ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53607

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 3, 0, 0, 2, 3, 3, 6, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.014, 0.028, 0.041, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.018, 0.032, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.018, 0.037, 0.057, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.037 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.014, 0.040, 0.067, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.040 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.030, 0.057, 0.084, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.057 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.026, 0.057, 0.088, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.057 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.015, 0.052, 0.089, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.052 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.099, 0.261, 0.422, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.261 std_dev=0.162
C2' A 0, 0.120, 0.328, 0.536, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.328 std_dev=0.208
P B 0, 0.323, 0.537, 0.752, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.537 std_dev=0.214
C4' A 0, 0.186, 0.444, 0.702, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.444 std_dev=0.258
O2' A 0, 0.211, 0.506, 0.800, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.506 std_dev=0.294
C3' A 0, 0.197, 0.505, 0.812, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.505 std_dev=0.308
OP2 B 0, 0.293, 0.628, 0.964, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.628 std_dev=0.335
O5' A 0, 0.299, 0.668, 1.037, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.668 std_dev=0.369
P A 0, 0.401, 0.812, 1.223, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.812 std_dev=0.411
C5' A 0, 0.325, 0.764, 1.202, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.764 std_dev=0.439
O3' A 0, 0.310, 0.774, 1.239, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.774 std_dev=0.464
OP1 A 0, 0.733, 1.315, 1.898, 2.186 max_d=2.186 avg_d=1.315 std_dev=0.583
OP1 B 0, 0.608, 1.208, 1.808, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.208 std_dev=0.600
O5' B 0, 0.403, 1.034, 1.665, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.034 std_dev=0.631
N7 B 0, 0.265, 0.914, 1.562, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.914 std_dev=0.648
C5 B 0, 0.214, 0.877, 1.539, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.877 std_dev=0.662
C6 B 0, 0.215, 0.883, 1.550, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.883 std_dev=0.667
N1 B 0, 0.198, 0.869, 1.540, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.869 std_dev=0.671
O2' B 0, 0.504, 1.182, 1.861, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.182 std_dev=0.679
C2 B 0, 0.178, 0.877, 1.576, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.877 std_dev=0.699
C8 B 0, 0.282, 0.989, 1.695, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.989 std_dev=0.706
N2 B 0, 0.200, 0.906, 1.613, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.906 std_dev=0.706
OP2 A 0, 0.686, 1.398, 2.110, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.398 std_dev=0.712
O6 B 0, 0.256, 0.980, 1.704, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.980 std_dev=0.724
C4 B 0, 0.193, 0.926, 1.658, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.926 std_dev=0.732
N3 B 0, 0.175, 0.944, 1.713, 2.285 max_d=2.285 avg_d=0.944 std_dev=0.769
N9 B 0, 0.241, 1.029, 1.817, 2.297 max_d=2.297 avg_d=1.029 std_dev=0.788
C1' B 0, 0.276, 1.206, 2.136, 2.959 max_d=2.959 avg_d=1.206 std_dev=0.930
C5' B 0, 0.429, 1.432, 2.434, 2.797 max_d=2.797 avg_d=1.432 std_dev=1.003
C2' B 0, 0.425, 1.477, 2.530, 3.389 max_d=3.389 avg_d=1.477 std_dev=1.052
O4' B 0, 0.269, 1.322, 2.375, 2.989 max_d=2.989 avg_d=1.322 std_dev=1.053
C4' B 0, 0.299, 1.625, 2.951, 3.459 max_d=3.459 avg_d=1.625 std_dev=1.326
C3' B 0, 0.376, 1.891, 3.407, 4.093 max_d=4.093 avg_d=1.891 std_dev=1.516
O3' B 0, 0.345, 2.499, 4.654, 5.568 max_d=5.568 avg_d=2.499 std_dev=2.154

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.03 0.09 0.18 0.10
C2 0.04 0.00 0.18 0.16 0.01 0.09 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.22 0.03 0.13 0.02 0.13 0.33 0.16
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.11 0.07 0.15 0.21 0.17 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.10 0.12 0.15 0.09
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.13 0.13 0.22 0.15 0.11 0.04 0.03 0.01 0.02 0.12 0.09 0.18 0.16 0.12
C4 0.02 0.01 0.09 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.02 0.14 0.02 0.13 0.33 0.17
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.10 0.07 0.13 0.09 0.09 0.03 0.06 0.04 0.01 0.02 0.06 0.09 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.18 0.02 0.20 0.42 0.23
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.10 0.16 0.07 0.11 0.07 0.17 0.08 0.06 0.04 0.01 0.01 0.12 0.10 0.05 0.02
C6 0.03 0.02 0.11 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.14 0.12 0.03 0.18 0.01 0.23 0.45 0.24
C8 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04 0.21 0.03 0.18 0.39 0.22
N1 0.04 0.01 0.15 0.13 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.18 0.03 0.15 0.02 0.18 0.40 0.20
N2 0.06 0.01 0.21 0.22 0.01 0.13 0.02 0.11 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.28 0.30 0.06 0.13 0.04 0.13 0.31 0.15
N3 0.04 0.01 0.17 0.15 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.20 0.03 0.12 0.02 0.10 0.29 0.14
N7 0.01 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04 0.23 0.03 0.26 0.48 0.27
N9 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.14 0.02 0.10 0.29 0.15
O2' 0.02 0.22 0.00 0.03 0.11 0.06 0.09 0.06 0.14 0.05 0.19 0.28 0.20 0.05 0.04 0.00 0.07 0.07 0.06 0.13 0.12 0.12 0.06
O3' 0.03 0.22 0.02 0.01 0.09 0.04 0.09 0.04 0.12 0.13 0.18 0.30 0.20 0.13 0.03 0.07 0.00 0.03 0.17 0.13 0.27 0.23 0.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.07 0.03 0.00 0.12 0.04 0.19 0.16 0.15
O5' 0.08 0.13 0.07 0.12 0.14 0.02 0.18 0.01 0.18 0.21 0.15 0.13 0.12 0.23 0.14 0.06 0.17 0.12 0.00 0.20 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.09 0.02 0.06 0.02 0.12 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.13 0.13 0.04 0.20 0.00 0.29 0.50 0.28
OP1 0.09 0.13 0.12 0.18 0.13 0.09 0.20 0.10 0.23 0.18 0.18 0.13 0.10 0.26 0.10 0.12 0.27 0.19 0.02 0.29 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.33 0.15 0.16 0.33 0.05 0.42 0.05 0.45 0.39 0.40 0.31 0.29 0.48 0.29 0.12 0.23 0.16 0.02 0.50 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.09 0.12 0.17 0.04 0.23 0.02 0.24 0.22 0.20 0.15 0.14 0.27 0.15 0.06 0.18 0.15 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.80 0.58 0.81 0.87 0.74 0.91 0.68 0.72 0.56 0.78 0.48 0.46 0.72 0.72 0.79 0.81 1.41 0.87 0.38 0.48 0.44 0.21 0.15
C2 0.52 0.30 0.59 0.44 0.25 0.59 0.25 0.51 0.16 0.58 0.33 0.47 0.14 0.48 0.48 0.56 0.69 0.60 0.23 0.23 0.46 0.25 0.15
C2' 1.02 0.60 1.05 1.18 0.86 1.21 0.76 0.99 0.58 0.94 0.48 0.45 0.82 0.83 0.96 0.95 1.72 1.13 0.62 0.48 0.41 0.19 0.27
C3' 1.01 0.59 1.04 1.20 0.81 1.26 0.71 1.04 0.52 0.89 0.45 0.50 0.80 0.77 0.93 0.95 1.78 1.15 0.63 0.42 0.40 0.21 0.28
C4 0.60 0.20 0.63 0.55 0.48 0.69 0.47 0.57 0.30 0.64 0.14 0.29 0.37 0.58 0.59 0.65 0.94 0.70 0.25 0.28 0.48 0.24 0.15
C4' 0.90 0.63 0.91 1.07 0.77 1.11 0.68 0.90 0.54 0.81 0.50 0.58 0.78 0.72 0.84 0.89 1.69 1.02 0.51 0.45 0.41 0.19 0.20
C5 0.47 0.17 0.50 0.37 0.32 0.57 0.33 0.49 0.18 0.52 0.17 0.33 0.22 0.47 0.45 0.56 0.70 0.59 0.19 0.24 0.52 0.26 0.18
C5' 0.82 0.57 0.83 0.98 0.68 1.06 0.59 0.87 0.46 0.72 0.44 0.55 0.69 0.63 0.75 0.84 1.60 0.96 0.45 0.38 0.43 0.20 0.17
C6 0.36 0.30 0.40 0.23 0.14 0.44 0.16 0.40 0.24 0.40 0.39 0.45 0.13 0.34 0.30 0.47 0.44 0.48 0.17 0.36 0.56 0.29 0.22
C8 0.59 0.34 0.60 0.55 0.51 0.70 0.51 0.58 0.40 0.62 0.29 0.30 0.46 0.58 0.58 0.67 0.99 0.70 0.24 0.37 0.50 0.25 0.16
N1 0.36 0.38 0.43 0.25 0.10 0.43 0.13 0.40 0.30 0.41 0.47 0.52 0.17 0.33 0.30 0.46 0.42 0.47 0.18 0.39 0.53 0.29 0.20
N2 0.52 0.37 0.64 0.46 0.16 0.57 0.17 0.51 0.22 0.57 0.39 0.51 0.18 0.41 0.44 0.55 0.64 0.59 0.26 0.26 0.42 0.25 0.14
N3 0.66 0.17 0.70 0.63 0.50 0.74 0.47 0.60 0.25 0.69 0.14 0.34 0.34 0.61 0.65 0.68 0.98 0.74 0.29 0.24 0.45 0.23 0.14
N7 0.49 0.20 0.50 0.40 0.37 0.59 0.38 0.50 0.25 0.52 0.15 0.27 0.30 0.48 0.47 0.58 0.76 0.61 0.19 0.27 0.53 0.26 0.18
N9 0.67 0.39 0.68 0.66 0.60 0.77 0.58 0.62 0.45 0.69 0.33 0.30 0.53 0.64 0.67 0.72 1.12 0.76 0.29 0.40 0.47 0.24 0.14
O2' 1.18 0.71 1.20 1.41 0.99 1.37 0.87 1.09 0.67 1.05 0.57 0.53 0.96 0.93 1.10 1.06 2.01 1.26 0.76 0.57 0.47 0.19 0.37
O3' 1.16 0.65 1.21 1.44 0.90 1.47 0.77 1.22 0.56 0.99 0.49 0.55 0.88 0.84 1.04 1.06 2.05 1.31 0.79 0.44 0.42 0.26 0.39
O4' 0.73 0.58 0.74 0.83 0.68 0.88 0.63 0.70 0.53 0.71 0.49 0.53 0.68 0.66 0.72 0.78 1.41 0.82 0.35 0.47 0.45 0.22 0.14
O5' 0.71 0.48 0.71 0.80 0.58 0.93 0.51 0.76 0.40 0.63 0.37 0.46 0.59 0.55 0.65 0.75 1.37 0.86 0.36 0.35 0.51 0.22 0.18
O6 0.28 0.36 0.31 0.18 0.12 0.34 0.17 0.33 0.36 0.30 0.47 0.47 0.18 0.27 0.21 0.39 0.26 0.41 0.21 0.50 0.62 0.31 0.26
OP1 0.77 0.55 0.76 0.87 0.61 1.00 0.51 0.79 0.40 0.63 0.40 0.58 0.66 0.54 0.68 0.81 1.48 0.92 0.37 0.33 0.55 0.23 0.22
OP2 0.42 0.22 0.42 0.45 0.30 0.65 0.30 0.53 0.30 0.38 0.24 0.23 0.29 0.36 0.37 0.53 0.96 0.60 0.34 0.40 0.78 0.33 0.38
P 0.60 0.37 0.60 0.68 0.47 0.84 0.40 0.69 0.30 0.52 0.26 0.38 0.49 0.45 0.54 0.66 1.25 0.78 0.33 0.28 0.53 0.23 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.06 0.10 0.07 0.01 0.01 0.03 0.30 0.01 0.14 0.03 0.39 0.20 0.15
C2 0.08 0.00 0.13 0.13 0.02 0.09 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.28 0.41 0.11 0.48 0.02 0.60 0.62 0.49
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.23 0.04 0.11 0.09 0.17 0.13 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.45 0.04 0.64 0.39 0.48
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.21 0.01 0.34 0.02 0.31 0.48 0.21 0.10 0.10 0.47 0.27 0.03 0.01 0.01 0.09 0.37 0.24 0.12 0.11
C4 0.03 0.02 0.05 0.21 0.00 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.24 0.19 0.06 0.41 0.02 0.45 0.39 0.31
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.23 0.11 0.11 0.09 0.23 0.13 0.31 0.02 0.01 0.02 0.17 0.21 0.20 0.08
C5 0.02 0.01 0.03 0.34 0.01 0.16 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.11 0.03 0.49 0.02 0.52 0.41 0.38
C5' 0.07 0.24 0.23 0.02 0.22 0.01 0.29 0.00 0.31 0.25 0.28 0.24 0.21 0.31 0.17 0.09 0.19 0.02 0.01 0.34 0.07 0.17 0.02
C6 0.03 0.02 0.04 0.31 0.01 0.15 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.33 0.10 0.05 0.55 0.01 0.64 0.53 0.49
C8 0.02 0.02 0.11 0.48 0.01 0.23 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.35 0.36 0.06 0.35 0.03 0.36 0.25 0.14
N1 0.06 0.01 0.09 0.21 0.02 0.11 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.29 0.25 0.09 0.54 0.02 0.67 0.62 0.54
N2 0.10 0.01 0.17 0.10 0.03 0.11 0.02 0.24 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.32 0.56 0.14 0.47 0.03 0.63 0.69 0.53
N3 0.07 0.01 0.13 0.10 0.01 0.09 0.01 0.21 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.25 0.43 0.12 0.40 0.02 0.49 0.51 0.38
N7 0.01 0.02 0.08 0.47 0.01 0.23 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.34 0.05 0.47 0.03 0.42 0.32 0.27
N9 0.01 0.03 0.03 0.27 0.01 0.13 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.21 0.09 0.01 0.29 0.02 0.36 0.20 0.13
O2' 0.03 0.28 0.01 0.03 0.24 0.31 0.32 0.09 0.33 0.35 0.29 0.32 0.25 0.38 0.21 0.00 0.08 0.27 0.37 0.37 0.75 0.29 0.43
O3' 0.30 0.41 0.03 0.01 0.19 0.02 0.11 0.19 0.10 0.36 0.25 0.56 0.43 0.34 0.09 0.08 0.00 0.24 0.20 0.14 0.28 0.16 0.21
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.09 0.14 0.12 0.05 0.01 0.27 0.24 0.00 0.15 0.05 0.43 0.31 0.25
O5' 0.14 0.48 0.45 0.09 0.41 0.02 0.49 0.01 0.55 0.35 0.54 0.47 0.40 0.47 0.29 0.37 0.20 0.15 0.00 0.57 0.03 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.04 0.37 0.02 0.17 0.02 0.34 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.37 0.14 0.05 0.57 0.00 0.69 0.54 0.52
OP1 0.39 0.60 0.64 0.24 0.45 0.21 0.52 0.07 0.64 0.36 0.67 0.63 0.49 0.42 0.36 0.75 0.28 0.43 0.03 0.69 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.62 0.39 0.12 0.39 0.20 0.41 0.17 0.53 0.25 0.62 0.69 0.51 0.32 0.20 0.29 0.16 0.31 0.03 0.54 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.49 0.48 0.11 0.31 0.08 0.38 0.02 0.49 0.14 0.54 0.53 0.38 0.27 0.13 0.43 0.21 0.25 0.01 0.52 0.01 0.01 0.00