ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53557

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.002, 0.020, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.003, 0.027, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.003, 0.038, 0.073, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.038 std_dev=0.035
O6 A 0, 0.004, 0.089, 0.175, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.089 std_dev=0.086
C2' A 0, -0.016, 0.330, 0.676, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.330 std_dev=0.346
O4' A 0, -0.019, 0.370, 0.758, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.370 std_dev=0.388
P B 0, 0.052, 0.499, 0.945, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.499 std_dev=0.447
OP1 B 0, 0.167, 0.674, 1.182, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.674 std_dev=0.508
OP1 A 0, 0.183, 0.773, 1.363, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.773 std_dev=0.590
O5' B 0, 0.243, 0.839, 1.435, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.839 std_dev=0.596
OP2 B 0, 0.051, 0.658, 1.265, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.658 std_dev=0.607
O2' A 0, -0.078, 0.647, 1.373, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.647 std_dev=0.726
C5' B 0, 0.332, 1.160, 1.988, 1.875 max_d=1.875 avg_d=1.160 std_dev=0.828
C4' A 0, -0.116, 0.716, 1.548, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.716 std_dev=0.832
C3' A 0, -0.102, 0.791, 1.683, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.791 std_dev=0.893
O5' A 0, 0.067, 0.996, 1.925, 2.236 max_d=2.236 avg_d=0.996 std_dev=0.929
P A 0, 0.113, 1.085, 2.056, 2.358 max_d=2.358 avg_d=1.085 std_dev=0.972
C5' A 0, -0.065, 0.919, 1.903, 2.284 max_d=2.284 avg_d=0.919 std_dev=0.984
O4' B 0, 0.460, 1.578, 2.695, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.578 std_dev=1.118
C4' B 0, 0.463, 1.591, 2.718, 2.486 max_d=2.486 avg_d=1.591 std_dev=1.128
C3' B 0, 0.510, 1.758, 3.005, 2.766 max_d=2.766 avg_d=1.758 std_dev=1.248
C6 B 0, 0.278, 1.530, 2.782, 3.066 max_d=3.066 avg_d=1.530 std_dev=1.252
C1' B 0, 0.549, 1.937, 3.325, 3.184 max_d=3.184 avg_d=1.937 std_dev=1.388
N1 B 0, 0.356, 1.765, 3.174, 3.448 max_d=3.448 avg_d=1.765 std_dev=1.409
C5 B 0, 0.290, 1.717, 3.145, 3.496 max_d=3.496 avg_d=1.717 std_dev=1.428
O3' A 0, -0.164, 1.273, 2.710, 3.282 max_d=3.282 avg_d=1.273 std_dev=1.437
O3' B 0, 0.687, 2.344, 4.002, 3.528 max_d=3.528 avg_d=2.344 std_dev=1.658
C2 B 0, 0.274, 2.000, 3.725, 4.211 max_d=4.211 avg_d=2.000 std_dev=1.725
C2' B 0, 0.734, 2.523, 4.312, 3.944 max_d=3.944 avg_d=2.523 std_dev=1.789
C4 B 0, 0.268, 2.060, 3.851, 4.367 max_d=4.367 avg_d=2.060 std_dev=1.792
OP2 A 0, 0.087, 1.912, 3.737, 4.369 max_d=4.369 avg_d=1.912 std_dev=1.825
O2 B 0, 0.419, 2.290, 4.162, 4.585 max_d=4.585 avg_d=2.290 std_dev=1.872
N3 B 0, 0.163, 2.101, 4.039, 4.675 max_d=4.675 avg_d=2.101 std_dev=1.938
N4 B 0, 0.440, 2.484, 4.528, 5.006 max_d=5.006 avg_d=2.484 std_dev=2.044
O2' B 0, 1.148, 3.924, 6.700, 5.977 max_d=5.977 avg_d=3.924 std_dev=2.776

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.27 0.00 0.20 0.02 0.36 0.27 0.11
C2 0.03 0.00 0.29 0.26 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.16 0.16 0.06 0.05 0.27 0.83 0.37
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.17 0.02 0.12 0.17 0.17 0.09 0.25 0.32 0.29 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.16 0.64 0.21 0.29
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.31 0.01 0.41 0.01 0.43 0.35 0.36 0.18 0.21 0.43 0.25 0.02 0.01 0.02 0.13 0.49 0.07 0.34 0.11
C4 0.01 0.00 0.17 0.31 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.03 0.08 0.05 0.02 0.29 0.78 0.36
C4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.15 0.24 0.07 0.09 0.02 0.24 0.11 0.29 0.00 0.00 0.02 0.21 0.09 0.11 0.06
C5 0.00 0.01 0.12 0.41 0.01 0.16 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.29 0.14 0.03 0.18 0.03 0.23 1.05 0.53
C5' 0.05 0.03 0.17 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.22 0.25 0.12 0.06 0.02 0.29 0.10 0.11 0.18 0.02 0.01 0.30 0.24 0.26 0.01
C6 0.01 0.03 0.17 0.43 0.01 0.15 0.01 0.22 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.30 0.13 0.06 0.23 0.01 0.19 1.17 0.60
C8 0.01 0.00 0.09 0.35 0.00 0.24 0.01 0.25 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.30 0.20 0.09 0.12 0.06 0.30 0.82 0.42
N1 0.02 0.02 0.25 0.36 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.22 0.01 0.12 0.16 0.04 0.21 1.04 0.51
N2 0.05 0.01 0.32 0.18 0.02 0.09 0.02 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.29 0.21 0.03 0.07 0.28 0.76 0.32
N3 0.02 0.01 0.29 0.21 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.20 0.15 0.02 0.05 0.30 0.68 0.29
N7 0.00 0.01 0.02 0.43 0.01 0.24 0.01 0.29 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.34 0.25 0.04 0.22 0.07 0.23 1.11 0.58
N9 0.00 0.00 0.02 0.25 0.01 0.11 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.21 0.04 0.00 0.04 0.03 0.33 0.60 0.26
O2' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.20 0.29 0.29 0.11 0.30 0.30 0.22 0.09 0.09 0.34 0.21 0.00 0.05 0.22 0.17 0.33 0.57 0.20 0.19
O3' 0.27 0.16 0.01 0.01 0.03 0.00 0.14 0.18 0.13 0.20 0.01 0.29 0.20 0.25 0.04 0.05 0.00 0.16 0.38 0.22 0.36 0.46 0.33
O4' 0.00 0.16 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.02 0.06 0.09 0.12 0.21 0.15 0.04 0.00 0.22 0.16 0.00 0.19 0.03 0.13 0.14 0.09
O5' 0.20 0.06 0.31 0.13 0.05 0.02 0.18 0.01 0.23 0.12 0.16 0.03 0.02 0.22 0.04 0.17 0.38 0.19 0.00 0.33 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.05 0.16 0.49 0.02 0.21 0.03 0.30 0.01 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.03 0.33 0.22 0.03 0.33 0.00 0.16 1.35 0.73
OP1 0.36 0.27 0.64 0.07 0.29 0.09 0.23 0.24 0.19 0.30 0.21 0.28 0.30 0.23 0.33 0.57 0.36 0.13 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.83 0.21 0.34 0.78 0.11 1.05 0.26 1.17 0.82 1.04 0.76 0.68 1.11 0.60 0.20 0.46 0.14 0.02 1.35 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.37 0.29 0.11 0.36 0.06 0.53 0.01 0.60 0.42 0.51 0.32 0.29 0.58 0.26 0.19 0.33 0.09 0.01 0.73 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.78 0.82 0.97 0.93 0.64 0.80 0.51 0.61 0.51 0.70 0.77 0.68 0.97 1.15 1.17 0.69 0.27 0.08 0.40 0.16
C2 0.45 0.49 0.59 0.60 0.43 0.55 0.37 0.45 0.33 0.42 0.47 0.47 0.58 0.71 0.83 0.43 0.18 0.06 0.47 0.23
C2' 0.38 0.38 0.66 0.59 0.37 0.43 0.34 0.24 0.17 0.26 0.37 0.50 0.54 0.89 0.85 0.28 0.11 0.35 0.71 0.49
C3' 0.79 0.92 1.05 0.97 0.72 0.73 0.53 0.47 0.51 0.73 0.88 0.76 1.10 1.24 1.25 0.61 0.17 0.25 0.49 0.31
C4 0.61 0.65 0.76 0.76 0.52 0.67 0.43 0.52 0.41 0.56 0.61 0.55 0.78 0.92 1.02 0.56 0.21 0.14 0.47 0.25
C4' 1.22 1.33 1.46 1.36 1.05 1.15 0.83 0.86 0.87 1.14 1.26 1.04 1.54 1.65 1.65 1.04 0.51 0.04 0.32 0.13
C5 0.59 0.63 0.71 0.71 0.50 0.65 0.42 0.50 0.42 0.54 0.58 0.52 0.76 0.87 0.99 0.54 0.22 0.20 0.48 0.29
C5' 1.26 1.38 1.51 1.38 1.07 1.16 0.84 0.83 0.88 1.18 1.31 1.07 1.62 1.72 1.68 1.06 0.48 0.09 0.36 0.16
C6 0.51 0.55 0.59 0.61 0.45 0.59 0.40 0.47 0.39 0.49 0.52 0.46 0.66 0.75 0.90 0.48 0.24 0.21 0.45 0.29
C8 0.70 0.75 0.86 0.82 0.58 0.73 0.47 0.55 0.47 0.64 0.70 0.60 0.91 1.04 1.11 0.62 0.23 0.20 0.48 0.27
N1 0.43 0.48 0.52 0.55 0.41 0.53 0.37 0.44 0.35 0.42 0.46 0.44 0.57 0.64 0.81 0.42 0.21 0.15 0.46 0.28
N2 0.35 0.38 0.52 0.51 0.38 0.45 0.34 0.39 0.26 0.32 0.38 0.44 0.45 0.64 0.69 0.34 0.14 0.08 0.46 0.18
N3 0.57 0.59 0.73 0.73 0.49 0.64 0.41 0.51 0.38 0.51 0.56 0.54 0.71 0.88 0.96 0.52 0.20 0.07 0.45 0.20
N7 0.65 0.69 0.78 0.75 0.54 0.69 0.45 0.52 0.45 0.60 0.64 0.55 0.84 0.96 1.05 0.58 0.23 0.23 0.49 0.30
N9 0.69 0.73 0.85 0.83 0.57 0.72 0.46 0.55 0.45 0.62 0.68 0.60 0.88 1.03 1.09 0.61 0.22 0.15 0.46 0.24
O2' 0.41 0.33 0.66 0.61 0.39 0.53 0.35 0.43 0.18 0.27 0.34 0.54 0.45 0.93 0.82 0.37 0.11 0.04 0.44 0.18
O3' 1.33 1.49 1.57 1.50 1.26 1.24 1.04 0.97 1.06 1.30 1.46 1.26 1.67 1.71 1.78 1.13 0.70 0.26 0.32 0.28
O4' 1.20 1.26 1.40 1.33 1.00 1.17 0.82 0.92 0.87 1.11 1.19 0.98 1.46 1.59 1.60 1.07 0.56 0.10 0.30 0.16
O5' 1.11 1.21 1.38 1.27 0.91 1.04 0.70 0.73 0.74 1.02 1.14 0.90 1.45 1.60 1.60 0.92 0.37 0.16 0.43 0.22
O6 0.52 0.56 0.56 0.59 0.45 0.59 0.40 0.48 0.41 0.50 0.51 0.44 0.66 0.74 0.88 0.50 0.28 0.24 0.40 0.28
OP1 1.16 1.26 1.37 1.28 0.98 1.12 0.81 0.86 0.85 1.09 1.19 0.97 1.47 1.57 1.60 1.02 0.55 0.25 0.41 0.30
OP2 0.65 0.90 0.91 0.75 0.73 0.50 0.61 0.27 0.52 0.66 0.88 0.79 1.13 1.16 1.17 0.43 0.49 1.04 1.16 1.01
P 0.79 0.97 1.03 0.91 0.77 0.69 0.59 0.39 0.55 0.76 0.94 0.81 1.19 1.24 1.25 0.60 0.24 0.57 0.75 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.10 0.04 0.11 0.00 0.11 0.09 0.20 0.12
C2 0.05 0.00 0.12 0.21 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.12 0.02 0.11 0.12 0.13 0.13
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.12 0.10 0.14 0.02 0.09 0.05 0.25 0.00 0.02 0.02 0.27 0.26 0.44 0.30
C3' 0.03 0.21 0.01 0.00 0.22 0.01 0.19 0.01 0.16 0.16 0.23 0.24 0.22 0.01 0.02 0.02 0.08 0.12 0.13 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.16 0.03 0.15 0.17 0.15 0.16
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.12 0.09 0.10 0.12 0.10 0.20 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02
C5 0.02 0.01 0.12 0.19 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.33 0.16 0.04 0.15 0.17 0.15 0.17
C5' 0.02 0.08 0.10 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.08 0.10 0.13 0.09 0.09 0.13 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.16 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.27 0.12 0.05 0.13 0.14 0.13 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.09 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.15 0.07 0.03 0.10 0.10 0.13 0.11
N3 0.04 0.00 0.09 0.23 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.14 0.02 0.13 0.14 0.13 0.15
N4 0.03 0.02 0.05 0.24 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.20 0.03 0.16 0.19 0.18 0.18
O2 0.10 0.01 0.25 0.22 0.01 0.10 0.02 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.10 0.16 0.04 0.12 0.12 0.14 0.13
O2' 0.04 0.11 0.00 0.01 0.29 0.20 0.33 0.09 0.27 0.15 0.19 0.31 0.10 0.00 0.03 0.15 0.19 0.18 0.50 0.26
O3' 0.11 0.12 0.02 0.02 0.16 0.03 0.16 0.13 0.12 0.07 0.14 0.20 0.16 0.03 0.00 0.05 0.15 0.26 0.12 0.19
O4' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.15 0.05 0.00 0.11 0.11 0.15 0.11
O5' 0.11 0.11 0.27 0.08 0.15 0.03 0.15 0.01 0.13 0.10 0.13 0.16 0.12 0.19 0.15 0.11 0.00 0.01 0.04 0.00
OP1 0.09 0.12 0.26 0.12 0.17 0.02 0.17 0.06 0.14 0.10 0.14 0.19 0.12 0.18 0.26 0.11 0.01 0.00 0.03 0.02
OP2 0.20 0.13 0.44 0.13 0.15 0.07 0.15 0.04 0.13 0.13 0.13 0.18 0.14 0.50 0.12 0.15 0.04 0.03 0.00 0.01
P 0.12 0.13 0.30 0.09 0.16 0.02 0.17 0.01 0.14 0.11 0.15 0.18 0.13 0.26 0.19 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00