ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53538

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.000, 0.096, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.000, 0.110, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C5' A 0, 0.000, 0.140, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.140 std_dev=0.140
O3' A 0, 0.000, 0.142, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O2' B 0, 0.000, 0.165, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.165 std_dev=0.165
O3' B 0, 0.000, 0.170, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C2' B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
O5' A 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C1' B 0, 0.000, 0.226, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C3' B 0, 0.000, 0.230, 0.460, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.230 std_dev=0.230
OP1 A 0, 0.000, 0.243, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.243 std_dev=0.243
O2 B 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
OP2 A 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
N1 B 0, 0.000, 0.258, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.258 std_dev=0.258
P A 0, 0.000, 0.259, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C2 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C4' B 0, 0.000, 0.273, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.273 std_dev=0.273
O4' B 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
C6 B 0, 0.000, 0.306, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.306 std_dev=0.306
N3 B 0, 0.000, 0.340, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C5' B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C5 B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C4 B 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
O5' B 0, 0.000, 0.391, 0.782, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.391 std_dev=0.391
O4 B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
P B 0, 0.000, 0.498, 0.997, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.498 std_dev=0.498
OP1 B 0, 0.000, 0.531, 1.063, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.531 std_dev=0.531
OP2 B 0, 0.000, 0.546, 1.093, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.546 std_dev=0.546

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.02 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.09 0.03 0.04 0.05
N7 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.03 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
O5' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.05 0.02 0.09 0.10 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.02 0.06 0.06 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04
C2 0.06 0.10 0.04 0.03 0.08 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.10 0.13 0.04 0.02 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06
C2' 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.03 0.05
C3' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06
C4 0.02 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02
C4' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03 0.05
C5 0.03 0.10 0.02 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.04 0.05 0.11 0.12 0.01 0.00 0.11 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04
C5' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03 0.05
C6 0.05 0.12 0.04 0.03 0.13 0.03 0.09 0.04 0.07 0.08 0.14 0.14 0.03 0.02 0.14 0.05 0.06 0.07 0.10 0.07
C8 0.00 0.07 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.08 0.09 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00
N1 0.07 0.13 0.05 0.04 0.13 0.05 0.10 0.06 0.08 0.09 0.15 0.15 0.04 0.03 0.14 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08
N3 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.09 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02
N6 0.06 0.14 0.05 0.04 0.16 0.04 0.12 0.05 0.09 0.09 0.17 0.15 0.03 0.02 0.18 0.05 0.07 0.08 0.12 0.08
N7 0.02 0.09 0.01 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.11 0.11 0.00 0.00 0.10 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02
N9 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03 0.05
O3' 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06
O4' 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.05 0.01 0.03 0.06 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.05 0.03 0.05
O5' 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05
OP1 0.03 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.12 0.02 0.01 0.08 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00
OP2 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.09 0.02 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.03 0.05
P 0.01 0.06 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.10 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04
O2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
O4 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
O5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00