ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53574

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 3, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.013, 0.022, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.020, 0.033, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.019 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.030, 0.077, 0.125, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.077 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.037, 0.092, 0.147, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.048, 0.114, 0.180, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.114 std_dev=0.066
C4' A 0, 0.071, 0.151, 0.231, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.151 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.085, 0.167, 0.250, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.167 std_dev=0.082
O3' A 0, 0.102, 0.224, 0.346, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.224 std_dev=0.122
OP2 A 0, 0.070, 0.203, 0.337, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.203 std_dev=0.133
C5' A 0, 0.098, 0.235, 0.372, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.235 std_dev=0.137
O5' A 0, 0.082, 0.219, 0.356, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.219 std_dev=0.137
N6 B 0, 0.048, 0.185, 0.323, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.185 std_dev=0.138
P A 0, 0.070, 0.230, 0.389, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.230 std_dev=0.160
C6 B 0, 0.020, 0.200, 0.380, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.200 std_dev=0.180
OP2 B 0, 0.181, 0.368, 0.555, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.368 std_dev=0.187
OP1 A 0, 0.106, 0.306, 0.506, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.306 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.038, 0.240, 0.442, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.240 std_dev=0.202
P B 0, 0.142, 0.344, 0.547, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.344 std_dev=0.202
N7 B 0, 0.000, 0.209, 0.417, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C5 B 0, 0.012, 0.223, 0.434, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.223 std_dev=0.211
OP1 B 0, 0.140, 0.364, 0.587, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.364 std_dev=0.224
O5' B 0, 0.089, 0.330, 0.571, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.330 std_dev=0.241
C8 B 0, 0.015, 0.258, 0.502, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.258 std_dev=0.244
C2 B 0, 0.046, 0.293, 0.541, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.293 std_dev=0.248
C4 B 0, 0.029, 0.285, 0.540, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.285 std_dev=0.256
N9 B 0, 0.029, 0.298, 0.567, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.298 std_dev=0.269
N3 B 0, 0.045, 0.322, 0.600, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.322 std_dev=0.278
C5' B 0, 0.071, 0.358, 0.644, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.358 std_dev=0.286
C3' B 0, 0.057, 0.350, 0.642, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.350 std_dev=0.292
O4' B 0, 0.049, 0.346, 0.644, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.346 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.044, 0.342, 0.639, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.342 std_dev=0.298
C4' B 0, 0.059, 0.360, 0.661, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.360 std_dev=0.301
C2' B 0, 0.050, 0.356, 0.661, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.356 std_dev=0.306
O3' B 0, 0.045, 0.367, 0.688, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.367 std_dev=0.322
O2' B 0, 0.087, 0.430, 0.773, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.430 std_dev=0.343

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.07 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.06 0.00 0.06 0.07 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.05 0.00 0.06 0.07 0.06
N2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04
O5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.06 0.00 0.07 0.08 0.07
OP1 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.03 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.11 0.09 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.10 0.05
C2 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.10 0.06
C2' 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.07
C3' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.10 0.06
C4 0.06 0.09 0.05 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.10 0.05
C4' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.09 0.04
C5 0.06 0.09 0.05 0.06 0.08 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.07 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05
C5' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.05 0.07 0.04
C6 0.07 0.09 0.05 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05
C8 0.07 0.10 0.05 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.10 0.06
N1 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.04 0.08 0.05
N2 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.11 0.09 0.14 0.10
N3 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.10 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.11 0.06
N7 0.06 0.09 0.05 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06
N9 0.07 0.10 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.10 0.05
O2' 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.15 0.10
O3' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.11 0.06
O4' 0.09 0.12 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.06 0.12 0.09 0.12 0.11 0.12 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.05 0.05 0.09 0.04
O5' 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.05 0.05 0.07 0.04
O6 0.08 0.09 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06
OP1 0.08 0.11 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.05 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04
OP2 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06
P 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.05 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.03 0.10 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.09 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.11 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.05 0.12 0.07
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.09 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.05 0.11 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.08 0.04
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.14 0.08
N7 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.12 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.05
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.05 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.07 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.10 0.04 0.04 0.09 0.02 0.11 0.02 0.12 0.09 0.11 0.08 0.14 0.12 0.07 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.02 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00