ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53543

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 4, 12, 14, 3, 8, 8, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.014, 0.025, 0.037, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.019 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.046, 0.102, 0.157, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.102 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.057, 0.115, 0.174, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.115 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.087, 0.163, 0.239, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.163 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.084, 0.172, 0.260, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.172 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.066, 0.157, 0.249, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.157 std_dev=0.092
O3' A 0, 0.113, 0.230, 0.347, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.230 std_dev=0.117
O5' B 0, 0.142, 0.339, 0.536, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.339 std_dev=0.197
C5' A 0, 0.116, 0.322, 0.528, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.322 std_dev=0.206
C4' B 0, 0.122, 0.329, 0.535, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.329 std_dev=0.206
P B 0, 0.170, 0.377, 0.584, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.377 std_dev=0.207
OP1 B 0, 0.203, 0.411, 0.619, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.411 std_dev=0.208
O4' B 0, 0.128, 0.339, 0.550, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.339 std_dev=0.211
O2' B 0, 0.130, 0.343, 0.556, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.343 std_dev=0.213
C5' B 0, 0.139, 0.356, 0.573, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.356 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.129, 0.350, 0.571, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.350 std_dev=0.221
O3' B 0, 0.144, 0.372, 0.600, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.372 std_dev=0.228
OP2 B 0, 0.218, 0.452, 0.685, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.452 std_dev=0.233
C2' B 0, 0.140, 0.373, 0.607, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.373 std_dev=0.233
C3' B 0, 0.139, 0.375, 0.611, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.375 std_dev=0.236
N1 B 0, 0.139, 0.385, 0.632, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.385 std_dev=0.247
C6 B 0, 0.160, 0.419, 0.678, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.419 std_dev=0.259
O2 B 0, 0.142, 0.406, 0.670, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.406 std_dev=0.264
C2 B 0, 0.138, 0.406, 0.675, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.406 std_dev=0.269
C5 B 0, 0.169, 0.459, 0.749, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.459 std_dev=0.290
N3 B 0, 0.145, 0.447, 0.748, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.447 std_dev=0.302
C4 B 0, 0.156, 0.468, 0.779, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.468 std_dev=0.311
N4 B 0, 0.163, 0.513, 0.864, 2.214 max_d=2.214 avg_d=0.513 std_dev=0.351
O5' A 0, 0.126, 0.490, 0.853, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.490 std_dev=0.363
P A 0, 0.097, 0.547, 0.997, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.547 std_dev=0.450
OP2 A 0, 0.180, 0.703, 1.226, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.703 std_dev=0.523
OP1 A 0, 0.147, 0.699, 1.250, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.699 std_dev=0.552

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.25 0.34 0.10
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.19 0.01 0.25 0.49 0.21
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.29 0.30 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.27 0.26 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.22 0.01 0.25 0.49 0.23
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.29 0.20 0.05
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.28 0.01 0.29 0.55 0.30
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.09 0.00 0.12 0.00 0.13 0.11 0.12 0.08 0.08 0.13 0.08 0.03 0.04 0.01 0.01 0.14 0.17 0.17 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.29 0.00 0.30 0.57 0.32
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.30 0.01 0.27 0.52 0.29
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.24 0.00 0.27 0.54 0.27
N2 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.15 0.01 0.26 0.47 0.18
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.16 0.01 0.25 0.45 0.18
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.33 0.01 0.32 0.58 0.34
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.21 0.01 0.24 0.45 0.20
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.36 0.23 0.08
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.07 0.32 0.18 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.02 0.24 0.29 0.09
O5' 0.10 0.19 0.04 0.03 0.22 0.01 0.28 0.01 0.29 0.30 0.24 0.15 0.16 0.33 0.21 0.05 0.07 0.10 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.32 0.00 0.34 0.60 0.36
OP1 0.25 0.25 0.29 0.27 0.25 0.29 0.29 0.17 0.30 0.27 0.27 0.26 0.25 0.32 0.24 0.36 0.32 0.24 0.01 0.34 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.49 0.30 0.26 0.49 0.20 0.55 0.17 0.57 0.52 0.54 0.47 0.45 0.58 0.45 0.23 0.18 0.29 0.01 0.60 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.21 0.07 0.05 0.23 0.05 0.30 0.02 0.32 0.29 0.27 0.18 0.18 0.34 0.20 0.08 0.05 0.09 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.13 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.12 0.14 0.13 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11 0.10
C2 0.12 0.14 0.12 0.11 0.14 0.11 0.14 0.10 0.13 0.13 0.14 0.15 0.15 0.14 0.10 0.12 0.11 0.14 0.12 0.09
C2' 0.10 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.14 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.09
C3' 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.11 0.14 0.13 0.12
C4 0.11 0.13 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.13 0.13 0.14 0.13 0.09 0.11 0.11 0.16 0.13 0.11
C4' 0.11 0.13 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12 0.10
C5 0.11 0.13 0.11 0.09 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.13 0.13 0.15 0.12 0.09 0.11 0.11 0.19 0.17 0.14
C5' 0.15 0.16 0.14 0.13 0.16 0.14 0.17 0.15 0.16 0.15 0.16 0.17 0.16 0.14 0.13 0.16 0.14 0.19 0.15 0.15
C6 0.11 0.13 0.10 0.08 0.12 0.09 0.12 0.09 0.11 0.11 0.13 0.13 0.15 0.12 0.08 0.10 0.10 0.22 0.19 0.16
C8 0.12 0.14 0.12 0.11 0.14 0.11 0.13 0.12 0.12 0.13 0.15 0.14 0.16 0.13 0.11 0.12 0.11 0.18 0.15 0.13
N1 0.12 0.14 0.11 0.09 0.13 0.09 0.13 0.08 0.12 0.12 0.14 0.14 0.15 0.14 0.09 0.11 0.09 0.20 0.16 0.13
N2 0.15 0.16 0.14 0.13 0.17 0.13 0.17 0.13 0.16 0.15 0.17 0.17 0.16 0.16 0.12 0.15 0.14 0.11 0.13 0.09
N3 0.12 0.13 0.11 0.10 0.13 0.11 0.13 0.11 0.12 0.12 0.13 0.14 0.14 0.13 0.10 0.12 0.12 0.13 0.12 0.09
N7 0.12 0.15 0.12 0.11 0.14 0.11 0.13 0.12 0.13 0.13 0.15 0.15 0.16 0.13 0.10 0.12 0.12 0.20 0.18 0.15
N9 0.11 0.13 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.13 0.14 0.13 0.10 0.11 0.11 0.15 0.13 0.11
O2' 0.12 0.14 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.15 0.14 0.12 0.12 0.14 0.11 0.12 0.09
O3' 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.10
O4' 0.12 0.13 0.12 0.11 0.13 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.13 0.15 0.14 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.10
O5' 0.34 0.36 0.33 0.29 0.36 0.29 0.34 0.26 0.34 0.35 0.36 0.36 0.37 0.33 0.27 0.32 0.23 0.26 0.23 0.23
O6 0.11 0.14 0.10 0.09 0.13 0.10 0.13 0.11 0.12 0.12 0.14 0.14 0.15 0.12 0.09 0.11 0.12 0.25 0.21 0.19
OP1 0.32 0.33 0.29 0.28 0.33 0.29 0.33 0.28 0.33 0.32 0.33 0.34 0.33 0.29 0.26 0.32 0.26 0.33 0.29 0.29
OP2 0.53 0.52 0.49 0.50 0.53 0.53 0.54 0.53 0.54 0.53 0.52 0.53 0.51 0.48 0.47 0.55 0.55 0.55 0.52 0.53
P 0.31 0.32 0.29 0.27 0.33 0.29 0.33 0.28 0.32 0.32 0.33 0.33 0.32 0.28 0.25 0.32 0.27 0.30 0.26 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.10 0.11 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.10 0.13 0.11 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.11 0.14 0.11 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.10 0.12 0.11 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.09 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.11 0.10 0.08
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.11 0.15 0.11 0.11
O2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.09 0.11 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.14 0.07
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.11 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.10 0.06
O5' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.08 0.11 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.07 0.04 0.13 0.05 0.14 0.01 0.12 0.09 0.11 0.15 0.09 0.10 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.04 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.14 0.11 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.05 0.03 0.10 0.04 0.11 0.01 0.09 0.07 0.08 0.11 0.06 0.07 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00