ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53572

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 3, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.024, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.019, 0.032, 0.046, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.032 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.025, 0.041, 0.057, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.041 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.027, 0.044, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.044 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.027, 0.046, 0.065, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.046 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.040, 0.074, 0.108, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.074 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.066, 0.122, 0.178, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.122 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.014, 0.088, 0.162, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.088 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.076, 0.158, 0.240, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.158 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.076, 0.160, 0.243, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.160 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.050, 0.169, 0.289, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.169 std_dev=0.120
O5' A 0, 0.081, 0.207, 0.334, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.207 std_dev=0.126
P A 0, 0.105, 0.236, 0.367, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.236 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.125, 0.257, 0.389, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.257 std_dev=0.132
C5' A 0, 0.104, 0.243, 0.383, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.243 std_dev=0.140
OP2 A 0, 0.108, 0.253, 0.398, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.253 std_dev=0.145
OP1 A 0, 0.105, 0.262, 0.419, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.262 std_dev=0.157
N6 B 0, 0.212, 0.389, 0.567, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.389 std_dev=0.178
C5 B 0, 0.167, 0.350, 0.533, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.350 std_dev=0.183
C4' B 0, 0.211, 0.405, 0.600, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.405 std_dev=0.195
O4' B 0, 0.193, 0.406, 0.618, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.406 std_dev=0.212
C1' B 0, 0.200, 0.416, 0.632, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.416 std_dev=0.216
C2' B 0, 0.225, 0.458, 0.691, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.458 std_dev=0.233
P B 0, 0.172, 0.408, 0.644, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.408 std_dev=0.236
C4 B 0, 0.139, 0.387, 0.634, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.387 std_dev=0.247
C6 B 0, 0.143, 0.392, 0.642, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.392 std_dev=0.249
O5' B 0, 0.132, 0.387, 0.641, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.387 std_dev=0.255
OP1 B 0, 0.315, 0.579, 0.844, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.579 std_dev=0.265
C5' B 0, 0.175, 0.455, 0.735, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.455 std_dev=0.280
N9 B 0, 0.128, 0.423, 0.718, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.423 std_dev=0.295
C3' B 0, 0.230, 0.528, 0.825, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.528 std_dev=0.298
O2' B 0, 0.229, 0.553, 0.876, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.553 std_dev=0.324
OP2 B 0, 0.137, 0.483, 0.828, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.483 std_dev=0.346
O3' B 0, -0.007, 0.778, 1.562, 2.739 max_d=2.739 avg_d=0.778 std_dev=0.785
N7 B 0, -0.304, 0.728, 1.759, 3.390 max_d=3.390 avg_d=0.728 std_dev=1.032
C8 B 0, -0.330, 0.742, 1.814, 3.539 max_d=3.539 avg_d=0.742 std_dev=1.072
N3 B 0, -0.331, 0.749, 1.829, 3.570 max_d=3.570 avg_d=0.749 std_dev=1.080
N1 B 0, -0.364, 0.742, 1.848, 3.538 max_d=3.538 avg_d=0.742 std_dev=1.106
C2 B 0, -0.578, 0.885, 2.347, 4.641 max_d=4.641 avg_d=0.885 std_dev=1.463

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.04 0.07 0.01 0.06 0.09 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.08 0.06 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.09 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.09 0.07 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.07 0.01 0.06 0.08 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.10 0.10
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.05 0.05 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.08 0.00 0.09 0.12 0.10
C8 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.08 0.08 0.09
N1 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.07 0.01 0.08 0.11 0.09
N2 0.05 0.00 0.09 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.12 0.05 0.07 0.01 0.06 0.09 0.08
N3 0.03 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.04 0.06 0.01 0.06 0.08 0.07
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.10 0.02 0.10 0.11 0.11
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.06 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.08 0.12 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.10 0.06 0.06
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.12 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.10 0.07 0.14 0.12 0.12
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.02 0.06 0.07 0.05
O5' 0.04 0.07 0.05 0.07 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06 0.10 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.09 0.00 0.11 0.14 0.12
OP1 0.04 0.06 0.08 0.09 0.06 0.05 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.10 0.06 0.10 0.14 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.06 0.07 0.08 0.02 0.10 0.02 0.12 0.08 0.11 0.09 0.08 0.11 0.06 0.06 0.12 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.06 0.08 0.07 0.02 0.10 0.02 0.10 0.09 0.09 0.08 0.07 0.11 0.06 0.06 0.12 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 1.10 0.29 0.29 0.14 0.14 0.24 0.13 0.20 1.02 0.79 0.83 0.14 0.90 0.43 0.23 0.76 0.15 0.05 0.07 0.20 0.04
C2 0.19 0.26 0.22 0.07 0.06 0.15 0.08 0.07 0.10 0.29 0.24 0.15 0.09 0.24 0.20 0.18 0.28 0.21 0.07 0.10 0.20 0.05
C2' 0.32 0.93 0.30 0.32 0.16 0.18 0.21 0.22 0.21 0.86 0.70 0.70 0.15 0.74 0.39 0.21 0.77 0.20 0.12 0.12 0.26 0.12
C3' 0.31 1.04 0.29 0.32 0.15 0.18 0.22 0.22 0.22 0.94 0.79 0.77 0.15 0.83 0.40 0.21 0.81 0.19 0.12 0.13 0.26 0.12
C4 0.27 0.92 0.28 0.18 0.09 0.16 0.22 0.08 0.18 0.83 0.71 0.63 0.12 0.77 0.37 0.25 0.52 0.20 0.06 0.09 0.20 0.04
C4' 0.30 1.18 0.29 0.34 0.15 0.15 0.25 0.17 0.20 1.08 0.86 0.88 0.13 0.97 0.44 0.23 0.87 0.14 0.06 0.08 0.22 0.07
C5 0.24 0.91 0.27 0.14 0.09 0.16 0.24 0.07 0.19 0.79 0.76 0.58 0.13 0.79 0.35 0.29 0.45 0.20 0.07 0.10 0.19 0.05
C5' 0.29 1.27 0.29 0.34 0.15 0.13 0.27 0.15 0.21 1.14 0.94 0.93 0.12 1.05 0.44 0.24 0.88 0.13 0.05 0.06 0.20 0.05
C6 0.20 0.57 0.24 0.07 0.08 0.15 0.18 0.07 0.15 0.53 0.53 0.34 0.11 0.54 0.26 0.28 0.30 0.20 0.08 0.11 0.18 0.06
C8 0.29 1.21 0.30 0.23 0.14 0.16 0.28 0.08 0.22 1.06 0.93 0.83 0.17 1.02 0.43 0.31 0.63 0.18 0.06 0.09 0.20 0.04
N1 0.17 0.25 0.22 0.05 0.08 0.14 0.10 0.08 0.10 0.28 0.25 0.13 0.09 0.26 0.18 0.23 0.21 0.20 0.09 0.11 0.18 0.06
N2 0.15 0.23 0.18 0.08 0.12 0.14 0.08 0.08 0.07 0.14 0.12 0.25 0.11 0.17 0.09 0.12 0.15 0.20 0.07 0.09 0.21 0.04
N3 0.25 0.61 0.26 0.15 0.06 0.16 0.15 0.09 0.14 0.60 0.48 0.44 0.10 0.52 0.31 0.19 0.46 0.21 0.06 0.09 0.21 0.05
N7 0.26 1.10 0.29 0.17 0.12 0.16 0.27 0.07 0.21 0.94 0.89 0.72 0.16 0.94 0.39 0.32 0.53 0.19 0.06 0.10 0.19 0.05
N9 0.30 1.12 0.30 0.24 0.13 0.16 0.26 0.10 0.21 1.01 0.84 0.80 0.14 0.93 0.43 0.27 0.65 0.18 0.06 0.08 0.20 0.04
O2' 0.35 0.81 0.32 0.39 0.18 0.22 0.22 0.25 0.21 0.80 0.60 0.63 0.17 0.67 0.39 0.23 0.86 0.23 0.18 0.17 0.29 0.16
O3' 0.34 0.96 0.31 0.37 0.16 0.22 0.21 0.28 0.22 0.88 0.73 0.70 0.15 0.77 0.40 0.22 0.86 0.22 0.19 0.18 0.30 0.18
O4' 0.29 1.23 0.29 0.32 0.15 0.13 0.27 0.12 0.19 1.14 0.89 0.93 0.14 1.02 0.45 0.25 0.83 0.12 0.06 0.06 0.18 0.04
O5' 0.25 1.33 0.25 0.27 0.19 0.12 0.24 0.15 0.26 1.10 1.02 0.97 0.14 1.02 0.40 0.22 0.78 0.12 0.06 0.06 0.20 0.05
O6 0.18 0.47 0.23 0.06 0.09 0.14 0.18 0.08 0.14 0.45 0.46 0.27 0.13 0.47 0.23 0.30 0.24 0.20 0.09 0.12 0.16 0.07
OP1 0.25 1.35 0.24 0.28 0.19 0.12 0.25 0.15 0.25 1.13 1.03 0.98 0.15 1.06 0.41 0.21 0.81 0.11 0.07 0.07 0.22 0.07
OP2 0.29 1.28 0.30 0.27 0.15 0.16 0.30 0.10 0.21 1.14 0.99 0.89 0.18 1.10 0.45 0.31 0.75 0.18 0.08 0.10 0.23 0.08
P 0.26 1.36 0.26 0.27 0.18 0.13 0.27 0.13 0.25 1.15 1.04 0.98 0.15 1.08 0.42 0.26 0.79 0.13 0.07 0.07 0.20 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.00 0.17 0.08 0.08 0.12
C2 0.06 0.00 0.35 0.34 0.02 0.41 0.01 0.78 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.27 0.38 0.14 0.59 1.22 1.01 0.91
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.18 0.01 0.07 0.16 0.15 0.21 0.26 0.36 0.10 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.06 0.08 0.09
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.03 0.00 0.19 0.01 0.08 0.58 0.16 0.35 0.17 0.49 0.22 0.01 0.01 0.01 0.28 0.32 0.32 0.33
C4 0.02 0.02 0.18 0.03 0.00 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.16 0.08 0.14 0.26 0.15 0.12
C4' 0.00 0.41 0.01 0.00 0.13 0.00 0.04 0.00 0.08 0.37 0.27 0.41 0.03 0.28 0.10 0.22 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.19 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.05 0.03 0.37 0.17 0.27 0.31
C5' 0.04 0.78 0.16 0.01 0.27 0.00 0.05 0.00 0.21 0.50 0.54 0.74 0.09 0.40 0.09 0.05 0.15 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.08 0.01 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.05 0.06 0.19 0.23 0.09 0.11
C8 0.02 0.02 0.21 0.58 0.01 0.37 0.00 0.50 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.15 0.32 0.08 0.88 0.94 0.90 0.94
N1 0.05 0.01 0.26 0.16 0.02 0.27 0.01 0.54 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.22 0.10 0.32 0.85 0.67 0.57
N3 0.06 0.00 0.36 0.35 0.00 0.41 0.01 0.74 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.40 0.15 0.52 1.00 0.81 0.75
N6 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.31 0.07 0.05 0.32 0.12 0.23 0.25
N7 0.02 0.01 0.12 0.49 0.01 0.28 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.30 0.04 0.81 0.85 0.92 0.91
N9 0.00 0.03 0.02 0.22 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.03 0.01 0.40 0.27 0.27 0.34
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.24 0.22 0.26 0.05 0.29 0.15 0.29 0.23 0.31 0.22 0.15 0.00 0.05 0.19 0.23 0.14 0.10 0.18
O3' 0.24 0.38 0.02 0.01 0.16 0.02 0.05 0.15 0.05 0.32 0.22 0.40 0.07 0.30 0.03 0.05 0.00 0.19 0.30 0.63 0.42 0.46
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.08 0.10 0.15 0.05 0.04 0.01 0.19 0.19 0.00 0.06 0.07 0.18 0.05
O5' 0.17 0.59 0.13 0.28 0.14 0.01 0.37 0.01 0.19 0.88 0.32 0.52 0.32 0.81 0.40 0.23 0.30 0.06 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.08 1.22 0.06 0.32 0.26 0.04 0.17 0.10 0.23 0.94 0.85 1.00 0.12 0.85 0.27 0.14 0.63 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 1.01 0.08 0.32 0.15 0.11 0.27 0.14 0.09 0.90 0.67 0.81 0.23 0.92 0.27 0.10 0.42 0.18 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.91 0.09 0.33 0.12 0.02 0.31 0.01 0.11 0.94 0.57 0.75 0.25 0.91 0.34 0.18 0.46 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00