ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53544

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 5, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.019, 0.044, 0.068, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.044 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C3' A 0, 0.036, 0.085, 0.133, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.085 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.034, 0.088, 0.142, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.088 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.027, 0.082, 0.136, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.082 std_dev=0.054
O3' A 0, 0.057, 0.137, 0.218, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.137 std_dev=0.081
O5' A 0, 0.033, 0.119, 0.205, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.119 std_dev=0.086
C5' A 0, 0.021, 0.107, 0.193, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.107 std_dev=0.086
P A 0, 0.052, 0.157, 0.261, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.157 std_dev=0.104
OP2 A 0, 0.090, 0.194, 0.299, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.194 std_dev=0.105
OP1 A 0, 0.070, 0.176, 0.283, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.176 std_dev=0.107
OP1 B 0, 0.068, 0.185, 0.302, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.185 std_dev=0.117
P B 0, 0.101, 0.224, 0.346, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.224 std_dev=0.123
O5' B 0, 0.124, 0.255, 0.386, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.255 std_dev=0.131
C5' B 0, 0.056, 0.194, 0.332, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.194 std_dev=0.138
O3' B 0, 0.098, 0.237, 0.377, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.237 std_dev=0.140
OP2 B 0, 0.126, 0.266, 0.406, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.266 std_dev=0.140
C3' B 0, 0.072, 0.221, 0.369, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.221 std_dev=0.148
C4' B 0, 0.044, 0.193, 0.342, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.193 std_dev=0.149
O4' B 0, 0.037, 0.197, 0.357, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.197 std_dev=0.160
C2' B 0, 0.051, 0.219, 0.386, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.219 std_dev=0.168
O2' B 0, 0.052, 0.223, 0.393, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.223 std_dev=0.170
C6 B 0, 0.079, 0.252, 0.425, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.252 std_dev=0.173
C1' B 0, 0.042, 0.216, 0.390, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.216 std_dev=0.174
N1 B 0, 0.071, 0.253, 0.435, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.253 std_dev=0.182
C5 B 0, 0.118, 0.309, 0.501, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.309 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.094, 0.307, 0.519, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.307 std_dev=0.212
C4 B 0, 0.149, 0.369, 0.588, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.369 std_dev=0.219
N3 B 0, 0.137, 0.365, 0.593, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.365 std_dev=0.228
O2 B 0, 0.080, 0.309, 0.537, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.309 std_dev=0.228
N4 B 0, 0.188, 0.437, 0.686, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.437 std_dev=0.249

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.06 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.09 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09
C8 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08
N2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.07 0.01 0.09 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.05 0.05
N7 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.03 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01
O5' 0.01 0.07 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.06 0.08 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.01 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.10 0.00 0.10 0.10 0.11
OP1 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.03 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.03 0.09 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.06 0.09 0.11 0.08
C2 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.08 0.10 0.07
C2' 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.07 0.09 0.12 0.08
C3' 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.08 0.10 0.07
C4 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.05 0.08 0.09 0.07
C4' 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07
C5 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.08 0.08 0.06
C5' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07
C6 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05
C8 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.08 0.09 0.06
N1 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.07 0.07 0.05
N2 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.07 0.08 0.11 0.07
N3 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.08 0.11 0.07
N7 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06
N9 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.08 0.10 0.07
O2' 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.09 0.13 0.09
O3' 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07
O4' 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.10 0.11 0.08
O5' 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.09 0.05 0.06 0.05 0.09 0.09 0.07
O6 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05
OP1 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.09 0.15 0.14 0.12
OP2 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.08 0.04 0.05 0.05 0.09 0.09 0.07
P 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.08 0.04 0.05 0.05 0.10 0.10 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.10 0.12 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.10 0.12 0.09
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.08 0.11 0.08
N4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.12 0.14 0.11
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.05 0.10 0.04 0.10 0.04 0.07 0.06 0.08 0.12 0.05 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.03 0.03 0.12 0.02 0.12 0.01 0.08 0.07 0.11 0.14 0.08 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.02 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.08 0.11 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00