ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53589

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, -0.005, 0.020, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.026
C6 A 0, 0.005, 0.032, 0.059, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.027
C5 A 0, -0.002, 0.030, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.030 std_dev=0.032
C1' A 0, -0.002, 0.030, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.030 std_dev=0.032
N1 A 0, -0.003, 0.039, 0.081, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.039 std_dev=0.042
N3 A 0, -0.006, 0.043, 0.092, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.043 std_dev=0.049
N9 A 0, -0.006, 0.048, 0.103, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.048 std_dev=0.055
C4 A 0, -0.010, 0.046, 0.103, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.046 std_dev=0.056
O6 A 0, 0.001, 0.060, 0.118, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.060 std_dev=0.059
N2 A 0, -0.014, 0.046, 0.106, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.046 std_dev=0.060
N7 A 0, -0.004, 0.063, 0.130, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.063 std_dev=0.067
C8 A 0, -0.018, 0.087, 0.193, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.087 std_dev=0.106
P B 0, -0.008, 0.164, 0.336, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.164 std_dev=0.172
O4' A 0, -0.048, 0.155, 0.357, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.155 std_dev=0.202
OP2 B 0, -0.054, 0.236, 0.527, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.236 std_dev=0.291
OP2 A 0, -0.048, 0.286, 0.621, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.286 std_dev=0.334
O5' A 0, -0.071, 0.268, 0.606, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.268 std_dev=0.339
P A 0, -0.067, 0.316, 0.698, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.316 std_dev=0.383
C2' A 0, -0.102, 0.283, 0.669, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.283 std_dev=0.386
C3' A 0, -0.106, 0.291, 0.688, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.291 std_dev=0.397
C4' A 0, -0.126, 0.341, 0.808, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.341 std_dev=0.467
O2' A 0, -0.148, 0.424, 0.996, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.424 std_dev=0.572
O3' A 0, -0.160, 0.455, 1.070, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.455 std_dev=0.615
OP1 A 0, -0.124, 0.504, 1.132, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.504 std_dev=0.628
C5' A 0, -0.244, 0.633, 1.510, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.633 std_dev=0.877
OP1 B 0, -0.253, 0.775, 1.804, 2.229 max_d=2.229 avg_d=0.775 std_dev=1.029
O5' B 0, -0.356, 1.023, 2.402, 2.972 max_d=2.972 avg_d=1.023 std_dev=1.379
C5' B 0, -0.594, 1.511, 3.615, 4.487 max_d=4.487 avg_d=1.511 std_dev=2.105
C4' B 0, -0.957, 2.385, 5.726, 7.110 max_d=7.110 avg_d=2.385 std_dev=3.342
C8 B 0, -0.990, 2.437, 5.865, 7.284 max_d=7.284 avg_d=2.437 std_dev=3.427
O4' B 0, -1.071, 2.624, 6.320, 7.850 max_d=7.850 avg_d=2.624 std_dev=3.695
C3' B 0, -1.088, 2.720, 6.528, 8.106 max_d=8.106 avg_d=2.720 std_dev=3.808
N7 B 0, -1.102, 2.717, 6.537, 8.118 max_d=8.118 avg_d=2.717 std_dev=3.819
O3' B 0, -1.128, 2.855, 6.838, 8.487 max_d=8.487 avg_d=2.855 std_dev=3.983
N9 B 0, -1.258, 3.085, 7.428, 9.226 max_d=9.226 avg_d=3.085 std_dev=4.343
C1' B 0, -1.325, 3.260, 7.845, 9.744 max_d=9.744 avg_d=3.260 std_dev=4.585
C5 B 0, -1.417, 3.486, 8.390, 10.421 max_d=10.421 avg_d=3.486 std_dev=4.904
C2' B 0, -1.423, 3.523, 8.469, 10.518 max_d=10.518 avg_d=3.523 std_dev=4.946
C4 B 0, -1.503, 3.711, 8.925, 11.085 max_d=11.085 avg_d=3.711 std_dev=5.214
O2' B 0, -1.664, 4.107, 9.878, 12.269 max_d=12.269 avg_d=4.107 std_dev=5.771
C6 B 0, -1.676, 4.142, 9.960, 12.370 max_d=12.370 avg_d=4.142 std_dev=5.818
N6 B 0, -1.687, 4.219, 10.125, 12.571 max_d=12.571 avg_d=4.219 std_dev=5.906
N3 B 0, -1.799, 4.481, 10.761, 13.362 max_d=13.362 avg_d=4.481 std_dev=6.280
N1 B 0, -1.949, 4.835, 11.619, 14.429 max_d=14.429 avg_d=4.835 std_dev=6.784
C2 B 0, -1.986, 4.944, 11.874, 14.745 max_d=14.745 avg_d=4.944 std_dev=6.930

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.28 0.01 0.32 0.02 0.20
C2 0.04 0.00 0.17 0.23 0.01 0.07 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.32 0.00 0.32 0.01 0.27 0.07 0.15
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.05 0.04 0.05 0.17 0.02 0.15 0.07 0.25 0.20 0.14 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.07 0.11 0.29 0.05
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.15 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.18 0.28 0.23 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.09 0.23 0.07
C4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.02 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.19 0.02 0.30 0.01 0.24 0.06 0.13
C4' 0.01 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.09 0.19 0.01 0.14 0.08 0.19 0.07 0.26 0.08 0.00 0.03 0.13 0.18 0.21 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.10 0.00 0.50 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.12 0.02 0.25 0.01 0.13 0.14 0.05
C5' 0.16 0.27 0.17 0.01 0.36 0.01 0.50 0.00 0.50 0.57 0.39 0.18 0.22 0.61 0.37 0.12 0.14 0.04 0.00 0.57 0.40 0.33 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.09 0.01 0.50 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.16 0.02 0.24 0.00 0.10 0.18 0.02
C8 0.02 0.01 0.15 0.01 0.01 0.19 0.01 0.57 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.16 0.00 0.01 0.26 0.02 0.15 0.08 0.07
N1 0.03 0.01 0.07 0.18 0.01 0.01 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.25 0.01 0.27 0.01 0.18 0.14 0.08
N2 0.07 0.00 0.25 0.28 0.02 0.14 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.39 0.02 0.34 0.01 0.32 0.05 0.19
N3 0.05 0.01 0.20 0.23 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.31 0.01 0.33 0.02 0.31 0.03 0.18
N7 0.01 0.02 0.14 0.03 0.02 0.19 0.01 0.61 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.20 0.02 0.01 0.22 0.02 0.07 0.16 0.02
N9 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.31 0.01 0.26 0.02 0.16
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.10 0.26 0.18 0.12 0.19 0.16 0.12 0.06 0.01 0.20 0.10 0.00 0.09 0.12 0.13 0.22 0.31 0.16 0.13
O3' 0.04 0.32 0.07 0.01 0.19 0.08 0.12 0.14 0.16 0.00 0.25 0.39 0.31 0.02 0.09 0.09 0.00 0.03 0.26 0.12 0.05 0.36 0.21
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.03 0.00 0.40 0.03 0.43 0.17 0.32
O5' 0.28 0.32 0.01 0.07 0.30 0.03 0.25 0.00 0.24 0.26 0.27 0.34 0.33 0.22 0.31 0.13 0.26 0.40 0.00 0.19 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.13 0.01 0.57 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.22 0.12 0.03 0.19 0.00 0.03 0.24 0.05
OP1 0.32 0.27 0.11 0.09 0.24 0.18 0.13 0.40 0.10 0.15 0.18 0.32 0.31 0.07 0.26 0.31 0.05 0.43 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.07 0.29 0.23 0.06 0.21 0.14 0.33 0.18 0.08 0.14 0.05 0.03 0.16 0.02 0.16 0.36 0.17 0.02 0.24 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.15 0.05 0.07 0.13 0.03 0.05 0.01 0.02 0.07 0.08 0.19 0.18 0.02 0.16 0.13 0.21 0.32 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.44 3.14 1.55 1.24 2.47 0.72 2.79 0.34 3.38 1.75 3.49 2.67 3.78 2.33 1.88 1.37 1.11 0.89 0.63 0.42 0.04 0.13
C2 0.72 1.68 0.83 0.73 1.45 0.28 1.75 0.06 1.97 1.25 1.90 1.44 2.18 1.71 1.13 0.62 0.62 0.33 0.47 0.17 0.11 0.17
C2' 1.06 2.51 1.11 0.86 1.91 0.47 2.12 0.15 2.63 1.23 2.77 2.11 2.91 1.69 1.39 1.00 0.75 0.62 0.37 0.67 0.18 0.06
C3' 0.96 2.55 1.04 0.79 1.84 0.37 2.05 0.06 2.62 1.11 2.82 2.09 2.92 1.57 1.29 0.92 0.70 0.50 0.28 0.72 0.25 0.12
C4 0.82 2.19 0.96 0.81 1.77 0.27 2.16 0.03 2.58 1.37 2.53 1.82 2.95 1.96 1.30 0.70 0.69 0.34 0.46 0.20 0.09 0.16
C4' 1.28 3.07 1.41 1.12 2.28 0.61 2.53 0.24 3.18 1.49 3.40 2.55 3.55 2.01 1.67 1.27 1.02 0.74 0.50 0.56 0.04 0.03
C5 0.29 1.64 0.46 0.40 1.26 0.16 1.70 0.28 2.12 0.98 2.03 1.26 2.55 1.58 0.82 0.14 0.30 0.15 0.25 0.06 0.09 0.14
C5' 1.29 2.98 1.46 1.24 2.26 0.71 2.54 0.42 3.15 1.59 3.32 2.48 3.54 2.11 1.70 1.26 1.16 0.78 0.73 0.18 0.31 0.36
C6 0.13 1.06 0.05 0.06 0.77 0.49 1.22 0.52 1.56 0.63 1.43 0.72 1.97 1.20 0.40 0.30 0.03 0.52 0.08 0.07 0.09 0.12
C8 0.66 2.28 0.84 0.70 1.73 0.11 2.16 0.10 2.71 1.26 2.70 1.81 3.20 1.90 1.19 0.54 0.59 0.16 0.39 0.16 0.09 0.15
N1 0.07 1.08 0.22 0.21 0.85 0.28 1.22 0.36 1.48 0.74 1.37 0.80 1.79 1.23 0.53 0.06 0.13 0.30 0.17 0.03 0.10 0.13
N2 0.97 1.60 1.03 0.92 1.49 0.56 1.66 0.31 1.75 1.38 1.71 1.47 1.80 1.66 1.28 0.88 0.80 0.64 0.63 0.25 0.12 0.19
N3 1.11 2.30 1.21 1.02 1.96 0.54 2.29 0.24 2.60 1.58 2.56 2.00 2.85 2.12 1.54 1.01 0.90 0.65 0.59 0.28 0.10 0.17
N7 0.25 1.76 0.44 0.38 1.30 0.21 1.77 0.32 2.26 0.97 2.19 1.31 2.75 1.61 0.81 0.09 0.28 0.21 0.24 0.06 0.09 0.13
N9 1.02 2.60 1.16 0.96 2.05 0.40 2.43 0.12 2.96 1.51 2.97 2.16 3.39 2.12 1.51 0.92 0.84 0.50 0.52 0.25 0.09 0.16
O2' 1.61 2.95 1.59 1.26 2.36 0.97 2.46 0.57 2.91 1.61 3.11 2.60 3.02 1.97 1.87 1.56 1.14 1.19 0.68 0.57 0.02 0.15
O3' 0.82 2.28 0.88 0.62 1.57 0.28 1.69 0.02 2.21 0.82 2.48 1.87 2.41 1.18 1.07 0.82 0.54 0.42 0.13 0.93 0.41 0.26
O4' 1.56 3.45 1.71 1.38 2.66 0.80 2.97 0.39 3.66 1.85 3.83 2.91 4.10 2.45 2.01 1.53 1.27 0.95 0.69 0.36 0.10 0.18
O5' 0.80 2.70 0.95 0.70 1.89 0.14 2.21 0.16 2.89 1.16 3.09 2.14 3.32 1.73 1.26 0.73 0.60 0.26 0.21 0.61 0.24 0.14
O6 0.61 0.58 0.42 0.33 0.33 0.89 0.83 0.81 1.17 0.28 1.00 0.22 1.63 0.87 0.03 0.82 0.41 0.97 0.13 0.20 0.07 0.09
OP1 0.76 2.66 0.93 0.70 1.82 0.13 2.11 0.15 2.79 1.09 3.03 2.08 3.20 1.64 1.20 0.71 0.61 0.22 0.22 0.60 0.19 0.12
OP2 0.72 2.52 0.90 0.76 1.82 0.16 2.22 0.02 2.86 1.26 2.96 1.97 3.35 1.87 1.24 0.58 0.65 0.22 0.46 0.08 0.19 0.26
P 0.83 2.74 1.01 0.79 1.94 0.19 2.28 0.08 2.97 1.25 3.15 2.17 3.42 1.84 1.32 0.75 0.69 0.28 0.33 0.41 0.05 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.17 0.17 0.05
C2 0.01 0.00 0.15 0.15 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.20 0.03 0.08 0.68 0.14 0.10
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.02 0.07 0.07 0.12 0.15 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.10 0.04 0.06
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.14 0.12 0.14 0.03 0.10 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04
C4 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.04 0.58 0.11 0.07
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.25 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.74 0.24 0.06
C5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.42 0.30 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.04 0.85 0.29 0.08
C8 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.14 0.03 0.08 0.51 0.14 0.01
N1 0.01 0.00 0.12 0.12 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.16 0.02 0.07 0.81 0.24 0.10
N3 0.01 0.00 0.15 0.14 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.03 0.07 0.55 0.07 0.09
N6 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.05 0.02 0.04 0.96 0.38 0.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.10 0.02 0.05 0.73 0.29 0.02
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.41 0.02 0.04
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.04 0.12 0.14 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.14 0.03
O3' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.07 0.14 0.16 0.17 0.05 0.10 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.20 0.02 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.34 0.04
O5' 0.03 0.08 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.07 0.07 0.04 0.05 0.01 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.68 0.10 0.05 0.58 0.23 0.74 0.42 0.85 0.51 0.81 0.55 0.96 0.73 0.41 0.08 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.14 0.04 0.02 0.11 0.25 0.24 0.30 0.29 0.14 0.24 0.07 0.38 0.29 0.02 0.14 0.02 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.09 0.08 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00