ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53581

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N1 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N9 A 0, -0.001, 0.016, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.017
C4 A 0, -0.003, 0.016, 0.035, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.021
O6 A 0, -0.002, 0.021, 0.043, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.021 std_dev=0.022
N3 A 0, -0.005, 0.019, 0.044, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.019 std_dev=0.024
C2 A 0, -0.010, 0.015, 0.040, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.015 std_dev=0.025
C1' A 0, -0.009, 0.017, 0.042, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.017 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.044, 0.094, 0.145, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.094 std_dev=0.050
N2 A 0, -0.018, 0.040, 0.098, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.040 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.009, 0.097, 0.185, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.097 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.066, 0.188, 0.310, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.188 std_dev=0.122
O3' A 0, 0.087, 0.254, 0.422, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.254 std_dev=0.167
O2' A 0, 0.062, 0.241, 0.421, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.241 std_dev=0.179
C4' A 0, 0.044, 0.233, 0.421, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.233 std_dev=0.188
P B 0, 0.194, 0.430, 0.666, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.430 std_dev=0.236
OP2 B 0, 0.208, 0.448, 0.688, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.448 std_dev=0.240
OP1 A 0, 0.303, 0.601, 0.899, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.601 std_dev=0.298
C5' A 0, 0.091, 0.415, 0.739, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.415 std_dev=0.324
OP1 B 0, 0.099, 0.493, 0.886, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.493 std_dev=0.393
O5' A 0, 0.072, 0.574, 1.075, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.574 std_dev=0.502
P A 0, 0.194, 0.760, 1.326, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.760 std_dev=0.566
O5' B 0, 0.066, 0.873, 1.680, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.873 std_dev=0.807
OP2 A 0, 0.128, 1.364, 2.601, 3.352 max_d=3.352 avg_d=1.364 std_dev=1.236
C5' B 0, -0.252, 1.431, 3.114, 4.494 max_d=4.494 avg_d=1.431 std_dev=1.683
O3' B 0, -0.319, 2.023, 4.364, 6.005 max_d=6.005 avg_d=2.023 std_dev=2.342
C3' B 0, -0.329, 2.035, 4.399, 6.077 max_d=6.077 avg_d=2.035 std_dev=2.364
C4' B 0, -0.460, 2.061, 4.582, 6.432 max_d=6.432 avg_d=2.061 std_dev=2.521
O4' B 0, -0.660, 2.482, 5.624, 7.672 max_d=7.672 avg_d=2.482 std_dev=3.142
C8 B 0, -0.666, 2.749, 6.163, 8.377 max_d=8.377 avg_d=2.749 std_dev=3.414
C2' B 0, -0.652, 2.807, 6.266, 8.444 max_d=8.444 avg_d=2.807 std_dev=3.459
C1' B 0, -0.830, 3.022, 6.875, 9.313 max_d=9.313 avg_d=3.022 std_dev=3.852
N9 B 0, -0.865, 3.157, 7.180, 9.714 max_d=9.714 avg_d=3.157 std_dev=4.023
N7 B 0, -0.866, 3.245, 7.356, 10.014 max_d=10.014 avg_d=3.245 std_dev=4.111
O2' B 0, -0.944, 3.351, 7.647, 10.381 max_d=10.381 avg_d=3.351 std_dev=4.296
C4 B 0, -1.180, 3.891, 8.963, 12.107 max_d=12.107 avg_d=3.891 std_dev=5.072
C5 B 0, -1.170, 3.920, 9.009, 12.199 max_d=12.199 avg_d=3.920 std_dev=5.089
N3 B 0, -1.476, 4.536, 10.547, 14.220 max_d=14.220 avg_d=4.536 std_dev=6.011
C6 B 0, -1.487, 4.668, 10.822, 14.630 max_d=14.630 avg_d=4.668 std_dev=6.155
N6 B 0, -1.570, 4.905, 11.381, 15.427 max_d=15.427 avg_d=4.905 std_dev=6.475
C2 B 0, -1.727, 5.146, 12.019, 16.182 max_d=16.182 avg_d=5.146 std_dev=6.873
N1 B 0, -1.750, 5.243, 12.236, 16.491 max_d=16.491 avg_d=5.243 std_dev=6.993

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.31 0.01 0.05 0.47 0.24
C2 0.05 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.06 0.06 0.36 0.02 0.06 0.75 0.25
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.05 0.09 0.17 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.07 0.06 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.06 0.06
C4 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.38 0.01 0.06 0.77 0.27
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.11 0.14 0.06 0.06 0.04 0.15 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.14 0.04 0.04 0.02
C5 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.11 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.40 0.01 0.12 0.92 0.28
C5' 0.06 0.17 0.02 0.01 0.20 0.01 0.28 0.00 0.29 0.30 0.23 0.13 0.13 0.33 0.19 0.02 0.06 0.02 0.00 0.34 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.11 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.38 0.00 0.15 0.95 0.26
C8 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.14 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.06 0.45 0.03 0.09 0.90 0.32
N1 0.03 0.01 0.02 0.09 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.37 0.01 0.11 0.86 0.25
N2 0.07 0.00 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.06 0.09 0.35 0.03 0.05 0.70 0.25
N3 0.05 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.06 0.36 0.02 0.04 0.69 0.26
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.15 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.05 0.42 0.03 0.14 1.02 0.30
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.40 0.02 0.05 0.71 0.28
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.03 0.10 0.16 0.10 0.03 0.01 0.00 0.03 0.09 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.05 0.02 0.08 0.06 0.10 0.06 0.08 0.06 0.05 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.27 0.12 0.12 0.47 0.27
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.09 0.06 0.05 0.02 0.09 0.01 0.00 0.32 0.03 0.07 0.43 0.28
O5' 0.31 0.36 0.12 0.01 0.38 0.02 0.40 0.00 0.38 0.45 0.37 0.35 0.36 0.42 0.40 0.04 0.27 0.32 0.00 0.38 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.02 0.05 0.12 0.01 0.14 0.01 0.34 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.07 0.12 0.03 0.38 0.00 0.20 1.01 0.25
OP1 0.05 0.06 0.09 0.11 0.06 0.04 0.12 0.04 0.15 0.09 0.11 0.05 0.04 0.14 0.05 0.04 0.12 0.07 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.75 0.17 0.06 0.77 0.04 0.92 0.02 0.95 0.90 0.86 0.70 0.69 1.02 0.71 0.07 0.47 0.43 0.02 1.01 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.25 0.07 0.06 0.27 0.02 0.28 0.01 0.26 0.32 0.25 0.25 0.26 0.30 0.28 0.05 0.27 0.28 0.01 0.25 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.92 2.79 1.04 0.25 2.23 0.16 2.83 0.53 3.45 1.85 3.35 2.22 4.08 2.64 1.63 0.89 0.13 0.29 0.20 0.16 0.23 0.21
C2 0.81 2.22 0.97 0.17 1.95 0.32 2.52 0.71 2.88 1.87 2.68 1.82 3.33 2.56 1.51 0.75 0.27 0.13 0.18 0.19 0.21 0.23
C2' 0.43 2.08 0.63 0.06 1.63 0.46 2.23 0.71 2.77 1.39 2.63 1.56 3.38 2.13 1.11 0.41 0.38 0.19 0.33 0.14 0.22 0.23
C3' 0.42 2.21 0.61 0.10 1.70 0.54 2.34 0.81 2.95 1.44 2.82 1.65 3.62 2.22 1.14 0.38 0.44 0.23 0.37 0.14 0.20 0.27
C4 0.96 2.73 1.11 0.25 2.28 0.24 2.92 0.66 3.45 2.03 3.29 2.21 4.05 2.83 1.72 0.93 0.18 0.24 0.16 0.18 0.20 0.23
C4' 0.87 2.89 0.99 0.20 2.24 0.22 2.86 0.57 3.55 1.81 3.49 2.26 4.23 2.62 1.59 0.82 0.17 0.23 0.22 0.16 0.27 0.20
C5 1.04 2.89 1.22 0.32 2.42 0.27 3.08 0.72 3.62 2.17 3.46 2.34 4.22 2.98 1.84 1.04 0.17 0.25 0.13 0.22 0.19 0.23
C5' 0.90 3.11 1.00 0.15 2.38 0.30 3.03 0.71 3.79 1.89 3.76 2.42 4.51 2.74 1.67 0.85 0.25 0.20 0.30 0.24 0.16 0.32
C6 1.03 2.71 1.22 0.33 2.34 0.32 2.96 0.77 3.43 2.17 3.25 2.23 3.96 2.92 1.81 1.03 0.22 0.22 0.14 0.25 0.19 0.23
C8 1.08 3.13 1.23 0.33 2.54 0.21 3.20 0.66 3.86 2.16 3.75 2.51 4.54 3.01 1.88 1.09 0.12 0.31 0.14 0.20 0.20 0.23
N1 0.91 2.38 1.10 0.26 2.10 0.35 2.69 0.77 3.06 2.03 2.86 1.97 3.52 2.72 1.65 0.88 0.27 0.16 0.15 0.24 0.20 0.23
N2 0.62 1.77 0.78 0.05 1.59 0.36 2.08 0.71 2.33 1.61 2.14 1.45 2.68 2.18 1.24 0.53 0.35 0.06 0.23 0.14 0.21 0.23
N3 0.83 2.40 0.98 0.18 2.04 0.26 2.63 0.65 3.07 1.85 2.90 1.95 3.60 2.60 1.54 0.78 0.23 0.19 0.21 0.15 0.21 0.23
N7 1.11 3.13 1.28 0.35 2.57 0.24 3.24 0.71 3.87 2.23 3.74 2.52 4.52 3.08 1.93 1.13 0.14 0.29 0.12 0.22 0.19 0.23
N9 0.99 2.90 1.13 0.27 2.36 0.21 3.00 0.62 3.61 2.02 3.49 2.33 4.26 2.84 1.75 0.97 0.15 0.28 0.17 0.17 0.21 0.23
O2' 0.45 1.94 0.63 0.08 1.51 0.31 2.05 0.51 2.55 1.27 2.44 1.47 3.10 1.93 1.04 0.42 0.27 0.13 0.24 0.21 0.33 0.11
O3' 0.16 1.82 0.38 0.24 1.37 0.67 2.00 0.85 2.57 1.18 2.42 1.28 3.23 1.92 0.85 0.12 0.56 0.42 0.42 0.12 0.23 0.23
O4' 1.15 3.22 1.24 0.39 2.54 0.06 3.14 0.43 3.85 2.04 3.81 2.59 4.51 2.86 1.87 1.13 0.06 0.47 0.13 0.18 0.26 0.20
O5' 1.22 3.38 1.40 0.56 2.70 0.06 3.37 0.37 4.10 2.27 4.05 2.70 4.83 3.12 2.02 1.24 0.18 0.47 0.12 0.36 0.57 0.14
O6 1.08 2.77 1.29 0.40 2.39 0.35 3.00 0.80 3.46 2.21 3.29 2.28 3.97 2.94 1.87 1.11 0.24 0.24 0.17 0.28 0.19 0.24
OP1 1.07 3.45 1.20 0.30 2.64 0.24 3.31 0.67 4.13 2.12 4.13 2.70 4.87 3.00 1.90 1.07 0.14 0.30 0.19 0.19 0.23 0.24
OP2 1.56 3.77 1.82 0.97 3.07 0.32 3.76 0.10 4.51 2.67 4.45 3.07 5.25 3.52 2.39 1.66 0.59 0.74 0.50 0.74 0.90 0.48
P 1.26 3.59 1.43 0.54 2.83 0.07 3.52 0.46 4.32 2.35 4.29 2.86 5.07 3.23 2.10 1.28 0.13 0.47 0.08 0.27 0.51 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.13 0.53 0.78 0.40
C2 0.02 0.00 0.28 0.28 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.23 0.14 0.10 0.95 0.94 0.57
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.04 0.09 0.11 0.15 0.12 0.23 0.27 0.12 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.35 0.65 0.69 0.52
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.26 0.00 0.31 0.02 0.34 0.23 0.33 0.23 0.36 0.29 0.20 0.01 0.01 0.03 0.09 0.07 0.22 0.11
C4 0.01 0.01 0.15 0.26 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.21 0.09 0.10 0.94 0.89 0.56
C4' 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.02 0.03 0.05 0.08 0.05 0.30 0.04 0.00 0.02 0.15 0.47 0.09
C5 0.00 0.01 0.09 0.31 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.30 0.07 0.11 1.14 0.85 0.62
C5' 0.06 0.11 0.11 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.12 0.13 0.12 0.10 0.14 0.14 0.09 0.19 0.13 0.01 0.01 0.39 0.37 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.34 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.34 0.10 0.11 1.19 0.86 0.64
C8 0.01 0.01 0.12 0.23 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.23 0.05 0.12 1.06 0.75 0.58
N1 0.01 0.00 0.23 0.33 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.31 0.13 0.10 1.10 0.91 0.62
N3 0.02 0.00 0.27 0.23 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.16 0.13 0.10 0.84 0.92 0.53
N6 0.01 0.01 0.12 0.36 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.39 0.08 0.12 1.30 0.79 0.66
N7 0.01 0.01 0.05 0.29 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.32 0.02 0.13 1.23 0.75 0.63
N9 0.00 0.01 0.01 0.20 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.15 0.02 0.10 0.83 0.83 0.52
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.12 0.30 0.19 0.19 0.16 0.25 0.09 0.05 0.20 0.26 0.15 0.00 0.08 0.17 0.16 0.40 0.58 0.32
O3' 0.08 0.23 0.07 0.01 0.21 0.04 0.30 0.13 0.34 0.23 0.31 0.16 0.39 0.32 0.15 0.08 0.00 0.07 0.08 0.36 0.05 0.15
O4' 0.00 0.14 0.00 0.03 0.09 0.00 0.07 0.01 0.10 0.05 0.13 0.13 0.08 0.02 0.02 0.17 0.07 0.00 0.06 0.16 0.72 0.21
O5' 0.13 0.10 0.35 0.09 0.10 0.02 0.11 0.01 0.11 0.12 0.10 0.10 0.12 0.13 0.10 0.16 0.08 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.53 0.95 0.65 0.07 0.94 0.15 1.14 0.39 1.19 1.06 1.10 0.84 1.30 1.23 0.83 0.40 0.36 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.78 0.94 0.69 0.22 0.89 0.47 0.85 0.37 0.86 0.75 0.91 0.92 0.79 0.75 0.83 0.58 0.05 0.72 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.40 0.57 0.52 0.11 0.56 0.09 0.62 0.01 0.64 0.58 0.62 0.53 0.66 0.63 0.52 0.32 0.15 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00