ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53558

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.001, 0.023, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.010, 0.060, 0.109, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.006, 0.068, 0.129, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.068 std_dev=0.062
C4' A 0, -0.011, 0.117, 0.244, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.117 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.011, 0.149, 0.288, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.149 std_dev=0.139
C3' A 0, -0.024, 0.142, 0.309, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.142 std_dev=0.166
C5' A 0, -0.037, 0.153, 0.343, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.153 std_dev=0.190
O5' A 0, -0.053, 0.180, 0.413, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.180 std_dev=0.233
O3' A 0, -0.059, 0.261, 0.581, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.261 std_dev=0.320
P A 0, -0.074, 0.269, 0.612, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.269 std_dev=0.343
C6 B 0, -0.030, 0.316, 0.661, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.316 std_dev=0.345
C5 B 0, -0.027, 0.333, 0.693, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.333 std_dev=0.360
OP2 B 0, -0.046, 0.355, 0.755, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.355 std_dev=0.401
P B 0, -0.060, 0.345, 0.750, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.345 std_dev=0.405
OP2 A 0, -0.078, 0.334, 0.746, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.334 std_dev=0.412
OP1 B 0, -0.067, 0.366, 0.800, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.366 std_dev=0.433
O5' B 0, -0.069, 0.377, 0.824, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.377 std_dev=0.446
OP1 A 0, -0.105, 0.366, 0.836, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.366 std_dev=0.471
O4' B 0, -0.081, 0.398, 0.877, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.398 std_dev=0.479
N1 B 0, -0.081, 0.428, 0.936, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.428 std_dev=0.509
C4 B 0, -0.067, 0.444, 0.954, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.444 std_dev=0.511
C5' B 0, -0.094, 0.427, 0.949, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.427 std_dev=0.521
N4 B 0, -0.069, 0.461, 0.991, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.461 std_dev=0.530
C1' B 0, -0.097, 0.437, 0.971, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.437 std_dev=0.534
C4' B 0, -0.107, 0.454, 1.015, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.454 std_dev=0.561
C3' B 0, -0.105, 0.490, 1.085, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.490 std_dev=0.595
C2' B 0, -0.106, 0.490, 1.085, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.490 std_dev=0.595
O2' B 0, -0.127, 0.523, 1.174, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.523 std_dev=0.650
N3 B 0, -0.119, 0.573, 1.264, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.573 std_dev=0.692
C2 B 0, -0.132, 0.575, 1.283, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.575 std_dev=0.708
O3' B 0, -0.133, 0.592, 1.317, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.592 std_dev=0.725
O2 B 0, -0.195, 0.717, 1.628, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.717 std_dev=0.912

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.17 0.12
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.12 0.06 0.02 0.01 0.13 0.07 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.07 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.06 0.15 0.12
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.02 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.03 0.07 0.01 0.13 0.22 0.18
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.10 0.05 0.02 0.00 0.11 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.03 0.08 0.00 0.15 0.25 0.19
C8 0.00 0.00 0.04 0.12 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.14 0.03 0.06 0.01 0.12 0.16 0.16
N1 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.06 0.00 0.11 0.22 0.17
N2 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.15 0.10
N3 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.09
N7 0.01 0.00 0.04 0.13 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.03 0.10 0.01 0.18 0.24 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.11 0.10
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.13 0.08 0.02 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.12 0.01 0.11 0.14 0.07 0.03 0.00 0.16 0.07 0.04 0.00 0.01 0.11 0.14 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.13 0.04 0.08 0.05 0.04
O5' 0.06 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.06 0.01 0.01 0.10 0.01 0.02 0.11 0.13 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.04 0.10 0.00 0.20 0.28 0.22
OP1 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.13 0.07 0.15 0.12 0.11 0.02 0.02 0.18 0.04 0.06 0.07 0.08 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.17 0.03 0.03 0.15 0.00 0.22 0.02 0.25 0.16 0.22 0.15 0.13 0.24 0.11 0.03 0.05 0.05 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.12 0.03 0.03 0.12 0.01 0.18 0.01 0.19 0.16 0.17 0.10 0.09 0.21 0.10 0.03 0.04 0.04 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.08 0.02 0.11 0.00 0.10 0.06 0.04 0.08 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.13 0.08
C2 0.04 0.03 0.02 0.01 0.07 0.03 0.10 0.01 0.11 0.07 0.04 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.08 0.19 0.12
C2' 0.04 0.04 0.03 0.02 0.10 0.03 0.13 0.02 0.12 0.07 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.05
C3' 0.07 0.06 0.05 0.03 0.12 0.05 0.17 0.04 0.16 0.10 0.08 0.13 0.02 0.07 0.02 0.06 0.00 0.01 0.08 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.09 0.05 0.08 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.10 0.18 0.13
C4' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.11 0.06 0.04 0.09 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.13 0.08
C5 0.07 0.08 0.09 0.12 0.01 0.10 0.05 0.13 0.05 0.03 0.07 0.01 0.13 0.06 0.16 0.07 0.15 0.16 0.22 0.18
C5' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.13 0.07 0.04 0.09 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.12 0.08
C6 0.09 0.11 0.12 0.15 0.04 0.13 0.03 0.17 0.02 0.05 0.09 0.03 0.16 0.09 0.19 0.09 0.19 0.20 0.25 0.22
C8 0.06 0.07 0.08 0.10 0.01 0.08 0.07 0.11 0.06 0.02 0.05 0.02 0.12 0.05 0.13 0.06 0.13 0.13 0.18 0.15
N1 0.03 0.05 0.06 0.10 0.00 0.07 0.05 0.11 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.03 0.13 0.04 0.15 0.17 0.24 0.20
N2 0.12 0.11 0.10 0.08 0.11 0.12 0.13 0.10 0.15 0.13 0.11 0.10 0.10 0.14 0.07 0.12 0.02 0.01 0.17 0.06
N3 0.05 0.05 0.03 0.02 0.08 0.04 0.12 0.02 0.12 0.08 0.06 0.08 0.02 0.07 0.00 0.05 0.04 0.05 0.15 0.08
N7 0.09 0.11 0.12 0.14 0.02 0.13 0.05 0.16 0.03 0.05 0.09 0.02 0.17 0.10 0.19 0.09 0.17 0.16 0.21 0.18
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.09 0.05 0.08 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.16 0.12
O2' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.07 0.04 0.04 0.07 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.14 0.08
O3' 0.09 0.09 0.06 0.05 0.16 0.07 0.20 0.05 0.18 0.13 0.11 0.16 0.06 0.09 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01
O4' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.03 0.09 0.04 0.02 0.07 0.04 0.02 0.04 0.00 0.07 0.07 0.14 0.10
O5' 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.03 0.16 0.05 0.14 0.06 0.04 0.11 0.05 0.00 0.09 0.01 0.07 0.08 0.12 0.09
O6 0.15 0.18 0.18 0.22 0.09 0.21 0.01 0.25 0.02 0.11 0.16 0.08 0.24 0.15 0.27 0.16 0.24 0.24 0.28 0.25
OP1 0.07 0.04 0.05 0.02 0.10 0.04 0.17 0.01 0.17 0.10 0.05 0.10 0.01 0.08 0.03 0.07 0.03 0.05 0.12 0.07
OP2 0.15 0.12 0.13 0.10 0.19 0.12 0.27 0.09 0.27 0.19 0.13 0.19 0.05 0.16 0.06 0.15 0.07 0.05 0.01 0.04
P 0.11 0.09 0.09 0.06 0.16 0.08 0.23 0.05 0.22 0.15 0.11 0.17 0.03 0.12 0.02 0.11 0.03 0.01 0.05 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.06 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.12 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.13 0.02 0.16 0.17 0.20 0.17
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.15 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.12 0.07 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.17 0.21 0.23 0.21
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.13 0.18 0.18 0.19
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.10 0.01 0.08 0.00 0.07 0.07 0.10 0.11 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.11 0.14 0.13 0.15
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.14 0.14 0.14
N3 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.02 0.18 0.20 0.24 0.20
N4 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.02 0.18 0.23 0.26 0.23
O2 0.01 0.00 0.15 0.16 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.19 0.02 0.15 0.16 0.19 0.16
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03
O3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.14 0.11 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03
O5' 0.05 0.16 0.03 0.00 0.17 0.01 0.13 0.00 0.11 0.12 0.18 0.18 0.15 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.17 0.04 0.02 0.21 0.04 0.18 0.04 0.14 0.14 0.20 0.23 0.16 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.20 0.04 0.03 0.23 0.01 0.18 0.01 0.13 0.14 0.24 0.26 0.19 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.17 0.03 0.01 0.21 0.02 0.19 0.01 0.15 0.14 0.20 0.23 0.16 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00