ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53582

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.036 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.026, 0.053, 0.080, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.053 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.027, 0.058, 0.089, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.058 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.022, 0.053, 0.083, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.053 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.025, 0.062, 0.099, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.062 std_dev=0.037
C5 A 0, 0.014, 0.064, 0.114, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.064 std_dev=0.050
N7 A 0, 0.017, 0.068, 0.120, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.068 std_dev=0.051
C8 A 0, 0.007, 0.062, 0.117, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.062 std_dev=0.055
N2 A 0, 0.051, 0.109, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.109 std_dev=0.058
O6 A 0, 0.033, 0.113, 0.192, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.113 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.028, 0.120, 0.211, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.120 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.046, 0.146, 0.246, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.146 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.017, 0.157, 0.297, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.157 std_dev=0.140
OP2 B 0, 0.273, 0.611, 0.948, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.611 std_dev=0.337
P B 0, 0.295, 0.643, 0.990, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.643 std_dev=0.347
C4' A 0, -0.105, 0.287, 0.679, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.287 std_dev=0.392
C3' A 0, -0.138, 0.299, 0.735, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.299 std_dev=0.436
C5' A 0, -0.091, 0.476, 1.044, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.476 std_dev=0.567
O5' B 0, 0.281, 0.899, 1.518, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.899 std_dev=0.618
O3' A 0, -0.163, 0.558, 1.278, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.558 std_dev=0.720
OP1 B 0, 0.113, 0.891, 1.670, 2.324 max_d=2.324 avg_d=0.891 std_dev=0.779
O5' A 0, -0.188, 0.708, 1.604, 2.466 max_d=2.466 avg_d=0.708 std_dev=0.896
C5' B 0, -0.171, 1.305, 2.780, 4.194 max_d=4.194 avg_d=1.305 std_dev=1.476
P A 0, -0.413, 1.195, 2.803, 4.279 max_d=4.279 avg_d=1.195 std_dev=1.608
OP2 A 0, -0.352, 1.429, 3.210, 4.645 max_d=4.645 avg_d=1.429 std_dev=1.781
OP1 A 0, -0.737, 1.463, 3.664, 5.814 max_d=5.814 avg_d=1.463 std_dev=2.200
C8 B 0, -0.599, 1.721, 4.041, 6.324 max_d=6.324 avg_d=1.721 std_dev=2.320
C4' B 0, -0.616, 1.715, 4.047, 6.343 max_d=6.343 avg_d=1.715 std_dev=2.332
N7 B 0, -0.686, 1.842, 4.369, 6.858 max_d=6.858 avg_d=1.842 std_dev=2.527
O4' B 0, -0.794, 1.933, 4.660, 7.354 max_d=7.354 avg_d=1.933 std_dev=2.727
C3' B 0, -0.998, 2.038, 5.073, 8.083 max_d=8.083 avg_d=2.038 std_dev=3.035
N9 B 0, -1.013, 2.166, 5.346, 8.497 max_d=8.497 avg_d=2.166 std_dev=3.180
C1' B 0, -1.042, 2.177, 5.397, 8.588 max_d=8.588 avg_d=2.177 std_dev=3.219
C2' B 0, -1.109, 2.173, 5.455, 8.712 max_d=8.712 avg_d=2.173 std_dev=3.282
C5 B 0, -1.196, 2.400, 5.997, 9.566 max_d=9.566 avg_d=2.400 std_dev=3.597
O2' B 0, -1.252, 2.434, 6.120, 9.777 max_d=9.777 avg_d=2.434 std_dev=3.686
O3' B 0, -1.351, 2.486, 6.323, 10.131 max_d=10.131 avg_d=2.486 std_dev=3.837
C4 B 0, -1.387, 2.611, 6.610, 10.583 max_d=10.583 avg_d=2.611 std_dev=3.999
N6 B 0, -1.418, 2.640, 6.698, 10.730 max_d=10.730 avg_d=2.640 std_dev=4.058
C6 B 0, -1.536, 2.781, 7.099, 11.391 max_d=11.391 avg_d=2.781 std_dev=4.317
N3 B 0, -1.847, 3.153, 8.154, 13.131 max_d=13.131 avg_d=3.153 std_dev=5.001
N1 B 0, -2.008, 3.325, 8.658, 13.969 max_d=13.969 avg_d=3.325 std_dev=5.333
C2 B 0, -2.123, 3.475, 9.072, 14.647 max_d=14.647 avg_d=3.475 std_dev=5.597

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.01 0.08 0.06 0.08 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.10 0.05 0.19 0.08 0.25
C2 0.08 0.00 0.15 0.28 0.01 0.12 0.02 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.11 0.29 0.05 0.36 0.01 0.29 0.52 0.24
C2' 0.03 0.15 0.00 0.02 0.09 0.03 0.09 0.03 0.11 0.03 0.15 0.15 0.13 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.12 0.10 0.08 0.21 0.12
C3' 0.03 0.28 0.02 0.00 0.26 0.02 0.31 0.03 0.33 0.24 0.33 0.26 0.23 0.29 0.19 0.08 0.04 0.06 0.20 0.33 0.23 0.35 0.17
C4 0.05 0.01 0.09 0.26 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.09 0.25 0.03 0.33 0.02 0.26 0.42 0.20
C4' 0.05 0.12 0.03 0.02 0.12 0.00 0.16 0.01 0.16 0.17 0.15 0.09 0.09 0.18 0.10 0.05 0.04 0.05 0.08 0.17 0.15 0.07 0.18
C5 0.04 0.02 0.09 0.31 0.00 0.16 0.00 0.30 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.08 0.35 0.02 0.45 0.01 0.45 0.60 0.36
C5' 0.04 0.22 0.03 0.03 0.22 0.01 0.30 0.00 0.31 0.29 0.28 0.18 0.17 0.34 0.18 0.04 0.08 0.07 0.03 0.34 0.03 0.09 0.03
C6 0.05 0.01 0.11 0.33 0.01 0.16 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.10 0.38 0.03 0.48 0.01 0.52 0.70 0.43
C8 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.17 0.00 0.29 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.28 0.01 0.37 0.03 0.34 0.41 0.27
N1 0.08 0.01 0.15 0.33 0.02 0.15 0.02 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.11 0.37 0.05 0.45 0.01 0.44 0.65 0.36
N2 0.06 0.02 0.15 0.26 0.03 0.09 0.04 0.18 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.12 0.26 0.05 0.33 0.00 0.24 0.50 0.22
N3 0.08 0.01 0.13 0.23 0.01 0.09 0.02 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.11 0.21 0.05 0.29 0.02 0.18 0.39 0.16
N7 0.01 0.03 0.05 0.29 0.00 0.18 0.01 0.34 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.36 0.01 0.48 0.04 0.52 0.62 0.43
N9 0.01 0.03 0.03 0.19 0.02 0.10 0.02 0.18 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.18 0.01 0.25 0.02 0.14 0.25 0.10
O2' 0.06 0.11 0.04 0.08 0.09 0.05 0.08 0.04 0.10 0.05 0.11 0.12 0.11 0.06 0.06 0.00 0.21 0.11 0.10 0.10 0.13 0.12 0.17
O3' 0.04 0.29 0.05 0.04 0.25 0.04 0.35 0.08 0.38 0.28 0.37 0.26 0.21 0.36 0.18 0.21 0.00 0.06 0.22 0.41 0.31 0.42 0.21
O4' 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.07 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.11 0.06 0.00 0.22 0.02 0.33 0.27 0.38
O5' 0.10 0.36 0.12 0.20 0.33 0.08 0.45 0.03 0.48 0.37 0.45 0.33 0.29 0.48 0.25 0.10 0.22 0.22 0.00 0.52 0.06 0.12 0.02
O6 0.05 0.01 0.10 0.33 0.02 0.17 0.01 0.34 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.10 0.41 0.02 0.52 0.00 0.61 0.80 0.52
OP1 0.19 0.29 0.08 0.23 0.26 0.15 0.45 0.03 0.52 0.34 0.44 0.24 0.18 0.52 0.14 0.13 0.31 0.33 0.06 0.61 0.00 0.05 0.02
OP2 0.08 0.52 0.21 0.35 0.42 0.07 0.60 0.09 0.70 0.41 0.65 0.50 0.39 0.62 0.25 0.12 0.42 0.27 0.12 0.80 0.05 0.00 0.06
P 0.25 0.24 0.12 0.17 0.20 0.18 0.36 0.03 0.43 0.27 0.36 0.22 0.16 0.43 0.10 0.17 0.21 0.38 0.02 0.52 0.02 0.06 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.90 1.66 0.40 0.84 1.32 0.83 1.41 0.58 1.70 0.90 1.78 1.46 1.85 1.13 1.04 0.09 0.86 1.10 0.14 0.51 0.15 0.11
C2 0.32 0.35 0.24 0.38 0.35 0.49 0.35 0.39 0.34 0.32 0.34 0.36 0.31 0.35 0.33 0.55 0.42 0.71 0.21 0.62 0.25 0.15
C2' 1.02 2.03 0.41 0.75 1.59 0.81 1.70 0.52 2.07 1.04 2.19 1.77 2.23 1.33 1.21 0.11 0.73 1.20 0.15 0.37 0.16 0.08
C3' 0.83 1.97 0.26 0.57 1.43 0.64 1.53 0.38 1.96 0.83 2.14 1.66 2.13 1.12 1.02 0.32 0.52 1.01 0.28 0.28 0.26 0.12
C4 0.33 0.51 0.19 0.42 0.45 0.49 0.49 0.39 0.54 0.35 0.55 0.48 0.57 0.44 0.37 0.59 0.44 0.68 0.23 0.62 0.23 0.15
C4' 0.98 2.10 0.47 0.85 1.56 0.85 1.64 0.59 2.06 0.96 2.26 1.79 2.24 1.23 1.16 0.14 0.85 1.15 0.17 0.47 0.16 0.10
C5 0.23 0.39 0.63 0.11 0.32 0.18 0.34 0.20 0.39 0.24 0.41 0.35 0.41 0.29 0.27 1.06 0.10 0.28 0.31 0.68 0.28 0.15
C5' 0.71 1.77 0.25 0.62 1.24 0.64 1.32 0.42 1.72 0.70 1.92 1.47 1.88 0.94 0.87 0.38 0.60 0.91 0.27 0.40 0.27 0.11
C6 0.61 1.05 0.98 0.28 0.89 0.15 0.96 0.13 1.09 0.66 1.11 0.94 1.15 0.83 0.72 1.35 0.26 0.15 0.37 0.69 0.34 0.15
C8 0.16 0.31 0.33 0.31 0.26 0.37 0.29 0.32 0.35 0.20 0.35 0.27 0.39 0.26 0.20 0.79 0.30 0.51 0.26 0.65 0.23 0.15
N1 0.37 0.67 0.79 0.15 0.58 0.11 0.65 0.15 0.72 0.45 0.72 0.60 0.75 0.59 0.47 1.11 0.11 0.19 0.32 0.68 0.33 0.15
N2 0.59 0.65 0.09 0.54 0.66 0.68 0.65 0.52 0.61 0.63 0.62 0.66 0.54 0.66 0.63 0.27 0.60 0.97 0.17 0.56 0.22 0.16
N3 0.65 0.95 0.15 0.64 0.86 0.70 0.92 0.53 0.98 0.70 0.98 0.89 0.99 0.84 0.73 0.28 0.67 0.96 0.20 0.58 0.20 0.16
N7 0.28 0.45 0.66 0.11 0.37 0.16 0.38 0.19 0.43 0.27 0.46 0.41 0.44 0.31 0.31 1.13 0.09 0.23 0.33 0.69 0.27 0.16
N9 0.48 0.86 0.08 0.54 0.71 0.58 0.77 0.44 0.90 0.51 0.93 0.77 0.98 0.64 0.56 0.47 0.55 0.79 0.20 0.59 0.20 0.13
O2' 1.71 2.93 1.10 1.36 2.40 1.36 2.52 0.96 2.96 1.68 3.10 2.63 3.13 2.03 1.93 0.69 1.38 1.79 0.34 0.55 0.22 0.31
O3' 1.04 2.50 0.43 0.67 1.79 0.75 1.88 0.44 2.42 1.01 2.69 2.10 2.59 1.35 1.28 0.18 0.60 1.17 0.25 0.23 0.22 0.11
O4' 0.87 1.68 0.40 0.85 1.30 0.82 1.37 0.59 1.68 0.86 1.81 1.46 1.83 1.07 1.00 0.13 0.87 1.07 0.16 0.54 0.16 0.11
O5' 0.31 1.07 0.38 0.34 0.68 0.34 0.76 0.26 1.08 0.35 1.22 0.84 1.24 0.51 0.43 0.89 0.32 0.52 0.53 0.30 0.51 0.31
O6 1.08 1.87 1.36 0.60 1.57 0.45 1.68 0.28 1.93 1.13 1.97 1.68 2.03 1.42 1.27 1.73 0.60 0.52 0.46 0.69 0.38 0.15
OP1 0.38 1.39 0.36 0.45 0.85 0.43 0.95 0.35 1.35 0.42 1.57 1.07 1.54 0.62 0.52 0.90 0.43 0.56 0.51 0.42 0.48 0.28
OP2 0.77 0.60 1.01 0.67 0.61 0.61 0.56 0.56 0.58 0.70 0.63 0.60 0.63 0.59 0.69 1.58 0.70 0.63 0.94 0.38 0.84 0.63
P 0.49 1.16 0.47 0.58 0.80 0.55 0.87 0.48 1.16 0.52 1.30 0.94 1.31 0.65 0.58 0.92 0.57 0.66 0.55 0.55 0.47 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.23 0.01 0.36 0.20 0.38 0.06
C2 0.03 0.00 0.55 0.55 0.01 0.13 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.40 0.40 0.44 0.69 0.18 0.07 0.54
C2' 0.00 0.55 0.00 0.01 0.29 0.05 0.12 0.24 0.24 0.29 0.43 0.56 0.15 0.16 0.02 0.02 0.03 0.03 0.68 0.24 0.32 0.48
C3' 0.03 0.55 0.01 0.00 0.42 0.02 0.42 0.05 0.50 0.16 0.56 0.49 0.49 0.29 0.24 0.03 0.02 0.02 0.34 0.21 0.16 0.08
C4 0.02 0.01 0.29 0.42 0.00 0.05 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.23 0.23 0.63 0.10 0.03 0.41
C4' 0.02 0.13 0.05 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.11 0.09 0.13 0.02 0.09 0.02 0.25 0.02 0.02 0.02 0.27 0.47 0.15
C5 0.01 0.01 0.12 0.42 0.00 0.02 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.29 0.10 0.65 0.08 0.11 0.46
C5' 0.16 0.39 0.24 0.05 0.30 0.02 0.24 0.00 0.29 0.10 0.36 0.37 0.25 0.13 0.21 0.05 0.28 0.03 0.03 0.21 0.22 0.04
C6 0.02 0.00 0.24 0.50 0.01 0.03 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.39 0.19 0.68 0.07 0.20 0.55
C8 0.01 0.01 0.29 0.16 0.01 0.11 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.48 0.05 0.24 0.51 0.24 0.11 0.21
N1 0.03 0.00 0.43 0.56 0.01 0.09 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.44 0.34 0.71 0.14 0.16 0.58
N3 0.03 0.00 0.56 0.49 0.01 0.13 0.00 0.37 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.41 0.29 0.44 0.64 0.16 0.05 0.45
N6 0.01 0.00 0.15 0.49 0.01 0.02 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.15 0.42 0.12 0.67 0.02 0.29 0.56
N7 0.00 0.00 0.16 0.29 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.42 0.19 0.14 0.57 0.19 0.12 0.35
N9 0.00 0.02 0.02 0.24 0.01 0.02 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.05 0.01 0.54 0.15 0.18 0.24
O2' 0.03 0.40 0.02 0.03 0.08 0.25 0.13 0.05 0.04 0.48 0.22 0.41 0.15 0.42 0.16 0.00 0.07 0.18 0.39 0.13 0.29 0.32
O3' 0.23 0.40 0.03 0.02 0.23 0.02 0.29 0.28 0.39 0.05 0.44 0.29 0.42 0.19 0.05 0.07 0.00 0.25 0.05 0.42 0.23 0.11
O4' 0.01 0.44 0.03 0.02 0.23 0.02 0.10 0.03 0.19 0.24 0.34 0.44 0.12 0.14 0.01 0.18 0.25 0.00 0.20 0.47 0.88 0.38
O5' 0.36 0.69 0.68 0.34 0.63 0.02 0.65 0.03 0.68 0.51 0.71 0.64 0.67 0.57 0.54 0.39 0.05 0.20 0.00 0.04 0.05 0.01
OP1 0.20 0.18 0.24 0.21 0.10 0.27 0.08 0.21 0.07 0.24 0.14 0.16 0.02 0.19 0.15 0.13 0.42 0.47 0.04 0.00 0.04 0.01
OP2 0.38 0.07 0.32 0.16 0.03 0.47 0.11 0.22 0.20 0.11 0.16 0.05 0.29 0.12 0.18 0.29 0.23 0.88 0.05 0.04 0.00 0.03
P 0.06 0.54 0.48 0.08 0.41 0.15 0.46 0.04 0.55 0.21 0.58 0.45 0.56 0.35 0.24 0.32 0.11 0.38 0.01 0.01 0.03 0.00