ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53541

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 8, 6, 19, 10, 4, 2, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.015, 0.025, 0.036, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.011, 0.025, 0.040, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.016, 0.034, 0.051, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.034 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.025, 0.046, 0.066, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.046 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.028 std_dev=0.022
P A 0, 0.202, 0.334, 0.466, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.334 std_dev=0.132
O4' A 0, 0.009, 0.176, 0.343, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.176 std_dev=0.167
OP1 A 0, 0.279, 0.451, 0.623, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.451 std_dev=0.172
OP1 B 0, 0.364, 0.560, 0.756, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.560 std_dev=0.196
P B 0, 0.333, 0.533, 0.733, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.533 std_dev=0.200
C2' A 0, -0.017, 0.199, 0.415, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.199 std_dev=0.216
OP2 A 0, 0.503, 0.739, 0.975, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.739 std_dev=0.236
C4' A 0, 0.102, 0.345, 0.588, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.345 std_dev=0.243
C3' A 0, 0.000, 0.263, 0.526, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.263 std_dev=0.263
OP2 B 0, 0.285, 0.567, 0.848, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.567 std_dev=0.281
C5' A 0, 0.396, 0.707, 1.018, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.707 std_dev=0.311
O2' A 0, -0.002, 0.356, 0.714, 2.347 max_d=2.347 avg_d=0.356 std_dev=0.358
O3' A 0, -0.093, 0.292, 0.678, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.292 std_dev=0.386
O5' A 0, 0.288, 0.749, 1.210, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.749 std_dev=0.461
O5' B 0, 0.122, 0.677, 1.233, 3.632 max_d=3.632 avg_d=0.677 std_dev=0.555
C5' B 0, -0.184, 0.761, 1.705, 5.852 max_d=5.852 avg_d=0.761 std_dev=0.945
C4' B 0, -0.520, 0.854, 2.227, 8.302 max_d=8.302 avg_d=0.854 std_dev=1.374
C6 B 0, 1.472, 2.875, 4.278, 10.084 max_d=10.084 avg_d=2.875 std_dev=1.403
C3' B 0, -0.590, 0.934, 2.458, 9.264 max_d=9.264 avg_d=0.934 std_dev=1.524
C5 B 0, 1.484, 3.017, 4.550, 10.933 max_d=10.933 avg_d=3.017 std_dev=1.533
O4' B 0, -0.709, 0.904, 2.517, 9.558 max_d=9.558 avg_d=0.904 std_dev=1.613
C2' B 0, -0.804, 1.047, 2.898, 11.027 max_d=11.027 avg_d=1.047 std_dev=1.851
O3' B 0, -0.884, 0.982, 2.848, 11.241 max_d=11.241 avg_d=0.982 std_dev=1.866
C1' B 0, -0.918, 0.994, 2.905, 11.255 max_d=11.255 avg_d=0.994 std_dev=1.912
N1 B 0, -0.912, 1.053, 3.018, 11.579 max_d=11.579 avg_d=1.053 std_dev=1.965
O2 B 0, 2.679, 4.701, 6.723, 15.258 max_d=15.258 avg_d=4.701 std_dev=2.022
C2 B 0, 0.587, 2.664, 4.741, 13.797 max_d=13.797 avg_d=2.664 std_dev=2.077
N3 B 0, 0.396, 2.611, 4.826, 14.497 max_d=14.497 avg_d=2.611 std_dev=2.215
C4 B 0, -1.067, 1.171, 3.408, 13.192 max_d=13.192 avg_d=1.171 std_dev=2.238
O2' B 0, -1.070, 1.178, 3.427, 13.290 max_d=13.290 avg_d=1.178 std_dev=2.249
N4 B 0, -1.188, 1.230, 3.648, 14.223 max_d=14.223 avg_d=1.230 std_dev=2.418

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.00 0.21 0.02 0.21 0.43 0.09
C2 0.02 0.00 0.15 0.17 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.05 0.37 0.01 0.18 0.41 0.12
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.10 0.04 0.10 0.10 0.20 0.16 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.32 0.03 0.37 0.50 0.29
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.13 0.00 0.14 0.02 0.15 0.08 0.17 0.19 0.16 0.11 0.09 0.01 0.01 0.01 0.20 0.15 0.29 0.40 0.13
C4 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.02 0.39 0.01 0.17 0.41 0.12
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.13 0.02 0.00 0.02 0.07 0.23 0.41 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.14 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.04 0.02 0.46 0.01 0.15 0.39 0.14
C5' 0.05 0.10 0.10 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.14 0.14 0.12 0.10 0.09 0.15 0.09 0.04 0.09 0.02 0.01 0.15 0.24 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.05 0.03 0.47 0.00 0.15 0.37 0.15
C8 0.01 0.01 0.10 0.08 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.06 0.04 0.46 0.02 0.14 0.41 0.13
N1 0.01 0.00 0.10 0.17 0.00 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.06 0.03 0.43 0.01 0.16 0.39 0.13
N2 0.03 0.00 0.20 0.19 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.06 0.34 0.01 0.19 0.42 0.11
N3 0.02 0.00 0.16 0.16 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.34 0.01 0.19 0.42 0.11
N7 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.05 0.03 0.49 0.02 0.14 0.37 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.01 0.36 0.02 0.17 0.42 0.11
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.11 0.13 0.16 0.04 0.17 0.16 0.12 0.09 0.07 0.19 0.10 0.00 0.03 0.10 0.18 0.20 0.31 0.48 0.20
O3' 0.15 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.09 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.06 0.03 0.00 0.11 0.07 0.06 0.26 0.38 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.10 0.11 0.00 0.13 0.03 0.19 0.44 0.09
O5' 0.21 0.37 0.32 0.20 0.39 0.02 0.46 0.01 0.47 0.46 0.43 0.34 0.34 0.49 0.36 0.18 0.07 0.13 0.00 0.51 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.03 0.15 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.06 0.03 0.51 0.00 0.16 0.35 0.17
OP1 0.21 0.18 0.37 0.29 0.17 0.23 0.15 0.24 0.15 0.14 0.16 0.19 0.19 0.14 0.17 0.31 0.26 0.19 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.41 0.50 0.40 0.41 0.41 0.39 0.39 0.37 0.41 0.39 0.42 0.42 0.37 0.42 0.48 0.38 0.44 0.01 0.35 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.12 0.29 0.13 0.12 0.04 0.14 0.02 0.15 0.13 0.13 0.11 0.11 0.14 0.11 0.20 0.04 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.96 0.62 0.98 0.91 0.71 0.90 0.95 0.77 1.03 0.87 0.56 0.65 0.48 1.32 1.06 0.90 0.45 0.08 0.20 0.13
C2 0.47 0.20 0.49 0.54 0.38 0.50 0.66 0.50 0.71 0.44 0.20 0.36 0.24 0.71 0.68 0.46 0.29 0.10 0.17 0.11
C2' 0.99 0.67 1.01 0.90 0.75 0.88 0.96 0.69 1.04 0.90 0.61 0.70 0.54 1.38 1.06 0.91 0.32 0.15 0.39 0.09
C3' 1.05 0.72 1.04 0.90 0.80 0.90 1.01 0.68 1.09 0.95 0.66 0.73 0.60 1.42 1.06 0.97 0.31 0.17 0.43 0.12
C4 0.69 0.33 0.74 0.76 0.47 0.71 0.74 0.63 0.82 0.60 0.30 0.42 0.23 1.02 0.95 0.65 0.37 0.11 0.20 0.12
C4' 1.02 0.68 1.02 0.91 0.76 0.91 0.99 0.73 1.07 0.92 0.62 0.70 0.56 1.39 1.07 0.95 0.38 0.08 0.31 0.08
C5 0.57 0.22 0.65 0.72 0.32 0.63 0.60 0.55 0.69 0.47 0.20 0.27 0.25 0.94 0.96 0.53 0.33 0.13 0.20 0.13
C5' 1.02 0.66 1.05 0.95 0.73 0.93 0.96 0.73 1.06 0.91 0.59 0.66 0.54 1.43 1.14 0.95 0.39 0.13 0.35 0.15
C6 0.38 0.20 0.47 0.58 0.20 0.48 0.46 0.42 0.54 0.30 0.24 0.19 0.39 0.72 0.83 0.35 0.26 0.15 0.19 0.13
C8 0.77 0.38 0.86 0.87 0.46 0.80 0.73 0.67 0.84 0.65 0.31 0.39 0.28 1.20 1.12 0.72 0.40 0.12 0.21 0.13
N1 0.33 0.19 0.39 0.49 0.21 0.40 0.49 0.39 0.55 0.28 0.21 0.20 0.40 0.60 0.69 0.31 0.24 0.14 0.18 0.12
N2 0.38 0.18 0.36 0.39 0.41 0.38 0.68 0.43 0.69 0.40 0.20 0.41 0.25 0.53 0.47 0.38 0.26 0.09 0.15 0.12
N3 0.66 0.35 0.68 0.68 0.52 0.67 0.79 0.63 0.85 0.62 0.33 0.49 0.23 0.93 0.82 0.65 0.37 0.09 0.18 0.13
N7 0.64 0.25 0.74 0.80 0.33 0.70 0.61 0.59 0.72 0.52 0.22 0.27 0.24 1.06 1.07 0.58 0.35 0.14 0.21 0.14
N9 0.81 0.45 0.87 0.85 0.55 0.81 0.81 0.70 0.90 0.72 0.39 0.49 0.32 1.19 1.05 0.77 0.41 0.10 0.20 0.13
O2' 1.29 1.00 1.32 1.17 1.08 1.16 1.26 0.97 1.33 1.21 0.96 1.03 0.88 1.68 1.30 1.20 0.59 0.13 0.17 0.20
O3' 1.26 0.97 1.20 1.02 1.06 1.07 1.26 0.85 1.32 1.18 0.92 1.01 0.83 1.56 1.13 1.19 0.46 0.09 0.30 0.09
O4' 0.97 0.62 0.99 0.91 0.71 0.90 0.95 0.77 1.04 0.87 0.56 0.65 0.49 1.33 1.06 0.91 0.46 0.10 0.19 0.15
O5' 1.22 0.86 1.29 1.20 0.90 1.14 1.13 0.96 1.23 1.10 0.79 0.83 0.76 1.67 1.41 1.13 0.63 0.34 0.27 0.34
O6 0.27 0.33 0.37 0.51 0.20 0.38 0.31 0.32 0.40 0.20 0.39 0.25 0.55 0.60 0.80 0.24 0.21 0.17 0.20 0.16
OP1 1.22 0.81 1.31 1.21 0.82 1.12 1.07 0.89 1.19 1.07 0.70 0.72 0.70 1.72 1.47 1.10 0.55 0.19 0.21 0.19
OP2 1.16 0.76 1.28 1.25 0.78 1.14 1.02 0.94 1.14 1.01 0.66 0.69 0.66 1.66 1.54 1.06 0.69 0.48 0.51 0.49
P 1.13 0.72 1.23 1.17 0.75 1.08 1.00 0.87 1.12 0.99 0.62 0.65 0.61 1.64 1.43 1.03 0.54 0.17 0.16 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.15 0.00 0.15 0.06 0.24 0.15
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.14 0.11 0.17 0.31 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.09 0.08 0.02 0.05 0.04 0.12 0.00 0.02 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.17 0.00 0.25 0.01 0.24 0.10 0.08 0.19 0.14 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.06 0.03 0.47 0.33 0.87 0.55
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.22 0.05 0.08 0.09 0.27 0.13 0.02 0.00 0.01 0.10 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.20 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.08 0.11 0.72 0.60 1.14 0.84
C5' 0.03 0.25 0.09 0.01 0.10 0.01 0.30 0.00 0.33 0.05 0.19 0.12 0.51 0.05 0.09 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.24 0.00 0.22 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.19 0.05 0.14 0.69 0.54 0.97 0.76
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.01 0.32 0.17 0.52 0.34
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.05 0.10 0.21 0.12 0.50 0.23
N4 0.01 0.01 0.04 0.19 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.09 0.03 0.51 0.39 0.99 0.62
O2 0.03 0.01 0.12 0.14 0.01 0.27 0.02 0.51 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.12 0.24 0.28 0.47 0.15 0.31
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.15 0.13 0.20 0.05 0.19 0.09 0.12 0.17 0.14 0.00 0.04 0.10 0.06 0.06 0.10 0.07
O3' 0.15 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.09 0.05 0.05 0.05 0.09 0.12 0.04 0.00 0.11 0.04 0.11 0.07 0.06
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.14 0.01 0.10 0.03 0.24 0.10 0.11 0.00 0.17 0.08 0.22 0.16
O5' 0.15 0.11 0.06 0.04 0.47 0.01 0.72 0.01 0.69 0.32 0.21 0.51 0.28 0.06 0.04 0.17 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.17 0.07 0.06 0.33 0.10 0.60 0.03 0.54 0.17 0.12 0.39 0.47 0.06 0.11 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.31 0.08 0.06 0.87 0.03 1.14 0.01 0.97 0.52 0.50 0.99 0.15 0.10 0.07 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.11 0.06 0.04 0.55 0.03 0.84 0.01 0.76 0.34 0.23 0.62 0.31 0.07 0.06 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00