ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53579

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.002, 0.029, 0.057, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.029 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.019, 0.049, 0.078, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.049 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.015, 0.045, 0.075, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.045 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.020, 0.057, 0.094, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.057 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.004, 0.052, 0.101, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.052 std_dev=0.048
OP2 B 0, 0.161, 0.317, 0.473, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.317 std_dev=0.156
P B 0, 0.389, 0.686, 0.982, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.686 std_dev=0.297
C2' A 0, 0.490, 0.941, 1.392, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.941 std_dev=0.451
O4' A 0, 0.456, 0.910, 1.364, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.910 std_dev=0.454
O5' B 0, 0.609, 1.077, 1.545, 1.493 max_d=1.493 avg_d=1.077 std_dev=0.468
OP1 B 0, 0.396, 0.874, 1.352, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.874 std_dev=0.478
C3' A 0, 0.525, 1.296, 2.066, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.296 std_dev=0.770
O5' A 0, 1.118, 1.897, 2.676, 2.695 max_d=2.695 avg_d=1.897 std_dev=0.779
C4' A 0, 0.618, 1.416, 2.214, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.416 std_dev=0.798
O2' A 0, 1.030, 1.837, 2.643, 2.536 max_d=2.536 avg_d=1.837 std_dev=0.806
O3' A 0, 0.892, 1.933, 2.974, 3.045 max_d=3.045 avg_d=1.933 std_dev=1.041
C5' A 0, 0.818, 1.906, 2.994, 2.995 max_d=2.995 avg_d=1.906 std_dev=1.088
P A 0, 1.253, 2.518, 3.782, 3.929 max_d=3.929 avg_d=2.518 std_dev=1.264
C5' B 0, 1.269, 2.635, 4.001, 3.779 max_d=3.779 avg_d=2.635 std_dev=1.366
C3' B 0, 1.661, 3.100, 4.540, 4.128 max_d=4.128 avg_d=3.100 std_dev=1.440
OP1 A 0, 1.128, 2.655, 4.183, 6.075 max_d=6.075 avg_d=2.655 std_dev=1.527
O3' B 0, 1.949, 3.558, 5.167, 4.793 max_d=4.793 avg_d=3.558 std_dev=1.609
OP2 A 0, 2.145, 3.822, 5.499, 5.486 max_d=5.486 avg_d=3.822 std_dev=1.677
C4' B 0, 1.864, 3.574, 5.283, 4.836 max_d=4.836 avg_d=3.574 std_dev=1.710
O4' B 0, 2.217, 4.360, 6.503, 5.730 max_d=5.730 avg_d=4.360 std_dev=2.143
C2' B 0, 2.363, 4.733, 7.103, 6.947 max_d=6.947 avg_d=4.733 std_dev=2.370
C1' B 0, 2.483, 5.095, 7.707, 7.389 max_d=7.389 avg_d=5.095 std_dev=2.612
C8 B 0, 2.344, 4.987, 7.630, 8.311 max_d=8.311 avg_d=4.987 std_dev=2.643
N9 B 0, 2.437, 5.234, 8.031, 8.433 max_d=8.433 avg_d=5.234 std_dev=2.797
N7 B 0, 2.478, 5.450, 8.422, 10.005 max_d=10.005 avg_d=5.450 std_dev=2.972
O2' B 0, 3.149, 6.313, 9.478, 8.639 max_d=8.639 avg_d=6.313 std_dev=3.164
C4 B 0, 2.645, 5.874, 9.103, 10.310 max_d=10.310 avg_d=5.874 std_dev=3.229
C5 B 0, 2.661, 5.975, 9.288, 11.112 max_d=11.112 avg_d=5.975 std_dev=3.314
N3 B 0, 2.909, 6.449, 9.988, 11.502 max_d=11.502 avg_d=6.449 std_dev=3.540
C6 B 0, 2.917, 6.688, 10.458, 13.132 max_d=13.132 avg_d=6.688 std_dev=3.770
C2 B 0, 3.121, 7.049, 10.976, 13.292 max_d=13.292 avg_d=7.049 std_dev=3.928
N6 B 0, 2.991, 6.990, 10.990, 14.378 max_d=14.378 avg_d=6.990 std_dev=4.000
N1 B 0, 3.132, 7.189, 11.247, 14.094 max_d=14.094 avg_d=7.189 std_dev=4.057

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.23 0.01 0.25 0.03 0.22 0.66 0.39
C2 0.05 0.00 0.20 0.17 0.01 0.09 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.15 0.27 0.16 0.51 0.02 0.35 0.77 0.55
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.17 0.11 0.11 0.16 0.23 0.18 0.08 0.03 0.01 0.02 0.02 0.30 0.10 0.29 0.49 0.16
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.20 0.01 0.30 0.02 0.31 0.31 0.25 0.15 0.14 0.35 0.19 0.02 0.01 0.01 0.36 0.35 0.40 0.43 0.18
C4 0.03 0.01 0.10 0.20 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.08 0.58 0.01 0.33 0.89 0.59
C4' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.10 0.23 0.06 0.15 0.10 0.22 0.09 0.21 0.03 0.01 0.01 0.14 0.25 0.48 0.21
C5 0.02 0.02 0.07 0.30 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.19 0.04 0.79 0.01 0.54 1.19 0.84
C5' 0.05 0.08 0.17 0.02 0.11 0.00 0.21 0.00 0.19 0.31 0.10 0.12 0.08 0.32 0.14 0.07 0.16 0.01 0.01 0.24 0.25 0.39 0.01
C6 0.03 0.01 0.11 0.31 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.20 0.07 0.79 0.00 0.55 1.21 0.85
C8 0.02 0.01 0.11 0.31 0.01 0.23 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.23 0.12 0.89 0.02 0.66 1.30 0.95
N1 0.05 0.00 0.16 0.25 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.20 0.12 0.65 0.01 0.40 0.98 0.68
N2 0.07 0.00 0.23 0.15 0.01 0.15 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.36 0.19 0.45 0.03 0.43 0.67 0.54
N3 0.05 0.00 0.18 0.14 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.28 0.15 0.44 0.01 0.33 0.70 0.49
N7 0.03 0.02 0.08 0.35 0.01 0.22 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.26 0.27 0.08 0.96 0.02 0.77 1.47 1.08
N9 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.09 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.12 0.02 0.57 0.02 0.33 0.89 0.58
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.14 0.21 0.21 0.07 0.20 0.24 0.16 0.18 0.13 0.26 0.15 0.00 0.07 0.16 0.17 0.23 0.27 0.48 0.23
O3' 0.23 0.27 0.02 0.01 0.16 0.03 0.19 0.16 0.20 0.23 0.20 0.36 0.28 0.27 0.12 0.07 0.00 0.15 0.30 0.25 0.68 0.36 0.26
O4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.12 0.12 0.19 0.15 0.08 0.02 0.16 0.15 0.00 0.27 0.05 0.31 0.72 0.50
O5' 0.25 0.51 0.30 0.36 0.58 0.01 0.79 0.01 0.79 0.89 0.65 0.45 0.44 0.96 0.57 0.17 0.30 0.27 0.00 0.89 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.02 0.10 0.35 0.01 0.14 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.23 0.25 0.05 0.89 0.00 0.69 1.40 1.00
OP1 0.22 0.35 0.29 0.40 0.33 0.25 0.54 0.25 0.55 0.66 0.40 0.43 0.33 0.77 0.33 0.27 0.68 0.31 0.02 0.69 0.00 0.04 0.00
OP2 0.66 0.77 0.49 0.43 0.89 0.48 1.19 0.39 1.21 1.30 0.98 0.67 0.70 1.47 0.89 0.48 0.36 0.72 0.02 1.40 0.04 0.00 0.01
P 0.39 0.55 0.16 0.18 0.59 0.21 0.84 0.01 0.85 0.95 0.68 0.54 0.49 1.08 0.58 0.23 0.26 0.50 0.00 1.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.29 2.15 1.11 1.01 1.43 1.42 1.32 1.31 1.82 0.53 2.09 1.96 2.22 0.85 1.05 1.21 1.31 1.51 0.59 0.31 0.16 0.35
C2 1.26 1.87 1.18 0.88 1.57 1.17 1.56 1.10 1.81 0.98 1.90 1.76 1.98 1.28 1.28 1.17 0.91 1.35 0.48 0.23 0.18 0.29
C2' 0.94 1.98 0.88 0.77 1.28 1.10 1.37 1.02 1.92 0.62 2.08 1.70 2.38 1.06 0.85 0.94 1.08 1.10 0.38 0.21 0.22 0.19
C3' 1.16 1.88 1.04 1.07 1.18 1.45 1.10 1.33 1.61 0.43 1.86 1.69 2.03 0.78 0.85 1.16 1.50 1.41 0.60 0.31 0.19 0.32
C4 1.39 2.34 1.23 0.97 1.75 1.31 1.64 1.19 2.01 0.91 2.28 2.15 2.20 1.18 1.34 1.28 1.13 1.51 0.51 0.23 0.17 0.29
C4' 1.38 2.01 1.17 1.22 1.26 1.64 0.95 1.53 1.43 0.36 1.82 1.87 1.75 0.45 0.99 1.36 1.65 1.64 0.80 0.49 0.28 0.51
C5 1.45 2.56 1.30 0.97 1.94 1.25 1.89 1.11 2.27 1.12 2.57 2.29 2.34 1.39 1.50 1.37 1.07 1.48 0.48 0.19 0.18 0.27
C5' 1.46 2.13 1.22 1.24 1.35 1.65 0.96 1.53 1.35 0.47 1.85 1.98 1.51 0.39 1.09 1.44 1.67 1.68 0.79 0.45 0.25 0.47
C6 1.41 2.44 1.31 0.90 1.96 1.14 2.01 1.00 2.36 1.27 2.54 2.19 2.44 1.58 1.54 1.36 0.93 1.37 0.42 0.17 0.18 0.24
C8 1.46 2.64 1.27 1.02 1.84 1.36 1.70 1.21 2.13 0.92 2.56 2.33 2.24 1.15 1.39 1.37 1.23 1.54 0.52 0.22 0.17 0.29
N1 1.31 2.10 1.25 0.85 1.77 1.07 1.82 0.97 2.07 1.21 2.17 1.93 2.17 1.50 1.43 1.26 0.85 1.29 0.42 0.17 0.18 0.25
N2 1.06 1.47 1.06 0.78 1.27 1.06 1.35 1.05 1.55 0.88 1.54 1.37 1.75 1.24 1.05 1.01 0.77 1.17 0.48 0.25 0.17 0.30
N3 1.30 1.98 1.16 0.94 1.55 1.30 1.50 1.21 1.84 0.81 1.97 1.87 2.13 1.16 1.21 1.17 1.07 1.47 0.53 0.26 0.17 0.31
N7 1.49 2.74 1.32 1.00 1.98 1.29 1.90 1.14 2.35 1.10 2.74 2.40 2.41 1.36 1.51 1.41 1.14 1.51 0.48 0.19 0.17 0.27
N9 1.39 2.40 1.21 1.00 1.68 1.37 1.54 1.24 1.96 0.78 2.30 2.17 2.20 1.04 1.27 1.29 1.23 1.53 0.54 0.25 0.16 0.31
O2' 0.63 1.82 0.66 0.58 1.11 1.00 1.36 1.10 2.00 0.63 2.13 1.43 2.50 1.09 0.64 0.69 0.88 0.90 0.55 0.38 0.23 0.38
O3' 1.32 1.61 1.22 1.45 1.00 1.85 0.81 1.76 1.31 0.39 1.58 1.51 1.73 0.54 0.84 1.33 1.92 1.69 1.03 0.75 0.52 0.75
O4' 1.56 2.35 1.32 1.25 1.57 1.66 1.26 1.52 1.70 0.62 2.12 2.20 1.95 0.68 1.25 1.50 1.61 1.77 0.78 0.47 0.31 0.51
O5' 1.22 1.91 0.99 1.05 1.11 1.47 0.83 1.39 1.27 0.27 1.68 1.75 1.57 0.48 0.83 1.22 1.52 1.46 0.67 0.35 0.33 0.38
O6 1.42 2.53 1.34 0.88 2.03 1.06 2.15 0.91 2.54 1.40 2.69 2.23 2.68 1.75 1.60 1.40 0.87 1.31 0.37 0.15 0.18 0.21
OP1 1.32 1.59 1.12 1.35 0.97 1.71 0.48 1.75 0.61 0.69 1.18 1.53 0.72 0.49 0.93 1.31 1.75 1.63 1.10 0.76 0.55 0.72
OP2 1.55 2.14 1.39 1.44 1.40 1.67 1.02 1.52 1.29 0.70 1.79 2.02 1.41 0.68 1.18 1.69 1.92 1.64 0.90 0.65 0.64 0.60
P 1.30 1.72 1.11 1.30 1.01 1.64 0.60 1.63 0.90 0.54 1.37 1.62 1.15 0.47 0.88 1.35 1.74 1.56 1.00 0.70 0.59 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.20 0.00 0.13 0.28 0.52 0.12
C2 0.02 0.00 0.39 0.35 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.35 0.27 0.36 0.21 0.88 0.40
C2' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.20 0.01 0.10 0.15 0.18 0.21 0.30 0.39 0.12 0.12 0.03 0.00 0.02 0.02 0.34 0.51 0.72 0.42
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.26 0.00 0.28 0.02 0.32 0.26 0.35 0.32 0.33 0.28 0.17 0.02 0.00 0.01 0.30 0.21 0.37 0.19
C4 0.01 0.01 0.20 0.26 0.00 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.17 0.14 0.38 0.16 0.84 0.40
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.21 0.11 0.15 0.09 0.18 0.08 0.19 0.02 0.00 0.03 0.42 0.27 0.14
C5 0.01 0.00 0.10 0.28 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.16 0.07 0.51 0.33 1.02 0.59
C5' 0.03 0.20 0.15 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.14 0.25 0.16 0.18 0.17 0.23 0.09 0.06 0.14 0.02 0.01 0.27 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.32 0.00 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.22 0.13 0.52 0.38 1.10 0.64
C8 0.03 0.01 0.21 0.26 0.01 0.21 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.37 0.20 0.17 0.54 0.32 0.87 0.54
N1 0.02 0.00 0.30 0.35 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.18 0.30 0.22 0.44 0.29 1.02 0.54
N3 0.02 0.01 0.39 0.32 0.01 0.15 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.32 0.27 0.30 0.19 0.78 0.31
N6 0.02 0.02 0.12 0.33 0.01 0.09 0.02 0.17 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.15 0.23 0.11 0.59 0.53 1.24 0.77
N7 0.02 0.01 0.12 0.28 0.01 0.18 0.00 0.23 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.20 0.09 0.60 0.46 1.08 0.69
N9 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.06 0.01 0.35 0.11 0.72 0.32
O2' 0.01 0.29 0.00 0.02 0.08 0.19 0.14 0.06 0.10 0.37 0.18 0.30 0.15 0.32 0.14 0.00 0.06 0.14 0.23 0.71 0.64 0.41
O3' 0.20 0.35 0.02 0.00 0.17 0.02 0.16 0.14 0.22 0.20 0.30 0.32 0.23 0.20 0.06 0.06 0.00 0.14 0.24 0.43 0.14 0.13
O4' 0.00 0.27 0.02 0.01 0.14 0.00 0.07 0.02 0.13 0.17 0.22 0.27 0.11 0.09 0.01 0.14 0.14 0.00 0.18 0.39 0.33 0.15
O5' 0.13 0.36 0.34 0.30 0.38 0.03 0.51 0.01 0.52 0.54 0.44 0.30 0.59 0.60 0.35 0.23 0.24 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.28 0.21 0.51 0.21 0.16 0.42 0.33 0.27 0.38 0.32 0.29 0.19 0.53 0.46 0.11 0.71 0.43 0.39 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.52 0.88 0.72 0.37 0.84 0.27 1.02 0.25 1.10 0.87 1.02 0.78 1.24 1.08 0.72 0.64 0.14 0.33 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.12 0.40 0.42 0.19 0.40 0.14 0.59 0.01 0.64 0.54 0.54 0.31 0.77 0.69 0.32 0.41 0.13 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00