ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53548

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.015, 0.033, 0.052, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.014, 0.035, 0.057, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.035 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.017, 0.041, 0.064, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.041 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.017, 0.046, 0.076, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.046 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.017, 0.049, 0.081, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.049 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.028, 0.065, 0.101, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.065 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.033, 0.071, 0.110, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.071 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.039, 0.087, 0.134, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.087 std_dev=0.048
C5' A 0, 0.053, 0.101, 0.149, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.101 std_dev=0.048
C4' A 0, 0.019, 0.070, 0.121, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.070 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.044, 0.097, 0.150, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.097 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.031, 0.088, 0.144, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.088 std_dev=0.057
O5' A 0, 0.050, 0.120, 0.190, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.120 std_dev=0.070
O3' A 0, 0.035, 0.109, 0.182, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.109 std_dev=0.074
P A 0, 0.053, 0.167, 0.281, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.167 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.093, 0.212, 0.331, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.212 std_dev=0.119
OP2 A 0, 0.077, 0.203, 0.330, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.203 std_dev=0.127
C4' B 0, 0.167, 0.338, 0.510, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.338 std_dev=0.171
O4' B 0, 0.165, 0.344, 0.523, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.344 std_dev=0.179
C1' B 0, 0.169, 0.349, 0.530, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.349 std_dev=0.180
OP1 A 0, 0.080, 0.266, 0.452, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.266 std_dev=0.186
C5' B 0, 0.184, 0.370, 0.556, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.370 std_dev=0.186
O5' B 0, 0.120, 0.310, 0.501, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.310 std_dev=0.190
C3' B 0, 0.142, 0.338, 0.534, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.338 std_dev=0.196
P B 0, 0.087, 0.287, 0.487, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.287 std_dev=0.200
C2 B 0, 0.169, 0.384, 0.599, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.384 std_dev=0.215
C2' B 0, 0.173, 0.390, 0.608, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.390 std_dev=0.217
OP1 B 0, 0.125, 0.354, 0.582, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.354 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.063, 0.321, 0.578, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.321 std_dev=0.257
O3' B 0, 0.085, 0.349, 0.613, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.349 std_dev=0.264
N1 B 0, 0.202, 0.483, 0.764, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.483 std_dev=0.281
N3 B 0, 0.166, 0.448, 0.730, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.448 std_dev=0.282
O2' B 0, 0.117, 0.474, 0.830, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.474 std_dev=0.356
O2 B 0, 0.282, 0.729, 1.177, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.729 std_dev=0.447
C4 B 0, 0.392, 0.914, 1.435, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.914 std_dev=0.521
C6 B 0, 0.393, 1.015, 1.637, 1.726 max_d=1.726 avg_d=1.015 std_dev=0.622
N4 B 0, 0.493, 1.141, 1.790, 1.810 max_d=1.810 avg_d=1.141 std_dev=0.648
C5 B 0, 0.508, 1.268, 2.027, 2.057 max_d=2.057 avg_d=1.268 std_dev=0.760

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03
C2 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.13 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.11 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.08 0.14 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.05 0.00 0.10 0.15 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.07 0.11 0.07
N1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.05 0.01 0.08 0.14 0.08
N2 0.04 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.12 0.06
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.11 0.06
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.10 0.14 0.09
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.10 0.06
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.04
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02 0.06 0.00 0.12 0.17 0.11
OP1 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.08 0.04 0.10 0.07 0.08 0.04 0.04 0.10 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.13 0.04 0.01 0.11 0.02 0.14 0.01 0.15 0.11 0.14 0.12 0.11 0.14 0.10 0.03 0.03 0.04 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.22 0.21 0.20 0.33 0.17 0.39 0.16 0.35 0.25 0.25 0.36 0.25 0.18 0.21 0.18 0.13 0.14 0.14 0.12
C2 0.23 0.23 0.23 0.23 0.34 0.20 0.42 0.20 0.38 0.27 0.26 0.36 0.27 0.20 0.23 0.21 0.14 0.14 0.18 0.11
C2' 0.19 0.20 0.19 0.18 0.33 0.14 0.40 0.13 0.35 0.24 0.24 0.38 0.24 0.16 0.17 0.15 0.10 0.13 0.11 0.10
C3' 0.17 0.19 0.18 0.17 0.33 0.13 0.41 0.13 0.35 0.22 0.23 0.38 0.24 0.15 0.17 0.14 0.10 0.13 0.12 0.10
C4 0.22 0.21 0.22 0.22 0.34 0.19 0.42 0.19 0.38 0.26 0.24 0.37 0.27 0.20 0.22 0.20 0.15 0.14 0.19 0.14
C4' 0.19 0.21 0.21 0.20 0.33 0.16 0.40 0.16 0.35 0.24 0.24 0.37 0.24 0.18 0.20 0.16 0.12 0.14 0.14 0.11
C5 0.23 0.21 0.23 0.24 0.35 0.21 0.46 0.22 0.41 0.27 0.23 0.38 0.28 0.22 0.24 0.21 0.18 0.15 0.25 0.17
C5' 0.19 0.20 0.20 0.20 0.33 0.16 0.40 0.16 0.35 0.23 0.24 0.37 0.25 0.18 0.21 0.16 0.13 0.15 0.16 0.12
C6 0.25 0.21 0.25 0.26 0.36 0.24 0.48 0.25 0.43 0.29 0.23 0.40 0.28 0.24 0.26 0.24 0.21 0.16 0.29 0.20
C8 0.21 0.20 0.21 0.22 0.33 0.19 0.44 0.19 0.39 0.25 0.22 0.37 0.27 0.20 0.22 0.19 0.16 0.15 0.21 0.15
N1 0.25 0.23 0.25 0.26 0.36 0.23 0.46 0.24 0.42 0.29 0.25 0.38 0.28 0.23 0.25 0.24 0.20 0.13 0.27 0.17
N2 0.23 0.25 0.23 0.23 0.33 0.19 0.38 0.19 0.36 0.27 0.27 0.35 0.27 0.19 0.22 0.20 0.11 0.17 0.09 0.08
N3 0.21 0.22 0.22 0.21 0.33 0.18 0.40 0.17 0.36 0.26 0.25 0.36 0.26 0.18 0.20 0.19 0.12 0.14 0.14 0.10
N7 0.22 0.20 0.23 0.23 0.34 0.21 0.46 0.22 0.41 0.26 0.22 0.38 0.28 0.22 0.23 0.21 0.19 0.16 0.25 0.18
N9 0.21 0.21 0.21 0.21 0.33 0.18 0.42 0.18 0.37 0.25 0.23 0.37 0.26 0.19 0.21 0.19 0.14 0.14 0.18 0.13
O2' 0.24 0.25 0.24 0.21 0.39 0.16 0.44 0.13 0.39 0.29 0.30 0.43 0.23 0.19 0.18 0.19 0.11 0.15 0.11 0.12
O3' 0.17 0.19 0.17 0.15 0.34 0.12 0.42 0.11 0.35 0.22 0.23 0.40 0.22 0.13 0.15 0.13 0.09 0.12 0.10 0.09
O4' 0.21 0.22 0.22 0.22 0.33 0.18 0.39 0.18 0.35 0.25 0.25 0.36 0.26 0.20 0.22 0.18 0.14 0.15 0.16 0.13
O5' 0.17 0.19 0.18 0.18 0.33 0.16 0.42 0.16 0.36 0.22 0.22 0.38 0.27 0.17 0.20 0.15 0.13 0.15 0.16 0.12
O6 0.26 0.21 0.26 0.27 0.38 0.26 0.51 0.27 0.46 0.30 0.23 0.41 0.30 0.26 0.27 0.26 0.25 0.18 0.33 0.24
OP1 0.17 0.18 0.18 0.18 0.33 0.15 0.43 0.15 0.36 0.22 0.22 0.38 0.26 0.16 0.19 0.15 0.12 0.16 0.15 0.12
OP2 0.15 0.18 0.15 0.15 0.33 0.14 0.43 0.14 0.36 0.20 0.20 0.38 0.30 0.16 0.17 0.14 0.12 0.19 0.14 0.13
P 0.17 0.19 0.17 0.17 0.32 0.15 0.42 0.15 0.36 0.22 0.21 0.38 0.27 0.16 0.18 0.15 0.12 0.16 0.15 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.12 0.11 0.10
C2 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.11 0.12 0.02 0.14 0.06
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.00 0.13 0.02 0.05 0.03 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.04 0.08 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.14 0.30 0.21 0.23
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.03 0.15 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.11 0.11 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.08 0.23 0.46 0.30 0.36
C5' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.10 0.03 0.26 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01
C6 0.00 0.01 0.13 0.10 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.10 0.23 0.42 0.27 0.33
N1 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.20 0.15 0.16
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.07 0.10 0.08 0.15 0.09
N4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.15 0.33 0.23 0.25
O2 0.01 0.00 0.20 0.12 0.00 0.15 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.14 0.22 0.30 0.29 0.28 0.28
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.05 0.09 0.00 0.06 0.01 0.16 0.00 0.02 0.04 0.07 0.07 0.08 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.13 0.05 0.05 0.11 0.14 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.09 0.04
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.22 0.04 0.01 0.00 0.07 0.11 0.10 0.09
O5' 0.07 0.12 0.02 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.23 0.10 0.10 0.15 0.30 0.07 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.02 0.07 0.04 0.30 0.04 0.46 0.01 0.42 0.20 0.08 0.33 0.29 0.07 0.04 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.14 0.08 0.08 0.21 0.06 0.30 0.07 0.27 0.15 0.15 0.23 0.28 0.08 0.09 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.06 0.05 0.03 0.23 0.02 0.36 0.01 0.33 0.16 0.09 0.25 0.28 0.04 0.04 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00