ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53584

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.013, 0.032, 0.050, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.013, 0.039, 0.064, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.039 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.020, 0.047, 0.075, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.047 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.017, 0.046, 0.075, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.046 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.022, 0.052, 0.083, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.052 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.012, 0.046, 0.081, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.046 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.020, 0.056, 0.093, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.056 std_dev=0.037
N3 A 0, 0.018, 0.056, 0.094, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.056 std_dev=0.038
C2 A 0, 0.011, 0.050, 0.088, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.050 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.010, 0.057, 0.104, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.057 std_dev=0.047
N2 A 0, 0.010, 0.116, 0.223, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.116 std_dev=0.107
P B 0, 0.192, 0.514, 0.835, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.514 std_dev=0.322
O4' A 0, 0.136, 0.627, 1.117, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.627 std_dev=0.490
O5' B 0, 0.295, 0.846, 1.397, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.846 std_dev=0.551
C4' A 0, 0.232, 0.807, 1.382, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.807 std_dev=0.575
OP2 B 0, 0.128, 0.707, 1.286, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.707 std_dev=0.579
C2' A 0, 0.227, 0.808, 1.390, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.808 std_dev=0.581
OP1 B 0, 0.282, 0.962, 1.643, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.962 std_dev=0.681
C3' A 0, 0.237, 0.978, 1.720, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.978 std_dev=0.742
O2' B 0, 0.411, 1.209, 2.007, 2.243 max_d=2.243 avg_d=1.209 std_dev=0.798
O2' A 0, 0.342, 1.231, 2.120, 2.492 max_d=2.492 avg_d=1.231 std_dev=0.889
C3' B 0, 0.471, 1.364, 2.257, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.364 std_dev=0.893
C2' B 0, 0.101, 1.094, 2.088, 2.629 max_d=2.629 avg_d=1.094 std_dev=0.993
O3' A 0, 0.241, 1.242, 2.242, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.242 std_dev=1.001
C4' B 0, 0.130, 1.193, 2.256, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.193 std_dev=1.063
C5' B 0, -0.025, 1.230, 2.485, 3.319 max_d=3.319 avg_d=1.230 std_dev=1.255
O4' B 0, 0.510, 1.841, 3.171, 3.159 max_d=3.159 avg_d=1.841 std_dev=1.331
C5' A 0, 0.259, 1.598, 2.937, 3.682 max_d=3.682 avg_d=1.598 std_dev=1.339
C1' B 0, 0.431, 1.910, 3.390, 3.972 max_d=3.972 avg_d=1.910 std_dev=1.480
O5' A 0, 0.221, 1.967, 3.712, 4.707 max_d=4.707 avg_d=1.967 std_dev=1.745
OP1 A 0, 0.346, 2.104, 3.861, 4.830 max_d=4.830 avg_d=2.104 std_dev=1.757
O3' B 0, 0.386, 2.247, 4.109, 4.914 max_d=4.914 avg_d=2.247 std_dev=1.862
N9 B 0, 0.456, 2.779, 5.102, 5.866 max_d=5.866 avg_d=2.779 std_dev=2.323
P A 0, 0.168, 2.510, 4.851, 6.194 max_d=6.194 avg_d=2.510 std_dev=2.341
C8 B 0, 0.406, 2.931, 5.457, 6.183 max_d=6.183 avg_d=2.931 std_dev=2.526
OP2 A 0, 0.242, 3.362, 6.483, 7.694 max_d=7.694 avg_d=3.362 std_dev=3.120
C4 B 0, 0.598, 3.871, 7.143, 7.839 max_d=7.839 avg_d=3.871 std_dev=3.272
N3 B 0, 0.713, 4.166, 7.620, 8.321 max_d=8.321 avg_d=4.166 std_dev=3.453
N7 B 0, 0.470, 4.070, 7.670, 8.245 max_d=8.245 avg_d=4.070 std_dev=3.600
C5 B 0, 0.590, 4.669, 8.748, 9.302 max_d=9.302 avg_d=4.669 std_dev=4.079
C2 B 0, 0.821, 5.341, 9.861, 10.456 max_d=10.456 avg_d=5.341 std_dev=4.520
C6 B 0, 0.696, 5.927, 11.158, 11.557 max_d=11.557 avg_d=5.927 std_dev=5.231
N1 B 0, 0.812, 6.227, 11.642, 12.080 max_d=12.080 avg_d=6.227 std_dev=5.415
N6 B 0, 0.683, 6.844, 13.005, 13.190 max_d=13.190 avg_d=6.844 std_dev=6.161

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.28 0.00 0.27 0.02 0.54 0.22 0.37
C2 0.05 0.00 0.26 0.20 0.02 0.08 0.01 0.15 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.58 0.65 0.17 0.33 0.02 0.68 0.77 0.50
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.11 0.04 0.05 0.20 0.10 0.13 0.19 0.35 0.25 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.45 0.08 0.41 0.30 0.47
C3' 0.03 0.20 0.01 0.00 0.05 0.00 0.14 0.06 0.10 0.30 0.10 0.34 0.19 0.28 0.11 0.01 0.01 0.03 0.04 0.15 0.21 0.29 0.08
C4 0.01 0.02 0.11 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.34 0.34 0.09 0.32 0.01 0.82 0.58 0.54
C4' 0.02 0.08 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06 0.03 0.26 0.03 0.00 0.01 0.05 0.24 0.10 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.19 0.04 0.35 0.01 1.05 0.65 0.66
C5' 0.09 0.15 0.20 0.06 0.08 0.01 0.12 0.00 0.11 0.27 0.13 0.19 0.13 0.22 0.13 0.13 0.15 0.02 0.01 0.12 0.29 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.39 0.28 0.08 0.35 0.01 1.04 0.78 0.66
C8 0.02 0.03 0.13 0.30 0.01 0.08 0.01 0.27 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.13 0.16 0.14 0.41 0.02 1.17 0.39 0.75
N1 0.03 0.00 0.19 0.10 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.52 0.49 0.14 0.35 0.02 0.86 0.83 0.59
N2 0.09 0.00 0.35 0.34 0.03 0.09 0.01 0.19 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.69 0.87 0.19 0.34 0.05 0.56 0.81 0.47
N3 0.05 0.01 0.25 0.19 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.52 0.62 0.17 0.31 0.01 0.63 0.64 0.45
N7 0.02 0.01 0.08 0.28 0.01 0.06 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.13 0.08 0.39 0.02 1.26 0.53 0.78
N9 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.16 0.15 0.02 0.34 0.02 0.84 0.41 0.56
O2' 0.01 0.58 0.01 0.01 0.34 0.26 0.30 0.13 0.39 0.13 0.52 0.69 0.52 0.17 0.16 0.00 0.02 0.13 0.31 0.36 0.29 0.31 0.34
O3' 0.28 0.65 0.03 0.01 0.34 0.03 0.19 0.15 0.28 0.16 0.49 0.87 0.62 0.13 0.15 0.02 0.00 0.19 0.21 0.21 0.59 0.68 0.41
O4' 0.00 0.17 0.02 0.03 0.09 0.00 0.04 0.02 0.08 0.14 0.14 0.19 0.17 0.08 0.02 0.13 0.19 0.00 0.10 0.06 0.49 0.24 0.21
O5' 0.27 0.33 0.45 0.04 0.32 0.01 0.35 0.01 0.35 0.41 0.35 0.34 0.31 0.39 0.34 0.31 0.21 0.10 0.00 0.36 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.15 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.36 0.21 0.06 0.36 0.00 1.16 0.81 0.72
OP1 0.54 0.68 0.41 0.21 0.82 0.24 1.05 0.29 1.04 1.17 0.86 0.56 0.63 1.26 0.84 0.29 0.59 0.49 0.02 1.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.77 0.30 0.29 0.58 0.10 0.65 0.21 0.78 0.39 0.83 0.81 0.64 0.53 0.41 0.31 0.68 0.24 0.01 0.81 0.01 0.00 0.00
P 0.37 0.50 0.47 0.08 0.54 0.04 0.66 0.02 0.66 0.75 0.59 0.47 0.45 0.78 0.56 0.34 0.41 0.21 0.01 0.72 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.67 1.90 0.46 0.62 1.60 0.30 2.03 0.52 2.39 1.47 2.29 1.54 2.78 1.99 1.24 0.22 1.02 0.40 0.12 0.26 0.35 0.07
C2 0.62 1.41 0.40 0.50 1.28 0.14 1.60 0.36 1.78 1.28 1.67 1.20 2.01 1.65 1.05 0.11 0.74 0.44 0.06 0.25 0.32 0.03
C2' 0.51 1.93 0.32 0.66 1.56 0.48 2.06 0.70 2.49 1.39 2.38 1.51 2.95 1.99 1.13 0.36 1.22 0.27 0.34 0.47 0.38 0.28
C3' 0.51 1.84 0.30 0.64 1.49 0.41 1.95 0.61 2.36 1.33 2.26 1.44 2.80 1.88 1.09 0.33 1.20 0.32 0.26 0.36 0.38 0.21
C4 0.71 1.73 0.44 0.58 1.52 0.19 1.89 0.42 2.16 1.45 2.05 1.45 2.46 1.89 1.22 0.15 0.97 0.50 0.16 0.34 0.36 0.09
C4' 0.68 1.88 0.50 0.64 1.59 0.28 2.01 0.49 2.37 1.47 2.27 1.52 2.76 1.97 1.23 0.22 0.99 0.43 0.06 0.17 0.38 0.11
C5 0.78 1.75 0.45 0.62 1.55 0.15 1.88 0.36 2.13 1.47 2.04 1.48 2.39 1.87 1.27 0.16 1.07 0.61 0.27 0.45 0.39 0.16
C5' 0.72 1.80 0.44 0.53 1.55 0.16 1.95 0.37 2.27 1.47 2.17 1.48 2.65 1.93 1.23 0.08 0.82 0.53 0.11 0.13 0.45 0.22
C6 0.77 1.57 0.42 0.58 1.44 0.08 1.72 0.28 1.90 1.40 1.82 1.36 2.10 1.73 1.21 0.11 1.02 0.65 0.32 0.51 0.40 0.20
C8 0.80 1.97 0.49 0.67 1.69 0.22 2.07 0.44 2.39 1.55 2.31 1.64 2.72 2.02 1.34 0.22 1.16 0.58 0.25 0.41 0.39 0.14
N1 0.68 1.39 0.38 0.50 1.29 0.07 1.56 0.27 1.71 1.30 1.61 1.20 1.89 1.60 1.09 0.08 0.83 0.56 0.20 0.44 0.37 0.13
N2 0.52 1.21 0.41 0.49 1.11 0.17 1.40 0.38 1.55 1.13 1.44 1.02 1.75 1.46 0.91 0.13 0.61 0.34 0.16 0.18 0.26 0.14
N3 0.64 1.59 0.43 0.54 1.41 0.20 1.77 0.43 2.02 1.36 1.90 1.33 2.31 1.79 1.13 0.13 0.83 0.42 0.07 0.23 0.32 0.03
N7 0.84 1.90 0.49 0.67 1.66 0.17 2.01 0.38 2.29 1.54 2.21 1.61 2.57 1.96 1.34 0.20 1.19 0.65 0.31 0.48 0.40 0.18
N9 0.72 1.87 0.47 0.63 1.61 0.25 2.01 0.47 2.32 1.49 2.23 1.54 2.67 1.97 1.27 0.20 1.06 0.49 0.18 0.33 0.36 0.09
O2' 0.56 1.96 0.13 0.48 1.55 0.65 2.08 0.81 2.56 1.33 2.45 1.51 3.08 1.98 1.09 0.52 1.08 0.52 0.58 0.69 0.63 0.59
O3' 0.56 1.80 0.18 0.56 1.41 0.67 1.87 0.78 2.32 1.21 2.24 1.38 2.79 1.78 1.01 0.56 1.20 0.59 0.63 0.70 0.78 0.68
O4' 0.79 1.88 0.58 0.65 1.63 0.26 2.02 0.44 2.33 1.53 2.23 1.56 2.68 1.99 1.31 0.25 0.91 0.56 0.11 0.22 0.41 0.19
O5' 0.87 1.80 0.34 0.22 1.57 0.22 1.93 0.08 2.22 1.48 2.13 1.51 2.57 1.91 1.28 0.30 0.63 0.78 0.38 0.22 0.69 0.41
O6 0.82 1.55 0.42 0.61 1.42 0.04 1.67 0.21 1.83 1.38 1.76 1.36 2.00 1.67 1.22 0.11 1.10 0.75 0.43 0.59 0.41 0.26
OP1 0.97 1.67 0.58 0.49 1.42 0.77 1.70 0.61 2.00 1.27 1.95 1.42 2.31 1.64 1.17 0.87 0.91 0.98 0.97 0.74 1.10 0.83
OP2 1.41 2.18 0.88 0.67 2.02 0.76 2.33 0.76 2.57 2.00 2.47 1.94 2.85 2.35 1.80 0.64 0.45 1.35 0.84 0.66 1.31 1.01
P 1.01 1.78 0.47 0.10 1.57 0.51 1.88 0.28 2.15 1.49 2.07 1.53 2.47 1.86 1.32 0.61 0.51 0.99 0.67 0.45 0.92 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.27 0.19 0.65 0.16
C2 0.01 0.00 0.14 0.16 0.02 0.08 0.01 0.18 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.21 0.04 0.47 0.60 0.87 0.37
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.10 0.15 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.08 0.48 0.17
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.08 0.01 0.05 0.03 0.08 0.10 0.13 0.16 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.29 0.30 0.36 0.22
C4 0.00 0.02 0.07 0.08 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.50 0.56 0.88 0.38
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.08 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.25 0.32 0.07
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.59 0.79 0.99 0.49
C5' 0.05 0.18 0.03 0.03 0.16 0.01 0.21 0.00 0.23 0.18 0.20 0.15 0.26 0.22 0.13 0.02 0.03 0.02 0.01 0.35 0.27 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.09 0.00 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.03 0.60 0.87 1.03 0.51
C8 0.01 0.03 0.07 0.10 0.01 0.08 0.02 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.05 0.10 0.04 0.61 0.66 0.95 0.47
N1 0.01 0.00 0.10 0.13 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.16 0.03 0.55 0.77 0.97 0.46
N3 0.01 0.00 0.15 0.16 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.10 0.19 0.03 0.42 0.48 0.81 0.32
N6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.11 0.01 0.26 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.05 0.63 1.01 1.09 0.55
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.22 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.65 0.89 1.05 0.55
N9 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.48 0.43 0.83 0.34
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.07 0.10 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.22 0.35 0.02
O3' 0.02 0.21 0.01 0.01 0.10 0.03 0.05 0.03 0.09 0.10 0.16 0.19 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.04 0.11 0.43 0.19 0.17
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.14 0.30 0.64 0.13
O5' 0.27 0.47 0.27 0.29 0.50 0.02 0.59 0.01 0.60 0.61 0.55 0.42 0.63 0.65 0.48 0.06 0.11 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.60 0.08 0.30 0.56 0.25 0.79 0.35 0.87 0.66 0.77 0.48 1.01 0.89 0.43 0.22 0.43 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.65 0.87 0.48 0.36 0.88 0.32 0.99 0.27 1.03 0.95 0.97 0.81 1.09 1.05 0.83 0.35 0.19 0.64 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.37 0.17 0.22 0.38 0.07 0.49 0.02 0.51 0.47 0.46 0.32 0.55 0.55 0.34 0.02 0.17 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00