Doublet Group distance statistics: 53551

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N1	A	0, 0.017, 0.036, 0.055, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.019
C2	A	0, 0.015, 0.035, 0.055, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N3	A	0, 0.021, 0.041, 0.062, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.041 std_dev=0.021
C4	A	0, 0.012, 0.039, 0.066, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.027
C1'	A	0, 0.023, 0.050, 0.078, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.050 std_dev=0.028
O6	A	0, 0.014, 0.046, 0.077, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.046 std_dev=0.032
N2	A	0, 0.029, 0.061, 0.094, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.061 std_dev=0.033
N9	A	0, 0.014, 0.048, 0.081, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.048 std_dev=0.034
N7	A	0, 0.007, 0.043, 0.079, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.043 std_dev=0.036
C8	A	0, 0.004, 0.062, 0.120, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.062 std_dev=0.058
O4'	A	0, 0.104, 0.210, 0.316, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.210 std_dev=0.106
C2'	A	0, 0.102, 0.212, 0.321, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.212 std_dev=0.109
C4'	A	0, 0.135, 0.315, 0.496, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.315 std_dev=0.180
C3'	A	0, 0.246, 0.507, 0.768, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.507 std_dev=0.261
OP2	B	0, 0.287, 0.595, 0.902, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.595 std_dev=0.308
P	B	0, 0.264, 0.574, 0.885, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.574 std_dev=0.311
O2'	A	0, 0.270, 0.612, 0.953, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.612 std_dev=0.342
C5'	A	0, 0.436, 0.888, 1.340, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.888 std_dev=0.452
O5'	B	0, 0.424, 0.900, 1.375, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.900 std_dev=0.476
C5'	B	0, 0.515, 1.049, 1.584, 1.418 max_d=1.418 avg_d=1.049 std_dev=0.535
OP1	B	0, 0.440, 0.983, 1.526, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.983 std_dev=0.543
O3'	B	0, 0.694, 1.389, 2.083, 1.746 max_d=1.746 avg_d=1.389 std_dev=0.695
O3'	A	0, 0.735, 1.478, 2.221, 1.971 max_d=1.971 avg_d=1.478 std_dev=0.743
C4'	B	0, 0.889, 1.827, 2.766, 2.487 max_d=2.487 avg_d=1.827 std_dev=0.939
O5'	A	0, 0.926, 1.876, 2.825, 2.617 max_d=2.617 avg_d=1.876 std_dev=0.949
C3'	B	0, 1.014, 2.033, 3.052, 2.670 max_d=2.670 avg_d=2.033 std_dev=1.019
O4'	B	0, 1.471, 2.961, 4.451, 3.821 max_d=3.821 avg_d=2.961 std_dev=1.490
O2'	B	0, 1.496, 3.041, 4.585, 4.056 max_d=4.056 avg_d=3.041 std_dev=1.545
C2'	B	0, 1.539, 3.088, 4.637, 3.994 max_d=3.994 avg_d=3.088 std_dev=1.549
C1'	B	0, 1.860, 3.734, 5.608, 4.808 max_d=4.808 avg_d=3.734 std_dev=1.874
P	A	0, 2.054, 4.124, 6.194, 5.444 max_d=5.444 avg_d=4.124 std_dev=2.070
OP1	A	0, 2.307, 4.615, 6.924, 5.871 max_d=5.871 avg_d=4.615 std_dev=2.308
N1	B	0, 2.451, 4.910, 7.369, 6.382 max_d=6.382 avg_d=4.910 std_dev=2.459
C6	B	0, 2.455, 4.919, 7.384, 6.435 max_d=6.435 avg_d=4.919 std_dev=2.465
OP2	A	0, 2.714, 5.431, 8.148, 6.935 max_d=6.935 avg_d=5.431 std_dev=2.717
C5	B	0, 3.084, 6.180, 9.276, 8.068 max_d=8.068 avg_d=6.180 std_dev=3.096
C2	B	0, 3.100, 6.211, 9.321, 8.037 max_d=8.037 avg_d=6.211 std_dev=3.110
O2	B	0, 3.166, 6.351, 9.536, 8.136 max_d=8.136 avg_d=6.351 std_dev=3.185
N3	B	0, 3.688, 7.386, 11.084, 9.589 max_d=9.589 avg_d=7.386 std_dev=3.698
C4	B	0, 3.689, 7.389, 11.090, 9.623 max_d=9.623 avg_d=7.389 std_dev=3.700
N4	B	0, 4.324, 8.661, 12.998, 11.263 max_d=11.263 avg_d=8.661 std_dev=4.337

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.05	0.02	0.00	0.03	0.04	0.03	0.00	0.00	0.01	0.12	0.00	0.05	0.02	0.33	0.41	0.22
C2	0.03	0.00	0.03	0.04	0.00	0.09	0.00	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.18	0.10	0.18	0.00	0.71	0.75	0.51
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.09	0.03	0.04	0.02	0.04	0.03	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01	0.15	0.03	0.18	0.30	0.20
C3'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.05	0.07	0.04	0.05	0.03	0.07	0.04	0.02	0.00	0.01	0.13	0.06	0.12	0.22	0.15
C4	0.02	0.00	0.01	0.03	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.12	0.06	0.13	0.01	0.55	0.53	0.35
C4'	0.00	0.09	0.01	0.00	0.06	0.00	0.07	0.00	0.10	0.04	0.10	0.09	0.07	0.06	0.03	0.06	0.01	0.00	0.01	0.11	0.15	0.27	0.11
C5	0.02	0.00	0.03	0.05	0.00	0.07	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.10	0.07	0.07	0.17	0.01	0.54	0.46	0.34
C5'	0.05	0.16	0.09	0.01	0.14	0.00	0.18	0.00	0.21	0.15	0.19	0.15	0.12	0.18	0.11	0.02	0.09	0.02	0.01	0.23	0.12	0.05	0.01
C6	0.02	0.00	0.03	0.05	0.01	0.10	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.10	0.10	0.09	0.19	0.00	0.63	0.53	0.39
C8	0.00	0.01	0.04	0.07	0.00	0.04	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.11	0.02	0.02	0.18	0.01	0.37	0.34	0.28
N1	0.03	0.00	0.02	0.04	0.01	0.10	0.00	0.19	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.07	0.15	0.10	0.19	0.00	0.70	0.66	0.46
N2	0.04	0.00	0.04	0.05	0.01	0.09	0.00	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.22	0.10	0.22	0.01	0.79	0.88	0.60
N3	0.03	0.00	0.03	0.03	0.00	0.07	0.00	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.18	0.08	0.16	0.01	0.64	0.71	0.46
N7	0.00	0.00	0.04	0.07	0.00	0.06	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.13	0.02	0.04	0.20	0.01	0.45	0.38	0.32
N9	0.00	0.01	0.02	0.04	0.01	0.03	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.07	0.02	0.11	0.01	0.41	0.40	0.25
O2'	0.01	0.05	0.00	0.02	0.05	0.06	0.10	0.02	0.10	0.11	0.07	0.06	0.04	0.13	0.05	0.00	0.05	0.04	0.10	0.12	0.21	0.37	0.22
O3'	0.12	0.18	0.02	0.00	0.12	0.01	0.07	0.09	0.10	0.02	0.15	0.22	0.18	0.02	0.07	0.05	0.00	0.10	0.02	0.08	0.05	0.20	0.07
O4'	0.00	0.10	0.01	0.01	0.06	0.00	0.07	0.02	0.09	0.02	0.10	0.10	0.08	0.04	0.02	0.04	0.10	0.00	0.06	0.10	0.39	0.46	0.27
O5'	0.05	0.18	0.15	0.13	0.13	0.01	0.17	0.01	0.19	0.18	0.19	0.22	0.16	0.20	0.11	0.10	0.02	0.06	0.00	0.22	0.02	0.03	0.00
O6	0.02	0.00	0.03	0.06	0.01	0.11	0.01	0.23	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.08	0.10	0.22	0.00	0.63	0.50	0.40
OP1	0.33	0.71	0.18	0.12	0.55	0.15	0.54	0.12	0.63	0.37	0.70	0.79	0.64	0.45	0.41	0.21	0.05	0.39	0.02	0.63	0.00	0.01	0.00
OP2	0.41	0.75	0.30	0.22	0.53	0.27	0.46	0.05	0.53	0.34	0.66	0.88	0.71	0.38	0.40	0.37	0.20	0.46	0.03	0.50	0.01	0.00	0.00
P	0.22	0.51	0.20	0.15	0.35	0.11	0.34	0.01	0.39	0.28	0.46	0.60	0.46	0.32	0.25	0.22	0.07	0.27	0.00	0.40	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.53	0.83	0.49	0.38	1.10	0.28	1.05	0.19	0.86	0.75	0.99	1.25	0.73	0.40	0.24	0.42	0.08	0.14	0.08	0.06
C2	0.36	0.49	0.35	0.31	0.65	0.22	0.66	0.19	0.57	0.48	0.57	0.70	0.42	0.27	0.23	0.30	0.09	0.16	0.10	0.10
C2'	0.54	0.88	0.48	0.35	1.18	0.27	1.10	0.18	0.88	0.78	1.07	1.35	0.79	0.39	0.22	0.43	0.09	0.16	0.11	0.09
C3'	0.65	1.02	0.60	0.46	1.33	0.35	1.23	0.24	1.00	0.90	1.22	1.51	0.92	0.51	0.32	0.51	0.12	0.13	0.08	0.06
C4	0.42	0.62	0.40	0.33	0.85	0.24	0.84	0.19	0.70	0.59	0.75	0.95	0.54	0.31	0.23	0.34	0.09	0.17	0.10	0.10
C4'	0.56	0.87	0.53	0.41	1.16	0.29	1.09	0.19	0.89	0.78	1.05	1.32	0.77	0.44	0.28	0.43	0.08	0.13	0.08	0.06
C5	0.34	0.52	0.34	0.30	0.73	0.20	0.73	0.18	0.60	0.49	0.63	0.82	0.43	0.26	0.23	0.28	0.11	0.21	0.12	0.13
C5'	0.52	0.80	0.50	0.41	1.10	0.29	1.04	0.22	0.84	0.72	0.98	1.27	0.70	0.42	0.30	0.40	0.13	0.15	0.09	0.10
C6	0.26	0.38	0.28	0.26	0.55	0.18	0.57	0.17	0.47	0.37	0.47	0.63	0.31	0.21	0.23	0.22	0.12	0.24	0.14	0.16
C8	0.43	0.68	0.41	0.33	0.93	0.24	0.90	0.19	0.74	0.62	0.82	1.06	0.58	0.32	0.23	0.35	0.10	0.19	0.10	0.11
N1	0.26	0.36	0.28	0.27	0.51	0.18	0.53	0.17	0.45	0.36	0.43	0.56	0.29	0.22	0.23	0.22	0.11	0.21	0.13	0.15
N2	0.37	0.46	0.36	0.32	0.58	0.24	0.60	0.19	0.54	0.46	0.52	0.62	0.41	0.28	0.23	0.31	0.08	0.12	0.11	0.07
N3	0.44	0.63	0.42	0.35	0.83	0.25	0.83	0.20	0.71	0.60	0.74	0.91	0.55	0.33	0.24	0.36	0.09	0.14	0.09	0.07
N7	0.36	0.56	0.35	0.30	0.80	0.21	0.79	0.18	0.64	0.53	0.69	0.91	0.48	0.27	0.23	0.30	0.11	0.21	0.12	0.14
N9	0.47	0.72	0.44	0.35	0.97	0.25	0.95	0.19	0.78	0.66	0.87	1.10	0.63	0.35	0.24	0.38	0.09	0.16	0.09	0.09
O2'	0.55	0.91	0.45	0.30	1.21	0.26	1.12	0.18	0.89	0.79	1.11	1.40	0.82	0.37	0.17	0.44	0.12	0.17	0.14	0.12
O3'	0.94	1.34	0.89	0.72	1.64	0.61	1.53	0.48	1.29	1.20	1.55	1.83	1.25	0.79	0.57	0.79	0.36	0.14	0.20	0.22
O4'	0.55	0.81	0.53	0.42	1.08	0.30	1.03	0.21	0.85	0.74	0.97	1.22	0.72	0.44	0.30	0.43	0.10	0.14	0.07	0.07
O5'	0.33	0.64	0.31	0.22	0.98	0.15	0.91	0.12	0.68	0.55	0.84	1.17	0.52	0.26	0.17	0.23	0.18	0.31	0.24	0.24
O6	0.20	0.29	0.23	0.23	0.45	0.16	0.47	0.16	0.39	0.29	0.37	0.52	0.22	0.17	0.23	0.18	0.15	0.27	0.16	0.19
OP1	0.40	0.16	0.44	0.52	0.47	0.65	0.41	0.68	0.22	0.18	0.32	0.69	0.17	0.59	0.66	0.50	0.81	0.96	0.85	0.86
OP2	0.62	0.33	0.70	0.77	0.40	0.82	0.38	0.83	0.35	0.40	0.31	0.57	0.40	0.82	0.92	0.68	0.89	0.93	0.89	0.89
P	0.34	0.25	0.40	0.46	0.56	0.53	0.51	0.54	0.32	0.23	0.42	0.76	0.20	0.52	0.59	0.39	0.61	0.70	0.63	0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.06	0.09	0.06	0.04
C2	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.03	0.03	0.02	0.09	0.14	0.08	0.05
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.04	0.00	0.02	0.00	0.03	0.06	0.05	0.03
C3'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.07	0.00	0.06	0.02	0.05	0.04	0.06	0.08	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.04	0.03
C4	0.01	0.00	0.03	0.07	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.07	0.02	0.06	0.13	0.15	0.02
C4'	0.01	0.01	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.06	0.03	0.03	0.05	0.02	0.02	0.03	0.00	0.02	0.05	0.03	0.02
C5	0.01	0.00	0.02	0.06	0.00	0.06	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.07	0.03	0.04	0.09	0.18	0.03
C5'	0.01	0.02	0.02	0.02	0.07	0.01	0.09	0.00	0.08	0.03	0.04	0.09	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.05	0.02	0.01
C6	0.00	0.00	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.05	0.03	0.04	0.07	0.15	0.02
N1	0.00	0.00	0.02	0.04	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.06	0.10	0.09	0.03
N3	0.01	0.00	0.03	0.06	0.00	0.03	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.06	0.01	0.08	0.15	0.11	0.04
N4	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.09	0.02	0.06	0.14	0.18	0.03
O2	0.01	0.00	0.04	0.04	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.04	0.02	0.03	0.11	0.17	0.06	0.08
O2'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.04	0.04	0.00	0.03	0.02	0.02	0.04	0.01	0.02
O3'	0.03	0.03	0.02	0.01	0.07	0.03	0.07	0.04	0.05	0.03	0.06	0.09	0.02	0.03	0.00	0.03	0.02	0.09	0.04	0.03
O4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.03	0.00	0.07	0.09	0.05	0.04
O5'	0.06	0.09	0.03	0.01	0.06	0.02	0.04	0.00	0.04	0.06	0.08	0.06	0.11	0.02	0.02	0.07	0.00	0.03	0.01	0.01
OP1	0.09	0.14	0.06	0.06	0.13	0.05	0.09	0.05	0.07	0.10	0.15	0.14	0.17	0.04	0.09	0.09	0.03	0.00	0.00	0.00
OP2	0.06	0.08	0.05	0.04	0.15	0.03	0.18	0.02	0.15	0.09	0.11	0.18	0.06	0.01	0.04	0.05	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.04	0.05	0.03	0.03	0.02	0.02	0.03	0.01	0.02	0.03	0.04	0.03	0.08	0.02	0.03	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00