ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53568

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 4, 9, 6, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.036, 0.047, 0.057, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.047 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.026, 0.039, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.039, 0.052, 0.065, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.052 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.020, 0.033, 0.046, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.035, 0.048, 0.062, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.048 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.017, 0.032, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.032 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.045, 0.064, 0.082, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.064 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.071, 0.103, 0.135, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.103 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.023, 0.057, 0.091, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.057 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.022, 0.060, 0.099, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.060 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.059, 0.129, 0.199, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.129 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.098, 0.182, 0.266, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.182 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.170, 0.282, 0.394, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.282 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.126, 0.246, 0.365, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.246 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.136, 0.259, 0.382, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.259 std_dev=0.123
O3' A 0, 0.218, 0.400, 0.582, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.400 std_dev=0.182
C5' A 0, 0.302, 0.491, 0.680, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.491 std_dev=0.189
P B 0, 0.318, 0.515, 0.711, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.515 std_dev=0.197
O5' A 0, 0.351, 0.563, 0.775, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.563 std_dev=0.212
OP2 B 0, 0.491, 0.747, 1.003, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.747 std_dev=0.256
P A 0, 0.547, 0.870, 1.194, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.870 std_dev=0.323
OP1 B 0, 0.435, 0.798, 1.161, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.798 std_dev=0.363
OP1 A 0, 0.665, 1.052, 1.440, 1.921 max_d=1.921 avg_d=1.052 std_dev=0.388
O5' B 0, 0.910, 1.350, 1.789, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.350 std_dev=0.439
OP2 A 0, 0.548, 1.003, 1.458, 2.285 max_d=2.285 avg_d=1.003 std_dev=0.455
C5' B 0, 1.343, 2.113, 2.883, 3.320 max_d=3.320 avg_d=2.113 std_dev=0.770
O3' B 0, 1.734, 2.837, 3.940, 4.234 max_d=4.234 avg_d=2.837 std_dev=1.103
C4' B 0, 1.713, 2.829, 3.945, 4.210 max_d=4.210 avg_d=2.829 std_dev=1.116
C3' B 0, 1.627, 2.812, 3.996, 4.517 max_d=4.517 avg_d=2.812 std_dev=1.184
O4' B 0, 2.231, 3.650, 5.068, 4.903 max_d=4.903 avg_d=3.650 std_dev=1.418
C8 B 0, 2.283, 3.922, 5.561, 5.270 max_d=5.270 avg_d=3.922 std_dev=1.639
N7 B 0, 2.451, 4.155, 5.859, 5.794 max_d=5.794 avg_d=4.155 std_dev=1.704
C1' B 0, 2.611, 4.417, 6.222, 5.985 max_d=5.985 avg_d=4.417 std_dev=1.805
C2' B 0, 2.621, 4.455, 6.290, 6.381 max_d=6.381 avg_d=4.455 std_dev=1.835
N9 B 0, 2.460, 4.301, 6.143, 5.722 max_d=5.722 avg_d=4.301 std_dev=1.842
C5 B 0, 2.801, 4.742, 6.682, 6.514 max_d=6.514 avg_d=4.742 std_dev=1.940
N6 B 0, 3.465, 5.431, 7.398, 7.808 max_d=7.808 avg_d=5.431 std_dev=1.967
C4 B 0, 2.836, 4.849, 6.862, 6.388 max_d=6.388 avg_d=4.849 std_dev=2.013
C6 B 0, 3.287, 5.331, 7.375, 7.402 max_d=7.402 avg_d=5.331 std_dev=2.044
N3 B 0, 3.348, 5.488, 7.627, 7.228 max_d=7.228 avg_d=5.488 std_dev=2.140
N1 B 0, 3.725, 5.941, 8.157, 8.012 max_d=8.012 avg_d=5.941 std_dev=2.216
C2 B 0, 3.738, 5.992, 8.246, 7.801 max_d=7.801 avg_d=5.992 std_dev=2.254
O2' B 0, 3.696, 6.240, 8.784, 8.470 max_d=8.470 avg_d=6.240 std_dev=2.544

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.15 0.10
C2 0.04 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.04 0.13 0.02 0.13 0.24 0.16
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.05 0.09 0.13 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.09 0.10 0.05
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.09 0.12 0.09 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.13 0.11 0.07
C4 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.13 0.01 0.14 0.22 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.05 0.07 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.16 0.01 0.18 0.25 0.18
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.05 0.05 0.11 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.10 0.08 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.16 0.01 0.19 0.27 0.20
C8 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.17 0.02 0.17 0.21 0.17
N1 0.03 0.01 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.15 0.01 0.17 0.27 0.18
N2 0.04 0.01 0.13 0.12 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.17 0.04 0.13 0.02 0.12 0.24 0.15
N3 0.03 0.00 0.10 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.04 0.12 0.02 0.12 0.22 0.14
N7 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.18 0.03 0.21 0.26 0.20
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.13 0.02 0.12 0.19 0.13
O2' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.10 0.15 0.10 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.07 0.07 0.08 0.05
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.08 0.03 0.08 0.03 0.10 0.09 0.13 0.17 0.12 0.09 0.04 0.04 0.00 0.02 0.11 0.11 0.20 0.16 0.13
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.03 0.09 0.16 0.12
O5' 0.08 0.13 0.06 0.07 0.13 0.02 0.16 0.01 0.16 0.17 0.15 0.13 0.12 0.18 0.13 0.04 0.11 0.07 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.11 0.03 0.17 0.00 0.22 0.29 0.21
OP1 0.07 0.13 0.09 0.13 0.14 0.07 0.18 0.08 0.19 0.17 0.17 0.12 0.12 0.21 0.12 0.07 0.20 0.09 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.24 0.10 0.11 0.22 0.05 0.25 0.02 0.27 0.21 0.27 0.24 0.22 0.26 0.19 0.08 0.16 0.16 0.02 0.29 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.05 0.07 0.15 0.04 0.18 0.02 0.20 0.17 0.18 0.15 0.14 0.20 0.13 0.05 0.13 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 0.31 0.62 0.34 0.38 0.55 0.26 0.61 0.17 0.42 0.21 0.40 0.25 0.29 0.46 0.78 0.34 0.66 0.45 0.19 0.21 0.21
C2 0.70 0.33 0.83 0.46 0.40 0.64 0.18 0.65 0.18 0.37 0.20 0.46 0.37 0.14 0.53 0.96 0.39 0.78 0.51 0.19 0.21 0.23
C2' 0.27 0.29 0.40 0.19 0.20 0.34 0.26 0.46 0.41 0.19 0.39 0.23 0.61 0.25 0.20 0.49 0.18 0.38 0.35 0.15 0.19 0.17
C3' 0.30 0.29 0.45 0.19 0.21 0.33 0.20 0.43 0.31 0.22 0.34 0.25 0.44 0.19 0.24 0.56 0.19 0.39 0.34 0.17 0.21 0.17
C4 0.72 0.43 0.85 0.46 0.52 0.63 0.37 0.63 0.26 0.55 0.31 0.54 0.25 0.38 0.62 1.04 0.42 0.77 0.49 0.21 0.23 0.23
C4' 0.47 0.29 0.55 0.29 0.34 0.48 0.26 0.54 0.20 0.40 0.24 0.35 0.22 0.31 0.41 0.72 0.30 0.57 0.41 0.17 0.21 0.18
C5 0.83 0.53 1.01 0.56 0.64 0.66 0.51 0.63 0.40 0.70 0.42 0.63 0.31 0.54 0.74 1.24 0.47 0.81 0.50 0.26 0.26 0.25
C5' 0.58 0.39 0.67 0.37 0.46 0.54 0.40 0.57 0.32 0.54 0.33 0.45 0.25 0.46 0.53 0.88 0.38 0.64 0.44 0.21 0.25 0.22
C6 0.88 0.53 1.10 0.61 0.64 0.68 0.50 0.64 0.39 0.70 0.42 0.65 0.32 0.52 0.76 1.34 0.49 0.83 0.51 0.28 0.27 0.27
C8 0.78 0.53 0.92 0.51 0.63 0.64 0.54 0.62 0.43 0.69 0.45 0.62 0.34 0.58 0.71 1.16 0.46 0.77 0.48 0.24 0.26 0.24
N1 0.82 0.44 1.02 0.56 0.53 0.67 0.35 0.65 0.26 0.55 0.31 0.57 0.29 0.32 0.66 1.21 0.45 0.81 0.52 0.24 0.24 0.25
N2 0.60 0.21 0.71 0.40 0.22 0.63 0.18 0.68 0.29 0.15 0.16 0.34 0.55 0.37 0.35 0.78 0.34 0.76 0.51 0.19 0.22 0.21
N3 0.64 0.32 0.73 0.40 0.39 0.61 0.18 0.64 0.16 0.38 0.19 0.44 0.37 0.16 0.50 0.87 0.37 0.74 0.48 0.19 0.21 0.22
N7 0.85 0.59 1.04 0.57 0.69 0.66 0.60 0.63 0.49 0.77 0.50 0.68 0.40 0.65 0.78 1.30 0.50 0.81 0.49 0.28 0.28 0.26
N9 0.69 0.43 0.80 0.44 0.52 0.61 0.39 0.62 0.28 0.56 0.32 0.52 0.22 0.42 0.60 0.99 0.41 0.74 0.48 0.21 0.23 0.23
O2' 0.21 0.45 0.30 0.20 0.32 0.31 0.47 0.48 0.65 0.29 0.61 0.33 0.88 0.45 0.24 0.33 0.17 0.32 0.35 0.15 0.17 0.18
O3' 0.23 0.46 0.33 0.18 0.31 0.22 0.36 0.36 0.50 0.22 0.53 0.36 0.62 0.30 0.23 0.39 0.15 0.25 0.30 0.19 0.21 0.17
O4' 0.66 0.46 0.71 0.41 0.54 0.62 0.45 0.65 0.34 0.58 0.36 0.54 0.22 0.49 0.60 0.91 0.42 0.75 0.48 0.20 0.23 0.23
O5' 0.72 0.48 0.86 0.49 0.59 0.62 0.53 0.62 0.42 0.69 0.42 0.56 0.34 0.60 0.67 1.09 0.48 0.73 0.52 0.28 0.32 0.29
O6 0.94 0.59 1.21 0.68 0.70 0.70 0.57 0.65 0.46 0.77 0.49 0.70 0.38 0.60 0.82 1.48 0.54 0.84 0.51 0.33 0.29 0.29
OP1 0.75 0.53 0.91 0.53 0.63 0.63 0.60 0.63 0.51 0.75 0.49 0.60 0.45 0.69 0.71 1.17 0.52 0.74 0.53 0.31 0.35 0.31
OP2 0.98 0.66 1.19 0.75 0.82 0.79 0.78 0.74 0.64 0.96 0.60 0.77 0.56 0.88 0.93 1.49 0.70 0.91 0.65 0.40 0.44 0.42
P 0.86 0.61 1.03 0.62 0.74 0.72 0.70 0.69 0.59 0.86 0.55 0.69 0.51 0.79 0.83 1.30 0.60 0.84 0.58 0.32 0.36 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.27 0.01 0.19 0.24 0.11 0.13
C2 0.04 0.00 0.24 0.11 0.01 0.21 0.02 0.25 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.28 0.35 0.29 0.20 0.20 0.34 0.23
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.14 0.01 0.10 0.15 0.15 0.10 0.21 0.23 0.13 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.42 0.57 0.45 0.44
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.17 0.01 0.28 0.03 0.27 0.37 0.19 0.08 0.33 0.38 0.20 0.02 0.01 0.02 0.26 0.40 0.23 0.27
C4 0.02 0.01 0.14 0.17 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.18 0.15 0.22 0.21 0.35 0.27
C4' 0.02 0.21 0.01 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.09 0.32 0.13 0.21 0.14 0.28 0.11 0.22 0.04 0.01 0.02 0.16 0.18 0.04
C5 0.01 0.02 0.10 0.28 0.01 0.12 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.24 0.09 0.07 0.33 0.36 0.55 0.45
C5' 0.07 0.25 0.15 0.03 0.18 0.01 0.29 0.00 0.27 0.48 0.23 0.23 0.35 0.46 0.22 0.11 0.16 0.02 0.02 0.17 0.28 0.03
C6 0.02 0.02 0.15 0.27 0.01 0.09 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.11 0.13 0.31 0.37 0.60 0.46
C8 0.02 0.02 0.10 0.37 0.02 0.32 0.01 0.48 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.40 0.21 0.17 0.46 0.42 0.52 0.52
N1 0.03 0.01 0.21 0.19 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.24 0.22 0.23 0.23 0.26 0.48 0.34
N3 0.04 0.01 0.23 0.08 0.01 0.21 0.02 0.23 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.27 0.37 0.29 0.20 0.21 0.25 0.18
N6 0.03 0.03 0.13 0.33 0.02 0.14 0.02 0.35 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.26 0.13 0.10 0.39 0.51 0.74 0.59
N7 0.02 0.02 0.05 0.38 0.01 0.28 0.01 0.46 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.37 0.22 0.10 0.48 0.52 0.69 0.62
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.11 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.19 0.10 0.01 0.25 0.21 0.28 0.27
O2' 0.02 0.28 0.01 0.02 0.16 0.22 0.24 0.11 0.23 0.40 0.24 0.27 0.26 0.37 0.19 0.00 0.09 0.17 0.36 0.57 0.50 0.42
O3' 0.27 0.35 0.04 0.01 0.18 0.04 0.09 0.16 0.11 0.21 0.22 0.37 0.13 0.22 0.10 0.09 0.00 0.18 0.29 0.33 0.35 0.29
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.15 0.01 0.07 0.02 0.13 0.17 0.23 0.29 0.10 0.10 0.01 0.17 0.18 0.00 0.20 0.22 0.23 0.20
O5' 0.19 0.20 0.42 0.26 0.22 0.02 0.33 0.02 0.31 0.46 0.23 0.20 0.39 0.48 0.25 0.36 0.29 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.20 0.57 0.40 0.21 0.16 0.36 0.17 0.37 0.42 0.26 0.21 0.51 0.52 0.21 0.57 0.33 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.34 0.45 0.23 0.35 0.18 0.55 0.28 0.60 0.52 0.48 0.25 0.74 0.69 0.28 0.50 0.35 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.23 0.44 0.27 0.27 0.04 0.45 0.03 0.46 0.52 0.34 0.18 0.59 0.62 0.27 0.42 0.29 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00