ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53594

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
P B 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
OP1 A 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
OP2 B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
P A 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
OP1 B 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C3' A 0, 0.000, 0.155, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.155 std_dev=0.155
O5' A 0, 0.000, 0.180, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.180 std_dev=0.180
O5' B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C5' A 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C5' B 0, 0.000, 0.215, 0.430, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.215
O4' B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C4' B 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
OP2 A 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
O3' A 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C1' B 0, 0.000, 0.295, 0.590, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.295 std_dev=0.295
C3' B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
N9 B 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C8 B 0, 0.000, 0.332, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.332 std_dev=0.332
O3' B 0, 0.000, 0.340, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C2' B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
O2' B 0, 0.000, 0.357, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.357 std_dev=0.357
N7 B 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C4 B 0, 0.000, 0.394, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.394 std_dev=0.394
N3 B 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C5 B 0, 0.000, 0.426, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C2 B 0, 0.000, 0.484, 0.969, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.484 std_dev=0.484
C6 B 0, 0.000, 0.493, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.493 std_dev=0.493
N1 B 0, 0.000, 0.520, 1.041, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.520 std_dev=0.520
N6 B 0, 0.000, 0.538, 1.076, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.538 std_dev=0.538

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.15 0.10
C2 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01 0.03 0.00 0.07 0.13 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.06
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.09 0.08 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.04 0.04 0.01
C4 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.07 0.14 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.04
C5 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.08
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.08 0.13 0.08
C8 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.08
N1 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.00 0.03 0.00 0.08 0.13 0.09
N2 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01 0.03 0.00 0.06 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.06 0.14 0.09
N7 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.07 0.12 0.07
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.15 0.09
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.13 0.10
O3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.12 0.11 0.09 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.10 0.01 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.17 0.12
O5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.09 0.12 0.08
OP1 0.07 0.07 0.01 0.04 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.04 0.10 0.09 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.13 0.09 0.04 0.14 0.07 0.13 0.00 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.12 0.15 0.13 0.01 0.17 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.09 0.06 0.01 0.09 0.04 0.08 0.00 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.10 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.11 0.05 0.09 0.03 0.03 0.06 0.08 0.06 0.03 0.01 0.07 0.11 0.07 0.08 0.03
C2 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.10 0.09 0.09 0.11 0.07 0.06 0.10 0.11 0.09 0.04 0.01 0.08 0.10 0.10 0.08 0.02
C2' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.13 0.04 0.02
C3' 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.17 0.02 0.05
C4 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.12 0.07 0.10 0.06 0.05 0.08 0.10 0.08 0.06 0.03 0.08 0.12 0.09 0.08 0.03
C4' 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.07 0.09 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.08 0.05 0.08 0.10 0.11 0.07 0.01
C5 0.10 0.06 0.10 0.10 0.08 0.11 0.09 0.13 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.11 0.10 0.10 0.07 0.10 0.13 0.09 0.07 0.03
C5' 0.13 0.11 0.14 0.13 0.12 0.14 0.12 0.16 0.11 0.14 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.15 0.12 0.12 0.14 0.09 0.10 0.04
C6 0.12 0.09 0.12 0.12 0.11 0.13 0.12 0.14 0.11 0.14 0.10 0.10 0.11 0.13 0.12 0.12 0.09 0.12 0.13 0.10 0.06 0.03
C8 0.08 0.04 0.08 0.08 0.06 0.11 0.07 0.13 0.06 0.09 0.04 0.04 0.06 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.13 0.08 0.07 0.04
N1 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.14 0.10 0.09 0.11 0.13 0.11 0.08 0.06 0.11 0.12 0.10 0.07 0.03
N2 0.05 0.06 0.03 0.02 0.07 0.03 0.09 0.06 0.09 0.11 0.07 0.05 0.10 0.11 0.07 0.02 0.02 0.05 0.08 0.09 0.07 0.01
N3 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.06 0.08 0.10 0.08 0.10 0.06 0.05 0.08 0.10 0.07 0.03 0.00 0.07 0.10 0.09 0.08 0.02
N7 0.09 0.05 0.10 0.11 0.08 0.12 0.08 0.14 0.07 0.10 0.05 0.06 0.07 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.13 0.09 0.07 0.04
N9 0.06 0.03 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.12 0.06 0.09 0.04 0.04 0.07 0.09 0.07 0.05 0.03 0.08 0.12 0.08 0.08 0.03
O2' 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.06 0.09 0.04 0.03 0.07 0.09 0.06 0.01 0.04 0.05 0.09 0.07 0.07 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.20 0.00 0.08
O4' 0.08 0.04 0.08 0.08 0.07 0.11 0.08 0.14 0.07 0.10 0.05 0.05 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06 0.09 0.14 0.06 0.10 0.06
O5' 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08 0.11 0.09 0.13 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09 0.12 0.11 0.07 0.02
O6 0.16 0.12 0.16 0.15 0.14 0.15 0.14 0.15 0.13 0.16 0.12 0.13 0.12 0.15 0.15 0.16 0.13 0.15 0.14 0.09 0.05 0.03
OP1 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.04
OP2 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.01 0.23 0.08 0.11
P 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.18 0.02 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.07 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.09 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
C8 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04
N7 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.10 0.03
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.01
O5' 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.06 0.07 0.01 0.07 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.05 0.09 0.10 0.04 0.09 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.10 0.13 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00