ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53560

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.000, 0.211, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C2' A 0, 0.000, 0.235, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.235 std_dev=0.235
OP2 B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C4' A 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C3' A 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
O2' A 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
O3' A 0, 0.000, 0.468, 0.937, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.468 std_dev=0.468
P B 0, 0.000, 0.469, 0.938, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.469 std_dev=0.469
O5' A 0, 0.000, 0.470, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.470 std_dev=0.470
OP1 B 0, 0.000, 0.500, 0.999, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.500 std_dev=0.500
OP2 A 0, 0.000, 0.566, 1.132, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C5' A 0, 0.000, 0.592, 1.184, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.592 std_dev=0.592
P A 0, 0.000, 0.650, 1.301, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.650 std_dev=0.650
C5 B 0, 0.000, 0.761, 1.522, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.761 std_dev=0.761
C5' B 0, 0.000, 0.781, 1.563, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.781 std_dev=0.781
C4 B 0, 0.000, 0.785, 1.571, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.785 std_dev=0.785
C6 B 0, 0.000, 0.799, 1.598, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.799 std_dev=0.799
N4 B 0, 0.000, 0.808, 1.617, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.808 std_dev=0.808
N3 B 0, 0.000, 0.817, 1.635, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.817 std_dev=0.817
C2 B 0, 0.000, 0.836, 1.672, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.836 std_dev=0.836
O5' B 0, 0.000, 0.839, 1.679, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.839 std_dev=0.839
C3' B 0, 0.000, 0.841, 1.683, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.841 std_dev=0.841
N1 B 0, 0.000, 0.844, 1.687, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.844 std_dev=0.844
O2 B 0, 0.000, 0.873, 1.746, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.873 std_dev=0.873
C4' B 0, 0.000, 0.884, 1.768, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.884 std_dev=0.884
O4' B 0, 0.000, 0.916, 1.832, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.916 std_dev=0.916
C2' B 0, 0.000, 0.917, 1.833, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.917 std_dev=0.917
O3' B 0, 0.000, 0.918, 1.835, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.918 std_dev=0.918
C1' B 0, 0.000, 0.932, 1.864, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.932 std_dev=0.932
OP1 A 0, 0.000, 1.003, 2.005, 2.005 max_d=2.005 avg_d=1.003 std_dev=1.003
O2' B 0, 0.000, 1.142, 2.284, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.142 std_dev=1.142

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.07 0.01 0.16 0.10 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.19 0.10 0.06 0.00 0.06 0.05 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.20 0.01 0.06
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.13 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.13 0.06 0.02 0.00 0.04 0.11 0.01
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.09 0.08 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.05 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.03 0.04 0.00 0.02 0.14 0.00
C5' 0.01 0.17 0.04 0.02 0.12 0.00 0.13 0.00 0.16 0.02 0.18 0.18 0.14 0.07 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.17 0.03 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.12 0.05 0.07 0.00 0.05 0.11 0.05
C8 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.00 0.20 0.22 0.11
N1 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.16 0.08 0.08 0.00 0.08 0.07 0.06
N2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.08 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.21 0.12 0.07 0.01 0.08 0.02 0.07
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.18 0.10 0.04 0.00 0.01 0.06 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.11 0.20 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.13 0.14 0.07
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.11 0.01 0.08 0.04 0.12 0.03 0.16 0.19 0.16 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.11 0.24 0.00 0.06
O3' 0.09 0.19 0.03 0.00 0.13 0.01 0.10 0.00 0.12 0.03 0.16 0.21 0.18 0.05 0.08 0.04 0.00 0.04 0.02 0.11 0.08 0.17 0.04
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.12 0.10 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.04 0.12 0.13 0.11
O5' 0.07 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.05 0.08 0.07 0.04 0.00 0.03 0.05 0.02 0.10 0.00 0.08 0.04 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.04 0.08 0.00 0.07 0.12 0.05
OP1 0.16 0.06 0.20 0.08 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.20 0.08 0.08 0.01 0.11 0.13 0.24 0.08 0.12 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.05 0.01 0.13 0.11 0.05 0.14 0.08 0.11 0.22 0.07 0.02 0.06 0.20 0.14 0.00 0.17 0.13 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.06 0.07 0.02 0.05 0.07 0.06 0.04 0.11 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.26 0.07 0.04 0.25 0.04 0.14 0.04 0.12 0.17 0.30 0.29 0.30 0.06 0.01 0.09 0.01 0.04 0.09 0.07
C2 0.14 0.23 0.11 0.10 0.20 0.08 0.11 0.07 0.10 0.16 0.25 0.21 0.26 0.11 0.10 0.09 0.05 0.02 0.09 0.09
C2' 0.13 0.27 0.08 0.03 0.25 0.02 0.13 0.01 0.10 0.17 0.31 0.30 0.32 0.06 0.00 0.07 0.02 0.09 0.05 0.03
C3' 0.19 0.32 0.14 0.10 0.27 0.08 0.15 0.06 0.14 0.22 0.35 0.30 0.38 0.13 0.07 0.13 0.04 0.03 0.09 0.07
C4 0.08 0.20 0.03 0.01 0.19 0.00 0.09 0.00 0.06 0.12 0.24 0.22 0.24 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04
C4' 0.27 0.40 0.23 0.19 0.34 0.18 0.23 0.16 0.22 0.30 0.42 0.35 0.46 0.21 0.16 0.22 0.13 0.09 0.22 0.19
C5 0.00 0.13 0.04 0.06 0.12 0.07 0.03 0.07 0.01 0.05 0.17 0.16 0.16 0.06 0.09 0.04 0.13 0.12 0.03 0.02
C5' 0.38 0.50 0.34 0.30 0.41 0.28 0.30 0.26 0.31 0.40 0.51 0.41 0.57 0.31 0.27 0.32 0.22 0.19 0.33 0.28
C6 0.02 0.10 0.05 0.07 0.09 0.09 0.01 0.09 0.04 0.02 0.13 0.12 0.13 0.07 0.08 0.06 0.16 0.15 0.01 0.06
C8 0.01 0.14 0.06 0.08 0.15 0.07 0.05 0.07 0.01 0.06 0.19 0.19 0.18 0.08 0.12 0.03 0.12 0.12 0.05 0.01
N1 0.05 0.15 0.03 0.02 0.12 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.17 0.13 0.18 0.03 0.02 0.00 0.07 0.07 0.02 0.01
N2 0.22 0.28 0.20 0.19 0.24 0.17 0.18 0.16 0.18 0.24 0.29 0.22 0.31 0.21 0.19 0.17 0.17 0.10 0.13 0.18
N3 0.16 0.26 0.12 0.09 0.24 0.08 0.15 0.07 0.13 0.19 0.29 0.26 0.29 0.11 0.08 0.11 0.05 0.01 0.10 0.10
N7 0.03 0.10 0.09 0.12 0.11 0.11 0.01 0.11 0.03 0.02 0.15 0.15 0.13 0.12 0.15 0.07 0.17 0.16 0.02 0.05
N9 0.08 0.21 0.02 0.01 0.20 0.01 0.10 0.01 0.07 0.12 0.24 0.24 0.24 0.00 0.04 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04
O2' 0.05 0.20 0.00 0.05 0.19 0.06 0.07 0.09 0.03 0.10 0.25 0.25 0.25 0.01 0.08 0.01 0.10 0.20 0.08 0.08
O3' 0.08 0.22 0.04 0.01 0.16 0.03 0.03 0.06 0.02 0.11 0.25 0.20 0.28 0.03 0.04 0.01 0.07 0.16 0.06 0.06
O4' 0.24 0.37 0.18 0.14 0.34 0.15 0.23 0.14 0.22 0.28 0.40 0.37 0.41 0.15 0.10 0.20 0.12 0.08 0.22 0.18
O5' 0.21 0.34 0.17 0.13 0.27 0.11 0.16 0.09 0.15 0.24 0.36 0.29 0.41 0.14 0.10 0.15 0.04 0.03 0.19 0.13
O6 0.08 0.04 0.12 0.14 0.04 0.15 0.05 0.16 0.09 0.04 0.08 0.08 0.08 0.13 0.14 0.13 0.24 0.22 0.05 0.12
OP1 0.29 0.42 0.27 0.22 0.32 0.18 0.19 0.14 0.20 0.31 0.43 0.32 0.51 0.24 0.20 0.22 0.06 0.05 0.23 0.14
OP2 0.06 0.22 0.01 0.05 0.16 0.05 0.03 0.08 0.02 0.10 0.25 0.18 0.30 0.03 0.09 0.00 0.14 0.13 0.07 0.03
P 0.20 0.34 0.16 0.12 0.26 0.10 0.14 0.08 0.14 0.23 0.35 0.27 0.41 0.13 0.09 0.14 0.01 0.01 0.19 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.15 0.12 0.09
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.13 0.19 0.22 0.16
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.14 0.07
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.15 0.13 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.13 0.15 0.17 0.15
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.13 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.12 0.10 0.08 0.11
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.12 0.11 0.08 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.15 0.12
N3 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.13 0.18 0.22 0.17
N4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.12 0.13 0.16 0.15
O2 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.12 0.21 0.24 0.16
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.06 0.01 0.01 0.06 0.06 0.05 0.00 0.02 0.06 0.05 0.17 0.15 0.09
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.16 0.14 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.00 0.10 0.12 0.05 0.04
O5' 0.09 0.13 0.02 0.03 0.13 0.01 0.12 0.01 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.05 0.06 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.15 0.19 0.15 0.15 0.15 0.13 0.10 0.11 0.11 0.16 0.18 0.13 0.21 0.17 0.16 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.22 0.14 0.13 0.17 0.05 0.08 0.02 0.08 0.15 0.22 0.16 0.24 0.15 0.14 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.16 0.07 0.06 0.15 0.02 0.11 0.00 0.09 0.12 0.17 0.15 0.16 0.09 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00