ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53571

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 4, 2, 0, 1, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.003, 0.020, 0.038, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.004, 0.031, 0.058, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.031 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.006, 0.039, 0.073, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.039 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.002, 0.040, 0.078, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.040 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.003, 0.050, 0.097, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.050 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.008, 0.187, 0.365, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.187 std_dev=0.179
O2' A 0, 0.030, 0.215, 0.400, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.215 std_dev=0.185
O4' A 0, 0.010, 0.206, 0.403, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.206 std_dev=0.197
OP1 B 0, 0.177, 0.439, 0.700, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.439 std_dev=0.261
P B 0, 0.142, 0.410, 0.678, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.410 std_dev=0.268
C4' A 0, 0.008, 0.328, 0.648, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.328 std_dev=0.320
C3' A 0, 0.006, 0.333, 0.661, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.333 std_dev=0.327
OP2 B 0, 0.070, 0.419, 0.767, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.419 std_dev=0.349
O5' A 0, 0.218, 0.674, 1.130, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.674 std_dev=0.456
O3' A 0, 0.000, 0.487, 0.973, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.487 std_dev=0.487
C5' A 0, 0.071, 0.558, 1.045, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.558 std_dev=0.487
OP2 A 0, 0.287, 0.849, 1.412, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.849 std_dev=0.562
P A 0, 0.249, 0.888, 1.528, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.888 std_dev=0.640
O5' B 0, 0.028, 0.704, 1.379, 2.410 max_d=2.410 avg_d=0.704 std_dev=0.676
C5' B 0, 0.172, 0.859, 1.546, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.859 std_dev=0.687
OP1 A 0, 0.288, 1.149, 2.011, 2.852 max_d=2.852 avg_d=1.149 std_dev=0.862
C4' B 0, 0.062, 1.063, 2.064, 3.204 max_d=3.204 avg_d=1.063 std_dev=1.001
O3' B 0, -0.027, 1.116, 2.258, 4.154 max_d=4.154 avg_d=1.116 std_dev=1.142
C3' B 0, -0.053, 1.116, 2.285, 3.872 max_d=3.872 avg_d=1.116 std_dev=1.169
O4' B 0, -0.123, 1.215, 2.553, 3.816 max_d=3.816 avg_d=1.215 std_dev=1.338
C8 B 0, -0.367, 1.219, 2.804, 4.227 max_d=4.227 avg_d=1.219 std_dev=1.585
C2' B 0, -0.227, 1.371, 2.968, 5.118 max_d=5.118 avg_d=1.371 std_dev=1.598
C1' B 0, -0.298, 1.326, 2.951, 4.644 max_d=4.644 avg_d=1.326 std_dev=1.624
N7 B 0, -0.426, 1.266, 2.957, 4.451 max_d=4.451 avg_d=1.266 std_dev=1.691
N9 B 0, -0.413, 1.282, 2.977, 4.530 max_d=4.530 avg_d=1.282 std_dev=1.695
O2' B 0, -0.216, 1.565, 3.346, 5.983 max_d=5.983 avg_d=1.565 std_dev=1.781
C5 B 0, -0.512, 1.378, 3.267, 5.269 max_d=5.269 avg_d=1.378 std_dev=1.889
C4 B 0, -0.534, 1.366, 3.266, 5.216 max_d=5.216 avg_d=1.366 std_dev=1.900
N3 B 0, -0.578, 1.494, 3.565, 5.915 max_d=5.915 avg_d=1.494 std_dev=2.072
C6 B 0, -0.535, 1.551, 3.636, 6.139 max_d=6.139 avg_d=1.551 std_dev=2.086
N6 B 0, -0.464, 1.642, 3.747, 6.308 max_d=6.308 avg_d=1.642 std_dev=2.106
C2 B 0, -0.610, 1.636, 3.883, 6.706 max_d=6.706 avg_d=1.636 std_dev=2.246
N1 B 0, -0.590, 1.679, 3.947, 6.862 max_d=6.862 avg_d=1.679 std_dev=2.268

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.02 0.09 0.28 0.15
C2 0.03 0.00 0.16 0.19 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.22 0.07 0.18 0.01 0.17 0.38 0.24
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.02 0.08 0.02 0.11 0.06 0.14 0.19 0.15 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.13 0.11 0.14 0.19 0.08
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.13 0.01 0.15 0.03 0.18 0.11 0.19 0.21 0.16 0.13 0.08 0.02 0.01 0.02 0.18 0.18 0.21 0.14 0.11
C4 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.14 0.04 0.20 0.01 0.18 0.36 0.23
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.07 0.04 0.08 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.07 0.08 0.21 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.15 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.16 0.03 0.25 0.01 0.25 0.41 0.29
C5' 0.04 0.10 0.02 0.03 0.10 0.01 0.14 0.00 0.14 0.13 0.12 0.10 0.08 0.16 0.09 0.08 0.09 0.02 0.01 0.16 0.09 0.23 0.02
C6 0.02 0.00 0.11 0.18 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.05 0.26 0.00 0.27 0.42 0.30
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.04 0.25 0.02 0.24 0.36 0.26
N1 0.03 0.00 0.14 0.19 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.23 0.06 0.22 0.01 0.23 0.41 0.27
N2 0.04 0.00 0.19 0.21 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.25 0.08 0.16 0.01 0.15 0.37 0.22
N3 0.03 0.00 0.15 0.16 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.18 0.06 0.16 0.01 0.14 0.35 0.21
N7 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.03 0.28 0.02 0.29 0.42 0.31
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.18 0.01 0.16 0.33 0.21
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.05 0.14 0.19 0.14 0.05 0.03 0.00 0.07 0.06 0.06 0.10 0.16 0.17 0.04
O3' 0.03 0.22 0.04 0.01 0.14 0.02 0.16 0.09 0.21 0.12 0.23 0.25 0.18 0.15 0.07 0.07 0.00 0.02 0.20 0.23 0.34 0.23 0.22
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.06 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.05 0.09 0.29 0.16
O5' 0.10 0.18 0.13 0.18 0.20 0.02 0.25 0.01 0.26 0.25 0.22 0.16 0.16 0.28 0.18 0.06 0.20 0.08 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.23 0.05 0.28 0.00 0.31 0.45 0.33
OP1 0.09 0.17 0.14 0.21 0.18 0.08 0.25 0.09 0.27 0.24 0.23 0.15 0.14 0.29 0.16 0.16 0.34 0.09 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.38 0.19 0.14 0.36 0.21 0.41 0.23 0.42 0.36 0.41 0.37 0.35 0.42 0.33 0.17 0.23 0.29 0.01 0.45 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.24 0.08 0.11 0.23 0.04 0.29 0.02 0.30 0.26 0.27 0.22 0.21 0.31 0.21 0.04 0.22 0.16 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.56 0.55 0.42 0.25 0.46 0.47 0.36 0.38 0.40 0.36 0.51 0.54 0.39 0.26 0.47 0.53 0.29 0.68 0.38 0.22 0.17 0.18
C2 0.60 0.43 0.45 0.29 0.43 0.51 0.32 0.43 0.34 0.36 0.38 0.47 0.39 0.23 0.48 0.50 0.27 0.75 0.39 0.22 0.17 0.17
C2' 0.32 0.48 0.28 0.21 0.28 0.32 0.32 0.25 0.51 0.20 0.56 0.37 0.70 0.27 0.23 0.35 0.27 0.47 0.29 0.33 0.23 0.27
C3' 0.35 0.52 0.30 0.22 0.32 0.32 0.32 0.26 0.49 0.24 0.58 0.41 0.63 0.25 0.27 0.38 0.28 0.47 0.25 0.39 0.25 0.29
C4 0.61 0.55 0.47 0.30 0.52 0.51 0.43 0.43 0.46 0.44 0.52 0.57 0.46 0.35 0.53 0.54 0.28 0.73 0.37 0.23 0.21 0.17
C4' 0.53 0.59 0.41 0.24 0.47 0.44 0.39 0.34 0.45 0.37 0.57 0.56 0.44 0.30 0.46 0.55 0.28 0.64 0.33 0.27 0.17 0.20
C5 0.65 0.61 0.52 0.34 0.58 0.53 0.53 0.46 0.56 0.53 0.60 0.61 0.57 0.48 0.59 0.56 0.29 0.74 0.35 0.26 0.28 0.19
C5' 0.59 0.65 0.48 0.30 0.55 0.49 0.49 0.38 0.53 0.47 0.63 0.62 0.50 0.41 0.53 0.61 0.31 0.68 0.28 0.33 0.17 0.18
C6 0.65 0.58 0.54 0.37 0.57 0.54 0.53 0.49 0.55 0.54 0.57 0.59 0.56 0.49 0.59 0.54 0.29 0.74 0.34 0.28 0.32 0.20
C8 0.64 0.66 0.51 0.33 0.59 0.52 0.54 0.44 0.58 0.52 0.65 0.64 0.58 0.47 0.58 0.57 0.29 0.72 0.36 0.25 0.26 0.18
N1 0.62 0.49 0.50 0.34 0.49 0.53 0.42 0.48 0.43 0.45 0.45 0.52 0.45 0.37 0.53 0.51 0.28 0.74 0.35 0.26 0.27 0.18
N2 0.57 0.33 0.40 0.26 0.34 0.50 0.27 0.41 0.31 0.30 0.29 0.39 0.43 0.32 0.42 0.46 0.28 0.77 0.43 0.18 0.16 0.19
N3 0.59 0.46 0.43 0.27 0.44 0.49 0.32 0.40 0.35 0.35 0.41 0.50 0.40 0.22 0.48 0.51 0.28 0.73 0.39 0.21 0.15 0.17
N7 0.66 0.67 0.54 0.36 0.62 0.53 0.59 0.47 0.63 0.57 0.67 0.65 0.64 0.54 0.62 0.58 0.30 0.74 0.35 0.27 0.30 0.20
N9 0.60 0.59 0.47 0.29 0.53 0.50 0.45 0.42 0.48 0.44 0.56 0.59 0.47 0.36 0.53 0.55 0.29 0.71 0.37 0.23 0.21 0.18
O2' 0.35 0.49 0.29 0.20 0.29 0.38 0.38 0.32 0.58 0.25 0.60 0.38 0.83 0.37 0.25 0.38 0.27 0.53 0.39 0.32 0.26 0.32
O3' 0.32 0.61 0.31 0.25 0.37 0.33 0.43 0.29 0.62 0.28 0.70 0.47 0.79 0.36 0.28 0.37 0.29 0.45 0.27 0.47 0.31 0.37
O4' 0.68 0.71 0.53 0.33 0.63 0.55 0.55 0.44 0.56 0.53 0.66 0.70 0.48 0.46 0.62 0.67 0.34 0.77 0.41 0.23 0.18 0.18
O5' 0.63 0.69 0.52 0.33 0.59 0.53 0.55 0.46 0.60 0.52 0.68 0.65 0.58 0.48 0.58 0.62 0.33 0.70 0.41 0.23 0.29 0.24
O6 0.66 0.61 0.56 0.40 0.60 0.54 0.59 0.50 0.60 0.59 0.61 0.61 0.63 0.56 0.62 0.55 0.31 0.73 0.31 0.31 0.37 0.23
OP1 0.67 0.74 0.58 0.38 0.65 0.55 0.63 0.47 0.68 0.61 0.75 0.70 0.67 0.59 0.64 0.68 0.36 0.72 0.36 0.32 0.29 0.23
OP2 0.89 0.89 0.79 0.59 0.85 0.77 0.83 0.67 0.85 0.85 0.89 0.87 0.85 0.82 0.86 0.86 0.52 0.95 0.47 0.57 0.44 0.43
P 0.80 0.83 0.69 0.48 0.77 0.67 0.75 0.58 0.77 0.74 0.83 0.81 0.76 0.71 0.77 0.79 0.42 0.86 0.42 0.40 0.35 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.16 0.11 0.32 0.12
C2 0.04 0.00 0.20 0.26 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.31 0.11 0.34 0.21 0.36 0.32
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.10 0.03 0.06 0.02 0.09 0.13 0.15 0.21 0.08 0.09 0.03 0.00 0.04 0.01 0.22 0.15 0.36 0.20
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.19 0.00 0.22 0.02 0.24 0.26 0.25 0.24 0.26 0.26 0.15 0.02 0.01 0.01 0.30 0.17 0.37 0.25
C4 0.02 0.01 0.10 0.19 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.19 0.06 0.39 0.21 0.35 0.32
C4' 0.01 0.08 0.03 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.10 0.16 0.08 0.08 0.13 0.16 0.08 0.13 0.03 0.00 0.01 0.14 0.28 0.07
C5 0.01 0.00 0.06 0.22 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.23 0.02 0.51 0.30 0.43 0.45
C5' 0.03 0.14 0.02 0.02 0.15 0.00 0.22 0.00 0.22 0.27 0.18 0.11 0.27 0.29 0.14 0.11 0.05 0.02 0.01 0.20 0.22 0.02
C6 0.02 0.00 0.09 0.24 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.26 0.05 0.51 0.32 0.46 0.47
C8 0.01 0.01 0.13 0.26 0.00 0.16 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.28 0.08 0.57 0.28 0.39 0.43
N1 0.03 0.00 0.15 0.25 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.29 0.09 0.43 0.27 0.42 0.40
N3 0.04 0.00 0.21 0.24 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.27 0.11 0.30 0.17 0.33 0.26
N6 0.01 0.00 0.08 0.26 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.30 0.03 0.57 0.39 0.54 0.55
N7 0.01 0.01 0.09 0.26 0.00 0.16 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.30 0.05 0.62 0.35 0.49 0.53
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.13 0.01 0.38 0.18 0.33 0.28
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.15 0.13 0.13 0.11 0.16 0.10 0.21 0.23 0.15 0.10 0.07 0.00 0.07 0.12 0.19 0.15 0.34 0.18
O3' 0.02 0.31 0.04 0.01 0.19 0.03 0.23 0.05 0.26 0.28 0.29 0.27 0.30 0.30 0.13 0.07 0.00 0.02 0.30 0.22 0.39 0.26
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.05 0.08 0.09 0.11 0.03 0.05 0.01 0.12 0.02 0.00 0.13 0.13 0.37 0.10
O5' 0.16 0.34 0.22 0.30 0.39 0.01 0.51 0.01 0.51 0.57 0.43 0.30 0.57 0.62 0.38 0.19 0.30 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.21 0.15 0.17 0.21 0.14 0.30 0.20 0.32 0.28 0.27 0.17 0.39 0.35 0.18 0.15 0.22 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.36 0.36 0.37 0.35 0.28 0.43 0.22 0.46 0.39 0.42 0.33 0.54 0.49 0.33 0.34 0.39 0.37 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.32 0.20 0.25 0.32 0.07 0.45 0.02 0.47 0.43 0.40 0.26 0.55 0.53 0.28 0.18 0.26 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00