ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53575

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 4, 4, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.014, 0.033, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.024, 0.049, 0.074, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.049 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.022, 0.049, 0.075, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.049 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.023, 0.052, 0.081, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.052 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.030, 0.061, 0.091, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.061 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.030, 0.061, 0.093, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.061 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.028, 0.060, 0.093, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.060 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.024, 0.062, 0.100, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.062 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.037, 0.081, 0.125, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.081 std_dev=0.044
N2 A 0, 0.047, 0.091, 0.136, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.091 std_dev=0.044
C8 A 0, 0.030, 0.077, 0.124, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.077 std_dev=0.047
P B 0, 0.372, 0.669, 0.965, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.669 std_dev=0.297
OP2 B 0, 0.447, 0.815, 1.184, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.815 std_dev=0.368
C2' A 0, 0.277, 0.765, 1.252, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.765 std_dev=0.487
O3' A 0, 0.433, 0.952, 1.471, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.952 std_dev=0.519
O4' A 0, 0.346, 0.884, 1.421, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.884 std_dev=0.537
C3' A 0, 0.441, 0.986, 1.530, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.986 std_dev=0.544
OP1 B 0, 0.594, 1.149, 1.705, 1.702 max_d=1.702 avg_d=1.149 std_dev=0.556
C4' A 0, 0.566, 1.317, 2.069, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.317 std_dev=0.751
O2' A 0, 0.471, 1.252, 2.034, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.252 std_dev=0.781
C5' A 0, 0.818, 2.000, 3.182, 3.702 max_d=3.702 avg_d=2.000 std_dev=1.182
O5' B 0, 1.097, 2.511, 3.924, 3.769 max_d=3.769 avg_d=2.511 std_dev=1.414
C5' B 0, 1.202, 3.005, 4.808, 5.113 max_d=5.113 avg_d=3.005 std_dev=1.803
O5' A 0, 1.313, 3.421, 5.529, 5.011 max_d=5.011 avg_d=3.421 std_dev=2.108
C4' B 0, 1.722, 4.600, 7.479, 7.279 max_d=7.279 avg_d=4.600 std_dev=2.878
P A 0, 1.926, 5.188, 8.451, 7.714 max_d=7.714 avg_d=5.188 std_dev=3.263
O3' B 0, 2.206, 5.610, 9.013, 8.464 max_d=8.464 avg_d=5.610 std_dev=3.403
OP2 A 0, 1.921, 5.409, 8.896, 8.293 max_d=8.293 avg_d=5.409 std_dev=3.487
C3' B 0, 2.137, 5.754, 9.371, 8.840 max_d=8.840 avg_d=5.754 std_dev=3.617
OP1 A 0, 2.343, 6.080, 9.818, 8.995 max_d=8.995 avg_d=6.080 std_dev=3.737
O4' B 0, 2.200, 5.991, 9.782, 9.040 max_d=9.040 avg_d=5.991 std_dev=3.791
C8 B 0, 2.733, 7.277, 11.821, 10.908 max_d=10.908 avg_d=7.277 std_dev=4.544
C2' B 0, 2.731, 7.486, 12.241, 11.402 max_d=11.402 avg_d=7.486 std_dev=4.755
C1' B 0, 2.785, 7.623, 12.461, 11.482 max_d=11.482 avg_d=7.623 std_dev=4.838
O2' B 0, 2.957, 7.869, 12.781, 11.705 max_d=11.705 avg_d=7.869 std_dev=4.912
N7 B 0, 3.167, 8.291, 13.415, 12.213 max_d=12.213 avg_d=8.291 std_dev=5.124
N9 B 0, 3.035, 8.243, 13.451, 12.353 max_d=12.353 avg_d=8.243 std_dev=5.208
C5 B 0, 3.793, 10.038, 16.282, 14.721 max_d=14.721 avg_d=10.038 std_dev=6.244
C4 B 0, 3.728, 10.019, 16.309, 14.825 max_d=14.825 avg_d=10.019 std_dev=6.291
N3 B 0, 4.297, 11.499, 18.702, 16.942 max_d=16.942 avg_d=11.499 std_dev=7.203
C6 B 0, 4.493, 11.776, 19.060, 17.079 max_d=17.079 avg_d=11.776 std_dev=7.284
N6 B 0, 4.667, 12.058, 19.448, 17.288 max_d=17.288 avg_d=12.058 std_dev=7.390
C2 B 0, 4.915, 13.030, 21.144, 19.038 max_d=19.038 avg_d=13.030 std_dev=8.115
N1 B 0, 5.045, 13.271, 21.497, 19.256 max_d=19.256 avg_d=13.271 std_dev=8.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.49 0.04 0.66 0.16 0.29
C2 0.08 0.00 0.18 0.08 0.01 0.28 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.39 0.33 0.36 0.38 0.00 0.64 0.54 0.17
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.11 0.03 0.07 0.08 0.10 0.10 0.15 0.22 0.17 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.55 0.08 0.80 0.53 0.56
C3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.09 0.05 0.12 0.09 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.29 0.05 0.61 0.47 0.32
C4 0.04 0.01 0.11 0.03 0.00 0.13 0.00 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.22 0.19 0.60 0.02 0.97 0.23 0.40
C4' 0.02 0.28 0.03 0.00 0.13 0.00 0.10 0.00 0.14 0.19 0.22 0.36 0.26 0.15 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.14 0.38 0.21 0.20
C5 0.03 0.00 0.07 0.04 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.16 0.11 0.77 0.01 1.40 0.27 0.68
C5' 0.05 0.31 0.08 0.03 0.18 0.00 0.21 0.00 0.24 0.32 0.28 0.38 0.28 0.31 0.14 0.06 0.03 0.01 0.01 0.27 0.29 0.30 0.01
C6 0.05 0.00 0.10 0.04 0.02 0.14 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.20 0.18 0.70 0.00 1.36 0.33 0.60
C8 0.02 0.01 0.10 0.09 0.00 0.19 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.07 0.18 1.01 0.02 1.64 0.53 1.01
N1 0.07 0.00 0.15 0.05 0.02 0.22 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.30 0.28 0.29 0.52 0.00 0.98 0.47 0.33
N2 0.09 0.00 0.22 0.12 0.01 0.36 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.50 0.38 0.43 0.26 0.01 0.38 0.71 0.26
N3 0.07 0.01 0.17 0.09 0.00 0.26 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.37 0.32 0.35 0.38 0.01 0.58 0.44 0.14
N7 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.15 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.08 0.10 0.99 0.01 1.81 0.48 1.04
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.15 0.02 0.71 0.03 1.06 0.22 0.55
O2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.18 0.01 0.11 0.06 0.17 0.26 0.30 0.50 0.37 0.19 0.06 0.00 0.08 0.01 0.55 0.15 0.88 0.66 0.63
O3' 0.17 0.33 0.04 0.01 0.22 0.05 0.16 0.03 0.20 0.07 0.28 0.38 0.32 0.08 0.15 0.08 0.00 0.16 0.15 0.18 0.67 0.35 0.21
O4' 0.00 0.36 0.02 0.02 0.19 0.01 0.11 0.01 0.18 0.18 0.29 0.43 0.35 0.10 0.02 0.01 0.16 0.00 0.31 0.15 0.39 0.27 0.19
O5' 0.49 0.38 0.55 0.29 0.60 0.00 0.77 0.01 0.70 1.01 0.52 0.26 0.38 0.99 0.71 0.55 0.15 0.31 0.00 0.77 0.02 0.01 0.00
O6 0.04 0.00 0.08 0.05 0.02 0.14 0.01 0.27 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.15 0.18 0.15 0.77 0.00 1.59 0.36 0.75
OP1 0.66 0.64 0.80 0.61 0.97 0.38 1.40 0.29 1.36 1.64 0.98 0.38 0.58 1.81 1.06 0.88 0.67 0.39 0.02 1.59 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.54 0.53 0.47 0.23 0.21 0.27 0.30 0.33 0.53 0.47 0.71 0.44 0.48 0.22 0.66 0.35 0.27 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.29 0.17 0.56 0.32 0.40 0.20 0.68 0.01 0.60 1.01 0.33 0.26 0.14 1.04 0.55 0.63 0.21 0.19 0.00 0.75 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.53 0.69 0.40 0.27 0.48 0.59 0.55 0.55 0.79 0.31 0.83 0.55 1.00 0.39 0.41 0.43 0.42 0.69 0.75 0.31 0.21 0.17
C2 0.58 1.07 0.66 0.52 0.89 0.52 1.10 0.45 1.29 0.75 1.25 0.89 1.49 1.04 0.70 0.45 0.52 0.62 0.52 0.30 0.15 0.14
C2' 0.52 0.61 0.39 0.27 0.42 0.54 0.48 0.43 0.69 0.28 0.73 0.50 0.89 0.34 0.38 0.40 0.47 0.68 0.55 0.47 0.25 0.15
C3' 0.76 0.56 0.53 0.47 0.57 0.76 0.52 0.74 0.55 0.62 0.58 0.58 0.64 0.53 0.64 0.63 0.52 0.89 0.92 0.31 0.24 0.20
C4 0.69 1.40 0.77 0.60 1.10 0.60 1.32 0.47 1.63 0.81 1.62 1.16 1.90 1.16 0.83 0.58 0.64 0.67 0.52 0.29 0.15 0.14
C4' 0.72 0.53 0.59 0.65 0.49 0.87 0.45 0.96 0.53 0.59 0.58 0.51 0.65 0.45 0.59 0.66 0.72 0.88 1.14 0.53 0.46 0.48
C5 1.12 2.20 1.26 1.04 1.79 0.82 2.09 0.59 2.49 1.40 2.48 1.87 2.82 1.87 1.40 1.00 1.00 0.88 0.40 0.23 0.13 0.15
C5' 0.47 0.63 0.37 0.52 0.31 0.77 0.39 0.94 0.70 0.30 0.79 0.42 0.91 0.22 0.31 0.44 0.64 0.71 1.11 0.61 0.50 0.54
C6 1.38 2.55 1.56 1.33 2.16 0.97 2.49 0.73 2.86 1.77 2.84 2.22 3.16 2.28 1.74 1.23 1.22 1.03 0.37 0.19 0.14 0.17
C8 0.94 1.96 1.04 0.82 1.51 0.72 1.76 0.51 2.18 1.08 2.23 1.63 2.52 1.50 1.13 0.84 0.86 0.79 0.46 0.26 0.14 0.14
N1 1.04 1.91 1.22 1.06 1.65 0.78 1.93 0.62 2.19 1.42 2.14 1.67 2.41 1.84 1.35 0.90 0.97 0.81 0.38 0.22 0.13 0.16
N2 0.53 0.61 0.44 0.24 0.54 0.51 0.66 0.47 0.77 0.52 0.72 0.53 0.91 0.66 0.49 0.41 0.27 0.69 0.65 0.35 0.18 0.14
N3 0.52 0.84 0.50 0.33 0.65 0.53 0.81 0.47 1.02 0.49 1.00 0.68 1.23 0.72 0.51 0.39 0.41 0.64 0.62 0.33 0.16 0.13
N7 1.26 2.52 1.39 1.14 2.01 0.89 2.31 0.62 2.79 1.51 2.83 2.13 3.17 2.01 1.55 1.15 1.11 0.97 0.39 0.22 0.13 0.16
N9 0.63 1.30 0.67 0.50 0.96 0.58 1.16 0.46 1.49 0.65 1.51 1.05 1.77 0.97 0.70 0.53 0.58 0.65 0.57 0.30 0.16 0.14
O2' 0.61 0.60 0.47 0.40 0.49 0.54 0.49 0.31 0.63 0.37 0.65 0.56 0.78 0.40 0.47 0.47 0.66 0.72 0.35 0.76 0.50 0.42
O3' 1.32 1.26 1.08 0.95 1.27 1.14 1.24 1.06 1.22 1.27 1.23 1.28 1.19 1.24 1.29 1.17 0.90 1.34 1.24 0.29 0.48 0.46
O4' 0.60 0.61 0.48 0.52 0.42 0.79 0.44 0.89 0.67 0.41 0.73 0.49 0.86 0.32 0.45 0.55 0.62 0.79 1.11 0.55 0.50 0.52
O5' 0.20 0.86 0.17 0.23 0.47 0.45 0.63 0.63 0.97 0.15 1.05 0.59 1.20 0.43 0.20 0.14 0.34 0.41 0.66 0.44 0.34 0.24
O6 1.81 3.27 2.02 1.73 2.78 1.24 3.15 0.92 3.60 2.26 3.60 2.87 3.91 2.85 2.26 1.67 1.58 1.32 0.43 0.14 0.16 0.20
OP1 0.31 1.27 0.38 0.41 0.82 0.29 0.97 0.63 1.33 0.43 1.46 0.97 1.56 0.72 0.49 0.36 0.34 0.21 0.68 0.26 0.42 0.23
OP2 0.82 0.88 0.86 1.23 0.69 1.34 0.80 1.67 1.02 0.83 1.08 0.69 1.26 0.81 0.74 0.91 1.37 1.08 1.70 0.99 0.90 1.05
P 0.48 0.90 0.48 0.80 0.59 0.88 0.75 1.19 1.04 0.57 1.11 0.65 1.27 0.67 0.49 0.50 0.87 0.69 1.20 0.41 0.33 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.00 0.30 0.60 0.38 0.24
C2 0.02 0.00 0.16 0.29 0.00 0.14 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.32 0.30 0.01 0.43 0.71 0.86 0.41
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.13 0.09 0.05 0.13 0.16 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.40 0.43 0.65 0.26
C3' 0.02 0.29 0.00 0.00 0.24 0.01 0.29 0.02 0.31 0.24 0.31 0.25 0.33 0.28 0.18 0.02 0.01 0.01 0.37 0.32 0.72 0.27
C4 0.02 0.00 0.09 0.24 0.00 0.12 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.19 0.01 0.44 0.67 0.79 0.39
C4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.17 0.13 0.16 0.12 0.18 0.15 0.10 0.17 0.02 0.00 0.01 0.72 0.21 0.26
C5 0.01 0.00 0.06 0.29 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.19 0.01 0.48 0.81 0.98 0.54
C5' 0.04 0.19 0.13 0.02 0.17 0.00 0.21 0.00 0.23 0.17 0.22 0.16 0.26 0.21 0.12 0.04 0.14 0.01 0.01 0.42 0.22 0.01
C6 0.02 0.00 0.09 0.31 0.01 0.17 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.25 0.02 0.49 0.88 1.07 0.59
C8 0.01 0.00 0.05 0.24 0.00 0.13 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.10 0.02 0.48 0.69 0.82 0.46
N1 0.02 0.00 0.13 0.31 0.01 0.16 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.31 0.29 0.01 0.47 0.81 1.00 0.52
N3 0.02 0.00 0.16 0.25 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.28 0.01 0.40 0.65 0.73 0.34
N6 0.02 0.01 0.08 0.33 0.01 0.18 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.27 0.02 0.51 0.99 1.18 0.68
N7 0.01 0.00 0.02 0.28 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.17 0.02 0.51 0.86 1.03 0.60
N9 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.09 0.01 0.41 0.59 0.66 0.32
O2' 0.01 0.32 0.00 0.02 0.23 0.17 0.23 0.04 0.28 0.11 0.31 0.29 0.28 0.17 0.13 0.00 0.06 0.15 0.20 0.69 0.35 0.26
O3' 0.20 0.30 0.02 0.01 0.19 0.02 0.19 0.14 0.25 0.10 0.29 0.28 0.27 0.17 0.09 0.06 0.00 0.15 0.55 0.62 0.74 0.45
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.15 0.15 0.00 0.34 0.76 0.12 0.42
O5' 0.30 0.43 0.40 0.37 0.44 0.01 0.48 0.01 0.49 0.48 0.47 0.40 0.51 0.51 0.41 0.20 0.55 0.34 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.60 0.71 0.43 0.32 0.67 0.72 0.81 0.42 0.88 0.69 0.81 0.65 0.99 0.86 0.59 0.69 0.62 0.76 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.86 0.65 0.72 0.79 0.21 0.98 0.22 1.07 0.82 1.00 0.73 1.18 1.03 0.66 0.35 0.74 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.41 0.26 0.27 0.39 0.26 0.54 0.01 0.59 0.46 0.52 0.34 0.68 0.60 0.32 0.26 0.45 0.42 0.00 0.01 0.00 0.00