ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53570

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 4, 8, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.027, 0.043, 0.060, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.043 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.020, 0.040, 0.061, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.040 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.032, 0.054, 0.076, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.054 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.037, 0.060, 0.083, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.060 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.040, 0.065, 0.091, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.065 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.029, 0.056, 0.083, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.056 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.040, 0.070, 0.100, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.070 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.047, 0.081, 0.114, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.081 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.061, 0.104, 0.148, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.104 std_dev=0.043
N2 A 0, 0.037, 0.088, 0.139, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.088 std_dev=0.051
P B 0, 0.323, 0.541, 0.760, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.541 std_dev=0.219
OP2 B 0, 0.392, 0.652, 0.911, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.652 std_dev=0.259
OP1 B 0, 0.576, 0.892, 1.209, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.892 std_dev=0.317
C2' A 0, 0.588, 0.925, 1.262, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.925 std_dev=0.337
O5' B 0, 0.455, 0.797, 1.138, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.797 std_dev=0.342
O4' A 0, 0.495, 1.000, 1.504, 1.526 max_d=1.526 avg_d=1.000 std_dev=0.504
O2' A 0, 0.872, 1.514, 2.156, 2.239 max_d=2.239 avg_d=1.514 std_dev=0.642
C3' A 0, 1.087, 1.824, 2.561, 2.359 max_d=2.359 avg_d=1.824 std_dev=0.737
C4' B 0, 1.430, 2.203, 2.975, 3.522 max_d=3.522 avg_d=2.203 std_dev=0.773
C5' B 0, 1.330, 2.116, 2.903, 3.034 max_d=3.034 avg_d=2.116 std_dev=0.786
O4' B 0, 1.484, 2.299, 3.114, 3.830 max_d=3.830 avg_d=2.299 std_dev=0.815
C3' B 0, 1.837, 2.669, 3.500, 4.197 max_d=4.197 avg_d=2.669 std_dev=0.831
C4' A 0, 0.923, 1.787, 2.650, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.787 std_dev=0.863
O3' B 0, 2.130, 3.074, 4.019, 4.752 max_d=4.752 avg_d=3.074 std_dev=0.945
C1' B 0, 2.199, 3.157, 4.115, 4.889 max_d=4.889 avg_d=3.157 std_dev=0.958
C8 B 0, 2.336, 3.322, 4.308, 5.198 max_d=5.198 avg_d=3.322 std_dev=0.986
C2' B 0, 2.483, 3.495, 4.507, 5.200 max_d=5.200 avg_d=3.495 std_dev=1.012
N9 B 0, 2.579, 3.608, 4.636, 5.299 max_d=5.299 avg_d=3.608 std_dev=1.029
C5' A 0, 1.308, 2.377, 3.446, 3.409 max_d=3.409 avg_d=2.377 std_dev=1.069
O3' A 0, 1.550, 2.647, 3.744, 3.663 max_d=3.663 avg_d=2.647 std_dev=1.097
O2' B 0, 2.949, 4.124, 5.299, 5.933 max_d=5.933 avg_d=4.124 std_dev=1.175
N7 B 0, 3.147, 4.345, 5.542, 5.996 max_d=5.996 avg_d=4.345 std_dev=1.197
C4 B 0, 3.535, 4.845, 6.156, 6.214 max_d=6.214 avg_d=4.845 std_dev=1.310
O5' A 0, 2.279, 3.640, 5.002, 5.000 max_d=5.000 avg_d=3.640 std_dev=1.362
C5 B 0, 3.776, 5.172, 6.569, 6.548 max_d=6.548 avg_d=5.172 std_dev=1.396
N3 B 0, 4.215, 5.773, 7.332, 6.897 max_d=6.897 avg_d=5.773 std_dev=1.558
C6 B 0, 4.696, 6.440, 8.185, 7.569 max_d=7.569 avg_d=6.440 std_dev=1.745
C2 B 0, 4.998, 6.855, 8.713, 8.017 max_d=8.017 avg_d=6.855 std_dev=1.858
P A 0, 3.702, 5.618, 7.535, 7.271 max_d=7.271 avg_d=5.618 std_dev=1.917
N6 B 0, 5.142, 7.073, 9.004, 8.191 max_d=8.191 avg_d=7.073 std_dev=1.931
N1 B 0, 5.245, 7.203, 9.161, 8.377 max_d=8.377 avg_d=7.203 std_dev=1.958
OP2 A 0, 4.563, 6.682, 8.801, 8.374 max_d=8.374 avg_d=6.682 std_dev=2.119
OP1 A 0, 4.477, 6.618, 8.760, 8.468 max_d=8.468 avg_d=6.618 std_dev=2.142

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.24 0.03 0.23 0.62 0.35
C2 0.04 0.00 0.30 0.18 0.01 0.15 0.02 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.23 0.29 0.33 0.02 0.40 0.71 0.47
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.15 0.02 0.07 0.21 0.13 0.20 0.23 0.36 0.29 0.13 0.03 0.00 0.03 0.01 0.48 0.11 0.43 0.65 0.48
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.20 0.01 0.28 0.01 0.29 0.28 0.24 0.14 0.14 0.32 0.19 0.02 0.01 0.02 0.23 0.33 0.31 0.26 0.13
C4 0.02 0.01 0.15 0.20 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.15 0.31 0.01 0.32 0.67 0.39
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.05 0.21 0.09 0.22 0.15 0.18 0.07 0.26 0.02 0.01 0.01 0.08 0.13 0.37 0.15
C5 0.02 0.02 0.07 0.28 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.06 0.33 0.02 0.31 0.63 0.33
C5' 0.09 0.25 0.21 0.01 0.15 0.00 0.12 0.00 0.14 0.18 0.20 0.31 0.24 0.16 0.09 0.07 0.19 0.01 0.01 0.14 0.20 0.27 0.01
C6 0.03 0.01 0.13 0.29 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.18 0.13 0.11 0.33 0.01 0.34 0.64 0.35
C8 0.02 0.02 0.20 0.28 0.01 0.21 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.44 0.17 0.19 0.34 0.03 0.24 0.57 0.24
N1 0.03 0.01 0.23 0.24 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.14 0.22 0.32 0.01 0.38 0.68 0.42
N2 0.06 0.01 0.36 0.14 0.02 0.22 0.03 0.31 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.32 0.30 0.36 0.34 0.03 0.44 0.74 0.52
N3 0.04 0.01 0.29 0.14 0.01 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.26 0.29 0.32 0.01 0.37 0.70 0.46
N7 0.02 0.02 0.13 0.32 0.01 0.18 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.43 0.20 0.12 0.36 0.03 0.27 0.58 0.27
N9 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.11 0.02 0.28 0.03 0.26 0.63 0.33
O2' 0.03 0.18 0.00 0.02 0.07 0.26 0.23 0.07 0.18 0.44 0.06 0.32 0.21 0.43 0.19 0.00 0.06 0.19 0.34 0.25 0.30 0.71 0.42
O3' 0.27 0.23 0.03 0.01 0.14 0.02 0.12 0.19 0.13 0.17 0.14 0.30 0.26 0.20 0.11 0.06 0.00 0.20 0.27 0.17 0.63 0.38 0.34
O4' 0.01 0.29 0.01 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.19 0.22 0.36 0.29 0.12 0.02 0.19 0.20 0.00 0.09 0.08 0.27 0.58 0.35
O5' 0.24 0.33 0.48 0.23 0.31 0.01 0.33 0.01 0.33 0.34 0.32 0.34 0.32 0.36 0.28 0.34 0.27 0.09 0.00 0.35 0.02 0.01 0.00
O6 0.03 0.02 0.11 0.33 0.01 0.08 0.02 0.14 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.25 0.17 0.08 0.35 0.00 0.33 0.61 0.32
OP1 0.23 0.40 0.43 0.31 0.32 0.13 0.31 0.20 0.34 0.24 0.38 0.44 0.37 0.27 0.26 0.30 0.63 0.27 0.02 0.33 0.00 0.02 0.01
OP2 0.62 0.71 0.65 0.26 0.67 0.37 0.63 0.27 0.64 0.57 0.68 0.74 0.70 0.58 0.63 0.71 0.38 0.58 0.01 0.61 0.02 0.00 0.01
P 0.35 0.47 0.48 0.13 0.39 0.15 0.33 0.01 0.35 0.24 0.42 0.52 0.46 0.27 0.33 0.42 0.34 0.35 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.60 0.43 0.40 0.47 0.36 0.50 0.36 0.61 0.41 0.66 0.52 0.69 0.45 0.41 0.42 0.43 0.40 0.35 0.27 0.21 0.24
C2 0.29 0.41 0.29 0.31 0.34 0.31 0.40 0.33 0.50 0.32 0.49 0.35 0.60 0.38 0.30 0.27 0.33 0.34 0.34 0.31 0.20 0.26
C2' 0.59 0.96 0.69 0.63 0.75 0.51 0.76 0.45 0.92 0.55 1.02 0.85 0.98 0.60 0.63 0.68 0.67 0.49 0.51 0.33 0.47 0.30
C3' 0.49 0.66 0.52 0.47 0.54 0.44 0.53 0.40 0.61 0.46 0.68 0.60 0.62 0.47 0.49 0.54 0.49 0.45 0.43 0.23 0.24 0.19
C4 0.33 0.52 0.35 0.35 0.41 0.33 0.47 0.34 0.58 0.37 0.60 0.43 0.69 0.43 0.36 0.33 0.37 0.36 0.34 0.31 0.19 0.26
C4' 0.61 0.74 0.62 0.59 0.65 0.59 0.64 0.57 0.70 0.59 0.76 0.69 0.71 0.60 0.61 0.64 0.60 0.60 0.55 0.46 0.34 0.46
C5 0.31 0.50 0.32 0.32 0.39 0.32 0.45 0.35 0.57 0.36 0.58 0.41 0.69 0.42 0.34 0.29 0.34 0.36 0.32 0.34 0.19 0.27
C5' 0.65 0.80 0.67 0.66 0.69 0.64 0.68 0.62 0.75 0.63 0.83 0.74 0.76 0.64 0.65 0.69 0.68 0.64 0.63 0.58 0.47 0.58
C6 0.29 0.44 0.27 0.29 0.35 0.31 0.42 0.35 0.53 0.33 0.53 0.36 0.65 0.39 0.30 0.25 0.31 0.36 0.30 0.38 0.19 0.29
C8 0.35 0.57 0.37 0.36 0.44 0.33 0.49 0.35 0.61 0.39 0.65 0.47 0.71 0.44 0.38 0.35 0.39 0.38 0.33 0.32 0.18 0.26
N1 0.28 0.40 0.26 0.28 0.32 0.31 0.39 0.34 0.49 0.30 0.48 0.33 0.60 0.37 0.28 0.24 0.30 0.35 0.31 0.36 0.19 0.29
N2 0.26 0.35 0.27 0.31 0.30 0.30 0.36 0.33 0.43 0.27 0.41 0.30 0.51 0.33 0.26 0.25 0.33 0.33 0.35 0.27 0.21 0.24
N3 0.32 0.48 0.34 0.35 0.40 0.33 0.45 0.34 0.56 0.36 0.55 0.41 0.66 0.41 0.35 0.32 0.37 0.36 0.35 0.28 0.20 0.24
N7 0.33 0.54 0.33 0.33 0.41 0.32 0.47 0.35 0.60 0.38 0.62 0.44 0.71 0.43 0.36 0.31 0.36 0.37 0.32 0.35 0.18 0.27
N9 0.36 0.57 0.38 0.37 0.45 0.34 0.49 0.35 0.61 0.39 0.64 0.48 0.71 0.44 0.38 0.37 0.40 0.37 0.34 0.29 0.19 0.25
O2' 0.74 1.36 0.91 0.82 1.00 0.62 0.99 0.52 1.26 0.65 1.45 1.17 1.31 0.72 0.79 0.90 0.88 0.57 0.57 0.34 0.52 0.32
O3' 0.77 0.68 0.75 0.73 0.71 0.75 0.70 0.72 0.66 0.76 0.66 0.70 0.62 0.73 0.75 0.79 0.72 0.77 0.70 0.53 0.34 0.52
O4' 0.64 0.72 0.62 0.61 0.67 0.64 0.68 0.64 0.72 0.65 0.74 0.68 0.76 0.67 0.65 0.63 0.61 0.67 0.62 0.57 0.44 0.59
O5' 0.55 0.70 0.58 0.59 0.59 0.56 0.59 0.56 0.67 0.55 0.74 0.63 0.70 0.56 0.55 0.59 0.62 0.55 0.56 0.53 0.39 0.52
O6 0.29 0.43 0.25 0.27 0.33 0.31 0.41 0.35 0.52 0.32 0.52 0.34 0.64 0.38 0.29 0.24 0.29 0.37 0.28 0.41 0.19 0.30
OP1 0.66 0.77 0.78 0.84 0.68 0.74 0.68 0.77 0.73 0.67 0.79 0.71 0.75 0.67 0.66 0.77 0.91 0.66 0.80 0.79 0.69 0.75
OP2 0.92 0.92 0.94 0.97 0.91 0.98 0.93 1.01 0.95 0.95 0.95 0.90 0.98 0.94 0.92 0.93 0.98 0.96 1.02 1.04 0.94 1.02
P 0.78 0.87 0.84 0.87 0.80 0.83 0.80 0.85 0.85 0.78 0.89 0.82 0.87 0.78 0.78 0.83 0.91 0.79 0.87 0.85 0.75 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.09 0.29 0.19
C2 0.02 0.00 0.24 0.27 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.21 0.34 0.08 0.32 0.17 0.25 0.18
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.12 0.01 0.06 0.02 0.11 0.12 0.18 0.24 0.09 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.15 0.17 0.08
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.14 0.01 0.10 0.02 0.15 0.17 0.22 0.25 0.14 0.13 0.05 0.02 0.01 0.01 0.22 0.28 0.13 0.09
C4 0.01 0.00 0.12 0.14 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.16 0.05 0.31 0.14 0.26 0.17
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.03 0.06 0.02 0.00 0.03 0.10 0.25 0.11
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.03 0.38 0.19 0.30 0.21
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.21 0.23 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.15 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.19 0.04 0.40 0.21 0.31 0.22
C8 0.02 0.01 0.12 0.17 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.19 0.07 0.39 0.20 0.35 0.23
N1 0.01 0.00 0.18 0.22 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.28 0.07 0.37 0.20 0.28 0.20
N3 0.02 0.00 0.24 0.25 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.21 0.30 0.09 0.28 0.14 0.24 0.16
N6 0.01 0.02 0.09 0.14 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.18 0.04 0.43 0.24 0.35 0.26
N7 0.02 0.02 0.08 0.13 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.16 0.05 0.42 0.23 0.37 0.25
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.28 0.12 0.28 0.17
O2' 0.01 0.21 0.00 0.02 0.10 0.06 0.06 0.07 0.10 0.08 0.17 0.21 0.09 0.05 0.01 0.00 0.04 0.05 0.10 0.12 0.18 0.10
O3' 0.02 0.34 0.02 0.01 0.16 0.02 0.13 0.04 0.19 0.19 0.28 0.30 0.18 0.16 0.06 0.04 0.00 0.02 0.18 0.37 0.18 0.14
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.07 0.09 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.14 0.37 0.26
O5' 0.15 0.32 0.18 0.22 0.31 0.03 0.38 0.01 0.40 0.39 0.37 0.28 0.43 0.42 0.28 0.10 0.18 0.11 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.09 0.17 0.15 0.28 0.14 0.10 0.19 0.21 0.21 0.20 0.20 0.14 0.24 0.23 0.12 0.12 0.37 0.14 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.25 0.17 0.13 0.26 0.25 0.30 0.23 0.31 0.35 0.28 0.24 0.35 0.37 0.28 0.18 0.18 0.37 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.18 0.08 0.09 0.17 0.11 0.21 0.02 0.22 0.23 0.20 0.16 0.26 0.25 0.17 0.10 0.14 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00