ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53556

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N7 A 0, -0.001, 0.007, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.009
N9 A 0, -0.003, 0.008, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C4 A 0, -0.002, 0.009, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C2 A 0, -0.003, 0.010, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.013
N3 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.014
O6 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C1' A 0, -0.003, 0.012, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N2 A 0, -0.006, 0.024, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.001, 0.044, 0.087, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.044 std_dev=0.043
O4' A 0, -0.011, 0.063, 0.137, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.063 std_dev=0.074
P A 0, 0.002, 0.095, 0.187, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.095 std_dev=0.093
O5' B 0, 0.008, 0.102, 0.196, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.102 std_dev=0.094
C5' B 0, -0.003, 0.099, 0.202, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.099 std_dev=0.103
C4' B 0, -0.009, 0.094, 0.197, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.094 std_dev=0.103
OP2 B 0, -0.001, 0.102, 0.206, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.102 std_dev=0.104
P B 0, -0.001, 0.108, 0.218, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.108 std_dev=0.110
C1' B 0, -0.021, 0.099, 0.219, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.099 std_dev=0.120
O2 B 0, -0.027, 0.097, 0.221, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.097 std_dev=0.124
OP1 B 0, 0.027, 0.153, 0.280, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.153 std_dev=0.126
C3' B 0, -0.020, 0.117, 0.255, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.117 std_dev=0.138
C2' B 0, -0.025, 0.120, 0.265, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.120 std_dev=0.145
O4' B 0, -0.034, 0.132, 0.297, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.132 std_dev=0.166
C4' A 0, -0.025, 0.144, 0.314, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.144 std_dev=0.170
O3' B 0, -0.041, 0.154, 0.348, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.154 std_dev=0.194
O2' B 0, -0.042, 0.157, 0.356, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.157 std_dev=0.199
C2 B 0, -0.050, 0.155, 0.360, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.155 std_dev=0.205
OP1 A 0, -0.022, 0.203, 0.429, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.203 std_dev=0.226
N1 B 0, -0.057, 0.185, 0.427, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.185 std_dev=0.242
O5' A 0, -0.058, 0.192, 0.441, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.192 std_dev=0.250
O3' A 0, -0.047, 0.260, 0.568, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.260 std_dev=0.308
N3 B 0, -0.082, 0.233, 0.548, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.233 std_dev=0.315
C3' A 0, -0.067, 0.252, 0.571, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.252 std_dev=0.319
OP2 A 0, -0.062, 0.292, 0.646, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.292 std_dev=0.354
O2' A 0, -0.096, 0.272, 0.641, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.272 std_dev=0.369
C6 B 0, -0.101, 0.303, 0.707, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.303 std_dev=0.404
C4 B 0, -0.120, 0.328, 0.776, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.328 std_dev=0.448
C5 B 0, -0.134, 0.369, 0.872, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.369 std_dev=0.503
N4 B 0, -0.142, 0.401, 0.944, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.401 std_dev=0.543
C5' A 0, -0.163, 0.495, 1.152, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.495 std_dev=0.657

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.12 0.18 0.07
C2 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.08 0.02 0.00 0.00 0.04 0.23 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.17 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.09 0.01 0.11 0.03 0.10 0.13 0.08
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.14 0.19 0.09 0.01 0.03 0.20 0.12 0.01 0.00 0.02 0.35 0.17 0.02 0.31 0.26
C4 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.01 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.12 0.00 0.02 0.00 0.03 0.24 0.10
C4' 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.03 0.07 0.02 0.25 0.08 0.00 0.00 0.06 0.25 0.02 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.15 0.00 0.04 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.16 0.01 0.06 0.01 0.01 0.25 0.09
C5' 0.11 0.25 0.17 0.00 0.26 0.00 0.33 0.00 0.35 0.31 0.31 0.21 0.21 0.36 0.24 0.08 0.08 0.01 0.01 0.39 0.08 0.17 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.04 0.00 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.27 0.16 0.01 0.06 0.00 0.01 0.24 0.09
C8 0.01 0.00 0.02 0.19 0.00 0.06 0.00 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.18 0.03 0.08 0.01 0.00 0.26 0.10
N1 0.02 0.00 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.12 0.01 0.03 0.00 0.02 0.23 0.09
N2 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.22 0.10
N3 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.07 0.03 0.01 0.00 0.05 0.23 0.10
N7 0.00 0.00 0.03 0.20 0.00 0.07 0.00 0.36 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.19 0.03 0.09 0.01 0.03 0.26 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.02 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.13 0.01 0.03 0.00 0.05 0.24 0.10
O2' 0.02 0.30 0.00 0.01 0.24 0.25 0.23 0.08 0.27 0.11 0.30 0.30 0.28 0.17 0.14 0.00 0.16 0.11 0.23 0.27 0.03 0.19 0.20
O3' 0.06 0.08 0.09 0.00 0.12 0.08 0.16 0.08 0.16 0.18 0.12 0.05 0.07 0.19 0.13 0.16 0.00 0.06 0.39 0.18 0.01 0.24 0.24
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.11 0.06 0.00 0.06 0.02 0.16 0.14 0.03
O5' 0.00 0.00 0.11 0.35 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.09 0.03 0.23 0.39 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.17 0.00 0.06 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.27 0.18 0.02 0.08 0.00 0.03 0.23 0.08
OP1 0.12 0.04 0.10 0.02 0.03 0.25 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.16 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.23 0.13 0.31 0.24 0.02 0.25 0.17 0.24 0.26 0.23 0.22 0.23 0.26 0.24 0.19 0.24 0.14 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.08 0.26 0.10 0.04 0.09 0.01 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.20 0.24 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.02 0.12 0.12 0.03 0.10 0.09 0.10 0.11 0.08 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.04 0.09 0.04 0.08 0.06
C2 0.07 0.02 0.09 0.09 0.05 0.07 0.10 0.08 0.12 0.07 0.01 0.04 0.03 0.07 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04
C2' 0.04 0.00 0.09 0.09 0.02 0.05 0.06 0.06 0.08 0.04 0.02 0.00 0.04 0.07 0.07 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01
C3' 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.07 0.03 0.09 0.06 0.02 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.01 0.10 0.09 0.10 0.10
C4 0.07 0.01 0.09 0.09 0.05 0.08 0.11 0.08 0.12 0.08 0.00 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.06
C4' 0.09 0.05 0.14 0.14 0.06 0.11 0.11 0.10 0.12 0.09 0.03 0.04 0.02 0.13 0.13 0.04 0.08 0.03 0.07 0.04
C5 0.08 0.03 0.08 0.08 0.08 0.08 0.14 0.09 0.15 0.10 0.02 0.07 0.03 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.09 0.07
C5' 0.17 0.19 0.09 0.09 0.18 0.16 0.15 0.17 0.14 0.16 0.20 0.19 0.21 0.11 0.08 0.24 0.23 0.36 0.23 0.29
C6 0.09 0.05 0.09 0.08 0.11 0.09 0.17 0.09 0.18 0.11 0.05 0.10 0.02 0.05 0.03 0.08 0.08 0.06 0.10 0.09
C8 0.08 0.02 0.09 0.08 0.06 0.08 0.13 0.09 0.14 0.08 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07
N1 0.09 0.04 0.09 0.09 0.09 0.09 0.15 0.09 0.16 0.10 0.04 0.09 0.02 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.09 0.07
N2 0.05 0.01 0.09 0.10 0.03 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.01 0.02 0.03 0.08 0.08 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01
N3 0.06 0.00 0.09 0.09 0.03 0.07 0.08 0.08 0.10 0.06 0.01 0.01 0.04 0.08 0.07 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04
N7 0.08 0.03 0.08 0.08 0.08 0.09 0.15 0.09 0.16 0.10 0.02 0.08 0.03 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.09 0.08
N9 0.07 0.01 0.09 0.09 0.04 0.08 0.10 0.09 0.12 0.07 0.00 0.03 0.03 0.08 0.07 0.03 0.08 0.04 0.07 0.06
O2' 0.25 0.28 0.18 0.18 0.26 0.24 0.23 0.24 0.22 0.24 0.29 0.26 0.29 0.19 0.18 0.32 0.26 0.35 0.29 0.31
O3' 0.06 0.01 0.10 0.11 0.01 0.10 0.06 0.12 0.08 0.05 0.05 0.04 0.04 0.10 0.10 0.02 0.13 0.10 0.12 0.12
O4' 0.09 0.03 0.13 0.13 0.04 0.11 0.09 0.11 0.11 0.08 0.01 0.02 0.00 0.12 0.12 0.04 0.09 0.03 0.08 0.06
O5' 0.07 0.05 0.08 0.07 0.10 0.06 0.15 0.07 0.15 0.09 0.05 0.10 0.01 0.05 0.03 0.03 0.07 0.02 0.08 0.06
O6 0.11 0.07 0.08 0.08 0.14 0.10 0.21 0.10 0.21 0.14 0.07 0.14 0.01 0.04 0.02 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11
OP1 0.02 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.07 0.02 0.08 0.05 0.10 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05
OP2 0.31 0.24 0.34 0.34 0.26 0.33 0.33 0.33 0.35 0.31 0.21 0.24 0.19 0.32 0.33 0.28 0.30 0.24 0.31 0.28
P 0.17 0.11 0.19 0.19 0.14 0.18 0.21 0.18 0.22 0.17 0.09 0.13 0.06 0.17 0.16 0.13 0.17 0.12 0.17 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.04 0.04 0.05 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.10 0.11 0.02 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.14 0.18 0.07 0.13
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.14 0.18 0.07 0.13
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.02 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.06 0.04 0.04 0.01
N4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.11 0.02 0.08
O2 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.13 0.04 0.05 0.12 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04 0.05
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04
O4' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.04 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01
O5' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.08 0.06 0.11 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.04 0.06 0.06 0.11 0.06 0.18 0.05 0.18 0.11 0.04 0.11 0.05 0.04 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.12 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.13 0.06 0.01 0.08 0.09 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00