ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53547

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 4, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.029 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.036 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.013, 0.039, 0.064, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.014, 0.048, 0.081, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.048 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.020, 0.116, 0.211, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.116 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.033, 0.134, 0.234, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.134 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.054, 0.195, 0.337, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.195 std_dev=0.142
P B 0, 0.163, 0.310, 0.456, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.310 std_dev=0.147
C3' A 0, 0.027, 0.223, 0.419, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.223 std_dev=0.196
O2' A 0, 0.055, 0.306, 0.558, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.306 std_dev=0.251
OP1 B 0, 0.122, 0.391, 0.660, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.391 std_dev=0.269
C5' A 0, 0.052, 0.394, 0.737, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.394 std_dev=0.342
OP2 B 0, 0.119, 0.533, 0.948, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.533 std_dev=0.414
O3' A 0, -0.116, 0.319, 0.753, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.319 std_dev=0.435
O5' B 0, -0.119, 0.715, 1.550, 3.018 max_d=3.018 avg_d=0.715 std_dev=0.835
O5' A 0, -0.505, 0.516, 1.536, 3.372 max_d=3.372 avg_d=0.516 std_dev=1.021
OP2 A 0, -0.354, 0.926, 2.206, 4.463 max_d=4.463 avg_d=0.926 std_dev=1.280
C5' B 0, -0.539, 0.842, 2.223, 4.702 max_d=4.702 avg_d=0.842 std_dev=1.381
P A 0, -0.658, 0.830, 2.318, 5.008 max_d=5.008 avg_d=0.830 std_dev=1.488
OP1 A 0, -0.631, 1.130, 2.891, 6.041 max_d=6.041 avg_d=1.130 std_dev=1.761
C4' B 0, -0.963, 1.129, 3.220, 7.013 max_d=7.013 avg_d=1.129 std_dev=2.092
C3' B 0, -1.015, 1.179, 3.372, 7.340 max_d=7.340 avg_d=1.179 std_dev=2.194
O3' B 0, -1.179, 1.373, 3.926, 8.542 max_d=8.542 avg_d=1.373 std_dev=2.552
O4' B 0, -1.300, 1.305, 3.909, 8.648 max_d=8.648 avg_d=1.305 std_dev=2.604
C2' B 0, -1.468, 1.440, 4.348, 9.626 max_d=9.626 avg_d=1.440 std_dev=2.908
C6 B 0, -1.556, 1.481, 4.518, 10.035 max_d=10.035 avg_d=1.481 std_dev=3.037
C1' B 0, -1.641, 1.518, 4.678, 10.429 max_d=10.429 avg_d=1.518 std_dev=3.159
N1 B 0, -1.821, 1.552, 4.925, 11.072 max_d=11.072 avg_d=1.552 std_dev=3.373
C5 B 0, -1.769, 1.682, 5.132, 11.403 max_d=11.403 avg_d=1.682 std_dev=3.451
O2' B 0, -1.823, 1.750, 5.323, 11.806 max_d=11.806 avg_d=1.750 std_dev=3.573
C2 B 0, -2.162, 1.887, 5.937, 13.302 max_d=13.302 avg_d=1.887 std_dev=4.050
C4 B 0, -2.278, 1.862, 6.002, 13.549 max_d=13.549 avg_d=1.862 std_dev=4.140
N3 B 0, -2.387, 1.995, 6.377, 14.354 max_d=14.354 avg_d=1.995 std_dev=4.382
O2 B 0, -2.246, 2.174, 6.594, 14.583 max_d=14.583 avg_d=2.174 std_dev=4.420
N4 B 0, -2.527, 2.101, 6.729, 15.163 max_d=15.163 avg_d=2.101 std_dev=4.628

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.22 0.02 0.38 0.09 0.25
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.34 0.07 0.03 0.01 0.46 0.36 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.14 0.07 0.03 0.07 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.46 0.07 0.59 0.37 0.56
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.09 0.04 0.11 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.23 0.05 0.21 0.24 0.29
C4 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.22 0.05 0.21 0.01 0.62 0.17 0.25
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.13 0.03 0.01 0.01 0.04 0.16 0.12 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.16 0.04 0.31 0.01 0.83 0.19 0.38
C5' 0.06 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.09 0.19 0.07 0.08 0.06 0.17 0.11 0.02 0.16 0.02 0.01 0.10 0.31 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.21 0.05 0.22 0.00 0.80 0.26 0.29
C8 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.04 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.04 0.03 0.57 0.03 0.99 0.32 0.66
N1 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.29 0.06 0.09 0.01 0.62 0.35 0.15
N2 0.03 0.01 0.08 0.11 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.15 0.41 0.08 0.09 0.02 0.35 0.44 0.13
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.33 0.07 0.04 0.01 0.42 0.27 0.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.06 0.03 0.50 0.03 1.06 0.27 0.61
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.10 0.14 0.01 0.34 0.02 0.66 0.14 0.39
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.14 0.13 0.18 0.02 0.20 0.14 0.19 0.15 0.13 0.18 0.10 0.00 0.05 0.07 0.33 0.22 0.56 0.31 0.47
O3' 0.17 0.34 0.02 0.01 0.22 0.03 0.16 0.16 0.21 0.04 0.29 0.41 0.33 0.06 0.14 0.05 0.00 0.12 0.09 0.18 0.32 0.16 0.13
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.08 0.07 0.03 0.01 0.07 0.12 0.00 0.06 0.05 0.11 0.13 0.06
O5' 0.22 0.03 0.46 0.23 0.21 0.01 0.31 0.01 0.22 0.57 0.09 0.09 0.04 0.50 0.34 0.33 0.09 0.06 0.00 0.26 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.22 0.18 0.05 0.26 0.00 0.91 0.28 0.36
OP1 0.38 0.46 0.59 0.21 0.62 0.16 0.83 0.31 0.80 0.99 0.62 0.35 0.42 1.06 0.66 0.56 0.32 0.11 0.03 0.91 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.36 0.37 0.24 0.17 0.12 0.19 0.20 0.26 0.32 0.35 0.44 0.27 0.27 0.14 0.31 0.16 0.13 0.02 0.28 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.08 0.56 0.29 0.25 0.04 0.38 0.01 0.29 0.66 0.15 0.13 0.08 0.61 0.39 0.47 0.13 0.06 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.16 3.01 1.78 1.09 3.24 1.22 2.78 0.80 2.44 2.57 3.33 3.48 3.04 1.73 0.80 1.89 0.86 0.19 0.25 0.15
C2 1.42 1.76 1.14 0.69 1.64 0.90 1.45 0.58 1.41 1.56 1.79 1.62 1.84 1.00 0.45 1.37 0.76 0.19 0.21 0.14
C2' 2.41 3.36 2.02 1.25 3.72 1.37 3.19 0.93 2.77 2.88 3.76 4.07 3.36 2.02 0.93 2.07 0.91 0.18 0.22 0.16
C3' 2.35 3.31 1.98 1.22 3.70 1.32 3.16 0.90 2.72 2.82 3.73 4.10 3.32 1.97 0.89 2.00 0.92 0.13 0.20 0.18
C4 2.06 2.65 1.68 1.09 2.55 1.28 2.19 0.81 2.07 2.31 2.76 2.56 2.75 1.62 0.89 1.88 0.86 0.19 0.27 0.15
C4' 2.10 3.07 1.72 1.01 3.37 1.11 2.82 0.68 2.41 2.55 3.46 3.73 3.11 1.68 0.73 1.78 0.79 0.23 0.29 0.15
C5 2.22 2.73 1.83 1.28 2.35 1.47 1.94 0.91 1.95 2.35 2.71 2.25 2.93 1.83 1.19 2.05 0.87 0.19 0.31 0.16
C5' 2.26 3.29 1.88 1.17 3.51 1.23 2.87 0.74 2.49 2.70 3.68 3.88 3.39 1.88 0.94 1.90 0.84 0.23 0.29 0.19
C6 1.98 2.24 1.64 1.21 1.70 1.43 1.37 0.86 1.50 1.95 2.10 1.54 2.50 1.63 1.18 1.91 0.83 0.19 0.31 0.16
C8 2.48 3.28 2.07 1.40 3.11 1.54 2.54 0.96 2.39 2.76 3.45 3.15 3.47 2.13 1.28 2.19 0.90 0.19 0.31 0.16
N1 1.55 1.75 1.28 0.88 1.38 1.13 1.14 0.70 1.23 1.55 1.66 1.26 1.93 1.18 0.77 1.55 0.80 0.19 0.25 0.15
N2 0.92 1.22 0.71 0.31 1.21 0.50 1.09 0.30 1.02 1.07 1.28 1.23 1.26 0.50 0.08 0.89 0.60 0.19 0.15 0.13
N3 1.69 2.20 1.36 0.81 2.22 1.00 1.97 0.65 1.83 1.94 2.33 2.26 2.24 1.23 0.53 1.56 0.79 0.20 0.23 0.15
N7 2.48 3.14 2.06 1.46 2.71 1.61 2.18 0.99 2.16 2.64 3.17 2.63 3.41 2.14 1.42 2.22 0.88 0.19 0.33 0.16
N9 2.26 3.03 1.86 1.20 3.04 1.35 2.57 0.87 2.35 2.58 3.24 3.14 3.11 1.84 0.99 2.01 0.88 0.19 0.28 0.15
O2' 2.49 3.43 2.12 1.33 3.94 1.43 3.49 1.04 3.00 3.01 3.85 4.32 3.35 2.10 0.92 2.14 1.01 0.14 0.10 0.27
O3' 2.43 3.35 2.08 1.33 3.82 1.44 3.37 1.10 2.91 2.92 3.77 4.22 3.30 2.01 0.92 2.12 1.17 0.22 0.16 0.46
O4' 2.02 2.91 1.65 0.99 3.10 1.11 2.59 0.67 2.25 2.42 3.23 3.37 2.97 1.60 0.74 1.75 0.79 0.23 0.30 0.17
O5' 2.41 3.49 2.05 1.34 3.64 1.34 2.95 0.79 2.58 2.85 3.88 3.99 3.63 2.07 1.18 2.00 0.88 0.19 0.21 0.16
O6 1.99 2.11 1.69 1.33 1.36 1.54 1.01 0.90 1.24 1.82 1.86 1.13 2.50 1.74 1.43 1.93 0.78 0.21 0.33 0.18
OP1 3.24 4.40 2.89 2.16 4.38 2.09 3.59 1.43 3.27 3.65 4.77 4.69 4.65 3.01 2.07 2.75 1.45 0.39 0.53 0.64
OP2 2.06 3.15 1.75 1.07 3.17 1.02 2.42 0.43 2.10 2.45 3.51 3.51 3.39 1.84 1.03 1.62 0.50 0.56 0.56 0.41
P 2.56 3.70 2.23 1.51 3.80 1.44 3.03 0.84 2.67 2.99 4.10 4.16 3.90 2.30 1.40 2.09 0.90 0.19 0.16 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.22 0.00 0.09 0.08 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.17 0.20 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.09 0.10 0.20 0.10 0.35 0.27
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.15 0.14 0.02 0.14 0.06 0.28 0.00 0.03 0.01 0.10 0.16 0.19 0.06
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.29 0.00 0.26 0.02 0.20 0.16 0.26 0.32 0.15 0.02 0.01 0.01 0.25 0.33 0.23 0.11
C4 0.02 0.01 0.05 0.29 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.16 0.02 0.41 0.35 0.94 0.63
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.15 0.06 0.07 0.12 0.08 0.19 0.02 0.00 0.01 0.11 0.46 0.12
C5 0.02 0.01 0.10 0.26 0.00 0.15 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.17 0.09 0.51 0.51 1.08 0.76
C5' 0.06 0.04 0.15 0.02 0.09 0.00 0.15 0.00 0.14 0.04 0.04 0.10 0.09 0.05 0.12 0.01 0.01 0.28 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.20 0.00 0.15 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.11 0.12 0.46 0.45 0.77 0.61
N1 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.08 0.01 0.25 0.19 0.36 0.32
N3 0.02 0.00 0.14 0.26 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.10 0.08 0.29 0.18 0.63 0.42
N4 0.02 0.01 0.06 0.32 0.00 0.12 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.20 0.02 0.45 0.40 1.14 0.72
O2 0.02 0.00 0.28 0.15 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.17 0.17 0.13 0.17 0.19 0.17
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.23 0.19 0.32 0.05 0.30 0.14 0.16 0.25 0.25 0.00 0.03 0.13 0.20 0.31 0.20 0.12
O3' 0.22 0.09 0.03 0.01 0.16 0.02 0.17 0.12 0.11 0.08 0.10 0.20 0.17 0.03 0.00 0.16 0.28 0.44 0.34 0.13
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.08 0.02 0.17 0.13 0.16 0.00 0.04 0.04 0.25 0.04
O5' 0.09 0.20 0.10 0.25 0.41 0.01 0.51 0.01 0.46 0.25 0.29 0.45 0.13 0.20 0.28 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.08 0.10 0.16 0.33 0.35 0.11 0.51 0.28 0.45 0.19 0.18 0.40 0.17 0.31 0.44 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.35 0.19 0.23 0.94 0.46 1.08 0.26 0.77 0.36 0.63 1.14 0.19 0.20 0.34 0.25 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.27 0.06 0.11 0.63 0.12 0.76 0.01 0.61 0.32 0.42 0.72 0.17 0.12 0.13 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00