ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53552

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.007, 0.031, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.007, 0.031, 0.056, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.014, 0.042, 0.069, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.042 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.013, 0.042, 0.070, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.042 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.011, 0.040, 0.069, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.040 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.009, 0.039, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.039 std_dev=0.030
N3 A 0, 0.006, 0.038, 0.070, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.038 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.010, 0.046, 0.082, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.046 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.015, 0.063, 0.110, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.063 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.013, 0.080, 0.146, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.080 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.029, 0.143, 0.258, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.143 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.034, 0.181, 0.327, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.181 std_dev=0.147
C3' A 0, 0.022, 0.169, 0.316, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.169 std_dev=0.147
O2' A 0, 0.048, 0.245, 0.441, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.245 std_dev=0.197
O3' A 0, 0.041, 0.263, 0.485, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.263 std_dev=0.222
OP2 B 0, 0.054, 0.277, 0.500, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.277 std_dev=0.223
C5' A 0, 0.062, 0.316, 0.570, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.316 std_dev=0.254
P A 0, 0.000, 0.393, 0.787, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.393 std_dev=0.393
OP2 A 0, -0.031, 0.447, 0.925, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.447 std_dev=0.478
P B 0, -0.127, 0.364, 0.854, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.364 std_dev=0.490
O5' A 0, -0.006, 0.502, 1.011, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.502 std_dev=0.508
OP1 A 0, -0.102, 0.440, 0.983, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.440 std_dev=0.543
OP1 B 0, -0.234, 0.523, 1.279, 2.014 max_d=2.014 avg_d=0.523 std_dev=0.756
O5' B 0, -0.625, 0.838, 2.301, 3.759 max_d=3.759 avg_d=0.838 std_dev=1.463
C5 B 0, -0.407, 1.586, 3.578, 5.420 max_d=5.420 avg_d=1.586 std_dev=1.992
C5' B 0, -0.976, 1.200, 3.375, 5.548 max_d=5.548 avg_d=1.200 std_dev=2.176
N4 B 0, -0.579, 1.747, 4.073, 6.281 max_d=6.281 avg_d=1.747 std_dev=2.326
C6 B 0, -0.612, 1.715, 4.042, 6.261 max_d=6.261 avg_d=1.715 std_dev=2.327
C4 B 0, -0.754, 1.809, 4.373, 6.848 max_d=6.848 avg_d=1.809 std_dev=2.564
C4' B 0, -1.293, 1.759, 4.810, 7.851 max_d=7.851 avg_d=1.759 std_dev=3.052
O4' B 0, -1.284, 1.955, 5.194, 8.409 max_d=8.409 avg_d=1.955 std_dev=3.239
N1 B 0, -1.178, 2.071, 5.321, 8.523 max_d=8.523 avg_d=2.071 std_dev=3.250
C3' B 0, -1.367, 1.953, 5.274, 8.577 max_d=8.577 avg_d=1.953 std_dev=3.321
N3 B 0, -1.293, 2.120, 5.533, 8.907 max_d=8.907 avg_d=2.120 std_dev=3.413
C1' B 0, -1.439, 2.289, 6.017, 9.710 max_d=9.710 avg_d=2.289 std_dev=3.728
C2 B 0, -1.517, 2.274, 6.064, 9.825 max_d=9.825 avg_d=2.274 std_dev=3.790
O3' B 0, -1.617, 2.184, 5.984, 9.771 max_d=9.771 avg_d=2.184 std_dev=3.801
C2' B 0, -1.572, 2.408, 6.388, 10.336 max_d=10.336 avg_d=2.408 std_dev=3.980
O2 B 0, -2.028, 2.610, 7.248, 11.872 max_d=11.872 avg_d=2.610 std_dev=4.638
O2' B 0, -1.892, 2.895, 7.682, 12.433 max_d=12.433 avg_d=2.895 std_dev=4.787

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.08 0.11 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.15 0.08
C2 0.10 0.00 0.17 0.12 0.02 0.10 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.25 0.16 0.07 0.11 0.02 0.10 0.13 0.13
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.04 0.14 0.20 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.06 0.03 0.16 0.05
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.08 0.16 0.12 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.19 0.02 0.06 0.19 0.04
C4 0.05 0.02 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.03 0.13 0.00 0.11 0.12 0.13
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.10 0.05 0.14 0.10 0.10 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.20 0.05
C5 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.22 0.01 0.22 0.22 0.22
C5' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.14 0.00 0.14 0.17 0.06 0.05 0.03 0.20 0.07 0.02 0.05 0.01 0.01 0.19 0.07 0.17 0.02
C6 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.13 0.03 0.02 0.25 0.00 0.27 0.29 0.26
C8 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.20 0.02 0.17 0.13 0.17
N1 0.08 0.01 0.14 0.08 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.21 0.11 0.05 0.18 0.01 0.19 0.22 0.20
N2 0.11 0.00 0.20 0.16 0.02 0.14 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.30 0.21 0.09 0.08 0.01 0.06 0.11 0.11
N3 0.10 0.00 0.16 0.12 0.00 0.10 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.15 0.07 0.07 0.02 0.05 0.10 0.10
N7 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.27 0.03 0.27 0.26 0.26
N9 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.07 0.10 0.10
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.11 0.03 0.08 0.02 0.13 0.03 0.21 0.30 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.12 0.06 0.17 0.03
O3' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.03 0.07 0.11 0.21 0.15 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.21 0.02 0.09 0.22 0.03
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.09 0.07 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.15 0.02 0.12 0.22 0.14
O5' 0.01 0.11 0.12 0.19 0.13 0.01 0.22 0.01 0.25 0.20 0.18 0.08 0.07 0.27 0.09 0.07 0.21 0.15 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.12 0.02 0.02 0.31 0.00 0.36 0.39 0.34
OP1 0.04 0.10 0.03 0.06 0.11 0.05 0.22 0.07 0.27 0.17 0.19 0.06 0.05 0.27 0.07 0.06 0.09 0.12 0.01 0.36 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.13 0.16 0.19 0.12 0.20 0.22 0.17 0.29 0.13 0.22 0.11 0.10 0.26 0.10 0.17 0.22 0.22 0.02 0.39 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.13 0.05 0.04 0.13 0.05 0.22 0.02 0.26 0.17 0.20 0.11 0.10 0.26 0.10 0.03 0.03 0.14 0.01 0.34 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.16 1.08 1.07 0.87 0.82 1.02 0.72 0.79 0.83 1.03 0.98 0.74 1.23 1.30 0.78 1.15 0.49 0.18 0.06 0.14
C2 0.54 0.44 0.63 0.61 0.30 0.64 0.29 0.57 0.36 0.44 0.37 0.25 0.50 0.78 0.70 0.55 0.33 0.03 0.11 0.07
C2' 1.65 1.52 1.57 1.30 1.11 1.47 0.98 1.16 1.15 1.45 1.36 0.98 1.73 1.86 1.22 1.63 0.76 0.07 0.05 0.28
C3' 1.75 1.62 1.69 1.40 1.16 1.54 1.01 1.19 1.19 1.53 1.44 1.01 1.87 2.03 1.33 1.70 0.78 0.06 0.05 0.28
C4 0.76 0.64 0.82 0.74 0.43 0.79 0.39 0.64 0.49 0.63 0.54 0.37 0.74 1.02 0.78 0.76 0.37 0.09 0.12 0.07
C4' 1.49 1.43 1.38 1.10 1.08 1.26 0.94 0.96 1.07 1.33 1.30 0.98 1.62 1.65 0.98 1.45 0.62 0.14 0.04 0.21
C5 0.58 0.44 0.74 0.71 0.28 0.69 0.27 0.57 0.34 0.45 0.35 0.23 0.53 0.94 0.85 0.56 0.33 0.03 0.11 0.07
C5' 1.39 1.33 1.31 1.04 0.98 1.17 0.84 0.87 0.97 1.23 1.20 0.88 1.53 1.60 0.94 1.34 0.54 0.19 0.05 0.14
C6 0.37 0.24 0.59 0.65 0.21 0.55 0.23 0.48 0.25 0.27 0.20 0.20 0.28 0.76 0.88 0.33 0.29 0.15 0.08 0.08
C8 0.82 0.69 0.90 0.79 0.46 0.83 0.41 0.64 0.51 0.67 0.59 0.38 0.82 1.13 0.84 0.80 0.38 0.10 0.12 0.07
N1 0.35 0.24 0.54 0.60 0.20 0.52 0.22 0.47 0.24 0.27 0.20 0.19 0.27 0.68 0.80 0.32 0.29 0.15 0.08 0.08
N2 0.48 0.40 0.53 0.52 0.30 0.56 0.28 0.53 0.34 0.41 0.35 0.26 0.45 0.65 0.57 0.49 0.31 0.05 0.11 0.07
N3 0.77 0.66 0.78 0.68 0.47 0.77 0.43 0.64 0.52 0.65 0.58 0.41 0.76 0.96 0.69 0.78 0.37 0.15 0.13 0.07
N7 0.64 0.49 0.79 0.75 0.31 0.73 0.29 0.58 0.37 0.49 0.39 0.25 0.60 1.01 0.88 0.60 0.34 0.02 0.11 0.07
N9 0.91 0.81 0.93 0.79 0.56 0.88 0.50 0.69 0.60 0.77 0.70 0.49 0.93 1.15 0.79 0.90 0.40 0.14 0.12 0.08
O2' 1.84 1.76 1.66 1.35 1.38 1.56 1.23 1.25 1.38 1.67 1.62 1.25 1.97 1.93 1.19 1.82 0.86 0.11 0.17 0.39
O3' 2.13 1.99 2.03 1.67 1.44 1.83 1.25 1.41 1.46 1.87 1.78 1.26 2.29 2.41 1.57 2.04 0.95 0.06 0.11 0.38
O4' 1.12 1.08 1.02 0.79 0.84 0.94 0.73 0.72 0.82 1.01 0.99 0.77 1.22 1.24 0.68 1.11 0.44 0.22 0.07 0.11
O5' 1.04 0.94 1.03 0.83 0.62 0.92 0.52 0.67 0.65 0.87 0.81 0.52 1.12 1.31 0.81 1.00 0.37 0.23 0.18 0.03
O6 0.25 0.19 0.50 0.62 0.28 0.44 0.30 0.40 0.27 0.22 0.22 0.30 0.15 0.65 0.93 0.21 0.26 0.26 0.06 0.08
OP1 1.18 1.08 1.19 0.96 0.72 1.02 0.60 0.74 0.73 1.00 0.94 0.62 1.30 1.49 0.94 1.11 0.43 0.20 0.14 0.05
OP2 0.99 0.85 1.11 0.93 0.50 0.94 0.42 0.68 0.55 0.79 0.70 0.39 1.05 1.41 1.01 0.93 0.38 0.16 0.16 0.03
P 0.99 0.88 1.03 0.83 0.56 0.88 0.46 0.63 0.59 0.82 0.75 0.46 1.07 1.31 0.84 0.93 0.34 0.23 0.18 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.10 0.08
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.07 0.02 0.07 0.09 0.21 0.12
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.02 0.10 0.02 0.06 0.03 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.01 0.16 0.02 0.17 0.06 0.05 0.09 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01
C4 0.02 0.02 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.11 0.02 0.13 0.20 0.30 0.18
C4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.02 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03
C5 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.20 0.03 0.17 0.22 0.31 0.20
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.12 0.05 0.06 0.12 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.09 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.20 0.04 0.14 0.14 0.23 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.06 0.17 0.10
N3 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.07 0.01 0.09 0.14 0.25 0.15
N4 0.02 0.03 0.03 0.09 0.00 0.06 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.12 0.01 0.15 0.26 0.35 0.22
O2 0.01 0.01 0.15 0.13 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.15 0.16 0.04 0.08 0.07 0.19 0.12
O2' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03 0.09 0.07 0.15 0.00 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.11 0.02 0.20 0.03 0.20 0.06 0.07 0.12 0.16 0.05 0.00 0.01 0.04 0.08 0.06 0.03
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.07 0.11 0.10 0.11
O5' 0.04 0.07 0.02 0.02 0.13 0.02 0.17 0.01 0.14 0.06 0.09 0.15 0.08 0.03 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.09 0.05 0.06 0.20 0.08 0.22 0.09 0.14 0.06 0.14 0.26 0.07 0.05 0.08 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.21 0.02 0.04 0.30 0.01 0.31 0.01 0.23 0.17 0.25 0.35 0.19 0.03 0.06 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.12 0.03 0.01 0.18 0.03 0.20 0.02 0.14 0.10 0.15 0.22 0.12 0.03 0.03 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00