ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53553

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.005, 0.026, 0.046, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.007, 0.028, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.008, 0.038, 0.067, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.038 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.009, 0.045, 0.081, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.045 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.225, 0.533, 0.841, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.533 std_dev=0.308
C2' A 0, 0.233, 0.557, 0.880, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.557 std_dev=0.324
OP2 B 0, 0.364, 0.881, 1.398, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.881 std_dev=0.517
C4' A 0, 0.408, 0.970, 1.532, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.970 std_dev=0.562
C5' A 0, 0.412, 0.984, 1.556, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.984 std_dev=0.572
P B 0, 0.460, 1.109, 1.759, 1.654 max_d=1.654 avg_d=1.109 std_dev=0.649
C3' A 0, 0.488, 1.158, 1.827, 1.592 max_d=1.592 avg_d=1.158 std_dev=0.670
OP1 B 0, 0.443, 1.153, 1.862, 1.756 max_d=1.756 avg_d=1.153 std_dev=0.710
O2' A 0, 0.528, 1.251, 1.973, 1.700 max_d=1.700 avg_d=1.251 std_dev=0.723
O5' B 0, 0.809, 1.936, 3.064, 2.823 max_d=2.823 avg_d=1.936 std_dev=1.128
O3' A 0, 0.873, 2.071, 3.269, 2.846 max_d=2.846 avg_d=2.071 std_dev=1.198
C5' B 0, 0.911, 2.157, 3.402, 2.887 max_d=2.887 avg_d=2.157 std_dev=1.245
O5' A 0, 0.922, 2.204, 3.487, 3.069 max_d=3.069 avg_d=2.204 std_dev=1.282
OP1 A 0, 1.035, 2.471, 3.906, 3.428 max_d=3.428 avg_d=2.471 std_dev=1.435
C4' B 0, 1.426, 3.374, 5.323, 4.531 max_d=4.531 avg_d=3.374 std_dev=1.948
P A 0, 1.489, 3.546, 5.603, 4.895 max_d=4.895 avg_d=3.546 std_dev=2.057
O4' B 0, 1.510, 3.575, 5.641, 4.830 max_d=4.830 avg_d=3.575 std_dev=2.065
C3' B 0, 2.162, 5.118, 8.074, 6.963 max_d=6.963 avg_d=5.118 std_dev=2.956
OP2 A 0, 2.170, 5.152, 8.135, 7.045 max_d=7.045 avg_d=5.152 std_dev=2.982
C1' B 0, 2.300, 5.444, 8.588, 7.323 max_d=7.323 avg_d=5.444 std_dev=3.144
C6 B 0, 2.576, 6.095, 9.614, 8.203 max_d=8.203 avg_d=6.095 std_dev=3.519
C2' B 0, 2.671, 6.320, 9.969, 8.488 max_d=8.488 avg_d=6.320 std_dev=3.649
N1 B 0, 2.731, 6.462, 10.192, 8.639 max_d=8.639 avg_d=6.462 std_dev=3.731
O3' B 0, 2.774, 6.564, 10.354, 8.852 max_d=8.852 avg_d=6.564 std_dev=3.790
C5 B 0, 3.164, 7.488, 11.811, 10.117 max_d=10.117 avg_d=7.488 std_dev=4.324
O2' B 0, 3.332, 7.884, 12.436, 10.585 max_d=10.585 avg_d=7.884 std_dev=4.552
C2 B 0, 3.444, 8.151, 12.857, 10.937 max_d=10.937 avg_d=8.151 std_dev=4.706
O2 B 0, 3.575, 8.464, 13.352, 11.401 max_d=11.401 avg_d=8.464 std_dev=4.888
C4 B 0, 3.918, 9.270, 14.623, 12.419 max_d=12.419 avg_d=9.270 std_dev=5.352
N3 B 0, 4.027, 9.528, 15.029, 12.762 max_d=12.762 avg_d=9.528 std_dev=5.501
N4 B 0, 4.577, 10.830, 17.084, 14.565 max_d=14.565 avg_d=10.830 std_dev=6.253

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.15 0.00 0.14 0.01 0.14 0.13 0.17
C2 0.04 0.00 0.09 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.22 0.09 0.27 0.01 0.26 0.31 0.36
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.11 0.04 0.05 0.07 0.10 0.08 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.06 0.10 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.13 0.19 0.08 0.04 0.03 0.19 0.10 0.02 0.00 0.01 0.03 0.16 0.02 0.13 0.07
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.04 0.32 0.01 0.29 0.40 0.42
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.11 0.02 0.10 0.07 0.10 0.04 0.14 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.27 0.06
C5 0.01 0.01 0.02 0.14 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.02 0.02 0.43 0.01 0.40 0.64 0.58
C5' 0.04 0.07 0.11 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.09 0.07 0.12 0.04 0.04 0.10 0.01 0.00 0.11 0.11 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.04 0.03 0.44 0.01 0.42 0.67 0.61
C8 0.00 0.01 0.05 0.19 0.01 0.11 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.11 0.05 0.46 0.02 0.39 0.66 0.59
N1 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.13 0.06 0.36 0.01 0.35 0.50 0.50
N2 0.04 0.00 0.10 0.04 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.29 0.11 0.21 0.01 0.21 0.21 0.29
N3 0.04 0.00 0.08 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.23 0.09 0.22 0.01 0.22 0.24 0.30
N7 0.01 0.01 0.02 0.19 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.11 0.03 0.51 0.02 0.46 0.81 0.69
N9 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.05 0.00 0.31 0.01 0.27 0.37 0.39
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.10 0.14 0.16 0.04 0.16 0.19 0.13 0.13 0.09 0.20 0.10 0.00 0.02 0.11 0.05 0.18 0.05 0.09 0.04
O3' 0.15 0.22 0.01 0.00 0.10 0.01 0.02 0.10 0.04 0.11 0.13 0.29 0.23 0.11 0.05 0.02 0.00 0.11 0.02 0.03 0.10 0.20 0.08
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.11 0.09 0.03 0.00 0.11 0.11 0.00 0.17 0.03 0.19 0.15 0.19
O5' 0.14 0.27 0.06 0.03 0.32 0.00 0.43 0.00 0.44 0.46 0.36 0.21 0.22 0.51 0.31 0.05 0.02 0.17 0.00 0.50 0.03 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.03 0.03 0.50 0.00 0.49 0.82 0.71
OP1 0.14 0.26 0.06 0.02 0.29 0.07 0.40 0.11 0.42 0.39 0.35 0.21 0.22 0.46 0.27 0.05 0.10 0.19 0.03 0.49 0.00 0.00 0.01
OP2 0.13 0.31 0.10 0.13 0.40 0.27 0.64 0.21 0.67 0.66 0.50 0.21 0.24 0.81 0.37 0.09 0.20 0.15 0.01 0.82 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.36 0.06 0.07 0.42 0.06 0.58 0.01 0.61 0.59 0.50 0.29 0.30 0.69 0.39 0.04 0.08 0.19 0.00 0.71 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.12 1.97 0.98 0.49 2.43 0.39 1.99 0.16 1.55 1.56 2.39 2.85 1.92 0.93 0.34 0.79 0.33 0.20 0.18 0.20
C2 0.81 1.42 0.67 0.26 1.72 0.23 1.50 0.14 1.20 1.16 1.67 1.89 1.34 0.54 0.14 0.61 0.27 0.15 0.16 0.19
C2' 1.17 2.04 1.06 0.54 2.48 0.41 1.99 0.13 1.56 1.59 2.47 2.93 2.01 1.08 0.44 0.79 0.31 0.25 0.31 0.27
C3' 1.08 1.94 0.98 0.48 2.41 0.33 1.94 0.17 1.50 1.51 2.38 2.87 1.90 0.98 0.37 0.71 0.30 0.21 0.25 0.23
C4 1.03 1.82 0.87 0.43 2.20 0.35 1.80 0.19 1.43 1.45 2.18 2.47 1.76 0.78 0.31 0.75 0.32 0.16 0.17 0.22
C4' 1.08 1.96 0.94 0.46 2.42 0.35 1.96 0.19 1.52 1.53 2.39 2.86 1.91 0.89 0.32 0.76 0.32 0.19 0.14 0.18
C5 1.05 1.85 0.88 0.47 2.11 0.38 1.69 0.23 1.37 1.45 2.17 2.31 1.83 0.78 0.40 0.77 0.34 0.14 0.18 0.26
C5' 1.08 1.99 0.92 0.47 2.43 0.34 1.95 0.27 1.51 1.53 2.43 2.86 1.97 0.85 0.36 0.75 0.28 0.12 0.14 0.16
C6 0.96 1.64 0.78 0.42 1.78 0.35 1.45 0.23 1.21 1.30 1.86 1.88 1.62 0.65 0.35 0.73 0.36 0.13 0.19 0.29
C8 1.15 2.05 0.99 0.55 2.38 0.42 1.87 0.24 1.49 1.57 2.45 2.71 2.04 0.94 0.49 0.82 0.34 0.15 0.19 0.24
N1 0.82 1.40 0.66 0.30 1.59 0.26 1.36 0.19 1.12 1.15 1.60 1.70 1.35 0.52 0.18 0.63 0.33 0.14 0.15 0.26
N2 0.65 1.15 0.53 0.16 1.44 0.14 1.29 0.10 1.02 0.96 1.37 1.59 1.07 0.40 0.21 0.48 0.21 0.14 0.20 0.14
N3 0.92 1.62 0.78 0.33 2.01 0.28 1.72 0.15 1.35 1.32 1.95 2.26 1.54 0.68 0.18 0.67 0.28 0.16 0.18 0.18
N7 1.12 2.00 0.95 0.55 2.23 0.42 1.74 0.26 1.41 1.52 2.35 2.47 2.01 0.88 0.52 0.81 0.34 0.13 0.20 0.27
N9 1.11 1.96 0.95 0.49 2.37 0.38 1.92 0.20 1.51 1.54 2.37 2.73 1.92 0.89 0.38 0.79 0.33 0.17 0.18 0.22
O2' 1.43 2.28 1.34 0.79 2.74 0.64 2.26 0.28 1.82 1.85 2.71 3.21 2.23 1.40 0.66 1.03 0.46 0.36 0.16 0.24
O3' 1.26 2.07 1.20 0.70 2.56 0.54 2.14 0.30 1.70 1.68 2.49 3.00 2.01 1.21 0.57 0.89 0.41 0.38 0.01 0.21
O4' 1.08 1.94 0.91 0.44 2.39 0.36 1.96 0.20 1.52 1.52 2.36 2.80 1.89 0.83 0.29 0.78 0.34 0.18 0.10 0.16
O5' 0.70 1.63 0.56 0.17 2.10 0.08 1.61 0.46 1.16 1.16 2.09 2.56 1.60 0.51 0.17 0.35 0.38 0.29 0.48 0.46
O6 0.93 1.55 0.75 0.45 1.54 0.37 1.23 0.26 1.05 1.21 1.69 1.60 1.59 0.60 0.43 0.72 0.38 0.11 0.23 0.32
OP1 0.64 1.59 0.47 0.08 2.04 0.11 1.55 0.49 1.10 1.11 2.05 2.50 1.56 0.40 0.12 0.30 0.47 0.33 0.47 0.50
OP2 0.36 1.16 0.27 0.28 1.66 0.42 1.23 0.63 0.78 0.75 1.61 2.12 1.11 0.28 0.38 0.20 0.71 0.44 0.59 0.66
P 0.44 1.36 0.30 0.16 1.86 0.30 1.40 0.61 0.93 0.91 1.83 2.33 1.32 0.24 0.27 0.13 0.59 0.44 0.59 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.16 0.01 0.18 0.36 0.17 0.15
C2 0.03 0.00 0.13 0.14 0.02 0.02 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.08 0.29 0.55 0.14 0.22
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.09 0.10 0.02 0.11 0.04 0.21 0.00 0.02 0.01 0.34 0.44 0.14 0.33
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.18 0.00 0.16 0.03 0.13 0.11 0.17 0.20 0.11 0.02 0.01 0.02 0.27 0.37 0.03 0.25
C4 0.02 0.02 0.03 0.18 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.15 0.07 0.03 0.34 0.65 0.24 0.24
C4' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.04 0.08 0.05 0.18 0.01 0.00 0.01 0.16 0.24 0.01
C5 0.02 0.02 0.06 0.16 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.22 0.08 0.06 0.35 0.62 0.27 0.23
C5' 0.04 0.09 0.09 0.03 0.18 0.00 0.19 0.00 0.14 0.08 0.14 0.21 0.07 0.11 0.12 0.00 0.01 0.20 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.05 0.07 0.34 0.55 0.22 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04 0.02 0.28 0.50 0.16 0.20
N3 0.03 0.01 0.11 0.17 0.01 0.04 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.06 0.31 0.62 0.18 0.23
N4 0.03 0.02 0.04 0.20 0.00 0.08 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.16 0.10 0.03 0.35 0.68 0.27 0.24
O2 0.05 0.00 0.21 0.11 0.02 0.05 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.13 0.12 0.26 0.51 0.11 0.21
O2' 0.03 0.02 0.00 0.02 0.15 0.18 0.22 0.11 0.21 0.09 0.06 0.16 0.15 0.00 0.03 0.10 0.23 0.37 0.11 0.25
O3' 0.16 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.12 0.05 0.04 0.06 0.10 0.13 0.03 0.00 0.10 0.21 0.51 0.17 0.31
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.06 0.03 0.12 0.10 0.10 0.00 0.06 0.23 0.27 0.04
O5' 0.18 0.29 0.34 0.27 0.34 0.01 0.35 0.01 0.34 0.28 0.31 0.35 0.26 0.23 0.21 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.36 0.55 0.44 0.37 0.65 0.16 0.62 0.20 0.55 0.50 0.62 0.68 0.51 0.37 0.51 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.14 0.14 0.03 0.24 0.24 0.27 0.37 0.22 0.16 0.18 0.27 0.11 0.11 0.17 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.22 0.33 0.25 0.24 0.01 0.23 0.01 0.22 0.20 0.23 0.24 0.21 0.25 0.31 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00