ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53550

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.019, 0.037, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.037 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.020, 0.041, 0.062, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.041 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.025, 0.050, 0.075, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.050 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.018, 0.049, 0.079, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.049 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.024, 0.055, 0.085, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.055 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.026, 0.061, 0.097, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.061 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.055, 0.109, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.109 std_dev=0.054
N9 A 0, 0.023, 0.078, 0.133, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.078 std_dev=0.055
C8 A 0, 0.058, 0.118, 0.178, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.118 std_dev=0.060
O6 A 0, 0.049, 0.113, 0.176, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.113 std_dev=0.064
P B 0, 0.224, 0.516, 0.808, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.516 std_dev=0.292
OP1 B 0, 0.235, 0.546, 0.856, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.546 std_dev=0.311
C2' A 0, 0.118, 0.452, 0.787, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.452 std_dev=0.335
OP2 B 0, 0.240, 0.676, 1.112, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.676 std_dev=0.436
C3' A 0, 0.147, 0.586, 1.025, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.586 std_dev=0.439
O4' A 0, 0.045, 0.514, 0.984, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.514 std_dev=0.470
C4' A 0, 0.154, 0.629, 1.104, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.629 std_dev=0.475
O2' A 0, 0.152, 0.705, 1.258, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.705 std_dev=0.553
O3' A 0, 0.083, 0.645, 1.207, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.645 std_dev=0.562
C5' A 0, 0.177, 1.127, 2.078, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.127 std_dev=0.951
O5' B 0, 0.343, 1.348, 2.353, 2.668 max_d=2.668 avg_d=1.348 std_dev=1.005
C5' B 0, 0.516, 1.892, 3.269, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.892 std_dev=1.377
O5' A 0, 0.100, 1.667, 3.235, 3.830 max_d=3.830 avg_d=1.667 std_dev=1.568
C5 B 0, 0.083, 1.990, 3.896, 4.651 max_d=4.651 avg_d=1.990 std_dev=1.906
OP2 A 0, 0.341, 2.310, 4.278, 4.972 max_d=4.972 avg_d=2.310 std_dev=1.969
P A 0, 0.191, 2.248, 4.304, 4.986 max_d=4.986 avg_d=2.248 std_dev=2.057
C6 B 0, 0.146, 2.355, 4.564, 5.351 max_d=5.351 avg_d=2.355 std_dev=2.209
N4 B 0, -0.053, 2.347, 4.747, 5.781 max_d=5.781 avg_d=2.347 std_dev=2.400
C4' B 0, 0.488, 2.946, 5.404, 5.669 max_d=5.669 avg_d=2.946 std_dev=2.458
C4 B 0, -0.213, 2.457, 5.127, 6.267 max_d=6.267 avg_d=2.457 std_dev=2.670
C3' B 0, 0.427, 3.312, 6.197, 6.790 max_d=6.790 avg_d=3.312 std_dev=2.885
O4' B 0, 0.375, 3.300, 6.225, 6.768 max_d=6.768 avg_d=3.300 std_dev=2.925
N1 B 0, 0.052, 3.225, 6.399, 7.488 max_d=7.488 avg_d=3.225 std_dev=3.173
OP1 A 0, -0.385, 2.803, 5.992, 7.349 max_d=7.349 avg_d=2.803 std_dev=3.188
O3' B 0, 0.579, 3.872, 7.165, 7.682 max_d=7.682 avg_d=3.872 std_dev=3.293
C1' B 0, 0.229, 3.804, 7.379, 8.320 max_d=8.320 avg_d=3.804 std_dev=3.575
N3 B 0, -0.361, 3.256, 6.873, 8.369 max_d=8.369 avg_d=3.256 std_dev=3.617
C2' B 0, 0.304, 4.140, 7.976, 8.924 max_d=8.924 avg_d=4.140 std_dev=3.836
C2 B 0, -0.179, 3.691, 7.560, 9.000 max_d=9.000 avg_d=3.691 std_dev=3.870
O2 B 0, -0.199, 4.529, 9.258, 10.911 max_d=10.911 avg_d=4.529 std_dev=4.729
O2' B 0, 0.335, 5.082, 9.829, 10.733 max_d=10.733 avg_d=5.082 std_dev=4.747

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.20 0.01 0.43 0.02 0.26 0.50 0.27
C2 0.04 0.00 0.15 0.05 0.02 0.36 0.02 0.66 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.44 0.31 0.38 0.13 0.05 0.64 0.54 0.33
C2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.10 0.01 0.07 0.08 0.09 0.04 0.12 0.17 0.14 0.03 0.02 0.01 0.11 0.01 0.46 0.10 0.53 0.39 0.32
C3' 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.10 0.04 0.23 0.10 0.09
C4 0.02 0.02 0.10 0.02 0.00 0.18 0.02 0.44 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.25 0.25 0.17 0.36 0.02 0.20 0.73 0.25
C4' 0.01 0.36 0.01 0.02 0.18 0.00 0.11 0.02 0.18 0.16 0.30 0.43 0.33 0.09 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.13 0.21 0.16 0.05
C5 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.11 0.00 0.38 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.16 0.21 0.04 0.56 0.02 0.24 1.06 0.45
C5' 0.14 0.66 0.08 0.05 0.44 0.02 0.38 0.00 0.48 0.19 0.61 0.74 0.61 0.22 0.26 0.08 0.02 0.04 0.02 0.42 0.34 0.33 0.05
C6 0.02 0.03 0.09 0.03 0.03 0.18 0.00 0.48 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.24 0.23 0.13 0.44 0.01 0.20 1.03 0.39
C8 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.16 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.13 0.15 0.25 0.97 0.03 0.81 1.26 0.81
N1 0.03 0.02 0.12 0.04 0.02 0.30 0.00 0.61 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.36 0.26 0.28 0.22 0.04 0.48 0.76 0.32
N2 0.05 0.01 0.17 0.06 0.02 0.43 0.03 0.74 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.52 0.33 0.46 0.22 0.07 0.88 0.41 0.47
N3 0.04 0.01 0.14 0.05 0.00 0.33 0.02 0.61 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.41 0.31 0.38 0.10 0.05 0.51 0.46 0.26
N7 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.16 0.16 0.89 0.04 0.69 1.38 0.78
N9 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.19 0.02 0.56 0.01 0.31 0.78 0.38
O2' 0.02 0.44 0.01 0.03 0.25 0.02 0.16 0.08 0.24 0.13 0.36 0.52 0.41 0.05 0.06 0.00 0.13 0.05 0.43 0.23 0.64 0.42 0.34
O3' 0.20 0.31 0.11 0.04 0.25 0.04 0.21 0.02 0.23 0.15 0.26 0.33 0.31 0.16 0.19 0.13 0.00 0.07 0.18 0.23 0.14 0.37 0.19
O4' 0.01 0.38 0.01 0.02 0.17 0.01 0.04 0.04 0.13 0.25 0.28 0.46 0.38 0.16 0.02 0.05 0.07 0.00 0.32 0.06 0.05 0.45 0.20
O5' 0.43 0.13 0.46 0.10 0.36 0.02 0.56 0.02 0.44 0.97 0.22 0.22 0.10 0.89 0.56 0.43 0.18 0.32 0.00 0.56 0.03 0.03 0.02
O6 0.02 0.05 0.10 0.04 0.02 0.13 0.02 0.42 0.01 0.03 0.04 0.07 0.05 0.04 0.01 0.23 0.23 0.06 0.56 0.00 0.18 1.23 0.51
OP1 0.26 0.64 0.53 0.23 0.20 0.21 0.24 0.34 0.20 0.81 0.48 0.88 0.51 0.69 0.31 0.64 0.14 0.05 0.03 0.18 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 0.54 0.39 0.10 0.73 0.16 1.06 0.33 1.03 1.26 0.76 0.41 0.46 1.38 0.78 0.42 0.37 0.45 0.03 1.23 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.33 0.32 0.09 0.25 0.05 0.45 0.05 0.39 0.81 0.32 0.47 0.26 0.78 0.38 0.34 0.19 0.20 0.02 0.51 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.16 1.25 1.88 1.87 1.19 1.14 0.94 0.68 0.84 1.05 1.29 1.37 1.40 2.06 2.51 0.72 0.43 0.08 0.57 0.20
C2 0.78 0.83 1.28 1.36 0.88 0.87 0.72 0.58 0.62 0.72 0.90 1.03 0.88 1.37 1.84 0.53 0.36 0.09 0.60 0.20
C2' 1.18 1.39 1.90 1.89 1.44 1.10 1.20 0.66 1.04 1.18 1.49 1.64 1.51 2.01 2.49 0.70 0.60 0.29 0.84 0.47
C3' 1.33 1.49 2.09 2.01 1.40 1.21 1.12 0.69 1.01 1.26 1.54 1.59 1.68 2.28 2.64 0.82 0.51 0.08 0.59 0.25
C4 0.89 0.94 1.49 1.53 0.99 0.94 0.79 0.58 0.67 0.81 1.01 1.17 1.03 1.62 2.09 0.56 0.36 0.10 0.63 0.24
C4' 1.33 1.31 2.08 1.96 1.01 1.27 0.70 0.76 0.73 1.10 1.24 1.16 1.58 2.38 2.62 0.89 0.37 0.47 0.34 0.34
C5 0.70 0.72 1.23 1.29 0.82 0.80 0.65 0.51 0.52 0.61 0.81 1.00 0.79 1.37 1.81 0.48 0.27 0.15 0.61 0.24
C5' 1.18 1.08 1.88 1.73 0.73 1.15 0.42 0.75 0.50 0.89 0.97 0.90 1.38 2.24 2.37 0.83 0.37 0.76 0.54 0.63
C6 0.53 0.51 0.94 1.02 0.65 0.66 0.51 0.45 0.38 0.44 0.61 0.82 0.54 1.06 1.45 0.43 0.20 0.16 0.56 0.21
C8 0.86 0.91 1.50 1.52 0.96 0.92 0.76 0.54 0.63 0.77 0.98 1.16 1.02 1.66 2.11 0.54 0.31 0.13 0.62 0.25
N1 0.56 0.57 0.97 1.05 0.69 0.69 0.55 0.49 0.44 0.49 0.66 0.84 0.60 1.07 1.47 0.43 0.25 0.14 0.56 0.20
N2 0.82 0.86 1.26 1.36 0.90 0.90 0.74 0.63 0.66 0.76 0.92 1.01 0.91 1.32 1.77 0.57 0.42 0.15 0.58 0.15
N3 0.96 1.03 1.55 1.60 1.05 1.00 0.85 0.62 0.75 0.89 1.09 1.21 1.12 1.66 2.15 0.62 0.41 0.07 0.63 0.22
N7 0.71 0.73 1.27 1.31 0.82 0.80 0.65 0.50 0.51 0.61 0.81 1.02 0.80 1.42 1.85 0.48 0.25 0.17 0.61 0.25
N9 0.99 1.06 1.65 1.66 1.08 1.01 0.86 0.60 0.73 0.90 1.12 1.26 1.18 1.80 2.27 0.61 0.38 0.09 0.63 0.24
O2' 1.31 1.61 1.97 2.01 1.75 1.21 1.55 0.89 1.35 1.41 1.75 1.96 1.65 1.98 2.55 0.87 0.93 0.69 1.22 0.83
O3' 1.72 1.93 2.49 2.39 1.81 1.55 1.50 1.02 1.41 1.67 1.98 1.97 2.12 2.63 3.00 1.17 0.88 0.36 0.81 0.47
O4' 1.22 1.12 1.94 1.86 0.83 1.24 0.54 0.78 0.60 0.95 1.03 0.99 1.38 2.25 2.54 0.86 0.36 0.53 0.39 0.42
O5' 1.17 1.15 1.85 1.71 0.93 1.08 0.68 0.54 0.64 0.95 1.10 1.09 1.40 2.18 2.34 0.73 0.24 0.28 0.58 0.37
O6 0.41 0.27 0.67 0.73 0.46 0.55 0.34 0.43 0.21 0.25 0.38 0.64 0.29 0.81 1.10 0.46 0.10 0.16 0.48 0.17
OP1 0.86 0.49 1.37 1.28 0.21 1.01 0.21 0.87 0.29 0.51 0.27 0.53 0.78 1.75 1.83 0.78 0.58 0.91 0.75 0.81
OP2 1.45 1.47 2.11 1.89 1.21 1.26 0.99 0.67 0.95 1.26 1.41 1.31 1.75 2.47 2.49 0.98 0.65 0.66 0.96 0.76
P 0.95 0.91 1.60 1.43 0.73 0.86 0.50 0.37 0.40 0.71 0.87 0.92 1.17 1.95 2.03 0.54 0.07 0.54 0.68 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.09 0.08
C2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.02 0.03 0.08 0.05
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.04 0.06 0.12 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.13 0.09
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.15 0.04 0.05 0.09 0.11 0.02 0.01 0.01 0.19 0.20 0.22 0.20
C4 0.04 0.02 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.06 0.12 0.08 0.11 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.03 0.03 0.08 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01
C5 0.05 0.02 0.10 0.15 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.08 0.17 0.08 0.13 0.06 0.04 0.08
C5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.02 0.05 0.13 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.09 0.06 0.01
C6 0.04 0.03 0.10 0.15 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.16 0.07 0.11 0.08 0.08 0.05
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.08 0.05
N3 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.06 0.05 0.11 0.07
N4 0.03 0.01 0.06 0.09 0.01 0.08 0.03 0.13 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.10 0.06 0.16 0.14 0.18 0.17
O2 0.08 0.01 0.12 0.11 0.02 0.07 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.11 0.15 0.08 0.06 0.06 0.09 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.03 0.08 0.03 0.07 0.02 0.05 0.05 0.11 0.00 0.03 0.04 0.03 0.11 0.10 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.02 0.17 0.03 0.16 0.04 0.06 0.10 0.15 0.03 0.00 0.02 0.27 0.35 0.37 0.32
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.07 0.01 0.03 0.06 0.08 0.04 0.02 0.00 0.19 0.17 0.21 0.18
O5' 0.07 0.02 0.09 0.19 0.12 0.01 0.13 0.01 0.11 0.05 0.06 0.16 0.06 0.03 0.27 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.03 0.12 0.20 0.08 0.08 0.06 0.09 0.08 0.06 0.05 0.14 0.06 0.11 0.35 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.08 0.13 0.22 0.11 0.05 0.04 0.06 0.08 0.08 0.11 0.18 0.09 0.10 0.37 0.21 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.08 0.05 0.09 0.20 0.11 0.01 0.08 0.01 0.05 0.05 0.07 0.17 0.07 0.04 0.32 0.18 0.00 0.01 0.02 0.00