ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53545

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 4, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.035 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.017, 0.045, 0.073, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.045 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.012, 0.050, 0.088, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.050 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.011, 0.058, 0.105, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.058 std_dev=0.047
OP2 B 0, 0.150, 0.319, 0.489, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.319 std_dev=0.169
P B 0, 0.233, 0.438, 0.643, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.438 std_dev=0.205
OP1 B 0, 0.276, 0.515, 0.753, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.515 std_dev=0.239
O4' A 0, -0.080, 0.425, 0.929, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.425 std_dev=0.505
O5' B 0, 0.074, 0.600, 1.126, 2.033 max_d=2.033 avg_d=0.600 std_dev=0.526
O3' A 0, 0.029, 0.576, 1.122, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.576 std_dev=0.547
C2' A 0, -0.143, 0.431, 1.004, 2.043 max_d=2.043 avg_d=0.431 std_dev=0.573
C3' A 0, -0.083, 0.529, 1.142, 2.283 max_d=2.283 avg_d=0.529 std_dev=0.612
C4' A 0, 0.121, 0.773, 1.425, 2.470 max_d=2.470 avg_d=0.773 std_dev=0.652
O2' A 0, -0.037, 0.809, 1.656, 3.202 max_d=3.202 avg_d=0.809 std_dev=0.846
C5' B 0, -0.065, 0.783, 1.631, 3.227 max_d=3.227 avg_d=0.783 std_dev=0.848
C4' B 0, -0.104, 0.938, 1.979, 3.899 max_d=3.899 avg_d=0.938 std_dev=1.042
O4' B 0, -0.069, 0.997, 2.063, 4.006 max_d=4.006 avg_d=0.997 std_dev=1.066
C5' A 0, 0.384, 1.496, 2.607, 4.263 max_d=4.263 avg_d=1.496 std_dev=1.112
O5' A 0, 0.149, 1.299, 2.449, 4.503 max_d=4.503 avg_d=1.299 std_dev=1.150
C1' B 0, -0.099, 1.244, 2.586, 5.066 max_d=5.066 avg_d=1.244 std_dev=1.342
C3' B 0, -0.217, 1.128, 2.472, 5.018 max_d=5.018 avg_d=1.128 std_dev=1.344
C6 B 0, -0.082, 1.277, 2.635, 5.154 max_d=5.154 avg_d=1.277 std_dev=1.358
OP1 A 0, 0.420, 1.861, 3.302, 5.597 max_d=5.597 avg_d=1.861 std_dev=1.441
P A 0, -0.323, 1.133, 2.590, 5.422 max_d=5.422 avg_d=1.133 std_dev=1.456
N1 B 0, -0.131, 1.360, 2.851, 5.647 max_d=5.647 avg_d=1.360 std_dev=1.491
C5 B 0, -0.120, 1.373, 2.866, 5.669 max_d=5.669 avg_d=1.373 std_dev=1.493
O3' B 0, -0.251, 1.243, 2.736, 5.567 max_d=5.567 avg_d=1.243 std_dev=1.493
OP2 A 0, 0.194, 1.712, 3.229, 5.799 max_d=5.799 avg_d=1.712 std_dev=1.518
C2' B 0, -0.187, 1.334, 2.856, 5.715 max_d=5.715 avg_d=1.334 std_dev=1.521
O2' B 0, -0.127, 1.465, 3.057, 5.973 max_d=5.973 avg_d=1.465 std_dev=1.592
C2 B 0, -0.243, 1.572, 3.387, 6.837 max_d=6.837 avg_d=1.572 std_dev=1.815
C4 B 0, -0.243, 1.576, 3.395, 6.863 max_d=6.863 avg_d=1.576 std_dev=1.819
O2 B 0, -0.282, 1.682, 3.646, 7.380 max_d=7.380 avg_d=1.682 std_dev=1.964
N3 B 0, -0.309, 1.676, 3.661, 7.457 max_d=7.457 avg_d=1.676 std_dev=1.985
N4 B 0, -0.311, 1.688, 3.687, 7.511 max_d=7.511 avg_d=1.688 std_dev=1.999

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.19 0.00 0.32 0.02 0.42 0.21 0.26
C2 0.03 0.00 0.35 0.28 0.01 0.16 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.29 0.15 0.26 0.41 0.01 0.42 0.51 0.36
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.18 0.01 0.08 0.14 0.14 0.19 0.26 0.43 0.35 0.11 0.02 0.00 0.03 0.01 0.30 0.10 0.55 0.33 0.30
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.21 0.00 0.19 0.02 0.23 0.09 0.27 0.31 0.26 0.13 0.12 0.01 0.01 0.02 0.26 0.22 0.44 0.28 0.20
C4 0.02 0.01 0.18 0.21 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.08 0.15 0.46 0.01 0.47 0.49 0.39
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.11 0.13 0.20 0.14 0.08 0.04 0.19 0.03 0.00 0.02 0.08 0.24 0.25 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.19 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.07 0.10 0.53 0.01 0.53 0.62 0.47
C5' 0.08 0.22 0.14 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.21 0.25 0.22 0.25 0.18 0.25 0.15 0.08 0.13 0.02 0.01 0.23 0.28 0.38 0.02
C6 0.02 0.00 0.14 0.23 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.15 0.52 0.00 0.51 0.67 0.47
C8 0.01 0.01 0.19 0.09 0.00 0.11 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.05 0.11 0.58 0.01 0.58 0.55 0.51
N1 0.03 0.00 0.26 0.27 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.14 0.22 0.46 0.01 0.46 0.61 0.41
N2 0.04 0.00 0.43 0.31 0.01 0.20 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.18 0.31 0.37 0.01 0.39 0.49 0.33
N3 0.03 0.00 0.35 0.26 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.13 0.25 0.39 0.01 0.42 0.44 0.34
N7 0.01 0.01 0.11 0.13 0.00 0.08 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.04 0.05 0.59 0.01 0.59 0.67 0.54
N9 0.00 0.02 0.02 0.12 0.01 0.04 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.08 0.03 0.47 0.01 0.49 0.41 0.39
O2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.10 0.19 0.13 0.08 0.11 0.30 0.18 0.41 0.28 0.27 0.11 0.00 0.05 0.12 0.31 0.14 0.59 0.37 0.31
O3' 0.19 0.15 0.03 0.01 0.08 0.03 0.07 0.13 0.11 0.05 0.14 0.18 0.13 0.04 0.08 0.05 0.00 0.15 0.24 0.11 0.34 0.29 0.14
O4' 0.00 0.26 0.01 0.02 0.15 0.00 0.10 0.02 0.15 0.11 0.22 0.31 0.25 0.05 0.03 0.12 0.15 0.00 0.33 0.12 0.38 0.26 0.28
O5' 0.32 0.41 0.30 0.26 0.46 0.02 0.53 0.01 0.52 0.58 0.46 0.37 0.39 0.59 0.47 0.31 0.24 0.33 0.00 0.54 0.02 0.00 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.22 0.01 0.08 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.11 0.12 0.54 0.00 0.54 0.74 0.50
OP1 0.42 0.42 0.55 0.44 0.47 0.24 0.53 0.28 0.51 0.58 0.46 0.39 0.42 0.59 0.49 0.59 0.34 0.38 0.02 0.54 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.51 0.33 0.28 0.49 0.25 0.62 0.38 0.67 0.55 0.61 0.49 0.44 0.67 0.41 0.37 0.29 0.26 0.00 0.74 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.36 0.30 0.20 0.39 0.02 0.47 0.02 0.47 0.51 0.41 0.33 0.34 0.54 0.39 0.31 0.14 0.28 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.21 0.52 0.65 0.45 0.64 0.24 0.76 0.23 0.19 0.42 0.74 0.20 0.54 0.74 0.47 0.17 0.08 0.07 0.08
C2 0.20 0.41 0.27 0.37 0.74 0.46 0.60 0.61 0.32 0.26 0.62 0.95 0.34 0.30 0.45 0.30 0.15 0.08 0.08 0.10
C2' 0.26 0.53 0.31 0.37 0.74 0.33 0.51 0.41 0.34 0.36 0.72 0.99 0.53 0.32 0.43 0.23 0.40 0.42 0.42 0.41
C3' 0.25 0.23 0.49 0.59 0.46 0.48 0.28 0.53 0.20 0.15 0.42 0.72 0.22 0.51 0.73 0.28 0.22 0.36 0.35 0.32
C4 0.25 0.30 0.34 0.45 0.58 0.51 0.39 0.65 0.20 0.18 0.50 0.82 0.27 0.37 0.51 0.37 0.15 0.09 0.09 0.10
C4' 0.44 0.10 0.70 0.87 0.39 0.77 0.15 0.87 0.25 0.21 0.35 0.72 0.10 0.74 1.05 0.53 0.21 0.22 0.20 0.17
C5 0.21 0.33 0.25 0.31 0.58 0.41 0.42 0.53 0.23 0.21 0.51 0.79 0.30 0.27 0.35 0.31 0.16 0.14 0.12 0.12
C5' 0.47 0.09 0.73 0.91 0.38 0.83 0.15 0.92 0.25 0.23 0.34 0.71 0.11 0.78 1.11 0.57 0.28 0.26 0.24 0.22
C6 0.18 0.40 0.19 0.21 0.65 0.31 0.53 0.42 0.32 0.28 0.57 0.83 0.35 0.20 0.21 0.24 0.17 0.17 0.15 0.15
C8 0.27 0.25 0.35 0.44 0.47 0.50 0.28 0.62 0.18 0.17 0.43 0.69 0.23 0.38 0.49 0.39 0.15 0.12 0.10 0.11
N1 0.19 0.44 0.19 0.22 0.72 0.32 0.62 0.45 0.38 0.31 0.62 0.90 0.38 0.21 0.25 0.24 0.16 0.14 0.13 0.14
N2 0.20 0.46 0.27 0.40 0.83 0.49 0.74 0.67 0.42 0.32 0.69 1.04 0.38 0.32 0.51 0.29 0.16 0.07 0.07 0.09
N3 0.26 0.33 0.38 0.51 0.65 0.56 0.47 0.70 0.22 0.19 0.55 0.92 0.28 0.41 0.60 0.38 0.16 0.07 0.06 0.08
N7 0.22 0.29 0.26 0.33 0.51 0.41 0.35 0.53 0.19 0.18 0.46 0.72 0.27 0.29 0.35 0.33 0.16 0.15 0.12 0.13
N9 0.30 0.25 0.41 0.53 0.49 0.56 0.29 0.69 0.19 0.17 0.44 0.75 0.23 0.44 0.59 0.41 0.16 0.09 0.08 0.09
O2' 0.39 0.61 0.43 0.46 0.76 0.46 0.53 0.55 0.43 0.45 0.77 0.99 0.63 0.43 0.48 0.38 0.43 0.37 0.36 0.38
O3' 0.51 0.19 0.81 0.91 0.24 0.74 0.28 0.77 0.41 0.36 0.20 0.45 0.18 0.82 1.07 0.52 0.10 0.20 0.20 0.14
O4' 0.56 0.10 0.77 0.94 0.32 0.91 0.15 1.02 0.35 0.32 0.27 0.65 0.11 0.81 1.09 0.69 0.36 0.30 0.29 0.30
O5' 0.25 0.20 0.52 0.64 0.47 0.52 0.26 0.57 0.10 0.07 0.42 0.75 0.18 0.58 0.83 0.30 0.23 0.48 0.43 0.39
O6 0.20 0.43 0.21 0.19 0.65 0.23 0.55 0.32 0.37 0.32 0.58 0.81 0.39 0.19 0.17 0.21 0.20 0.22 0.18 0.19
OP1 0.37 0.28 0.64 0.74 0.48 0.59 0.33 0.61 0.27 0.26 0.44 0.72 0.27 0.70 0.94 0.38 0.27 0.52 0.46 0.44
OP2 0.20 0.30 0.37 0.44 0.52 0.36 0.35 0.39 0.19 0.18 0.47 0.74 0.29 0.41 0.58 0.24 0.42 0.72 0.60 0.58
P 0.24 0.20 0.50 0.60 0.47 0.49 0.26 0.53 0.09 0.06 0.42 0.73 0.19 0.56 0.79 0.28 0.23 0.48 0.41 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.19 0.19 0.14 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.09 0.05 0.39 0.33 0.41 0.34
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.14 0.00 0.04 0.01 0.19 0.23 0.11 0.16
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.09 0.06 0.10 0.10 0.11 0.02 0.00 0.01 0.23 0.30 0.08 0.18
C4 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03 0.60 0.56 0.71 0.58
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.03 0.06 0.01 0.00 0.02 0.14 0.16 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.04 0.65 0.62 0.73 0.64
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.09 0.13 0.05 0.06 0.06 0.01 0.00 0.25 0.28 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.05 0.57 0.52 0.54 0.52
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.40 0.35 0.36 0.34
N3 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.04 0.49 0.43 0.57 0.45
N4 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.04 0.64 0.62 0.82 0.65
O2 0.02 0.00 0.14 0.11 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.12 0.07 0.30 0.26 0.30 0.24
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03 0.06 0.04 0.03 0.10 0.07 0.17 0.00 0.09 0.06 0.09 0.15 0.07 0.09
O3' 0.03 0.09 0.04 0.00 0.10 0.01 0.10 0.06 0.09 0.06 0.11 0.11 0.12 0.09 0.00 0.01 0.18 0.27 0.12 0.15
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06 0.01 0.00 0.15 0.15 0.11 0.08
O5' 0.19 0.39 0.19 0.23 0.60 0.02 0.65 0.00 0.57 0.40 0.49 0.64 0.30 0.09 0.18 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.19 0.33 0.23 0.30 0.56 0.14 0.62 0.25 0.52 0.35 0.43 0.62 0.26 0.15 0.27 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.41 0.11 0.08 0.71 0.16 0.73 0.28 0.54 0.36 0.57 0.82 0.30 0.07 0.12 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.34 0.16 0.18 0.58 0.02 0.64 0.01 0.52 0.34 0.45 0.65 0.24 0.09 0.15 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00