ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53588

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.003, 0.025, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.045, 0.154, 0.263, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.154 std_dev=0.109
C2' A 0, 0.056, 0.198, 0.340, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.198 std_dev=0.142
C4' A 0, 0.070, 0.242, 0.413, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.242 std_dev=0.172
O2' A 0, 0.078, 0.275, 0.472, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.275 std_dev=0.197
C3' A 0, 0.083, 0.291, 0.499, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.291 std_dev=0.208
C3' B 0, 0.092, 0.313, 0.534, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.313 std_dev=0.221
C4' B 0, 0.082, 0.318, 0.554, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.318 std_dev=0.236
N6 B 0, 0.111, 0.393, 0.675, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.393 std_dev=0.282
C5' A 0, 0.124, 0.429, 0.735, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.429 std_dev=0.305
O3' A 0, 0.126, 0.444, 0.762, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.444 std_dev=0.318
C6 B 0, 0.132, 0.469, 0.805, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.469 std_dev=0.337
C2' B 0, 0.120, 0.472, 0.823, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.472 std_dev=0.351
C5' B 0, 0.142, 0.495, 0.847, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.495 std_dev=0.352
N1 B 0, 0.148, 0.516, 0.884, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.516 std_dev=0.368
C5 B 0, 0.151, 0.538, 0.924, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.538 std_dev=0.386
O2' B 0, 0.139, 0.526, 0.912, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.526 std_dev=0.386
C2 B 0, 0.157, 0.547, 0.937, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.547 std_dev=0.390
O5' A 0, 0.152, 0.543, 0.934, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.543 std_dev=0.391
P A 0, 0.144, 0.538, 0.933, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.538 std_dev=0.394
N3 B 0, 0.159, 0.554, 0.949, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.554 std_dev=0.395
OP1 B 0, 0.162, 0.560, 0.958, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.560 std_dev=0.398
C4 B 0, 0.159, 0.560, 0.960, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.560 std_dev=0.401
OP1 A 0, 0.141, 0.545, 0.949, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.545 std_dev=0.404
P B 0, 0.145, 0.550, 0.955, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.550 std_dev=0.405
OP2 A 0, 0.153, 0.572, 0.992, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.572 std_dev=0.420
C1' B 0, 0.167, 0.594, 1.020, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.594 std_dev=0.426
N7 B 0, 0.172, 0.610, 1.048, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.610 std_dev=0.438
N9 B 0, 0.177, 0.622, 1.066, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.622 std_dev=0.445
O4' B 0, 0.181, 0.633, 1.085, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.633 std_dev=0.452
C8 B 0, 0.192, 0.672, 1.152, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.672 std_dev=0.480
O5' B 0, 0.203, 0.701, 1.200, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.701 std_dev=0.499
O3' B 0, 0.231, 0.804, 1.376, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.804 std_dev=0.573
OP2 B 0, 0.251, 0.916, 1.580, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.916 std_dev=0.665

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04
C8 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.02 0.05 0.03 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03
N2 0.02 0.01 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.09 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04
N3 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.04 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.04 0.09 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.04
O5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.07 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.06
OP1 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.17 0.04 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.14 0.23 0.06 0.26 0.04 0.04 0.08
C2 0.16 0.08 0.10 0.04 0.12 0.03 0.07 0.17 0.04 0.10 0.05 0.12 0.04 0.06 0.13 0.17 0.20 0.12 0.25 0.07 0.06 0.08
C2' 0.11 0.02 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.14 0.03 0.09 0.04 0.04 0.04 0.07 0.08 0.16 0.22 0.09 0.22 0.06 0.03 0.06
C3' 0.09 0.03 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.14 0.04 0.08 0.04 0.02 0.05 0.07 0.07 0.16 0.24 0.07 0.21 0.07 0.03 0.05
C4 0.09 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.18 0.06 0.02 0.05 0.03 0.08 0.02 0.04 0.14 0.24 0.04 0.27 0.07 0.06 0.08
C4' 0.08 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.16 0.03 0.06 0.05 0.01 0.03 0.05 0.05 0.15 0.24 0.05 0.24 0.05 0.03 0.06
C5 0.04 0.06 0.03 0.04 0.04 0.01 0.08 0.19 0.11 0.05 0.09 0.03 0.11 0.08 0.02 0.11 0.26 0.01 0.27 0.10 0.08 0.08
C5' 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.18 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.13 0.25 0.01 0.25 0.05 0.05 0.08
C6 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.08 0.19 0.09 0.06 0.06 0.01 0.10 0.09 0.03 0.11 0.27 0.02 0.26 0.13 0.08 0.07
C8 0.02 0.11 0.02 0.03 0.06 0.02 0.09 0.19 0.12 0.05 0.14 0.07 0.12 0.08 0.04 0.10 0.27 0.02 0.27 0.08 0.08 0.09
N1 0.12 0.06 0.08 0.05 0.06 0.01 0.03 0.18 0.03 0.02 0.02 0.09 0.07 0.03 0.07 0.15 0.23 0.07 0.25 0.12 0.07 0.07
N2 0.20 0.11 0.14 0.06 0.17 0.06 0.13 0.16 0.07 0.18 0.08 0.15 0.02 0.13 0.19 0.19 0.15 0.18 0.24 0.03 0.05 0.08
N3 0.13 0.06 0.08 0.03 0.09 0.02 0.06 0.17 0.03 0.08 0.03 0.09 0.04 0.05 0.10 0.16 0.20 0.10 0.26 0.04 0.05 0.08
N7 0.01 0.13 0.02 0.04 0.10 0.02 0.12 0.19 0.15 0.08 0.16 0.10 0.14 0.11 0.07 0.09 0.28 0.05 0.27 0.10 0.09 0.09
N9 0.07 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.18 0.08 0.02 0.09 0.01 0.09 0.03 0.02 0.12 0.24 0.03 0.27 0.06 0.06 0.09
O2' 0.14 0.02 0.09 0.04 0.08 0.05 0.07 0.12 0.03 0.12 0.03 0.05 0.03 0.10 0.11 0.16 0.20 0.13 0.20 0.05 0.01 0.04
O3' 0.09 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.13 0.05 0.09 0.05 0.02 0.06 0.09 0.07 0.14 0.21 0.07 0.20 0.07 0.03 0.05
O4' 0.08 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.18 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.14 0.25 0.04 0.26 0.03 0.05 0.09
O5' 0.04 0.08 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.18 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.04 0.13 0.26 0.03 0.25 0.07 0.07 0.07
O6 0.04 0.05 0.05 0.08 0.10 0.05 0.12 0.19 0.11 0.11 0.07 0.06 0.11 0.13 0.09 0.10 0.29 0.10 0.24 0.16 0.10 0.08
OP1 0.04 0.11 0.04 0.04 0.07 0.05 0.07 0.19 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.25 0.06 0.26 0.07 0.09 0.09
OP2 0.04 0.11 0.03 0.05 0.07 0.04 0.07 0.18 0.07 0.07 0.09 0.10 0.07 0.07 0.07 0.10 0.28 0.07 0.24 0.11 0.09 0.07
P 0.03 0.10 0.03 0.04 0.06 0.03 0.06 0.18 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07 0.06 0.06 0.11 0.27 0.05 0.25 0.09 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.11 0.00 0.01 0.33 0.02 0.11
C2 0.06 0.00 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.32 0.01 0.13 0.20 0.06 0.03
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.06 0.09 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.24 0.09 0.06
C3' 0.03 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.12 0.06 0.12 0.07 0.12 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.23 0.07
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.01 0.13 0.22 0.06 0.03
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.02 0.04 0.08 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.07 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02 0.19 0.14 0.10 0.06
C5' 0.01 0.08 0.04 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.16 0.13 0.12 0.06 0.20 0.17 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.02 0.21 0.09 0.12 0.09
C8 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.15 0.21 0.09 0.05
N1 0.05 0.01 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.18 0.25 0.02 0.18 0.13 0.09 0.05
N3 0.05 0.01 0.09 0.12 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.31 0.01 0.09 0.25 0.03 0.05
N6 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.10 0.03 0.26 0.03 0.17 0.15
N7 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.21 0.11 0.12 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.09 0.27 0.05 0.07
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.12 0.01 0.09 0.04 0.12 0.01 0.18 0.18 0.10 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.07 0.25 0.12 0.05
O3' 0.11 0.32 0.02 0.01 0.18 0.02 0.10 0.01 0.15 0.04 0.25 0.31 0.10 0.02 0.09 0.02 0.00 0.06 0.02 0.14 0.30 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.39 0.06 0.17
O5' 0.01 0.13 0.06 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.21 0.15 0.18 0.09 0.26 0.21 0.09 0.07 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.33 0.20 0.24 0.12 0.22 0.23 0.14 0.09 0.09 0.21 0.13 0.25 0.03 0.11 0.27 0.25 0.14 0.39 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.06 0.09 0.23 0.06 0.07 0.10 0.02 0.12 0.09 0.09 0.03 0.17 0.12 0.05 0.12 0.30 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.11 0.03 0.06 0.07 0.03 0.05 0.06 0.02 0.09 0.05 0.05 0.05 0.15 0.08 0.07 0.05 0.08 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00