ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53605

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 17, 12, 5, 3, 4, 4, 3, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.015, 0.035, 0.056, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.032 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.039 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.013, 0.041, 0.069, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.041 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.048, 0.119, 0.190, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.119 std_dev=0.071
O4' A 0, 0.005, 0.086, 0.167, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.086 std_dev=0.081
O2' A 0, 0.094, 0.182, 0.270, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.182 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.041, 0.162, 0.283, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.162 std_dev=0.121
C4' A 0, 0.037, 0.160, 0.284, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.160 std_dev=0.124
O5' A 0, 0.033, 0.196, 0.360, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.196 std_dev=0.163
P A 0, 0.040, 0.217, 0.394, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.217 std_dev=0.177
O3' A 0, 0.066, 0.248, 0.431, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.248 std_dev=0.183
OP2 A 0, 0.063, 0.248, 0.433, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.248 std_dev=0.185
P B 0, 0.107, 0.301, 0.496, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.301 std_dev=0.195
C5' A 0, 0.025, 0.221, 0.418, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.221 std_dev=0.197
OP1 A 0, 0.043, 0.265, 0.488, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.265 std_dev=0.222
OP1 B 0, 0.062, 0.338, 0.614, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.338 std_dev=0.276
OP2 B 0, 0.101, 0.425, 0.748, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.425 std_dev=0.324
O5' B 0, 0.015, 0.466, 0.917, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.466 std_dev=0.451
C5' B 0, -0.111, 0.678, 1.468, 2.651 max_d=2.651 avg_d=0.678 std_dev=0.789
C4' B 0, -0.299, 0.871, 2.042, 3.866 max_d=3.866 avg_d=0.871 std_dev=1.170
C3' B 0, -0.321, 0.941, 2.203, 4.267 max_d=4.267 avg_d=0.941 std_dev=1.262
O4' B 0, -0.368, 0.956, 2.279, 4.264 max_d=4.264 avg_d=0.956 std_dev=1.323
C8 B 0, -0.460, 1.130, 2.719, 5.137 max_d=5.137 avg_d=1.130 std_dev=1.589
C1' B 0, -0.514, 1.125, 2.764, 5.222 max_d=5.222 avg_d=1.125 std_dev=1.639
C2' B 0, -0.511, 1.202, 2.915, 5.480 max_d=5.480 avg_d=1.202 std_dev=1.713
N9 B 0, -0.564, 1.208, 2.981, 5.663 max_d=5.663 avg_d=1.208 std_dev=1.773
N7 B 0, -0.544, 1.261, 3.066, 5.834 max_d=5.834 avg_d=1.261 std_dev=1.805
O3' B 0, -0.619, 1.294, 3.207, 6.035 max_d=6.035 avg_d=1.294 std_dev=1.913
C4 B 0, -0.741, 1.430, 3.602, 6.847 max_d=6.847 avg_d=1.430 std_dev=2.171
C5 B 0, -0.730, 1.452, 3.633, 6.936 max_d=6.936 avg_d=1.452 std_dev=2.181
O2' B 0, -0.707, 1.622, 3.951, 7.095 max_d=7.095 avg_d=1.622 std_dev=2.329
N3 B 0, -0.886, 1.619, 4.124, 7.774 max_d=7.774 avg_d=1.619 std_dev=2.505
C6 B 0, -0.896, 1.685, 4.266, 8.131 max_d=8.131 avg_d=1.685 std_dev=2.581
O6 B 0, -0.897, 1.759, 4.416, 8.426 max_d=8.426 avg_d=1.759 std_dev=2.657
C2 B 0, -1.056, 1.834, 4.724, 8.894 max_d=8.894 avg_d=1.834 std_dev=2.890
N1 B 0, -1.064, 1.867, 4.798, 9.077 max_d=9.077 avg_d=1.867 std_dev=2.931
N2 B 0, -1.225, 2.060, 5.344, 9.982 max_d=9.982 avg_d=2.060 std_dev=3.284

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.09 0.06
C2 0.03 0.00 0.09 0.08 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.04 0.07 0.01 0.08 0.13 0.09
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.08 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.08 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.12 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.15 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.05 0.04 0.09 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.10 0.02 0.10 0.00 0.12 0.16 0.12
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.10 0.02 0.10 0.13 0.10
N1 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.09 0.01 0.10 0.15 0.10
N2 0.04 0.01 0.10 0.10 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.13 0.13 0.05 0.07 0.02 0.07 0.13 0.08
N3 0.03 0.01 0.08 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.06 0.02 0.07 0.12 0.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.11 0.02 0.12 0.16 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.02 0.07 0.11 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.02 0.09 0.13 0.09 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.07 0.07 0.05 0.03
O3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.10 0.06 0.11 0.13 0.09 0.06 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.11 0.12 0.12 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.06 0.11 0.08
O5' 0.05 0.07 0.03 0.04 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.06 0.11 0.07 0.03 0.07 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.11 0.03 0.11 0.00 0.14 0.18 0.14
OP1 0.05 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.11 0.05 0.12 0.10 0.10 0.07 0.07 0.12 0.07 0.07 0.12 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.13 0.06 0.08 0.12 0.03 0.15 0.01 0.16 0.13 0.15 0.13 0.12 0.16 0.11 0.05 0.12 0.11 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.04 0.05 0.08 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.08 0.08 0.12 0.07 0.03 0.09 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.44 0.22 0.24 0.13 0.26 0.16 0.40 0.14 0.45 0.32 0.67 0.34 0.39 0.23 0.81 0.21 0.26 0.16 0.14 0.12 0.18 0.15
C2 0.33 0.17 0.29 0.37 0.19 0.37 0.28 0.43 0.22 0.49 0.14 0.28 0.15 0.46 0.32 0.67 0.54 0.35 0.22 0.28 0.12 0.11 0.13
C2' 0.37 0.28 0.30 0.24 0.21 0.27 0.31 0.39 0.22 0.58 0.19 0.48 0.21 0.53 0.37 0.91 0.24 0.35 0.16 0.28 0.14 0.19 0.15
C3' 0.45 0.25 0.39 0.26 0.26 0.29 0.36 0.39 0.27 0.62 0.19 0.44 0.19 0.57 0.43 1.03 0.23 0.40 0.17 0.32 0.15 0.19 0.15
C4 0.39 0.22 0.36 0.37 0.19 0.38 0.26 0.44 0.18 0.52 0.16 0.38 0.17 0.45 0.34 0.87 0.46 0.38 0.21 0.23 0.12 0.13 0.13
C4' 0.29 0.44 0.26 0.23 0.13 0.26 0.18 0.39 0.14 0.49 0.32 0.70 0.33 0.42 0.26 0.90 0.26 0.28 0.16 0.15 0.12 0.20 0.16
C5 0.50 0.16 0.49 0.51 0.27 0.51 0.33 0.50 0.24 0.56 0.15 0.25 0.17 0.50 0.43 1.01 0.70 0.48 0.26 0.29 0.12 0.12 0.13
C5' 0.34 0.42 0.32 0.24 0.13 0.27 0.19 0.40 0.14 0.50 0.31 0.67 0.29 0.43 0.29 0.98 0.22 0.31 0.16 0.15 0.11 0.18 0.15
C6 0.54 0.18 0.54 0.60 0.33 0.58 0.38 0.54 0.31 0.58 0.21 0.18 0.22 0.52 0.47 1.01 0.90 0.52 0.29 0.35 0.13 0.12 0.12
C8 0.47 0.22 0.46 0.42 0.21 0.43 0.27 0.47 0.18 0.55 0.17 0.39 0.17 0.47 0.39 1.05 0.50 0.44 0.22 0.22 0.12 0.13 0.13
N1 0.46 0.15 0.44 0.53 0.29 0.53 0.36 0.51 0.30 0.54 0.19 0.17 0.18 0.50 0.41 0.84 0.82 0.46 0.28 0.35 0.13 0.11 0.12
N2 0.22 0.19 0.20 0.29 0.15 0.27 0.25 0.36 0.21 0.44 0.15 0.30 0.17 0.43 0.25 0.45 0.44 0.25 0.20 0.28 0.13 0.11 0.12
N3 0.29 0.27 0.24 0.29 0.15 0.30 0.23 0.40 0.17 0.48 0.18 0.43 0.21 0.43 0.28 0.70 0.34 0.30 0.19 0.22 0.12 0.13 0.13
N7 0.54 0.17 0.55 0.52 0.28 0.52 0.33 0.51 0.24 0.58 0.16 0.27 0.18 0.50 0.45 1.11 0.70 0.50 0.26 0.27 0.12 0.12 0.13
N9 0.38 0.29 0.35 0.33 0.16 0.35 0.23 0.43 0.15 0.51 0.21 0.48 0.21 0.44 0.32 0.91 0.35 0.36 0.19 0.19 0.11 0.14 0.14
O2' 0.24 0.41 0.17 0.27 0.15 0.27 0.25 0.40 0.19 0.52 0.27 0.67 0.33 0.49 0.27 0.78 0.46 0.24 0.16 0.25 0.17 0.25 0.19
O3' 0.50 0.27 0.42 0.26 0.36 0.29 0.47 0.38 0.39 0.68 0.28 0.41 0.25 0.65 0.51 1.07 0.33 0.44 0.19 0.45 0.20 0.22 0.18
O4' 0.22 0.54 0.19 0.22 0.15 0.25 0.12 0.40 0.18 0.41 0.42 0.80 0.42 0.33 0.18 0.81 0.21 0.22 0.15 0.14 0.13 0.19 0.16
O5' 0.46 0.27 0.45 0.32 0.20 0.34 0.27 0.42 0.16 0.56 0.19 0.47 0.18 0.48 0.39 1.11 0.28 0.40 0.18 0.20 0.10 0.14 0.12
O6 0.61 0.25 0.64 0.70 0.40 0.67 0.43 0.58 0.37 0.61 0.28 0.20 0.30 0.55 0.52 1.10 1.09 0.58 0.32 0.40 0.13 0.13 0.12
OP1 0.55 0.22 0.55 0.35 0.29 0.38 0.35 0.43 0.24 0.63 0.18 0.39 0.18 0.55 0.47 1.25 0.31 0.47 0.19 0.27 0.11 0.14 0.13
OP2 0.59 0.20 0.62 0.47 0.32 0.48 0.35 0.47 0.24 0.61 0.17 0.31 0.22 0.52 0.49 1.29 0.54 0.51 0.19 0.26 0.11 0.08 0.08
P 0.49 0.24 0.50 0.36 0.21 0.38 0.27 0.44 0.16 0.56 0.18 0.44 0.17 0.47 0.41 1.18 0.36 0.43 0.18 0.18 0.10 0.11 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.14 0.02 0.11 0.17 0.12
C2 0.03 0.00 0.32 0.15 0.01 0.16 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.42 0.24 0.16 0.01 0.14 0.17 0.14
C2' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.17 0.01 0.08 0.17 0.13 0.18 0.24 0.39 0.32 0.12 0.03 0.00 0.04 0.04 0.46 0.08 0.43 0.55 0.47
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.19 0.01 0.27 0.02 0.26 0.30 0.21 0.13 0.13 0.32 0.19 0.03 0.01 0.02 0.19 0.29 0.19 0.05 0.13
C4 0.02 0.01 0.17 0.19 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.26 0.12 0.20 0.01 0.16 0.16 0.15
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.07 0.26 0.07 0.24 0.17 0.23 0.09 0.29 0.02 0.01 0.02 0.11 0.06 0.17 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.27 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.15 0.03 0.32 0.01 0.29 0.32 0.28
C5' 0.05 0.16 0.17 0.02 0.06 0.01 0.15 0.00 0.13 0.30 0.08 0.25 0.18 0.30 0.09 0.11 0.22 0.01 0.01 0.19 0.10 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.26 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.20 0.08 0.32 0.01 0.31 0.37 0.30
C8 0.01 0.01 0.18 0.30 0.01 0.26 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.53 0.08 0.18 0.38 0.02 0.33 0.26 0.31
N1 0.03 0.01 0.24 0.21 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.32 0.17 0.23 0.01 0.20 0.28 0.20
N2 0.04 0.01 0.39 0.13 0.01 0.24 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.51 0.30 0.16 0.02 0.16 0.15 0.16
N3 0.03 0.01 0.32 0.13 0.00 0.17 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.42 0.25 0.16 0.01 0.14 0.13 0.14
N7 0.02 0.01 0.12 0.32 0.01 0.23 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.56 0.09 0.12 0.43 0.02 0.41 0.41 0.40
N9 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.17 0.01 0.20 0.01 0.15 0.11 0.13
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.15 0.29 0.36 0.11 0.33 0.53 0.17 0.36 0.23 0.56 0.24 0.00 0.04 0.18 0.29 0.43 0.25 0.59 0.35
O3' 0.33 0.42 0.04 0.01 0.26 0.02 0.15 0.22 0.20 0.08 0.32 0.51 0.42 0.09 0.17 0.04 0.00 0.18 0.20 0.16 0.36 0.27 0.25
O4' 0.01 0.24 0.04 0.02 0.12 0.01 0.03 0.01 0.08 0.18 0.17 0.30 0.25 0.12 0.01 0.18 0.18 0.00 0.08 0.05 0.08 0.19 0.09
O5' 0.14 0.16 0.46 0.19 0.20 0.02 0.32 0.01 0.32 0.38 0.23 0.16 0.16 0.43 0.20 0.29 0.20 0.08 0.00 0.39 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.29 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.43 0.16 0.05 0.39 0.00 0.40 0.49 0.39
OP1 0.11 0.14 0.43 0.19 0.16 0.06 0.29 0.10 0.31 0.33 0.20 0.16 0.14 0.41 0.15 0.25 0.36 0.08 0.03 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.17 0.55 0.05 0.16 0.17 0.32 0.22 0.37 0.26 0.28 0.15 0.13 0.41 0.11 0.59 0.27 0.19 0.02 0.49 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.14 0.47 0.13 0.15 0.04 0.28 0.02 0.30 0.31 0.20 0.16 0.14 0.40 0.13 0.35 0.25 0.09 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00