ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53585

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.002, 0.016, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.014, 0.035, 0.057, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.035 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.016, 0.042, 0.069, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.042 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.015, 0.052, 0.088, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.052 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.028, 0.066, 0.103, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.066 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.030, 0.073, 0.116, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.073 std_dev=0.043
N2 A 0, 0.016, 0.082, 0.148, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.082 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.023, 0.125, 0.228, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.125 std_dev=0.103
C2' A 0, 0.033, 0.141, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.141 std_dev=0.108
C3' A 0, 0.073, 0.249, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.249 std_dev=0.176
C4' A 0, 0.028, 0.207, 0.386, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.207 std_dev=0.179
O2' A 0, 0.009, 0.195, 0.382, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.195 std_dev=0.186
P B 0, 0.142, 0.362, 0.582, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.362 std_dev=0.220
C5' A 0, 0.011, 0.255, 0.500, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.255 std_dev=0.244
OP2 B 0, 0.190, 0.493, 0.797, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.493 std_dev=0.303
O5' A 0, 0.027, 0.350, 0.674, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.350 std_dev=0.324
O3' A 0, 0.148, 0.492, 0.836, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.492 std_dev=0.344
OP1 B 0, 0.007, 0.366, 0.725, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.366 std_dev=0.359
O5' B 0, 0.132, 0.532, 0.933, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.532 std_dev=0.401
OP2 A 0, 0.159, 0.615, 1.072, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.615 std_dev=0.456
P A 0, 0.099, 0.560, 1.021, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.560 std_dev=0.461
OP1 A 0, 0.110, 0.686, 1.262, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.686 std_dev=0.576
C5' B 0, 0.112, 1.608, 3.103, 3.310 max_d=3.310 avg_d=1.608 std_dev=1.496
C4' B 0, 0.144, 2.305, 4.466, 4.620 max_d=4.620 avg_d=2.305 std_dev=2.161
C8 B 0, 0.440, 2.731, 5.022, 5.155 max_d=5.155 avg_d=2.731 std_dev=2.291
N9 B 0, 0.399, 2.779, 5.159, 5.301 max_d=5.301 avg_d=2.779 std_dev=2.380
C3' B 0, 0.193, 2.580, 4.968, 5.130 max_d=5.130 avg_d=2.580 std_dev=2.388
C2' B 0, 0.297, 2.777, 5.258, 5.371 max_d=5.371 avg_d=2.777 std_dev=2.480
O4' B 0, 0.313, 2.823, 5.333, 5.421 max_d=5.421 avg_d=2.823 std_dev=2.510
C4 B 0, 0.419, 2.964, 5.510, 5.665 max_d=5.665 avg_d=2.964 std_dev=2.545
C5 B 0, 0.466, 3.016, 5.566, 5.698 max_d=5.698 avg_d=3.016 std_dev=2.550
N7 B 0, 0.484, 3.115, 5.746, 5.856 max_d=5.856 avg_d=3.115 std_dev=2.631
C1' B 0, 0.358, 3.031, 5.704, 5.816 max_d=5.816 avg_d=3.031 std_dev=2.673
O3' B 0, 0.135, 2.863, 5.591, 5.723 max_d=5.723 avg_d=2.863 std_dev=2.728
C6 B 0, 0.495, 3.274, 6.052, 6.172 max_d=6.172 avg_d=3.274 std_dev=2.778
N1 B 0, 0.473, 3.299, 6.124, 6.281 max_d=6.281 avg_d=3.299 std_dev=2.826
N3 B 0, 0.418, 3.421, 6.423, 6.583 max_d=6.583 avg_d=3.421 std_dev=3.003
C2 B 0, 0.440, 3.465, 6.491, 6.663 max_d=6.663 avg_d=3.465 std_dev=3.026
N6 B 0, 0.556, 3.791, 7.026, 7.087 max_d=7.087 avg_d=3.791 std_dev=3.235
O2' B 0, 0.309, 3.568, 6.827, 6.825 max_d=6.825 avg_d=3.568 std_dev=3.259

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06
C2 0.03 0.00 0.12 0.16 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.22 0.02 0.07 0.03 0.06 0.12 0.10
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.12 0.13 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.01
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.01 0.17 0.10 0.18 0.16 0.14 0.14 0.09 0.02 0.01 0.01 0.12 0.18 0.08 0.12 0.10
C4 0.03 0.02 0.08 0.14 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.18 0.02 0.07 0.01 0.08 0.12 0.10
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.03 0.08 0.16 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.23 0.03 0.10 0.01 0.12 0.15 0.14
C5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.07 0.04 0.05 0.05 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.02 0.10 0.17 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.26 0.04 0.10 0.01 0.12 0.16 0.15
C8 0.02 0.04 0.02 0.10 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.14 0.03 0.12 0.03 0.13 0.14 0.14
N1 0.02 0.01 0.12 0.18 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.26 0.03 0.08 0.01 0.09 0.14 0.13
N2 0.04 0.01 0.13 0.16 0.02 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.10 0.23 0.02 0.06 0.05 0.04 0.11 0.09
N3 0.04 0.01 0.11 0.14 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.18 0.01 0.05 0.02 0.04 0.10 0.08
N7 0.01 0.04 0.05 0.14 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.20 0.04 0.12 0.04 0.15 0.18 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.08 0.01 0.08 0.10 0.09
O2' 0.03 0.08 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.02 0.07 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.08 0.04 0.05
O3' 0.00 0.22 0.01 0.01 0.18 0.00 0.23 0.05 0.26 0.14 0.26 0.23 0.18 0.20 0.11 0.05 0.00 0.01 0.22 0.28 0.21 0.26 0.22
O4' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05
O5' 0.06 0.07 0.02 0.12 0.07 0.02 0.10 0.01 0.10 0.12 0.08 0.06 0.05 0.12 0.08 0.05 0.22 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.03 0.10 0.18 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.28 0.05 0.11 0.00 0.14 0.18 0.17
OP1 0.06 0.06 0.03 0.08 0.08 0.02 0.12 0.04 0.12 0.13 0.09 0.04 0.04 0.15 0.08 0.08 0.21 0.05 0.00 0.14 0.00 0.03 0.01
OP2 0.07 0.12 0.02 0.12 0.12 0.01 0.15 0.02 0.16 0.14 0.14 0.11 0.10 0.18 0.10 0.04 0.26 0.06 0.01 0.18 0.03 0.00 0.02
P 0.06 0.10 0.01 0.10 0.10 0.01 0.14 0.01 0.15 0.14 0.13 0.09 0.08 0.16 0.09 0.05 0.22 0.05 0.00 0.17 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.64 0.79 0.51 0.32 1.01 0.45 1.44 0.51 1.48 1.51 1.14 0.68 1.84 1.78 1.02 0.84 0.40 1.11 0.03 0.39 0.16 0.25
C2 0.48 0.46 0.52 0.29 0.63 0.44 0.87 0.45 0.85 1.00 0.64 0.42 1.02 1.10 0.68 0.58 0.19 0.96 0.09 0.42 0.15 0.28
C2' 0.83 0.98 0.34 0.14 1.18 0.60 1.58 0.58 1.62 1.62 1.30 0.89 1.95 1.88 1.18 0.69 0.22 1.27 0.01 0.31 0.09 0.18
C3' 0.89 1.08 0.28 0.12 1.24 0.61 1.61 0.54 1.67 1.61 1.39 0.97 1.99 1.87 1.22 0.60 0.20 1.29 0.03 0.25 0.04 0.14
C4 0.60 0.65 0.48 0.31 0.84 0.45 1.14 0.44 1.15 1.24 0.89 0.59 1.39 1.41 0.87 0.60 0.28 1.05 0.10 0.41 0.17 0.30
C4' 0.75 0.93 0.43 0.25 1.14 0.52 1.57 0.53 1.63 1.59 1.29 0.82 2.00 1.88 1.13 0.79 0.35 1.20 0.02 0.38 0.13 0.24
C5 0.59 0.61 0.44 0.32 0.76 0.41 0.99 0.34 1.00 1.07 0.80 0.56 1.19 1.20 0.78 0.44 0.24 0.99 0.14 0.39 0.14 0.30
C5' 0.80 0.97 0.38 0.24 1.16 0.54 1.56 0.53 1.62 1.58 1.31 0.86 1.98 1.85 1.15 0.69 0.32 1.23 0.08 0.42 0.16 0.29
C6 0.51 0.48 0.44 0.32 0.60 0.36 0.76 0.26 0.75 0.83 0.61 0.46 0.88 0.90 0.62 0.32 0.18 0.89 0.15 0.35 0.12 0.27
C8 0.68 0.77 0.43 0.31 0.95 0.45 1.26 0.41 1.29 1.32 1.03 0.70 1.55 1.51 0.96 0.54 0.31 1.09 0.13 0.41 0.17 0.32
N1 0.46 0.41 0.48 0.30 0.54 0.38 0.69 0.31 0.67 0.78 0.53 0.39 0.79 0.85 0.57 0.39 0.15 0.87 0.13 0.38 0.12 0.28
N2 0.40 0.35 0.57 0.25 0.53 0.47 0.75 0.54 0.71 0.92 0.51 0.32 0.87 0.99 0.59 0.66 0.14 0.92 0.08 0.45 0.16 0.29
N3 0.57 0.60 0.51 0.28 0.81 0.47 1.12 0.51 1.11 1.25 0.84 0.54 1.35 1.41 0.85 0.69 0.26 1.05 0.08 0.43 0.18 0.29
N7 0.64 0.69 0.42 0.32 0.84 0.42 1.09 0.33 1.10 1.14 0.90 0.64 1.31 1.29 0.85 0.42 0.26 1.03 0.15 0.39 0.15 0.31
N9 0.66 0.76 0.46 0.30 0.96 0.46 1.32 0.47 1.34 1.39 1.05 0.68 1.63 1.60 0.98 0.66 0.32 1.11 0.09 0.41 0.18 0.30
O2' 0.82 1.00 0.35 0.10 1.23 0.64 1.69 0.67 1.75 1.73 1.38 0.89 2.14 2.04 1.23 0.83 0.23 1.27 0.02 0.36 0.14 0.21
O3' 0.98 1.22 0.19 0.02 1.35 0.67 1.71 0.56 1.79 1.67 1.53 1.11 2.12 1.94 1.31 0.55 0.11 1.35 0.09 0.19 0.05 0.07
O4' 0.63 0.80 0.53 0.35 1.03 0.43 1.48 0.51 1.53 1.53 1.17 0.68 1.92 1.82 1.03 0.88 0.44 1.10 0.06 0.44 0.19 0.30
O5' 0.85 0.97 0.31 0.18 1.14 0.58 1.48 0.53 1.52 1.51 1.25 0.88 1.82 1.73 1.14 0.51 0.22 1.26 0.15 0.45 0.19 0.34
O6 0.47 0.43 0.41 0.33 0.51 0.32 0.61 0.17 0.60 0.65 0.51 0.42 0.69 0.70 0.53 0.19 0.15 0.80 0.18 0.29 0.13 0.26
OP1 0.94 1.07 0.22 0.12 1.22 0.64 1.52 0.53 1.58 1.53 1.33 0.98 1.85 1.73 1.21 0.40 0.16 1.33 0.17 0.43 0.18 0.33
OP2 0.93 1.01 0.17 0.10 1.14 0.63 1.38 0.48 1.41 1.40 1.22 0.95 1.63 1.55 1.14 0.22 0.08 1.29 0.24 0.44 0.22 0.38
P 0.89 1.00 0.25 0.15 1.16 0.60 1.46 0.51 1.51 1.48 1.26 0.92 1.78 1.68 1.15 0.40 0.18 1.28 0.20 0.47 0.22 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.33 0.00 0.43 0.27 0.40 0.07
C2 0.01 0.00 0.31 0.38 0.01 0.13 0.02 0.16 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.29 0.05 0.05 0.43 0.28 0.25 0.19
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.18 0.02 0.12 0.19 0.18 0.07 0.26 0.31 0.15 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.72 0.67 0.38 0.53
C3' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.37 0.01 0.45 0.02 0.49 0.34 0.46 0.32 0.54 0.43 0.27 0.03 0.01 0.04 0.35 0.47 0.12 0.22
C4 0.01 0.01 0.18 0.37 0.00 0.14 0.01 0.14 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.30 0.02 0.02 0.46 0.29 0.31 0.20
C4' 0.00 0.13 0.02 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.22 0.18 0.18 0.10 0.25 0.22 0.11 0.34 0.01 0.00 0.01 0.18 0.57 0.19
C5 0.01 0.02 0.12 0.45 0.01 0.20 0.00 0.22 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.37 0.14 0.03 0.47 0.27 0.31 0.25
C5' 0.06 0.16 0.19 0.02 0.14 0.00 0.22 0.00 0.26 0.15 0.22 0.11 0.30 0.23 0.07 0.13 0.24 0.01 0.01 0.33 0.48 0.04
C6 0.01 0.02 0.18 0.49 0.01 0.22 0.01 0.26 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.39 0.17 0.02 0.45 0.26 0.28 0.25
C8 0.03 0.04 0.07 0.34 0.03 0.18 0.03 0.15 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.29 0.11 0.09 0.52 0.30 0.39 0.25
N1 0.00 0.01 0.26 0.46 0.01 0.18 0.01 0.22 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.36 0.09 0.03 0.44 0.27 0.25 0.23
N3 0.01 0.00 0.31 0.32 0.01 0.10 0.03 0.11 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.24 0.12 0.06 0.42 0.28 0.28 0.16
N6 0.02 0.02 0.15 0.54 0.02 0.25 0.01 0.30 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.42 0.25 0.04 0.44 0.24 0.29 0.27
N7 0.02 0.03 0.02 0.43 0.02 0.22 0.01 0.23 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.37 0.20 0.07 0.49 0.28 0.35 0.28
N9 0.00 0.02 0.03 0.27 0.02 0.11 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.24 0.06 0.01 0.50 0.31 0.35 0.20
O2' 0.00 0.29 0.00 0.03 0.30 0.34 0.37 0.13 0.39 0.29 0.36 0.24 0.42 0.37 0.24 0.00 0.02 0.22 0.29 0.24 0.21 0.13
O3' 0.33 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.14 0.24 0.17 0.11 0.09 0.12 0.25 0.20 0.06 0.02 0.00 0.21 0.11 0.08 0.26 0.15
O4' 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.06 0.04 0.07 0.01 0.22 0.21 0.00 0.14 0.07 0.83 0.26
O5' 0.43 0.43 0.72 0.35 0.46 0.01 0.47 0.01 0.45 0.52 0.44 0.42 0.44 0.49 0.50 0.29 0.11 0.14 0.00 0.01 0.03 0.02
OP1 0.27 0.28 0.67 0.47 0.29 0.18 0.27 0.33 0.26 0.30 0.27 0.28 0.24 0.28 0.31 0.24 0.08 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.25 0.38 0.12 0.31 0.57 0.31 0.48 0.28 0.39 0.25 0.28 0.29 0.35 0.35 0.21 0.26 0.83 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.07 0.19 0.53 0.22 0.20 0.19 0.25 0.04 0.25 0.25 0.23 0.16 0.27 0.28 0.20 0.13 0.15 0.26 0.02 0.01 0.02 0.00