ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53583

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.014, 0.033, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.015, 0.033, 0.052, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.007, 0.032, 0.057, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.032 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.019, 0.046, 0.072, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.046 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.023, 0.050, 0.077, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.050 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.026, 0.057, 0.088, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.057 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.039, 0.090, 0.141, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.090 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.056, 0.128, 0.200, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.128 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.060, 0.137, 0.215, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.137 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.083, 0.183, 0.282, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.183 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.069, 0.177, 0.284, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.177 std_dev=0.108
C5' A 0, 0.114, 0.265, 0.415, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.265 std_dev=0.150
P B 0, 0.090, 0.248, 0.407, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.248 std_dev=0.158
O3' A 0, 0.135, 0.322, 0.508, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.322 std_dev=0.186
O5' A 0, 0.205, 0.488, 0.772, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.488 std_dev=0.283
OP1 B 0, 0.316, 0.730, 1.143, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.730 std_dev=0.414
P A 0, 0.295, 0.866, 1.438, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.866 std_dev=0.571
OP1 A 0, 0.311, 0.950, 1.590, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.950 std_dev=0.639
OP2 B 0, 0.270, 0.975, 1.679, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.975 std_dev=0.705
OP2 A 0, 0.355, 1.083, 1.811, 1.861 max_d=1.861 avg_d=1.083 std_dev=0.728
O5' B 0, -0.020, 0.764, 1.548, 2.228 max_d=2.228 avg_d=0.764 std_dev=0.784
C5' B 0, 0.202, 1.300, 2.398, 3.330 max_d=3.330 avg_d=1.300 std_dev=1.098
C4' B 0, -0.638, 1.297, 3.232, 5.149 max_d=5.149 avg_d=1.297 std_dev=1.935
C8 B 0, -0.226, 1.849, 3.924, 5.779 max_d=5.779 avg_d=1.849 std_dev=2.075
C3' B 0, -0.547, 1.560, 3.668, 5.703 max_d=5.703 avg_d=1.560 std_dev=2.107
O4' B 0, -0.635, 1.473, 3.581, 5.663 max_d=5.663 avg_d=1.473 std_dev=2.108
N7 B 0, -0.133, 2.236, 4.605, 6.609 max_d=6.609 avg_d=2.236 std_dev=2.369
O3' B 0, -0.642, 1.839, 4.320, 6.721 max_d=6.721 avg_d=1.839 std_dev=2.481
N9 B 0, -0.591, 1.911, 4.413, 6.801 max_d=6.801 avg_d=1.911 std_dev=2.502
C1' B 0, -0.909, 1.766, 4.441, 7.091 max_d=7.091 avg_d=1.766 std_dev=2.675
C2' B 0, -0.774, 1.948, 4.671, 7.331 max_d=7.331 avg_d=1.948 std_dev=2.723
C5 B 0, -0.356, 2.519, 5.395, 7.929 max_d=7.929 avg_d=2.519 std_dev=2.876
C4 B 0, -0.597, 2.365, 5.328, 8.089 max_d=8.089 avg_d=2.365 std_dev=2.963
O2' B 0, -0.977, 2.403, 5.783, 9.109 max_d=9.109 avg_d=2.403 std_dev=3.380
C6 B 0, -0.329, 3.064, 6.458, 9.396 max_d=9.396 avg_d=3.064 std_dev=3.394
N3 B 0, -0.733, 2.763, 6.259, 9.559 max_d=9.559 avg_d=2.763 std_dev=3.496
N6 B 0, -0.167, 3.398, 6.964, 9.928 max_d=9.928 avg_d=3.398 std_dev=3.565
N1 B 0, -0.456, 3.373, 7.202, 10.602 max_d=10.602 avg_d=3.373 std_dev=3.829
C2 B 0, -0.621, 3.222, 7.065, 10.598 max_d=10.598 avg_d=3.222 std_dev=3.843

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.04 0.08 0.01 0.10 0.11 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.06 0.15 0.11 0.09
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.07 0.19 0.13 0.13
C4 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.08 0.01 0.09 0.08 0.06
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.09 0.01 0.10 0.11 0.09
C5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.05 0.10 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.03 0.09 0.01 0.12 0.14 0.11
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07
N1 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.04 0.09 0.01 0.11 0.13 0.09
N2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.05 0.09 0.02 0.10 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.08 0.01 0.09 0.08 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.10 0.11 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.05 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.11 0.08 0.05
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.02 0.07 0.04 0.10 0.02 0.10 0.10 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.13 0.11 0.27 0.18 0.18
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.09 0.10
O5' 0.04 0.08 0.09 0.11 0.08 0.02 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.06 0.13 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.04 0.10 0.00 0.13 0.16 0.13
OP1 0.05 0.10 0.15 0.19 0.09 0.04 0.10 0.03 0.12 0.08 0.11 0.10 0.09 0.10 0.07 0.11 0.27 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.11 0.11 0.13 0.08 0.01 0.11 0.01 0.14 0.07 0.13 0.10 0.08 0.11 0.05 0.08 0.18 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.09 0.13 0.06 0.01 0.09 0.01 0.11 0.07 0.09 0.07 0.05 0.10 0.04 0.05 0.18 0.10 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.78 2.01 0.46 0.24 1.50 0.20 1.74 0.22 2.18 1.04 2.27 1.65 2.48 1.44 1.08 0.39 0.43 0.61 0.15 0.42 0.27 0.08
C2 0.50 1.32 0.36 0.31 1.06 0.09 1.24 0.16 1.47 0.74 1.48 1.11 1.60 1.08 0.76 0.31 0.47 0.38 0.19 0.35 0.23 0.09
C2' 1.19 2.46 0.82 0.44 1.92 0.53 2.14 0.40 2.60 1.40 2.72 2.09 2.90 1.80 1.48 0.79 0.28 0.97 0.13 0.37 0.35 0.06
C3' 1.22 2.54 0.80 0.39 1.98 0.49 2.21 0.35 2.69 1.47 2.81 2.15 3.00 1.88 1.53 0.76 0.26 0.99 0.14 0.39 0.37 0.07
C4 0.56 1.61 0.34 0.33 1.25 0.04 1.51 0.16 1.85 0.91 1.85 1.31 2.11 1.32 0.89 0.29 0.61 0.43 0.18 0.42 0.27 0.08
C4' 0.93 2.29 0.54 0.23 1.71 0.27 1.94 0.24 2.43 1.20 2.57 1.88 2.76 1.62 1.26 0.47 0.41 0.74 0.12 0.43 0.31 0.06
C5 0.44 1.43 0.37 0.50 1.12 0.18 1.42 0.25 1.73 0.87 1.70 1.15 2.01 1.30 0.79 0.37 0.84 0.31 0.21 0.46 0.29 0.09
C5' 0.81 2.20 0.40 0.22 1.62 0.13 1.89 0.23 2.38 1.15 2.50 1.78 2.73 1.59 1.17 0.31 0.58 0.64 0.17 0.50 0.33 0.08
C6 0.36 1.19 0.45 0.62 0.96 0.31 1.24 0.33 1.49 0.79 1.43 0.95 1.73 1.18 0.68 0.47 0.94 0.22 0.24 0.45 0.30 0.11
C8 0.55 1.71 0.33 0.42 1.31 0.09 1.61 0.21 2.00 0.97 2.01 1.37 2.34 1.42 0.92 0.30 0.79 0.41 0.18 0.47 0.29 0.08
N1 0.38 1.12 0.40 0.50 0.91 0.20 1.14 0.22 1.34 0.72 1.30 0.92 1.51 1.07 0.65 0.38 0.74 0.25 0.23 0.40 0.28 0.11
N2 0.52 1.18 0.42 0.30 0.96 0.23 1.04 0.28 1.20 0.59 1.26 1.04 1.21 0.83 0.70 0.37 0.33 0.41 0.17 0.28 0.16 0.09
N3 0.62 1.59 0.39 0.26 1.24 0.15 1.45 0.20 1.76 0.86 1.79 1.33 1.95 1.23 0.89 0.33 0.43 0.49 0.17 0.37 0.24 0.08
N7 0.45 1.52 0.37 0.55 1.17 0.22 1.49 0.29 1.84 0.91 1.81 1.20 2.17 1.36 0.82 0.39 0.94 0.31 0.20 0.47 0.29 0.08
N9 0.64 1.79 0.35 0.30 1.37 0.06 1.63 0.17 2.03 0.98 2.06 1.46 2.34 1.41 0.97 0.29 0.60 0.49 0.17 0.44 0.27 0.08
O2' 1.29 2.62 0.98 0.59 2.00 0.65 2.16 0.51 2.66 1.39 2.85 2.23 2.91 1.76 1.54 0.97 0.40 1.04 0.16 0.35 0.34 0.06
O3' 1.50 2.87 1.09 0.62 2.25 0.72 2.45 0.50 2.94 1.68 3.12 2.47 3.23 2.07 1.79 1.09 0.35 1.23 0.25 0.34 0.40 0.12
O4' 0.66 1.94 0.36 0.27 1.41 0.07 1.66 0.19 2.12 0.95 2.22 1.56 2.44 1.37 0.98 0.30 0.59 0.51 0.20 0.44 0.25 0.09
O5' 0.72 2.05 0.30 0.27 1.52 0.09 1.82 0.27 2.29 1.11 2.36 1.64 2.65 1.56 1.09 0.21 0.68 0.56 0.21 0.54 0.37 0.12
O6 0.35 1.05 0.59 0.79 0.86 0.48 1.15 0.49 1.38 0.76 1.29 0.83 1.63 1.14 0.61 0.65 1.15 0.21 0.26 0.46 0.31 0.13
OP1 0.73 2.10 0.24 0.27 1.56 0.14 1.86 0.33 2.34 1.15 2.43 1.67 2.71 1.61 1.12 0.13 0.73 0.58 0.25 0.60 0.40 0.16
OP2 0.47 1.76 0.23 0.51 1.30 0.27 1.63 0.43 2.08 0.98 2.10 1.36 2.46 1.45 0.89 0.28 0.99 0.35 0.29 0.63 0.35 0.17
P 0.60 1.95 0.24 0.40 1.43 0.14 1.75 0.32 2.22 1.05 2.28 1.53 2.59 1.52 1.00 0.21 0.86 0.45 0.24 0.58 0.33 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.13 0.12 0.26 0.21
C2 0.03 0.00 0.19 0.32 0.00 0.14 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.34 0.05 0.21 0.28 0.41 0.40
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.04 0.16 0.13 0.20 0.03 0.12 0.04 0.00 0.04 0.01 0.17 0.16 0.31 0.20
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.16 0.01 0.08 0.04 0.16 0.16 0.26 0.30 0.11 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.24 0.38 0.22
C4 0.02 0.00 0.07 0.16 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.15 0.02 0.24 0.28 0.33 0.38
C4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.13 0.12 0.10 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.13 0.29 0.07
C5 0.02 0.00 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.30 0.39 0.30 0.45
C5' 0.04 0.26 0.04 0.04 0.20 0.01 0.21 0.00 0.25 0.09 0.27 0.22 0.25 0.15 0.12 0.04 0.07 0.01 0.00 0.20 0.32 0.02
C6 0.02 0.00 0.04 0.16 0.01 0.11 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.17 0.02 0.30 0.42 0.34 0.48
C8 0.01 0.00 0.16 0.16 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.17 0.04 0.34 0.38 0.17 0.40
N1 0.03 0.00 0.13 0.26 0.00 0.13 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.29 0.04 0.26 0.37 0.39 0.46
N3 0.03 0.00 0.20 0.30 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.30 0.06 0.19 0.22 0.38 0.35
N6 0.02 0.00 0.03 0.11 0.01 0.10 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.12 0.01 0.32 0.49 0.30 0.51
N7 0.01 0.00 0.12 0.08 0.01 0.02 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.10 0.03 0.36 0.46 0.20 0.47
N9 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.24 0.25 0.26 0.33
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.04 0.10 0.04 0.08 0.07 0.10 0.03 0.00 0.10 0.06 0.03 0.12 0.31 0.13
O3' 0.03 0.34 0.04 0.00 0.15 0.02 0.08 0.07 0.17 0.17 0.29 0.30 0.12 0.10 0.01 0.10 0.00 0.01 0.10 0.28 0.48 0.17
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.08 0.27 0.16
O5' 0.13 0.21 0.17 0.21 0.24 0.01 0.30 0.00 0.30 0.34 0.26 0.19 0.32 0.36 0.24 0.03 0.10 0.07 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.12 0.28 0.16 0.24 0.28 0.13 0.39 0.20 0.42 0.38 0.37 0.22 0.49 0.46 0.25 0.12 0.28 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.41 0.31 0.38 0.33 0.29 0.30 0.32 0.34 0.17 0.39 0.38 0.30 0.20 0.26 0.31 0.48 0.27 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.40 0.20 0.22 0.38 0.07 0.45 0.02 0.48 0.40 0.46 0.35 0.51 0.47 0.33 0.13 0.17 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00