04 0.01 0.03 0.13 0.21 0.04 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03
C5 0.00 0.08 0.09 0.04 0.08 0.06 0.05 0.09 0.03 0.04 0.09 0.12 0.10 0.07 0.07 0.09 0.05 0.03 0.01 0.00
C5' 0.04 0.01 0.06 0.07 0.05 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.02 0.01 0.08 0.15 0.04 0.07 0.02 0.00 0.03 0.03
C6 0.01 0.11 0.12 0.06 0.09 0.08 0.04 0.12 0.02 0.04 0.13 0.17 0.13 0.10 0.09 0.14 0.08 0.05 0.03 0.03
C8 0.02 0.05 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03
N1 0.03 0.12 0.11 0.04 0.10 0.11 0.04 0.15 0.01 0.03 0.14 0.19 0.11 0.08 0.09 0.16 0.11 0.05 0.05 0.03
N3 0.02 0.04 0.00 0.04 0.05 0.09 0.04 0.09 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.05 0.05 0.08 0.08 0.02 0.03 0.00
N6 0.01 0.12 0.14 0.08 0.10 0.09 0.04 0.14 0.01 0.04 0.14 0.19 0.16 0.14 0.10 0.15 0.09 0.06 0.03 0.04
N7 0.02 0.08 0.09 0.06 0.08 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.09 0.11 0.11 0.08 0.07 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01
N9 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03
O2' 0.01 0.00 0.26 0.35 0.05 0.17 0.07 0.12 0.07 0.02 0.02 0.04 0.33 0.54 0.06 0.05 0.15 0.11 0.11 0.08
O3' 0.08 0.03 0.26 0.37 0.01 0.27 0.02 0.27 0.00 0.03 0.01 0.05 0.30 0.53 0.02 0.08 0.27 0.26 0.24 0.23
O4' 0.07 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.08 0.13 0.09 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.12 0.11 0.09 0.12 0.13
O5' 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.11 0.06 0.00 0.04 0.07 0.02 0.03
OP1 0.07 0.00 0.09 0.17 0.01 0.19 0.05 0.23 0.07 0.05 0.01 0.03 0.07 0.20 0.01 0.14 0.21 0.31 0.20 0.25
OP2 0.00 0.11 0.05 0.05 0.09 0.14 0.03 0.21 0.01 0.04 0.13 0.17 0.07 0.05 0.10 0.12 0.16 0.25 0.14 0.19
P 0.07 0.13 0.07 0.01 0.12 0.03 0.09 0.06 0.08 0.09 0.13 0.15 0.08 0.00 0.12 0.00 0.03 0.12 0.02 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08
C2 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.09 0.05 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.01 0.12
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.09 0.10 0.06 0.08
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.10 0.09 0.06 0.07
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.10
N3 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.13
O2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.00 0.03 0.08 0.08 0.13
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.17 0.06 0.01
O4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.14 0.03 0.13
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.02 0.09
O5' 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.00 0.10 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.06 0.09 0.04 0.09 0.11 0.01 0.10 0.02 0.09 0.08 0.11 0.08 0.05 0.17 0.14 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.04 0.05 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.08 0.04 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.12 0.05 0.02 0.12 0.03 0.08 0.00 0.07 0.10 0.13 0.13 0.03 0.01 0.13 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00