ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53604

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 30, 11, 5, 3, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.017, 0.033, 0.050, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.033 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.006, 0.027, 0.049, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.008, 0.032, 0.056, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.008, 0.037, 0.066, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.037 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.070, 0.129, 0.187, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.129 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.081, 0.143, 0.204, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.143 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.098, 0.175, 0.253, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.175 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.102, 0.181, 0.259, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.181 std_dev=0.079
O3' A 0, 0.035, 0.129, 0.223, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.129 std_dev=0.094
C5' A 0, 0.169, 0.321, 0.474, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.321 std_dev=0.152
O2' A 0, 0.178, 0.333, 0.488, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.333 std_dev=0.155
P B 0, 0.057, 0.227, 0.396, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.227 std_dev=0.170
OP1 B 0, 0.028, 0.215, 0.403, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.215 std_dev=0.188
OP2 B 0, 0.051, 0.241, 0.431, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.241 std_dev=0.190
O5' B 0, 0.198, 0.396, 0.594, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.396 std_dev=0.198
C5' B 0, 0.079, 0.290, 0.501, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.290 std_dev=0.211
O5' A 0, 0.125, 0.342, 0.559, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.342 std_dev=0.217
P A 0, 0.267, 0.499, 0.730, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.499 std_dev=0.232
C4' B 0, 0.083, 0.334, 0.586, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.334 std_dev=0.251
O4' B 0, 0.055, 0.341, 0.627, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.341 std_dev=0.286
C3' B 0, 0.115, 0.404, 0.694, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.404 std_dev=0.289
OP1 A 0, 0.295, 0.584, 0.874, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.584 std_dev=0.289
OP2 A 0, 0.288, 0.583, 0.879, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.583 std_dev=0.296
O3' B 0, 0.155, 0.460, 0.765, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.460 std_dev=0.305
C8 B 0, 0.117, 0.443, 0.769, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.443 std_dev=0.326
N9 B 0, 0.096, 0.432, 0.768, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.432 std_dev=0.336
N7 B 0, 0.175, 0.511, 0.848, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.511 std_dev=0.337
C1' B 0, 0.074, 0.414, 0.753, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.414 std_dev=0.340
C4 B 0, 0.141, 0.499, 0.857, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.499 std_dev=0.358
C5 B 0, 0.170, 0.529, 0.887, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.529 std_dev=0.359
C2' B 0, 0.079, 0.439, 0.799, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.439 std_dev=0.360
N3 B 0, 0.180, 0.569, 0.958, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.569 std_dev=0.389
C6 B 0, 0.218, 0.610, 1.003, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.610 std_dev=0.393
O6 B 0, 0.259, 0.670, 1.080, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.670 std_dev=0.411
C2 B 0, 0.219, 0.642, 1.065, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.642 std_dev=0.423
N1 B 0, 0.228, 0.653, 1.077, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.653 std_dev=0.425
O2' B 0, 0.056, 0.483, 0.909, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.483 std_dev=0.427
N2 B 0, 0.269, 0.742, 1.216, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.742 std_dev=0.473

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.12 0.05 0.07
C2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.04 0.07 0.01 0.13 0.10 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03 0.12 0.06 0.08
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.05 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.13 0.11 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.08 0.01 0.14 0.15 0.10
C5' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.09 0.06 0.06 0.04 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.07 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.08 0.00 0.14 0.16 0.10
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.09 0.01 0.14 0.15 0.10
N1 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.04 0.08 0.00 0.14 0.13 0.09
N2 0.04 0.00 0.07 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.08 0.06 0.07 0.01 0.13 0.09 0.09
N3 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.04 0.07 0.01 0.13 0.08 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.09 0.01 0.14 0.18 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.13 0.10 0.08
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.04 0.09 0.13 0.10 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.09 0.07 0.15 0.09 0.10
O3' 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.05 0.04 0.08 0.07 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.04 0.11 0.05 0.06
O5' 0.04 0.07 0.07 0.06 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.05 0.06 0.00 0.09 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.04 0.09 0.00 0.15 0.19 0.12
OP1 0.12 0.13 0.12 0.08 0.13 0.06 0.14 0.02 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.15 0.08 0.11 0.02 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.10 0.06 0.05 0.11 0.05 0.15 0.07 0.16 0.15 0.13 0.09 0.08 0.18 0.10 0.09 0.07 0.05 0.02 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.08 0.05 0.09 0.03 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.05 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.21 0.15 0.13 0.11 0.09 0.14 0.10 0.19 0.16 0.22 0.27 0.15 0.17 0.09 0.17 0.16 0.08 0.12 0.22 0.16 0.11 0.11
C2 0.09 0.22 0.14 0.13 0.14 0.09 0.17 0.09 0.22 0.16 0.24 0.26 0.17 0.18 0.11 0.13 0.16 0.08 0.10 0.24 0.16 0.12 0.12
C2' 0.08 0.23 0.15 0.13 0.12 0.09 0.15 0.10 0.21 0.15 0.24 0.29 0.16 0.17 0.09 0.17 0.16 0.08 0.11 0.24 0.15 0.10 0.11
C3' 0.11 0.21 0.18 0.15 0.10 0.10 0.14 0.11 0.18 0.18 0.22 0.27 0.14 0.18 0.10 0.21 0.17 0.09 0.13 0.21 0.16 0.10 0.11
C4 0.07 0.20 0.13 0.12 0.12 0.08 0.15 0.09 0.20 0.15 0.22 0.25 0.15 0.17 0.09 0.13 0.15 0.08 0.11 0.22 0.15 0.12 0.11
C4' 0.13 0.17 0.21 0.17 0.09 0.11 0.13 0.11 0.15 0.20 0.18 0.24 0.12 0.19 0.12 0.23 0.19 0.10 0.15 0.18 0.17 0.12 0.12
C5 0.07 0.20 0.10 0.10 0.13 0.08 0.15 0.10 0.20 0.14 0.22 0.24 0.16 0.16 0.09 0.10 0.13 0.10 0.11 0.22 0.13 0.13 0.11
C5' 0.14 0.17 0.21 0.17 0.10 0.11 0.13 0.12 0.14 0.19 0.17 0.23 0.12 0.19 0.12 0.24 0.20 0.11 0.14 0.17 0.19 0.13 0.12
C6 0.09 0.22 0.08 0.09 0.15 0.08 0.17 0.11 0.21 0.14 0.23 0.25 0.18 0.17 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.23 0.13 0.14 0.12
C8 0.08 0.20 0.13 0.12 0.11 0.09 0.14 0.11 0.18 0.14 0.21 0.25 0.15 0.16 0.08 0.14 0.15 0.10 0.12 0.21 0.14 0.12 0.11
N1 0.09 0.22 0.10 0.11 0.16 0.08 0.18 0.09 0.22 0.15 0.24 0.25 0.18 0.17 0.11 0.10 0.13 0.10 0.10 0.24 0.13 0.13 0.11
N2 0.12 0.23 0.17 0.17 0.16 0.12 0.19 0.11 0.23 0.18 0.25 0.27 0.19 0.20 0.14 0.17 0.19 0.10 0.12 0.25 0.17 0.13 0.14
N3 0.09 0.21 0.15 0.14 0.12 0.09 0.16 0.09 0.20 0.17 0.23 0.25 0.15 0.18 0.10 0.16 0.17 0.08 0.11 0.23 0.16 0.12 0.12
N7 0.08 0.20 0.11 0.11 0.12 0.09 0.15 0.12 0.19 0.13 0.21 0.24 0.16 0.16 0.09 0.11 0.14 0.11 0.12 0.21 0.13 0.13 0.12
N9 0.08 0.20 0.14 0.12 0.11 0.08 0.14 0.10 0.19 0.15 0.22 0.25 0.15 0.16 0.08 0.15 0.16 0.09 0.12 0.22 0.15 0.11 0.11
O2' 0.08 0.28 0.12 0.11 0.16 0.09 0.19 0.12 0.26 0.14 0.30 0.34 0.21 0.18 0.11 0.14 0.14 0.11 0.11 0.29 0.14 0.11 0.11
O3' 0.12 0.23 0.18 0.14 0.12 0.10 0.15 0.11 0.20 0.20 0.24 0.30 0.16 0.20 0.12 0.21 0.16 0.10 0.14 0.23 0.15 0.09 0.10
O4' 0.11 0.19 0.18 0.15 0.10 0.10 0.13 0.11 0.17 0.18 0.20 0.26 0.13 0.18 0.11 0.20 0.18 0.09 0.14 0.20 0.18 0.12 0.12
O5' 0.17 0.15 0.25 0.22 0.10 0.15 0.12 0.13 0.14 0.19 0.15 0.21 0.11 0.18 0.14 0.28 0.26 0.13 0.17 0.17 0.15 0.11 0.11
O6 0.12 0.23 0.09 0.10 0.17 0.11 0.19 0.13 0.22 0.15 0.24 0.25 0.20 0.18 0.14 0.10 0.11 0.15 0.12 0.23 0.13 0.15 0.13
OP1 0.15 0.15 0.22 0.20 0.10 0.15 0.13 0.15 0.15 0.17 0.16 0.20 0.12 0.17 0.13 0.24 0.24 0.14 0.18 0.18 0.12 0.11 0.10
OP2 0.09 0.19 0.14 0.12 0.11 0.11 0.14 0.16 0.17 0.16 0.19 0.25 0.14 0.17 0.10 0.17 0.14 0.11 0.13 0.20 0.19 0.15 0.14
P 0.13 0.15 0.21 0.18 0.08 0.12 0.11 0.12 0.14 0.17 0.15 0.21 0.11 0.17 0.11 0.24 0.22 0.11 0.16 0.17 0.14 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06
C2 0.02 0.00 0.10 0.18 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.20 0.02 0.19 0.01 0.21 0.25 0.20
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.07 0.13 0.10 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.08 0.05
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.01 0.09 0.08 0.14 0.22 0.16 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.10 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.14 0.01 0.15 0.18 0.14
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.07 0.08 0.11 0.08 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.15 0.01 0.16 0.19 0.16
C5' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.10 0.10 0.12 0.15 0.11 0.10 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.10 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.17 0.00 0.19 0.24 0.19
C8 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.13 0.01 0.12 0.13 0.11
N1 0.01 0.00 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.02 0.19 0.01 0.22 0.27 0.21
N2 0.02 0.01 0.13 0.22 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.25 0.03 0.20 0.01 0.24 0.28 0.22
N3 0.01 0.00 0.10 0.16 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.02 0.16 0.01 0.18 0.21 0.17
N7 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.14 0.01 0.14 0.16 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.10
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03 0.04 0.07 0.07 0.03
O3' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.09 0.02 0.06 0.03 0.10 0.09 0.16 0.25 0.17 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.08 0.08 0.13 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.02 0.09 0.07 0.08
O5' 0.06 0.19 0.03 0.05 0.14 0.01 0.15 0.01 0.17 0.13 0.19 0.20 0.16 0.14 0.10 0.03 0.08 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.16 0.00 0.20 0.24 0.19
OP1 0.07 0.21 0.08 0.10 0.15 0.05 0.16 0.05 0.19 0.12 0.22 0.24 0.18 0.14 0.10 0.07 0.13 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.25 0.08 0.07 0.18 0.03 0.19 0.02 0.24 0.13 0.27 0.28 0.21 0.16 0.11 0.07 0.08 0.07 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.20 0.05 0.05 0.14 0.02 0.16 0.01 0.19 0.11 0.21 0.22 0.17 0.14 0.10 0.03 0.07 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00