ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53590

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.008, 0.031, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.024
O6 A 0, -0.006, 0.018, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.009, 0.033, 0.057, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.002, 0.029, 0.055, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.027
C3' A 0, 0.011, 0.057, 0.104, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.046
OP1 B 0, 0.020, 0.070, 0.120, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.070 std_dev=0.050
O2' A 0, 0.014, 0.064, 0.115, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.064 std_dev=0.051
C4' A 0, 0.002, 0.060, 0.117, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.060 std_dev=0.057
P B 0, 0.025, 0.091, 0.158, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.091 std_dev=0.067
O3' A 0, 0.018, 0.087, 0.156, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.087 std_dev=0.069
C5' B 0, 0.026, 0.105, 0.184, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.105 std_dev=0.079
O3' B 0, 0.032, 0.112, 0.191, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.112 std_dev=0.079
N9 B 0, 0.029, 0.109, 0.189, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.109 std_dev=0.080
N3 B 0, 0.009, 0.090, 0.170, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.090 std_dev=0.080
C3' B 0, 0.034, 0.115, 0.197, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.115 std_dev=0.082
C4' B 0, 0.032, 0.115, 0.198, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.115 std_dev=0.083
C8 B 0, 0.020, 0.105, 0.189, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.105 std_dev=0.084
C4 B 0, 0.024, 0.114, 0.204, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.114 std_dev=0.090
O4' B 0, 0.034, 0.125, 0.215, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.125 std_dev=0.090
C2 B 0, 0.007, 0.100, 0.193, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.100 std_dev=0.093
C1' B 0, 0.037, 0.131, 0.224, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.131 std_dev=0.094
O5' B 0, 0.032, 0.129, 0.226, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.129 std_dev=0.097
N7 B 0, 0.021, 0.119, 0.218, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.119 std_dev=0.099
C6 B 0, 0.020, 0.119, 0.219, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.119 std_dev=0.099
N1 B 0, 0.012, 0.113, 0.214, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.113 std_dev=0.101
OP2 A 0, 0.018, 0.121, 0.224, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.121 std_dev=0.103
N6 B 0, 0.035, 0.139, 0.243, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.139 std_dev=0.104
C5' A 0, -0.001, 0.103, 0.206, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.103 std_dev=0.104
C5 B 0, 0.021, 0.125, 0.229, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.125 std_dev=0.104
C2' B 0, 0.040, 0.148, 0.256, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.148 std_dev=0.108
P A 0, 0.002, 0.126, 0.250, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.126 std_dev=0.124
OP2 B 0, 0.016, 0.150, 0.284, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.150 std_dev=0.134
OP1 A 0, -0.012, 0.153, 0.317, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.153 std_dev=0.165
O5' A 0, -0.015, 0.152, 0.319, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.152 std_dev=0.167
O2' B 0, 0.040, 0.209, 0.378, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.209 std_dev=0.169

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.05 0.01
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.01
C5 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.03 0.06 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.07 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.00 0.06 0.06 0.07
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.02 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.01 0.04 0.06 0.05
N2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.03 0.05 0.04
N3 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.04 0.02
N7 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.13 0.03 0.04 0.06 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.04 0.02
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.01
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.03 0.03
O5' 0.05 0.08 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.10 0.07 0.06 0.13 0.08 0.02 0.02 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.13 0.00 0.08 0.08 0.09
OP1 0.06 0.02 0.06 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.08 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.03 0.07 0.06 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04 0.02 0.09 0.04 0.04 0.12 0.07 0.08 0.06 0.00 0.14 0.07
C2 0.07 0.03 0.07 0.06 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04 0.02 0.08 0.04 0.04 0.11 0.06 0.08 0.07 0.02 0.13 0.06
C2' 0.05 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.10 0.04 0.06 0.03 0.02 0.11 0.05
C3' 0.05 0.00 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.11 0.05 0.06 0.03 0.02 0.12 0.05
C4 0.08 0.04 0.08 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.04 0.05 0.03 0.09 0.05 0.05 0.12 0.07 0.09 0.08 0.00 0.13 0.07
C4' 0.06 0.01 0.06 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.11 0.06 0.07 0.05 0.01 0.13 0.06
C5 0.07 0.03 0.07 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04 0.03 0.09 0.04 0.04 0.12 0.07 0.08 0.07 0.01 0.11 0.06
C5' 0.08 0.03 0.09 0.08 0.03 0.09 0.04 0.09 0.04 0.04 0.03 0.02 0.07 0.04 0.04 0.14 0.09 0.09 0.08 0.01 0.16 0.09
C6 0.06 0.02 0.06 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.07 0.03 0.03 0.11 0.06 0.07 0.07 0.02 0.09 0.04
C8 0.08 0.04 0.08 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.06 0.05 0.05 0.04 0.09 0.05 0.05 0.13 0.08 0.09 0.08 0.00 0.13 0.07
N1 0.06 0.02 0.06 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.08 0.04 0.03 0.11 0.06 0.07 0.07 0.02 0.10 0.05
N2 0.06 0.03 0.06 0.06 0.03 0.07 0.04 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.08 0.04 0.03 0.10 0.07 0.08 0.07 0.02 0.14 0.07
N3 0.08 0.04 0.07 0.07 0.04 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.03 0.10 0.05 0.05 0.12 0.07 0.09 0.07 0.01 0.14 0.08
N7 0.08 0.04 0.08 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.05 0.04 0.05 0.03 0.09 0.05 0.05 0.13 0.07 0.09 0.08 0.01 0.11 0.06
N9 0.08 0.04 0.08 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.05 0.05 0.03 0.09 0.05 0.05 0.12 0.07 0.09 0.07 0.00 0.14 0.08
O2' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.01
O3' 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.04 0.00 0.03 0.11 0.03
O4' 0.07 0.03 0.07 0.07 0.03 0.08 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04 0.02 0.09 0.04 0.04 0.12 0.07 0.08 0.07 0.00 0.14 0.08
O5' 0.12 0.06 0.13 0.13 0.07 0.13 0.08 0.13 0.08 0.08 0.07 0.06 0.12 0.08 0.08 0.18 0.14 0.12 0.12 0.05 0.20 0.13
O6 0.05 0.02 0.06 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03 0.10 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03
OP1 0.08 0.03 0.09 0.09 0.03 0.09 0.03 0.09 0.04 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03 0.04 0.14 0.10 0.08 0.08 0.02 0.14 0.07
OP2 0.11 0.06 0.12 0.11 0.07 0.11 0.07 0.11 0.08 0.07 0.07 0.06 0.11 0.08 0.08 0.16 0.11 0.11 0.11 0.04 0.17 0.11
P 0.10 0.04 0.11 0.10 0.05 0.10 0.06 0.10 0.06 0.06 0.05 0.04 0.09 0.06 0.06 0.16 0.11 0.10 0.10 0.02 0.16 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.03 0.01
C2 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.02
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02
C4 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00
C8 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02
N1 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01
N3 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03
N6 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.09 0.03 0.04
N7 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.05 0.02
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.03 0.02
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.01
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.02
O5' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.04 0.06 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.09 0.05 0.04 0.09 0.04 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.05 0.03 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00