ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53573

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 4, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.018, 0.036, 0.055, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.016, 0.038, 0.059, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.006, 0.028, 0.051, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.032, 0.057, 0.081, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.057 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.018, 0.053, 0.088, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.053 std_dev=0.035
P B 0, 0.353, 0.660, 0.967, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.660 std_dev=0.307
OP2 B 0, 0.492, 0.800, 1.107, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.800 std_dev=0.308
OP1 B 0, 0.515, 0.870, 1.226, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.870 std_dev=0.356
O5' B 0, 0.589, 0.957, 1.325, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.957 std_dev=0.368
C5' B 0, 0.833, 1.292, 1.751, 2.043 max_d=2.043 avg_d=1.292 std_dev=0.459
O4' A 0, 0.565, 1.134, 1.703, 1.676 max_d=1.676 avg_d=1.134 std_dev=0.569
C2' A 0, 0.618, 1.249, 1.880, 1.816 max_d=1.816 avg_d=1.249 std_dev=0.631
O4' B 0, 0.980, 1.656, 2.333, 2.987 max_d=2.987 avg_d=1.656 std_dev=0.677
C4' B 0, 0.756, 1.451, 2.145, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.451 std_dev=0.694
C3' A 0, 0.913, 1.649, 2.385, 2.390 max_d=2.390 avg_d=1.649 std_dev=0.736
N9 B 0, 0.819, 1.555, 2.291, 2.825 max_d=2.825 avg_d=1.555 std_dev=0.736
C8 B 0, 0.485, 1.226, 1.967, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.226 std_dev=0.741
C4' A 0, 0.915, 1.715, 2.516, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.715 std_dev=0.800
C1' B 0, 0.993, 1.807, 2.622, 3.342 max_d=3.342 avg_d=1.807 std_dev=0.814
C3' B 0, 0.646, 1.476, 2.306, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.476 std_dev=0.830
O3' A 0, 1.181, 2.057, 2.933, 2.882 max_d=2.882 avg_d=2.057 std_dev=0.876
O5' A 0, 1.529, 2.462, 3.395, 3.611 max_d=3.611 avg_d=2.462 std_dev=0.933
N7 B 0, 0.178, 1.118, 2.057, 3.791 max_d=3.791 avg_d=1.118 std_dev=0.940
O2' A 0, 1.100, 2.060, 3.019, 2.958 max_d=2.958 avg_d=2.060 std_dev=0.960
C2' B 0, 0.883, 1.845, 2.807, 3.848 max_d=3.848 avg_d=1.845 std_dev=0.962
O3' B 0, 0.673, 1.663, 2.654, 3.789 max_d=3.789 avg_d=1.663 std_dev=0.990
C4 B 0, 0.828, 1.828, 2.828, 3.933 max_d=3.933 avg_d=1.828 std_dev=1.000
C5 B 0, 0.483, 1.511, 2.539, 4.396 max_d=4.396 avg_d=1.511 std_dev=1.028
C5' A 0, 1.298, 2.453, 3.609, 3.713 max_d=3.713 avg_d=2.453 std_dev=1.155
O2' B 0, 0.998, 2.196, 3.395, 4.782 max_d=4.782 avg_d=2.196 std_dev=1.198
C6 B 0, 0.515, 1.879, 3.243, 5.761 max_d=5.761 avg_d=1.879 std_dev=1.364
P A 0, 1.945, 3.342, 4.740, 5.066 max_d=5.066 avg_d=3.342 std_dev=1.398
N3 B 0, 1.004, 2.419, 3.834, 4.863 max_d=4.863 avg_d=2.419 std_dev=1.415
OP2 A 0, 1.785, 3.250, 4.714, 5.616 max_d=5.616 avg_d=3.250 std_dev=1.465
N6 B 0, 0.286, 1.803, 3.320, 6.655 max_d=6.655 avg_d=1.803 std_dev=1.517
N1 B 0, 0.796, 2.481, 4.167, 6.426 max_d=6.426 avg_d=2.481 std_dev=1.685
C2 B 0, 0.966, 2.690, 4.415, 5.989 max_d=5.989 avg_d=2.690 std_dev=1.725
OP1 A 0, 2.444, 4.228, 6.012, 6.358 max_d=6.358 avg_d=4.228 std_dev=1.784

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.28 0.03 0.22 0.31 0.22
C2 0.04 0.00 0.35 0.25 0.01 0.14 0.02 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.29 0.28 0.42 0.02 0.39 0.60 0.45
C2' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.19 0.02 0.11 0.16 0.18 0.18 0.28 0.42 0.34 0.10 0.03 0.01 0.03 0.01 0.29 0.14 0.33 0.37 0.31
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.22 0.00 0.28 0.02 0.31 0.26 0.28 0.25 0.21 0.29 0.18 0.02 0.01 0.02 0.10 0.34 0.13 0.17 0.10
C4 0.02 0.01 0.19 0.22 0.00 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.15 0.50 0.02 0.45 0.65 0.49
C4' 0.02 0.14 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.18 0.10 0.20 0.14 0.15 0.06 0.24 0.03 0.01 0.02 0.10 0.10 0.15 0.14
C5 0.02 0.02 0.11 0.28 0.01 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.07 0.65 0.02 0.67 0.89 0.70
C5' 0.08 0.27 0.16 0.02 0.20 0.01 0.21 0.00 0.23 0.22 0.25 0.31 0.25 0.24 0.14 0.08 0.17 0.02 0.01 0.25 0.22 0.17 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.31 0.01 0.07 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.16 0.20 0.12 0.65 0.01 0.68 0.92 0.71
C8 0.01 0.01 0.18 0.26 0.01 0.18 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.17 0.15 0.74 0.03 0.77 0.92 0.78
N1 0.04 0.01 0.28 0.28 0.01 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.24 0.22 0.53 0.02 0.52 0.76 0.57
N2 0.05 0.01 0.42 0.25 0.02 0.20 0.02 0.31 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.44 0.36 0.34 0.35 0.03 0.39 0.54 0.45
N3 0.04 0.01 0.34 0.21 0.01 0.14 0.01 0.25 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.31 0.28 0.28 0.37 0.02 0.34 0.51 0.39
N7 0.01 0.02 0.10 0.29 0.01 0.15 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.32 0.19 0.08 0.79 0.03 0.87 1.09 0.88
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.10 0.02 0.51 0.02 0.46 0.60 0.47
O2' 0.02 0.31 0.01 0.02 0.12 0.24 0.18 0.08 0.16 0.35 0.21 0.44 0.31 0.32 0.14 0.00 0.08 0.17 0.22 0.19 0.26 0.39 0.24
O3' 0.24 0.29 0.03 0.01 0.16 0.03 0.16 0.17 0.20 0.17 0.24 0.36 0.28 0.19 0.10 0.08 0.00 0.19 0.22 0.23 0.31 0.31 0.26
O4' 0.01 0.28 0.01 0.02 0.15 0.01 0.07 0.02 0.12 0.15 0.22 0.34 0.28 0.08 0.02 0.17 0.19 0.00 0.22 0.08 0.14 0.14 0.12
O5' 0.28 0.42 0.29 0.10 0.50 0.02 0.65 0.01 0.65 0.74 0.53 0.35 0.37 0.79 0.51 0.22 0.22 0.22 0.00 0.72 0.03 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.34 0.02 0.10 0.02 0.25 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.19 0.23 0.08 0.72 0.00 0.81 1.07 0.82
OP1 0.22 0.39 0.33 0.13 0.45 0.10 0.67 0.22 0.68 0.77 0.52 0.39 0.34 0.87 0.46 0.26 0.31 0.14 0.03 0.81 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.60 0.37 0.17 0.65 0.15 0.89 0.17 0.92 0.92 0.76 0.54 0.51 1.09 0.60 0.39 0.31 0.14 0.03 1.07 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.45 0.31 0.10 0.49 0.14 0.70 0.02 0.71 0.78 0.57 0.45 0.39 0.88 0.47 0.24 0.26 0.12 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 1.34 0.49 0.38 0.91 0.25 1.02 0.25 1.38 0.47 1.51 1.08 1.58 0.71 0.60 0.51 0.41 0.24 0.31 0.31 0.29 0.33
C2 0.39 1.06 0.35 0.28 0.84 0.17 1.04 0.20 1.25 0.62 1.23 0.87 1.44 0.93 0.60 0.33 0.31 0.20 0.27 0.33 0.28 0.31
C2' 0.90 1.74 0.92 0.77 1.31 0.69 1.36 0.63 1.71 0.86 1.88 1.49 1.86 1.05 1.01 0.95 0.76 0.70 0.63 0.53 0.52 0.57
C3' 0.51 1.29 0.50 0.40 0.83 0.37 0.85 0.40 1.18 0.42 1.40 1.04 1.29 0.54 0.57 0.55 0.41 0.39 0.43 0.48 0.41 0.47
C4 0.43 1.23 0.41 0.32 0.91 0.20 1.08 0.21 1.38 0.57 1.41 0.99 1.61 0.87 0.62 0.40 0.36 0.22 0.29 0.32 0.27 0.31
C4' 0.22 1.07 0.26 0.25 0.58 0.19 0.60 0.28 0.96 0.15 1.19 0.80 1.08 0.27 0.29 0.29 0.31 0.18 0.35 0.43 0.40 0.42
C5 0.41 1.20 0.37 0.31 0.89 0.17 1.07 0.19 1.36 0.60 1.39 0.96 1.59 0.90 0.61 0.34 0.38 0.21 0.27 0.33 0.26 0.28
C5' 0.17 1.00 0.23 0.29 0.51 0.23 0.53 0.33 0.87 0.16 1.10 0.73 0.97 0.23 0.23 0.23 0.37 0.19 0.42 0.55 0.51 0.51
C6 0.38 1.10 0.31 0.29 0.84 0.15 1.04 0.18 1.29 0.62 1.29 0.88 1.51 0.93 0.59 0.27 0.38 0.21 0.25 0.33 0.26 0.26
C8 0.44 1.31 0.43 0.35 0.92 0.20 1.07 0.21 1.40 0.55 1.49 1.05 1.63 0.83 0.62 0.42 0.40 0.23 0.29 0.33 0.27 0.30
N1 0.36 1.03 0.30 0.27 0.81 0.15 1.01 0.18 1.23 0.63 1.20 0.83 1.43 0.93 0.58 0.26 0.34 0.20 0.25 0.33 0.26 0.27
N2 0.38 0.95 0.34 0.26 0.80 0.18 0.99 0.21 1.14 0.64 1.09 0.80 1.27 0.95 0.59 0.31 0.28 0.19 0.27 0.32 0.29 0.32
N3 0.43 1.18 0.42 0.32 0.90 0.21 1.07 0.22 1.35 0.58 1.35 0.97 1.56 0.89 0.62 0.40 0.34 0.22 0.29 0.32 0.28 0.32
N7 0.42 1.26 0.39 0.33 0.91 0.18 1.08 0.20 1.39 0.59 1.44 1.00 1.62 0.88 0.62 0.37 0.40 0.22 0.28 0.33 0.26 0.28
N9 0.45 1.30 0.45 0.35 0.92 0.22 1.07 0.23 1.40 0.53 1.48 1.05 1.63 0.81 0.62 0.45 0.38 0.23 0.30 0.32 0.28 0.31
O2' 1.09 2.07 1.16 0.97 1.56 0.82 1.61 0.71 2.01 1.03 2.23 1.77 2.15 1.23 1.21 1.19 0.98 0.83 0.71 0.51 0.51 0.56
O3' 0.34 1.08 0.35 0.33 0.57 0.37 0.55 0.47 0.90 0.32 1.18 0.80 0.97 0.31 0.35 0.39 0.35 0.39 0.50 0.58 0.51 0.56
O4' 0.23 1.04 0.25 0.28 0.59 0.26 0.66 0.36 1.02 0.24 1.19 0.77 1.19 0.38 0.31 0.26 0.35 0.24 0.42 0.51 0.48 0.50
O5' 0.20 0.85 0.22 0.25 0.46 0.20 0.48 0.29 0.75 0.19 0.93 0.63 0.84 0.26 0.25 0.23 0.32 0.18 0.36 0.57 0.47 0.51
O6 0.36 1.06 0.28 0.29 0.82 0.15 1.02 0.18 1.27 0.63 1.26 0.85 1.49 0.92 0.57 0.23 0.41 0.23 0.24 0.34 0.26 0.24
OP1 0.46 0.43 0.57 0.65 0.33 0.56 0.34 0.56 0.35 0.57 0.47 0.33 0.38 0.50 0.44 0.53 0.72 0.55 0.59 0.69 0.59 0.62
OP2 0.38 0.50 0.43 0.51 0.30 0.48 0.31 0.53 0.45 0.41 0.58 0.36 0.53 0.34 0.34 0.42 0.58 0.47 0.55 0.80 0.63 0.69
P 0.38 0.47 0.47 0.56 0.26 0.50 0.26 0.52 0.38 0.46 0.53 0.31 0.44 0.37 0.34 0.44 0.64 0.48 0.56 0.70 0.59 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.17 0.27 0.23
C2 0.05 0.00 0.16 0.14 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.20 0.09 0.25 0.33 0.56 0.43
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.08 0.02 0.04 0.01 0.07 0.10 0.12 0.16 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.21 0.13
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.10 0.16 0.12 0.14 0.12 0.15 0.07 0.02 0.01 0.02 0.07 0.12 0.14 0.07
C4 0.02 0.02 0.08 0.09 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.04 0.26 0.33 0.52 0.42
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.07 0.14 0.03 0.05 0.10 0.14 0.05 0.07 0.01 0.00 0.02 0.10 0.08 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.04 0.36 0.46 0.64 0.53
C5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.20 0.25 0.14 0.06 0.25 0.28 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.10 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.05 0.37 0.49 0.70 0.56
C8 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.18 0.07 0.37 0.44 0.54 0.50
N1 0.03 0.01 0.12 0.12 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.16 0.07 0.32 0.42 0.65 0.51
N3 0.04 0.01 0.16 0.14 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.18 0.09 0.20 0.27 0.48 0.37
N6 0.02 0.02 0.05 0.12 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.12 0.13 0.05 0.42 0.58 0.78 0.63
N7 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.14 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.17 0.06 0.42 0.54 0.68 0.59
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.24 0.30 0.43 0.37
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.12 0.07 0.09 0.07 0.13 0.07 0.18 0.21 0.12 0.07 0.04 0.00 0.03 0.06 0.03 0.13 0.15 0.08
O3' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.12 0.18 0.16 0.18 0.13 0.17 0.06 0.03 0.00 0.02 0.12 0.27 0.18 0.14
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.07 0.09 0.05 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.10 0.20 0.19 0.19
O5' 0.12 0.25 0.06 0.07 0.26 0.02 0.36 0.01 0.37 0.37 0.32 0.20 0.42 0.42 0.24 0.03 0.12 0.10 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.17 0.33 0.06 0.12 0.33 0.10 0.46 0.10 0.49 0.44 0.42 0.27 0.58 0.54 0.30 0.13 0.27 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.56 0.21 0.14 0.52 0.08 0.64 0.03 0.70 0.54 0.65 0.48 0.78 0.68 0.43 0.15 0.18 0.19 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.43 0.13 0.07 0.42 0.06 0.53 0.01 0.56 0.50 0.51 0.37 0.63 0.59 0.37 0.08 0.14 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00