Doublet Group distance statistics: 53567

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 6, 7, 9, 8, 2, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.014, 0.026, 0.039, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.025, 0.039, 0.053, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.039 std_dev=0.014
C6	A	0, 0.001, 0.017, 0.032, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N3	A	0, 0.011, 0.033, 0.054, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N9	A	0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C4	A	0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.030 std_dev=0.022
O6	A	0, 0.042, 0.072, 0.102, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.072 std_dev=0.030
N7	A	0, 0.058, 0.093, 0.129, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.093 std_dev=0.035
N2	A	0, 0.027, 0.063, 0.100, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.063 std_dev=0.036
C8	A	0, 0.047, 0.085, 0.122, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.085 std_dev=0.037
P	B	0, 0.196, 0.390, 0.583, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.390 std_dev=0.194
OP2	B	0, 0.175, 0.370, 0.565, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.370 std_dev=0.195
O5'	B	0, 0.202, 0.411, 0.621, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.411 std_dev=0.209
C5'	B	0, 0.229, 0.472, 0.714, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.472 std_dev=0.243
C4'	B	0, 0.224, 0.469, 0.713, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.469 std_dev=0.244
C8	B	0, 0.136, 0.407, 0.678, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.407 std_dev=0.271
C3'	B	0, 0.163, 0.442, 0.721, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.442 std_dev=0.279
N7	B	0, 0.148, 0.446, 0.744, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.446 std_dev=0.298
O4'	B	0, 0.132, 0.439, 0.747, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.439 std_dev=0.308
O4'	A	0, -0.146, 0.185, 0.517, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.185 std_dev=0.332
OP1	B	0, 0.163, 0.506, 0.849, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.506 std_dev=0.343
O3'	B	0, 0.160, 0.520, 0.880, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.520 std_dev=0.360
N9	B	0, 0.043, 0.404, 0.766, 2.291 max_d=2.291 avg_d=0.404 std_dev=0.361
C1'	B	0, 0.081, 0.451, 0.822, 2.403 max_d=2.403 avg_d=0.451 std_dev=0.371
C2'	B	0, 0.137, 0.507, 0.878, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.507 std_dev=0.371
C2'	A	0, -0.170, 0.217, 0.603, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.217 std_dev=0.386
C3'	A	0, -0.173, 0.228, 0.630, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.228 std_dev=0.401
O2'	B	0, 0.253, 0.664, 1.076, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.664 std_dev=0.412
C5	B	0, 0.039, 0.477, 0.915, 2.770 max_d=2.770 avg_d=0.477 std_dev=0.438
OP2	A	0, 0.076, 0.516, 0.957, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.516 std_dev=0.441
O5'	A	0, -0.040, 0.402, 0.845, 2.334 max_d=2.334 avg_d=0.402 std_dev=0.443
C4'	A	0, -0.191, 0.263, 0.716, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.263 std_dev=0.454
P	A	0, -0.062, 0.419, 0.900, 2.653 max_d=2.653 avg_d=0.419 std_dev=0.481
O3'	A	0, -0.180, 0.318, 0.817, 2.546 max_d=2.546 avg_d=0.318 std_dev=0.498
N6	B	0, 0.142, 0.676, 1.210, 3.325 max_d=3.325 avg_d=0.676 std_dev=0.534
C4	B	0, -0.105, 0.445, 0.995, 3.424 max_d=3.424 avg_d=0.445 std_dev=0.550
C6	B	0, -0.003, 0.591, 1.186, 3.758 max_d=3.758 avg_d=0.591 std_dev=0.594
OP1	A	0, -0.141, 0.479, 1.099, 3.507 max_d=3.507 avg_d=0.479 std_dev=0.620
C5'	A	0, -0.270, 0.384, 1.038, 3.020 max_d=3.020 avg_d=0.384 std_dev=0.654
O2'	A	0, -0.243, 0.474, 1.191, 2.914 max_d=2.914 avg_d=0.474 std_dev=0.717
N3	B	0, -0.283, 0.533, 1.349, 5.011 max_d=5.011 avg_d=0.533 std_dev=0.816
N1	B	0, -0.214, 0.651, 1.516, 5.351 max_d=5.351 avg_d=0.651 std_dev=0.865
C2	B	0, -0.362, 0.604, 1.570, 5.877 max_d=5.877 avg_d=0.604 std_dev=0.966

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.05	0.03	0.01	0.02	0.04	0.02	0.01	0.00	0.02	0.21	0.00	0.19	0.04	0.12	0.31	0.14
C2	0.02	0.00	0.20	0.10	0.01	0.09	0.01	0.14	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.16	0.23	0.17	0.25	0.03	0.17	0.29	0.19
C2'	0.00	0.20	0.00	0.00	0.09	0.01	0.04	0.15	0.07	0.15	0.14	0.25	0.20	0.10	0.03	0.01	0.02	0.02	0.41	0.05	0.37	0.32	0.31
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.11	0.00	0.15	0.02	0.15	0.16	0.12	0.09	0.08	0.17	0.10	0.02	0.01	0.01	0.18	0.17	0.19	0.20	0.06
C4	0.02	0.01	0.09	0.11	0.00	0.03	0.00	0.09	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.16	0.09	0.25	0.03	0.15	0.28	0.16
C4'	0.01	0.09	0.01	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.05	0.14	0.05	0.13	0.09	0.12	0.04	0.17	0.02	0.01	0.01	0.08	0.07	0.29	0.09
C5	0.02	0.01	0.04	0.15	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.19	0.11	0.03	0.27	0.02	0.16	0.25	0.16
C5'	0.05	0.14	0.15	0.02	0.09	0.01	0.09	0.00	0.10	0.13	0.11	0.17	0.14	0.13	0.06	0.05	0.13	0.02	0.01	0.12	0.13	0.20	0.01
C6	0.03	0.02	0.07	0.15	0.02	0.05	0.01	0.10	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.16	0.13	0.06	0.27	0.01	0.18	0.26	0.18
C8	0.01	0.01	0.15	0.16	0.01	0.14	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.32	0.09	0.12	0.27	0.02	0.13	0.24	0.13
N1	0.02	0.01	0.14	0.12	0.01	0.05	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.08	0.18	0.12	0.26	0.02	0.18	0.28	0.19
N2	0.04	0.01	0.25	0.09	0.01	0.13	0.01	0.17	0.03	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.28	0.27	0.20	0.25	0.05	0.19	0.31	0.21
N3	0.02	0.01	0.20	0.08	0.00	0.09	0.01	0.14	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.18	0.24	0.17	0.25	0.03	0.16	0.30	0.19
N7	0.01	0.01	0.10	0.17	0.01	0.12	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.32	0.09	0.08	0.28	0.02	0.17	0.23	0.16
N9	0.00	0.01	0.03	0.10	0.01	0.04	0.01	0.06	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.13	0.12	0.01	0.24	0.03	0.12	0.28	0.13
O2'	0.02	0.16	0.01	0.02	0.07	0.17	0.19	0.05	0.16	0.32	0.08	0.28	0.18	0.32	0.13	0.00	0.05	0.12	0.28	0.22	0.29	0.37	0.25
O3'	0.21	0.23	0.02	0.01	0.16	0.02	0.11	0.13	0.13	0.09	0.18	0.27	0.24	0.09	0.12	0.05	0.00	0.15	0.11	0.13	0.20	0.24	0.12
O4'	0.00	0.17	0.02	0.01	0.09	0.01	0.03	0.02	0.06	0.12	0.12	0.20	0.17	0.08	0.01	0.12	0.15	0.00	0.06	0.05	0.14	0.40	0.21
O5'	0.19	0.25	0.41	0.18	0.25	0.01	0.27	0.01	0.27	0.27	0.26	0.25	0.25	0.28	0.24	0.28	0.11	0.06	0.00	0.29	0.02	0.01	0.00
O6	0.04	0.03	0.05	0.17	0.03	0.08	0.02	0.12	0.01	0.02	0.02	0.05	0.03	0.02	0.03	0.22	0.13	0.05	0.29	0.00	0.21	0.26	0.19
OP1	0.12	0.17	0.37	0.19	0.15	0.07	0.16	0.13	0.18	0.13	0.18	0.19	0.16	0.17	0.12	0.29	0.20	0.14	0.02	0.21	0.00	0.01	0.01
OP2	0.31	0.29	0.32	0.20	0.28	0.29	0.25	0.20	0.26	0.24	0.28	0.31	0.30	0.23	0.28	0.37	0.24	0.40	0.01	0.26	0.01	0.00	0.01
P	0.14	0.19	0.31	0.06	0.16	0.09	0.16	0.01	0.18	0.13	0.19	0.21	0.19	0.16	0.13	0.25	0.12	0.21	0.00	0.19	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.28	0.33	0.23	0.19	0.29	0.23	0.28	0.22	0.31	0.25	0.34	0.32	0.31	0.25	0.28	0.25	0.19	0.28	0.19	0.15	0.17	0.20
C2	0.22	0.20	0.20	0.21	0.20	0.23	0.21	0.25	0.21	0.24	0.21	0.19	0.23	0.23	0.22	0.21	0.22	0.23	0.21	0.21	0.16	0.24
C2'	0.31	0.34	0.32	0.27	0.31	0.25	0.30	0.21	0.33	0.28	0.35	0.32	0.34	0.28	0.30	0.34	0.29	0.29	0.21	0.18	0.28	0.14
C3'	0.32	0.36	0.28	0.23	0.32	0.26	0.28	0.24	0.30	0.27	0.34	0.35	0.27	0.25	0.30	0.31	0.22	0.31	0.19	0.15	0.19	0.19
C4	0.26	0.27	0.23	0.22	0.26	0.24	0.27	0.25	0.28	0.26	0.29	0.26	0.31	0.26	0.26	0.24	0.22	0.26	0.21	0.19	0.17	0.23
C4'	0.49	0.62	0.44	0.40	0.52	0.42	0.49	0.40	0.54	0.42	0.61	0.58	0.50	0.41	0.48	0.46	0.39	0.46	0.38	0.29	0.29	0.37
C5	0.24	0.26	0.22	0.22	0.25	0.24	0.26	0.25	0.27	0.25	0.27	0.25	0.30	0.26	0.24	0.23	0.23	0.24	0.22	0.22	0.17	0.25
C5'	0.55	0.71	0.52	0.49	0.60	0.49	0.56	0.46	0.62	0.47	0.71	0.67	0.59	0.47	0.54	0.53	0.48	0.51	0.45	0.35	0.36	0.44
C6	0.22	0.23	0.21	0.22	0.22	0.23	0.23	0.26	0.24	0.24	0.24	0.21	0.27	0.24	0.22	0.21	0.24	0.22	0.22	0.25	0.18	0.26
C8	0.27	0.32	0.24	0.22	0.28	0.24	0.29	0.24	0.31	0.26	0.33	0.30	0.33	0.27	0.27	0.25	0.23	0.26	0.21	0.20	0.17	0.24
N1	0.20	0.19	0.20	0.22	0.19	0.23	0.20	0.26	0.21	0.23	0.21	0.18	0.23	0.22	0.20	0.21	0.24	0.21	0.22	0.24	0.17	0.26
N2	0.20	0.15	0.19	0.21	0.16	0.24	0.16	0.26	0.16	0.22	0.16	0.15	0.18	0.19	0.19	0.20	0.22	0.23	0.21	0.20	0.17	0.23
N3	0.25	0.25	0.22	0.21	0.25	0.24	0.25	0.25	0.26	0.26	0.26	0.25	0.29	0.26	0.25	0.23	0.22	0.26	0.20	0.18	0.16	0.22
N7	0.25	0.29	0.23	0.23	0.26	0.24	0.27	0.25	0.29	0.26	0.30	0.27	0.32	0.27	0.26	0.24	0.24	0.25	0.22	0.22	0.18	0.25
N9	0.27	0.31	0.23	0.21	0.28	0.24	0.28	0.24	0.31	0.26	0.32	0.30	0.33	0.26	0.27	0.25	0.21	0.27	0.20	0.18	0.16	0.22
O2'	0.55	0.77	0.62	0.54	0.63	0.45	0.61	0.36	0.72	0.47	0.80	0.70	0.71	0.48	0.55	0.64	0.57	0.47	0.36	0.27	0.38	0.24
O3'	0.58	0.50	0.52	0.49	0.54	0.54	0.50	0.54	0.47	0.53	0.47	0.54	0.42	0.50	0.55	0.54	0.46	0.58	0.48	0.44	0.37	0.49
O4'	0.53	0.65	0.48	0.45	0.58	0.47	0.56	0.46	0.61	0.48	0.66	0.62	0.61	0.49	0.53	0.49	0.43	0.51	0.44	0.34	0.34	0.43
O5'	0.50	0.61	0.46	0.44	0.54	0.46	0.52	0.47	0.56	0.46	0.61	0.58	0.55	0.47	0.50	0.47	0.42	0.48	0.45	0.39	0.39	0.47
O6	0.20	0.22	0.21	0.23	0.21	0.23	0.22	0.26	0.24	0.23	0.24	0.20	0.27	0.24	0.21	0.21	0.26	0.20	0.22	0.28	0.19	0.27
OP1	0.52	0.68	0.49	0.45	0.57	0.46	0.54	0.43	0.59	0.46	0.67	0.63	0.57	0.47	0.51	0.50	0.43	0.48	0.41	0.29	0.33	0.39
OP2	0.56	0.66	0.53	0.50	0.59	0.50	0.59	0.47	0.62	0.53	0.66	0.63	0.62	0.54	0.56	0.55	0.48	0.53	0.46	0.34	0.38	0.42
P	0.53	0.68	0.50	0.46	0.58	0.47	0.56	0.44	0.62	0.49	0.68	0.64	0.61	0.50	0.53	0.52	0.45	0.50	0.43	0.31	0.35	0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.06	0.08	0.10	0.07
C2	0.03	0.00	0.12	0.14	0.01	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.17	0.05	0.14	0.18	0.24	0.18
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.06	0.01	0.03	0.02	0.06	0.07	0.09	0.12	0.05	0.05	0.02	0.00	0.02	0.01	0.06	0.11	0.10	0.07
C3'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.08	0.00	0.06	0.02	0.08	0.11	0.11	0.13	0.08	0.08	0.04	0.02	0.01	0.01	0.08	0.13	0.12	0.09
C4	0.01	0.01	0.06	0.08	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.08	0.02	0.12	0.14	0.18	0.14
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.07	0.05	0.05	0.06	0.06	0.04	0.04	0.02	0.00	0.01	0.08	0.03	0.02
C5	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.07	0.02	0.13	0.15	0.18	0.16
C5'	0.03	0.09	0.02	0.02	0.08	0.01	0.10	0.00	0.11	0.11	0.10	0.08	0.13	0.12	0.07	0.04	0.04	0.02	0.01	0.07	0.02	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.08	0.01	0.05	0.01	0.11	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.10	0.02	0.14	0.18	0.22	0.19
C8	0.01	0.01	0.07	0.11	0.00	0.07	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.05	0.12	0.04	0.12	0.11	0.14	0.11
N1	0.03	0.00	0.09	0.11	0.01	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.14	0.03	0.15	0.19	0.25	0.20
N3	0.03	0.00	0.12	0.13	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.16	0.05	0.13	0.16	0.21	0.16
N6	0.01	0.01	0.05	0.08	0.01	0.06	0.01	0.13	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.06	0.10	0.03	0.15	0.20	0.23	0.21
N7	0.01	0.01	0.05	0.08	0.01	0.06	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.10	0.03	0.12	0.14	0.15	0.14
N9	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.04	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.09	0.10	0.13	0.10
O2'	0.02	0.11	0.00	0.02	0.06	0.04	0.04	0.04	0.06	0.05	0.09	0.11	0.06	0.04	0.02	0.00	0.05	0.04	0.05	0.12	0.09	0.06
O3'	0.02	0.17	0.02	0.01	0.08	0.02	0.07	0.04	0.10	0.12	0.14	0.16	0.10	0.10	0.04	0.05	0.00	0.02	0.13	0.17	0.20	0.13
O4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.04	0.03	0.05	0.03	0.03	0.01	0.04	0.02	0.00	0.10	0.08	0.14	0.09
O5'	0.06	0.14	0.06	0.08	0.12	0.01	0.13	0.01	0.14	0.12	0.15	0.13	0.15	0.12	0.09	0.05	0.13	0.10	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.08	0.18	0.11	0.13	0.14	0.08	0.15	0.07	0.18	0.11	0.19	0.16	0.20	0.14	0.10	0.12	0.17	0.08	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.10	0.24	0.10	0.12	0.18	0.03	0.18	0.02	0.22	0.14	0.25	0.21	0.23	0.15	0.13	0.09	0.20	0.14	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.07	0.18	0.07	0.09	0.14	0.02	0.16	0.01	0.19	0.11	0.20	0.16	0.21	0.14	0.10	0.06	0.13	0.09	0.00	0.00	0.01	0.00