ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53555

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.013, 0.040, 0.067, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.040 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.015, 0.050, 0.084, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.050 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.012, 0.049, 0.086, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.018, 0.058, 0.097, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.058 std_dev=0.040
N2 A 0, 0.024, 0.064, 0.104, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.064 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.022, 0.067, 0.111, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.067 std_dev=0.044
C5' A 0, 0.007, 0.054, 0.101, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.054 std_dev=0.047
O3' A 0, 0.031, 0.083, 0.135, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.083 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.023, 0.078, 0.133, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.078 std_dev=0.055
C2' B 0, 0.024, 0.081, 0.137, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.081 std_dev=0.057
C3' B 0, 0.022, 0.096, 0.171, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.096 std_dev=0.074
O5' A 0, 0.025, 0.104, 0.183, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.079
C4' B 0, 0.030, 0.123, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.123 std_dev=0.093
O3' B 0, 0.012, 0.111, 0.209, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.111 std_dev=0.098
P A 0, 0.044, 0.147, 0.251, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.147 std_dev=0.104
OP2 A 0, 0.041, 0.156, 0.271, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.156 std_dev=0.115
C1' B 0, 0.038, 0.153, 0.269, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.153 std_dev=0.115
O2' B 0, 0.033, 0.150, 0.267, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.150 std_dev=0.117
OP2 B 0, 0.037, 0.155, 0.273, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.155 std_dev=0.118
P B 0, 0.020, 0.141, 0.263, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.141 std_dev=0.121
O2 B 0, 0.059, 0.195, 0.331, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.195 std_dev=0.136
OP1 B 0, 0.021, 0.161, 0.302, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.161 std_dev=0.141
C5' B 0, 0.034, 0.175, 0.315, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.175 std_dev=0.141
O5' B 0, 0.031, 0.177, 0.324, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.177 std_dev=0.147
OP1 A 0, 0.056, 0.204, 0.352, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.204 std_dev=0.148
O4' B 0, 0.036, 0.188, 0.340, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.188 std_dev=0.152
N1 B 0, 0.037, 0.191, 0.345, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.191 std_dev=0.154
C2 B 0, 0.057, 0.224, 0.392, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.224 std_dev=0.168
C6 B 0, 0.029, 0.208, 0.388, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.208 std_dev=0.180
N3 B 0, 0.062, 0.274, 0.486, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.274 std_dev=0.212
C5 B 0, 0.032, 0.257, 0.483, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.257 std_dev=0.225
C4 B 0, 0.043, 0.281, 0.520, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.281 std_dev=0.239
N4 B 0, 0.044, 0.333, 0.622, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.333 std_dev=0.289

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.08 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05
C3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.08 0.05
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04
C8 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
N1 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.07 0.05
N2 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.08 0.06
N7 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.08 0.06
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05
O3' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01
O5' 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.00 0.03 0.04 0.03
OP1 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.05 0.02 0.08 0.02 0.06 0.02 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03
C2 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.10 0.04 0.06 0.05 0.08 0.07
C2' 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04
C3' 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.09 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02
C4 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05
C4' 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.08 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01
C5 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04
C5' 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.10 0.07 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04
C8 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04
N1 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06
N2 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.02 0.11 0.04 0.08 0.06 0.09 0.09
N3 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.09 0.05 0.05 0.04 0.07 0.06
N7 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.02 0.02 0.06 0.04
N9 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05
O2' 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.09 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05
O3' 0.06 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.08 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01
O4' 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.08 0.08 0.02 0.03 0.02 0.01
O5' 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.10 0.07 0.02 0.03 0.03 0.02
O6 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05 0.10 0.07 0.04 0.06 0.05
OP1 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.06 0.08 0.02 0.04 0.02 0.01
OP2 0.08 0.07 0.04 0.01 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.03 0.11 0.06 0.06 0.02 0.04
P 0.07 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.05 0.10 0.04 0.06 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.07 0.05
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
N4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.04
O2 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.13 0.10
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.06 0.05
O5' 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.13 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.03 0.07 0.08 0.06 0.03 0.07 0.01 0.05 0.03 0.04 0.08 0.03 0.07 0.13 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00