ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53561

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N3 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N2 A 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
OP2 B 0, 0.000, 0.521, 1.041, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.521 std_dev=0.521
OP1 B 0, 0.000, 0.535, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.535 std_dev=0.535
P B 0, 0.000, 0.656, 1.313, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.656 std_dev=0.656
O3' A 0, 0.000, 0.903, 1.806, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.903 std_dev=0.903
O4' A 0, 0.000, 1.093, 2.187, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.093 std_dev=1.093
C2' A 0, 0.000, 1.216, 2.432, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.216 std_dev=1.216
C3' A 0, 0.000, 1.243, 2.487, 2.487 max_d=2.487 avg_d=1.243 std_dev=1.243
C4' A 0, 0.000, 1.346, 2.693, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.346 std_dev=1.346
O5' B 0, 0.000, 1.658, 3.316, 3.316 max_d=3.316 avg_d=1.658 std_dev=1.658
O2' A 0, 0.000, 1.951, 3.902, 3.902 max_d=3.902 avg_d=1.951 std_dev=1.951
C5' A 0, 0.000, 2.647, 5.294, 5.294 max_d=5.294 avg_d=2.647 std_dev=2.647
C5' B 0, 0.000, 3.002, 6.005, 6.005 max_d=6.005 avg_d=3.002 std_dev=3.002
O5' A 0, 0.000, 3.388, 6.777, 6.777 max_d=6.777 avg_d=3.388 std_dev=3.388
C4' B 0, 0.000, 3.888, 7.777, 7.777 max_d=7.777 avg_d=3.888 std_dev=3.888
C3' B 0, 0.000, 4.338, 8.677, 8.677 max_d=8.677 avg_d=4.338 std_dev=4.338
O3' B 0, 0.000, 4.598, 9.197, 9.197 max_d=9.197 avg_d=4.598 std_dev=4.598
O4' B 0, 0.000, 4.678, 9.356, 9.356 max_d=9.356 avg_d=4.678 std_dev=4.678
P A 0, 0.000, 4.874, 9.748, 9.748 max_d=9.748 avg_d=4.874 std_dev=4.874
OP2 A 0, 0.000, 5.255, 10.509, 10.509 max_d=10.509 avg_d=5.255 std_dev=5.255
C2' B 0, 0.000, 5.522, 11.044, 11.044 max_d=11.044 avg_d=5.522 std_dev=5.522
C1' B 0, 0.000, 5.559, 11.118, 11.118 max_d=11.118 avg_d=5.559 std_dev=5.559
OP1 A 0, 0.000, 5.638, 11.277, 11.277 max_d=11.277 avg_d=5.638 std_dev=5.638
N1 B 0, 0.000, 5.685, 11.370, 11.370 max_d=11.370 avg_d=5.685 std_dev=5.685
C2 B 0, 0.000, 5.814, 11.629, 11.629 max_d=11.629 avg_d=5.814 std_dev=5.814
C6 B 0, 0.000, 5.816, 11.632, 11.632 max_d=11.632 avg_d=5.816 std_dev=5.816
O2 B 0, 0.000, 5.902, 11.804, 11.804 max_d=11.804 avg_d=5.902 std_dev=5.902
N3 B 0, 0.000, 5.946, 11.892, 11.892 max_d=11.892 avg_d=5.946 std_dev=5.946
C4 B 0, 0.000, 6.003, 12.005, 12.005 max_d=12.005 avg_d=6.003 std_dev=6.003
C5 B 0, 0.000, 6.004, 12.008, 12.008 max_d=12.008 avg_d=6.004 std_dev=6.004
N4 B 0, 0.000, 6.167, 12.334, 12.334 max_d=12.334 avg_d=6.167 std_dev=6.167
O2' B 0, 0.000, 6.748, 13.497, 13.497 max_d=13.497 avg_d=6.748 std_dev=6.748

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.34 0.19 0.07
C2 0.03 0.00 0.02 0.14 0.00 0.42 0.01 0.76 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.43 0.11 0.38 1.36 0.01 2.34 0.94 1.64
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.00 0.66 0.16 0.40
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.19 0.14 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.01 0.28 0.27 0.26
C4 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.01 0.18 0.60 0.00 1.15 0.00 0.60
C4' 0.00 0.42 0.01 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.10 0.31 0.28 0.56 0.41 0.23 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.10 0.04 0.02
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.25 0.00 0.82 0.51 0.18
C5' 0.04 0.76 0.03 0.01 0.23 0.01 0.04 0.00 0.13 0.58 0.49 1.06 0.72 0.47 0.13 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.20 0.08 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.12 0.51 0.00 1.25 0.24 0.53
C8 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.31 0.01 0.58 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.27 0.13 0.28 0.56 0.01 0.22 1.26 0.74
N1 0.02 0.00 0.02 0.08 0.00 0.28 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.26 0.06 0.27 1.00 0.00 1.95 0.44 1.19
N2 0.03 0.01 0.02 0.19 0.01 0.56 0.02 1.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.57 0.16 0.48 1.74 0.02 3.02 1.57 2.25
N3 0.03 0.00 0.02 0.14 0.00 0.41 0.00 0.72 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.43 0.10 0.38 1.27 0.00 1.98 0.80 1.42
N7 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.23 0.00 0.47 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.22 0.11 0.17 0.37 0.01 0.03 1.24 0.58
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.06 0.01 0.44 0.48 0.01
O2' 0.01 0.43 0.00 0.00 0.13 0.02 0.03 0.03 0.06 0.27 0.26 0.57 0.43 0.22 0.05 0.00 0.04 0.02 0.38 0.01 0.82 0.25 0.48
O3' 0.05 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.13 0.06 0.16 0.10 0.11 0.05 0.04 0.00 0.01 0.06 0.03 0.10 0.23 0.13
O4' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.18 0.01 0.04 0.04 0.12 0.28 0.27 0.48 0.38 0.17 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.25 0.12
O5' 0.10 1.36 0.36 0.20 0.60 0.04 0.25 0.00 0.51 0.56 1.00 1.74 1.27 0.37 0.06 0.38 0.06 0.09 0.00 0.34 0.00 0.02 0.00
O6 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.34 0.00 1.05 0.51 0.30
OP1 0.34 2.34 0.66 0.28 1.15 0.10 0.82 0.20 1.25 0.22 1.95 3.02 1.98 0.03 0.44 0.82 0.10 0.00 0.00 1.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.94 0.16 0.27 0.00 0.04 0.51 0.08 0.24 1.26 0.44 1.57 0.80 1.24 0.48 0.25 0.23 0.25 0.02 0.51 0.00 0.00 0.01
P 0.07 1.64 0.40 0.26 0.60 0.02 0.18 0.00 0.53 0.74 1.19 2.25 1.42 0.58 0.01 0.48 0.13 0.12 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.14 2.01 2.64 2.32 1.25 1.62 0.97 0.89 1.24 1.80 1.73 1.03 2.43 3.18 2.51 1.52 0.45 0.07 0.32 0.09
C2 1.56 1.46 2.13 1.98 0.45 1.46 0.04 1.01 0.36 1.13 1.09 0.19 2.07 2.37 1.93 1.19 0.50 0.05 0.35 0.14
C2' 2.08 1.82 2.50 2.28 1.00 1.69 0.77 0.98 1.10 1.66 1.48 0.73 2.25 2.99 2.52 1.57 0.57 0.21 0.40 0.29
C3' 2.55 2.24 2.88 2.62 1.51 2.04 1.34 1.25 1.66 2.14 1.93 1.24 2.60 3.40 2.94 1.99 0.85 0.46 0.57 0.52
C4 1.83 1.76 2.46 2.18 0.84 1.51 0.45 0.95 0.75 1.45 1.43 0.59 2.31 2.88 2.25 1.30 0.46 0.08 0.36 0.09
C4' 3.21 2.95 3.58 3.24 2.26 2.58 2.08 1.72 2.38 2.85 2.66 2.00 3.28 4.16 3.58 2.57 1.27 0.73 0.90 0.83
C5 1.62 1.63 2.31 2.02 0.64 1.36 0.19 0.90 0.49 1.25 1.30 0.39 2.24 2.73 2.05 1.10 0.40 0.12 0.36 0.05
C5' 3.96 3.59 4.29 4.00 2.84 3.36 2.69 2.46 3.05 3.53 3.25 2.53 3.91 4.83 4.44 3.34 1.98 1.43 1.41 1.47
C6 1.32 1.38 2.04 1.78 0.31 1.20 0.19 0.86 0.12 0.94 1.02 0.05 2.05 2.37 1.76 0.89 0.36 0.13 0.34 0.03
C8 1.89 1.90 2.56 2.21 1.02 1.48 0.62 0.89 0.89 1.56 1.60 0.78 2.42 3.08 2.32 1.28 0.42 0.11 0.37 0.06
N1 1.29 1.30 1.94 1.74 0.21 1.25 0.27 0.93 0.05 0.88 0.92 0.05 1.98 2.19 1.68 0.93 0.42 0.10 0.35 0.07
N2 1.45 1.29 1.89 1.83 0.29 1.49 0.10 1.07 0.22 0.98 0.90 0.03 1.89 2.02 1.74 1.20 0.58 0.02 0.31 0.22
N3 1.85 1.70 2.40 2.20 0.78 1.59 0.42 0.99 0.74 1.43 1.35 0.52 2.23 2.74 2.25 1.38 0.51 0.04 0.35 0.14
N7 1.68 1.73 2.40 2.07 0.78 1.36 0.33 0.87 0.62 1.35 1.42 0.54 2.32 2.87 2.13 1.12 0.38 0.13 0.37 0.04
N9 2.00 1.93 2.60 2.28 1.08 1.56 0.72 0.93 1.00 1.64 1.62 0.84 2.42 3.10 2.40 1.40 0.45 0.08 0.36 0.09
O2' 1.28 1.04 1.67 1.46 0.24 0.93 0.00 0.28 0.31 0.87 0.72 0.01 1.48 2.12 1.64 0.80 0.08 0.36 0.10 0.25
O3' 2.09 1.86 2.40 2.08 1.23 1.49 1.07 0.71 1.33 1.75 1.60 1.01 2.18 2.93 2.34 1.50 0.33 0.07 0.19 0.05
O4' 2.96 2.82 3.44 3.06 2.11 2.32 1.85 1.52 2.12 2.64 2.55 1.87 3.18 4.03 3.30 2.28 1.04 0.42 0.77 0.59
O5' 4.35 4.00 4.75 4.57 3.15 3.89 2.94 3.03 3.31 3.89 3.63 2.84 4.39 5.18 4.96 3.78 2.59 2.03 2.07 2.08
O6 1.08 1.19 1.83 1.58 0.08 1.03 0.46 0.78 0.14 0.71 0.84 0.18 1.91 2.15 1.56 0.67 0.29 0.16 0.31 0.02
OP1 5.23 4.86 5.56 5.60 3.84 5.19 3.58 4.45 4.01 4.70 4.42 3.48 5.35 5.72 5.84 4.91 4.17 3.79 3.58 3.75
OP2 4.54 4.00 4.75 4.68 3.11 4.25 2.98 3.31 3.44 3.99 3.58 2.73 4.37 5.08 5.30 4.11 2.95 2.52 2.05 2.36
P 4.96 4.52 5.28 5.24 3.59 4.69 3.39 3.79 3.81 4.43 4.10 3.23 4.93 5.55 5.73 4.51 3.41 2.88 2.68 2.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.27 0.00 0.24 0.08 0.04 0.15
C2 0.03 0.00 0.04 0.08 0.01 0.15 0.01 0.42 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.22 0.07 0.06 0.09 0.10
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.17 0.03 0.02 0.05 0.07 0.03 0.00 0.01 0.02 0.16 0.21 0.33 0.09
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.31 0.01 0.39 0.01 0.35 0.17 0.18 0.34 0.10 0.03 0.00 0.01 0.24 0.23 0.32 0.09
C4 0.01 0.01 0.06 0.31 0.00 0.13 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.06 0.01 0.73 0.67 1.11 0.92
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.13 0.00 0.33 0.01 0.36 0.08 0.07 0.15 0.40 0.25 0.01 0.01 0.02 0.21 0.31 0.11
C5 0.01 0.01 0.05 0.39 0.00 0.33 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.01 0.19 1.14 1.02 1.59 1.36
C5' 0.05 0.42 0.17 0.01 0.10 0.01 0.49 0.00 0.52 0.02 0.29 0.11 0.87 0.07 0.16 0.01 0.01 0.17 0.31 0.02
C6 0.02 0.00 0.03 0.35 0.00 0.36 0.00 0.52 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.36 0.07 0.26 1.09 0.86 1.32 1.21
N1 0.01 0.00 0.02 0.17 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.10 0.01 0.49 0.26 0.50 0.50
N3 0.03 0.00 0.05 0.18 0.00 0.07 0.00 0.29 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.05 0.16 0.27 0.19 0.46 0.37
N4 0.01 0.01 0.07 0.34 0.00 0.15 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.10 0.01 0.79 0.79 1.30 1.04
O2 0.06 0.00 0.03 0.10 0.01 0.40 0.01 0.87 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.04 0.39 0.45 0.55 0.60 0.50
O2' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.28 0.25 0.38 0.07 0.36 0.18 0.14 0.29 0.18 0.00 0.06 0.15 0.27 0.14 0.37 0.03
O3' 0.27 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.16 0.07 0.10 0.05 0.10 0.04 0.06 0.00 0.17 0.25 0.24 0.29 0.08
O4' 0.00 0.22 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.01 0.26 0.01 0.16 0.01 0.39 0.15 0.17 0.00 0.17 0.02 0.06 0.17
O5' 0.24 0.07 0.16 0.24 0.73 0.02 1.14 0.01 1.09 0.49 0.27 0.79 0.45 0.27 0.25 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.08 0.06 0.21 0.23 0.67 0.21 1.02 0.17 0.86 0.26 0.19 0.79 0.55 0.14 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.33 0.32 1.11 0.31 1.59 0.31 1.32 0.50 0.46 1.30 0.60 0.37 0.29 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.10 0.09 0.09 0.92 0.11 1.36 0.02 1.21 0.50 0.37 1.04 0.50 0.03 0.08 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00