ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53586

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N9 A 0, -0.002, 0.010, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.050, 0.120, 0.190, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.120 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.054, 0.128, 0.202, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.128 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.029, 0.106, 0.182, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.106 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.052, 0.129, 0.207, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.129 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.053, 0.142, 0.231, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.142 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.086, 0.226, 0.365, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.226 std_dev=0.139
C5' A 0, 0.116, 0.279, 0.442, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.279 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.165, 0.405, 0.644, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.405 std_dev=0.240
O3' B 0, 0.163, 0.403, 0.643, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.403 std_dev=0.240
C3' B 0, 0.161, 0.403, 0.645, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.403 std_dev=0.242
C6 B 0, 0.185, 0.440, 0.695, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.440 std_dev=0.255
OP2 B 0, 0.147, 0.405, 0.663, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.405 std_dev=0.258
C4 B 0, 0.187, 0.446, 0.705, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.446 std_dev=0.259
N9 B 0, 0.191, 0.454, 0.717, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.454 std_dev=0.263
N6 B 0, 0.193, 0.460, 0.726, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.460 std_dev=0.267
C2' B 0, 0.157, 0.428, 0.700, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.428 std_dev=0.271
N7 B 0, 0.115, 0.391, 0.668, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.391 std_dev=0.276
C8 B 0, 0.149, 0.426, 0.703, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.426 std_dev=0.277
O5' B 0, 0.160, 0.456, 0.752, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.456 std_dev=0.296
N1 B 0, 0.210, 0.511, 0.813, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.511 std_dev=0.301
N3 B 0, 0.209, 0.522, 0.834, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.522 std_dev=0.312
C1' B 0, 0.216, 0.536, 0.857, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.536 std_dev=0.320
O5' A 0, 0.092, 0.415, 0.737, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.415 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.223, 0.547, 0.871, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.547 std_dev=0.324
C4' B 0, 0.233, 0.565, 0.897, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.565 std_dev=0.332
O2' B 0, 0.199, 0.537, 0.874, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.537 std_dev=0.338
OP1 A 0, 0.171, 0.511, 0.850, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.511 std_dev=0.340
P B 0, 0.128, 0.476, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.476 std_dev=0.348
O4' B 0, 0.253, 0.612, 0.971, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.612 std_dev=0.359
P A 0, 0.128, 0.493, 0.858, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.493 std_dev=0.365
C5' B 0, 0.267, 0.633, 0.999, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.633 std_dev=0.366
OP1 B 0, 0.147, 0.579, 1.011, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.579 std_dev=0.432
OP2 A 0, 0.093, 0.610, 1.127, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.610 std_dev=0.517

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.18 0.02 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.02 0.13 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.05 0.17 0.05
C4 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.01 0.16 0.05 0.10
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.07 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.08 0.01 0.22 0.12 0.14
C5' 0.03 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.15 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.07 0.00 0.24 0.12 0.14
C8 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.10 0.01 0.17 0.12 0.15
N1 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.01 0.22 0.08 0.12
N2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.16 0.01 0.07
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.14 0.01 0.07
N7 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.11 0.01 0.24 0.17 0.18
N9 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.12 0.04 0.08
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.11 0.03 0.04 0.17 0.05
O3' 0.06 0.06 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.00 0.04 0.10 0.06 0.07 0.26 0.09
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.06
O5' 0.01 0.03 0.09 0.10 0.04 0.01 0.08 0.00 0.07 0.10 0.05 0.02 0.02 0.11 0.04 0.11 0.10 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.09 0.00 0.26 0.16 0.16
OP1 0.05 0.18 0.02 0.05 0.16 0.08 0.22 0.15 0.24 0.17 0.22 0.16 0.14 0.24 0.12 0.04 0.07 0.01 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.02 0.13 0.17 0.05 0.07 0.12 0.01 0.12 0.12 0.08 0.01 0.01 0.17 0.04 0.17 0.26 0.02 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.03 0.05 0.10 0.01 0.14 0.01 0.14 0.15 0.12 0.07 0.07 0.18 0.08 0.05 0.09 0.06 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.16 0.10 0.15 0.04 0.14 0.04 0.18 0.13 0.10 0.18 0.09 0.15 0.06 0.04 0.07 0.14 0.11 0.05 0.04 0.05 0.04
C2 0.06 0.12 0.10 0.15 0.07 0.13 0.13 0.16 0.19 0.03 0.17 0.06 0.26 0.11 0.03 0.09 0.14 0.10 0.05 0.03 0.04 0.04
C2' 0.05 0.18 0.08 0.13 0.07 0.13 0.08 0.17 0.17 0.06 0.21 0.11 0.20 0.02 0.02 0.06 0.13 0.10 0.05 0.05 0.05 0.05
C3' 0.07 0.17 0.10 0.15 0.04 0.16 0.04 0.19 0.13 0.11 0.19 0.10 0.14 0.07 0.05 0.08 0.15 0.13 0.06 0.04 0.05 0.05
C4 0.04 0.15 0.08 0.13 0.06 0.12 0.09 0.15 0.17 0.04 0.19 0.09 0.22 0.02 0.01 0.06 0.12 0.09 0.04 0.03 0.04 0.03
C4' 0.09 0.14 0.11 0.16 0.02 0.16 0.02 0.20 0.07 0.16 0.15 0.08 0.06 0.13 0.08 0.09 0.16 0.14 0.06 0.04 0.05 0.04
C5 0.04 0.16 0.07 0.11 0.07 0.10 0.10 0.13 0.19 0.03 0.20 0.10 0.25 0.04 0.02 0.06 0.10 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04
C5' 0.08 0.14 0.11 0.16 0.02 0.16 0.04 0.20 0.05 0.17 0.14 0.08 0.03 0.16 0.09 0.08 0.16 0.13 0.07 0.04 0.08 0.05
C6 0.03 0.13 0.07 0.11 0.08 0.09 0.14 0.11 0.21 0.03 0.19 0.08 0.30 0.11 0.02 0.07 0.10 0.07 0.04 0.05 0.06 0.04
C8 0.05 0.18 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.13 0.15 0.07 0.21 0.12 0.17 0.05 0.04 0.05 0.10 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04
N1 0.05 0.11 0.09 0.13 0.07 0.12 0.15 0.13 0.20 0.05 0.17 0.06 0.28 0.15 0.02 0.08 0.13 0.09 0.05 0.05 0.06 0.04
N2 0.08 0.11 0.12 0.16 0.07 0.15 0.14 0.17 0.19 0.07 0.16 0.06 0.25 0.15 0.05 0.11 0.16 0.12 0.07 0.02 0.02 0.05
N3 0.05 0.14 0.09 0.14 0.06 0.13 0.10 0.16 0.18 0.03 0.18 0.08 0.23 0.05 0.02 0.08 0.14 0.10 0.04 0.03 0.03 0.03
N7 0.05 0.18 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09 0.12 0.17 0.06 0.21 0.12 0.21 0.04 0.04 0.06 0.09 0.07 0.04 0.04 0.06 0.04
N9 0.04 0.17 0.08 0.12 0.06 0.11 0.07 0.15 0.15 0.06 0.20 0.11 0.18 0.03 0.02 0.05 0.12 0.09 0.04 0.04 0.04 0.03
O2' 0.05 0.17 0.09 0.14 0.07 0.14 0.10 0.18 0.19 0.04 0.22 0.10 0.23 0.03 0.02 0.07 0.14 0.11 0.07 0.06 0.06 0.07
O3' 0.03 0.20 0.05 0.10 0.08 0.10 0.08 0.14 0.17 0.06 0.22 0.13 0.18 0.02 0.01 0.03 0.09 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04
O4' 0.08 0.14 0.11 0.16 0.01 0.16 0.02 0.19 0.07 0.15 0.15 0.08 0.06 0.13 0.08 0.08 0.16 0.13 0.06 0.04 0.05 0.03
O5' 0.12 0.37 0.08 0.02 0.21 0.01 0.19 0.05 0.28 0.04 0.37 0.29 0.28 0.07 0.13 0.12 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.06
O6 0.03 0.12 0.06 0.09 0.09 0.07 0.16 0.08 0.23 0.06 0.18 0.08 0.33 0.14 0.05 0.06 0.08 0.05 0.03 0.06 0.06 0.03
OP1 0.25 0.47 0.24 0.19 0.32 0.17 0.30 0.13 0.38 0.17 0.47 0.40 0.37 0.18 0.25 0.26 0.21 0.19 0.22 0.18 0.17 0.21
OP2 0.20 0.50 0.18 0.10 0.30 0.07 0.27 0.02 0.38 0.09 0.50 0.41 0.36 0.12 0.20 0.22 0.10 0.11 0.10 0.05 0.03 0.07
P 0.18 0.43 0.16 0.09 0.27 0.08 0.25 0.03 0.34 0.10 0.44 0.35 0.33 0.13 0.19 0.18 0.10 0.11 0.12 0.08 0.07 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.09 0.03 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.06 0.06 0.06 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.09 0.03 0.05 0.03 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.11 0.09
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.12 0.13 0.10 0.15
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.18 0.21 0.19 0.23
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.10 0.02 0.01 0.06 0.10 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.16 0.18 0.18 0.21
C8 0.00 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.27 0.30 0.24 0.30
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.10 0.11 0.11 0.15
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.05 0.05 0.04 0.09
N6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.18 0.23 0.22 0.24
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.27 0.31 0.30 0.32
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.15 0.16 0.11 0.17
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01
O3' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.04 0.08 0.04 0.09 0.03 0.04 0.00 0.01 0.12 0.16 0.13 0.13
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.13 0.03 0.10
O5' 0.07 0.06 0.03 0.09 0.12 0.01 0.18 0.00 0.16 0.27 0.10 0.05 0.18 0.27 0.15 0.03 0.12 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.09 0.06 0.04 0.10 0.13 0.04 0.21 0.06 0.18 0.30 0.11 0.05 0.23 0.31 0.16 0.03 0.16 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.06 0.07 0.11 0.10 0.04 0.19 0.03 0.18 0.24 0.11 0.04 0.22 0.30 0.11 0.06 0.13 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.10 0.02 0.09 0.15 0.01 0.23 0.01 0.21 0.30 0.15 0.09 0.24 0.32 0.17 0.01 0.13 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00